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1.
参考拟南芥（Arabidopsis thaliana）的PP2C基因注册序列,从葡萄（Vitis vinifera）全基因组中鉴定得到PP2C家族基因27个,分为10个亚族A、C ~ I、K、L。编码氨基酸181 ~ 1 084个,理论等电点4.46 ~ 8.98。亚细胞定位分析表明,葡萄PP2C基因家族主要在细胞质、叶绿体和细胞核中表达。二级结构主要以α–螺旋和不规则卷曲为主。葡萄PP2C基因芯片表达谱分析发现,该家族成员在葡萄不同组织中响应不同的逆境胁迫。qRT-PCR分析表明,葡萄试管苗在100和50 mmol ? L-1 ABA、10% NaCl和10% PEG单独处理6 h后VvPP2C02的诱导表达量最高,分别是对照的11倍、8倍、14倍和13倍。 相似文献
2.
为研究辣椒氨基转移酶(pAMT,putative aminotransferase)基因在辣椒基因组中的分布和功能,以尊辣1号基因组为参照,利用生物信息学方法对辣椒中pAMT基因家族成员进行全基因组水平分析。结果显示:辣椒基因组中存在9个pAMT基因家族成员,集中分布在8号和9号染色体上,氨基酸序列多重比对显示这9个蛋白分别聚类到3大分支上。结构分析表明,pAMT家族所有蛋白均含有5个保守结构域Motif 2、Motif 3、Motif 5、Motif 8和Motif 9。基因表达分析结果显示:基因Capana09g000427在叶片中不表达,在果皮中表达量最高,其次是子房,在种子和胎座也有表达。基因Capana08g000160在种子、胎座中不表达,仅在叶片中表达稍高,在其他组织的表达量均较低。辣椒氨基转移酶pAMT基因家族在基因组中的分布分析为进一步研究辣椒氨基转移酶pAMT基因家族的功能提供了科学依据。 相似文献
3.
葡萄SnRK2家族基因的鉴定与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以‘宝石无核’(Ruby Seedless)葡萄试管苗为材料,采用RT-PCR技术,克隆得到8个葡萄Sn RK2家族基因。序列分析发现,该家族基因蛋白结构在N端相对保守,而在C端极其特异;聚类结果表明葡萄Sn RK2基因家族可以分为3个亚家族;对这8个基因所编码的蛋白质进行分析发现,其富含酸性氨基酸,且均为亲水蛋白;基因组结构分析发现Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.8含有10个外显子,其他6个均含9个外显子;对蛋白二级结构分析发现8个基因编码的蛋白主要以α–螺旋、β–转角和不规则卷曲为主;亚细胞定位预测,8个基因主要定位于细胞质中。顺式作用元件分析表明,除Vv Sn RK2.1、Vv Sn RK2.2、Vv Sn RK2.6外,其他基因顺式作用元件包含ABRE、DRE/CRT、LRTE中的一个或多个。定量PCR分析表明,Vv Sn RK2的表达存在组织差异性,Vv Sn RK2.7在根中表达水平最高,是叶片的3.8倍,Vv Sn RK2.8在茎中表达水平最高,是叶片的5.0倍。0~–4℃处理后,表达水平下调幅度最小的为Vv Sn RK2.2,Vv Sn RK2.7下调幅度较大,Vv Sn RK2.8的表达水平为0;30℃处理后Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.5上调表达,分别为对照的3.8倍和3.6倍;Vv Sn RK2.1和Vv Sn RK2.2与盐胁迫调节紧密相关,Vv Sn RK2.5与干旱胁迫调节密切相关。 相似文献
4.
利用RT-PCR技术从茶树‘龙井43’cDNA中克隆得到1个编码茶树脱氢抗坏血酸还原酶基因CsDHAR，该基因全长639 bp，编码212个氨基酸，属于谷胱甘肽转移酶（GST）超级家族成员，具较高保守性。系统进化分析结果表明CsDHAR蛋白与拟南芥DHAR1、DHAR2进化关系近，在不同物种间，与毛果杨、胡杨等植物亲缘关系较近；理化性质分析表明CsDHAR属于亲水性蛋白；结构分析表明CsDHAR蛋白具典型功能结构域，三级结构主要由α–螺旋和不规则卷曲构成。荧光定量PCR分析显示，CsDHAR在茶树叶片不同发育阶段表达量差异不显著；对‘龙井43’与‘安吉白茶’中CsDHAR进行荧光定量PCR分析，‘龙井43’在低温、高温处理4 h表达量最高、干旱和高盐处理24 h表达量最高；‘安吉白茶’在高温、高盐处理4 h表达量最高，干旱处理2 h表达量最高。不同逆境胁迫下CsDHAR均被诱导表达，表明该基因参与茶树响应逆境胁迫调节过程。 相似文献
5.
开展葡萄生长调控因子GRF(Growth-regulating factor)家族成员的基因结构、蛋白保守基序、亚细胞定位预测、同线性、系统进化树及顺式作用元件等分析；利用qRT-PCR技术开展有核和无核葡萄不同组织器官、种子发育不同时期及激素响应表达模式分析。葡萄GRF家族共有8个成员，其中7个分布于6条染色体，编码氨基酸数为213～604，所有成员均定位于细胞核。根据进化关系分为4组(A～D)，同组VvGRF的外显子—内含子结构、保守基序数和类型均具有保守性。所有葡萄GRF蛋白N端均含有QLQ和WRC保守结构域，C端至少含有TQL或FFD结构域之一。同线性分析发现，VvGRF3和VvGRF4存在并联重复。VvGRF启动子区发现大量与生长发育、激素响应及胁迫响应相关顺式作用元件。大部分VvGRF在营养器官叶片中高表达，VvGRF2在生殖器官花和果实中高表达；VvGRF3和VvGRF6在无核葡萄种子发育过程中表达量显著高于有核葡萄，而VvGRF8在有核葡萄种子发育前期表达量显著高于无核葡萄；VvGRF响应GA3和IAA诱导，且大部分基因在处理0.5或1 h后下调。 相似文献
6.
从杭白菊(Chrysanthemum morifolium‘Hangbaiju’)中克隆了4个细胞壁松弛和伸展相关的木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶基因,分别命名为CmXTH1、CmXTH2、CmXTH3和CmXTH4,序列分析表明其编码的氨基酸序列N端都含有23~30个氨基酸组成的信号肽区域和保守的催化活性位点DE(I/L)DEFLG以及紧邻的N(R/A)T组成的N端糖基化位点,CmXTH1/2/3的C端均含有4个保守的半胱氨酸残基,CmXTH1/2/3/4蛋白的相似度为66.2%。系统进化分析结果表明,CmXTH1/2/3属于XTH家族Ⅰ组,CmXTH4属于Ⅱ组。实时荧光定量结果表明:(1)菊花CmXTH1/2/3/4在根、茎、叶和花蕾中均有表达。CmXTH1在根中表达量较高,CmXTH2/3在茎中表达量较高,CmXTH4在花蕾中表达量最高。(2)CmXTH1/2/3/4在花序不同部位表达量有差异,CmXTH1/4在舌状花中表达量最高,CmXTH2/3在筒状花中表达量较高。(3)CmXTH1/2/3/4在舌状花不同发育阶段表达量差异显著,CmXTH1/2在盛花期表达量最高,CmXTH3在衰老期表达量最高,CmXTH4在初开期表达量最高。病毒诱导基因沉默结果表明,CmXTH1/2/3/4沉默系的花序直径和舌状花长度与对照相比均有所减小,其中CmXTH4沉默系减小最大,分别减小了25.67%和10.42%,舌状花花瓣表皮细胞与对照相比明显变小,影响了舌状花花瓣的伸长;CmXTH2沉默系的筒状花雄蕊长度和CmXTH4沉默系的花萼直径分别与对照相比显著减小。这表明菊花CmXTH1/2/3/4基因参与了花序的开放,促进了舌状花花瓣的伸长,对于菊花的花序增大具有重要作用。 相似文献
7.
利用生物信息方法从月季‘月月粉’(Rosa chinensis ‘Old Blush’)基因组中共鉴定出69个PP2C家族成员,其编码氨基酸的长度在122～1 082 aa之间,等电点介于4.03～9.34,大部分蛋白呈亲水性。系统进化树分析将其分为12个亚族,同一亚族内基因结构和保守基序具有较高的相似性。基因片段复制事件是PP2C家族基因扩张的主要原因。启动子顺式作用元件分析表明约85%的月季PP2C含有逆境应答元件、激素应答元件等,推测其在响应逆境胁迫的过程中发挥重要作用。月季PP2C基因的表达具有组织和发育时期特异性,且部分基因参与干旱和高温胁迫响应过程,其中3个A亚族基因在干旱胁迫中响应明显,1个A亚族基因和2个G亚族基因在高温胁迫中响应明显。通过qRT-PCR分析11个不同亚族PP2C基因在月季失水胁迫和ABA处理下的表达模式,发现6个A亚族基因(RC0G0099200、RC1G0458700、RC1G0569200、RC2G0066800、RC2G0089100和RC5G0571100)和1个G亚族基因(RC3G0083700)的表达量显著升高,表明这些基因可能受ABA诱导... 相似文献
8.
芥菜（Brassica juncea）对多种重金属具有富集能力。重金属ATP酶（heavy metal transporting ATPase,HMA）在植物转运重金属过程中具有重要的作用。基于基因组和转录组数据，对芥菜HMA家族基因成员进行了全基因组鉴定。芥菜基因组中包含27个HMA基因，其编码的蛋白质中有6个不稳定指数大于40，有22个为疏水性蛋白；这些基因聚类为P-1B-1、P-1B-2和P-1B-4等3个亚家族；27个HMA蛋白均为膜蛋白，都具有E1-E2ATPase和hydrolase结构域；芥菜HMA蛋白都含有8～15个保守基序，不同亚族因具有独特的保守基序结构从而转运重金属的种类不同；在芥菜HMA基因启动子区域中与生长发育有关的顺式作用元件TGA和与逆境响应相关的顺式作用元件ABRE、MBS、LTR、TC广泛分布；在镉胁迫下，BjuA033764、BjuB019118、BjuB035256、BjuB045293等基因在叶片中表达量明显上调，BjuA003596、BjuB040613、BjuA025022等基因在根系中表达量明显上调，说明其参与了芥菜对镉胁迫的响应。 相似文献
9.
《食用菌学报》2015,(1)
依据草菇(Volvariella volvacea)基因组和转录组数据,采用ZOOM软件将转录组Reads定位到基因组的分析方法,从草菇中鉴定了一个多糖单加氧酶基因Vv-lpmo1,对其进行生物信息学分析,并对其高效诱导物进行筛选,采用定量PCR方法研究其在降解稻草时表达量的变化规律。结果表明:草菇Vv-lpmo1基因DNA序列长1432bp,有9个内含子,预测编码305个氨基酸的蛋白质;生物信息学分析表明该蛋白质有分泌信号肽,且含有两个完整的保守结构域:N端的glycoside hydrolase family 61(GH61)结构域和C端的cellulose-binding domain(CBD)结构域。通过对葡萄糖、无碳源(饥饿诱导)、微晶纤维素、滤纸、稻草和木屑6种不同基质诱导草菇菌丝的定量PCR,结果筛选出稻草对Vv-lpmo1基因有最强的诱导作用。进一步研究稻草诱导不同时间的变化过程中,该基因的表达规律为0~4h先下调;4~12h恢复到初始水平;12h以后开始迅速上调并维持较高水平。本研究表明草菇多糖单加氧酶基因Vv lpmo1属于诱导表达型基因,可能在草菇降解稻草基质中起着重要作用。 相似文献
10.
苹果铁结合蛋白基因的克隆及表达特性 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已报道的植物铁结合蛋白基因( ferritin) 的保守区域设计引物, 用RT2PCR 的方法从‘嘎拉’苹果叶片中获得铁结合蛋白基因的全长序列。该基因cDNA共有1 043个碱基, 其中编码区834bp, 编码277个氨基酸残基的蛋白质, 终止密码子后有209 bp左右的3’端尾随序列区。Southern杂交结果显示ferritin基因在‘嘎拉’苹果基因组中至少有7个拷贝存在。0.5 mmol·L - 1的柠檬酸铁处理‘嘎拉’苹果试管苗不同时间后的定量RT-PCR分析表明, ‘嘎拉’苹果的铁结合蛋白基因随着诱导时间的延长表达量增加, 说明该基因可能在转录水平上受铁诱导表达。 相似文献
11.
红掌愈伤组织诱导和芽的分化 总被引：27，自引：0，他引：27
对影响红掌愈伤组织诱导及芽分化的几个因素进行了研究。同一成熟度的外植体, 其叶柄愈伤组织诱导率、芽分化率、分化时间均明显优于叶片。不同放置方式和光照时间对叶片愈伤组织的诱导亦有影响, 叶背向下放置, 光照时间24 h/ d 和10 h/ d 愈伤组织诱导率较高, 分别为100 %、97 %。光照时间对叶柄愈伤组织诱导无显著影响, 但光照24 h/ d 和10 h/ d 较无光照处理的明显促进芽的分化。叶柄培养以N6 , KC 和1/ 2 MS 培养基为佳。叶片培养则以P , N6 和1/ 2 MS 为好。以未展叶叶柄为外植体, 从接种到丛芽分化共49 d , 较已有报道提前11～31 d。 相似文献
12.
Glutathione S-transferases(GSTs)are a family of soluble detoxification enzymes which use reduced glutathione(GSH)in conjugation and reduction reactions.Toxic electrophiles, including a variety of carcinogens, are substrates for the GSTs and are more easily excreted into bile or urine after conjugation or reduction.The three-dimensional structures of GSTs from several species, including humans, have been determined.GST activity has been found to present in all human tissues, and expression of the various GST isoenzymes differs in degree in the varioustissues.Glutathione S-transferases may play a role in the protection of cells against toxic electrophiles and in the resistance to cancer chemotherapeutic agants.The polymorphisms of GSTs genes are one of the important factors that exercise influence on individual susceptibility to cancer. 相似文献
13.
为了提高阔叶猕猴桃的遗传转化效率,以阔叶猕猴桃叶柄为试材,通过根癌农杆菌介导法进行了遗传转化技术参数的研究。结果表明,叶柄预培养3～4d、用农杆菌悬浮液(D600nm值0.5)感染10min、共培养48h、共培养时在培养基中加入200μmol/L乙酰丁香酮处理可以获得较高的gus基因表达率。在供试的1200个叶柄中获得了49个抗性芽,转化频率为4.1%。对转基因抗性材料进行PCR检测和gus基因组织化学染色,证实了外源基因已整合到阔叶猕猴桃的基因组中,并得到稳定表达。 相似文献
14.
瓜叶菊谷胱甘肽转移酶基因GST的分离及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从瓜叶菊中克隆了10个谷胱甘肽转移酶（GST）基因,命名为ScGST1 ~ 10。序列相似性比较与基因表达分析结果显示,ScGST3可能是一个花青素苷转运相关的候选基因。对RT-PCR扩增的ScGST3序列分析发现,其包含一个639 bp的开放阅读框,编码212个氨基酸残基,含有3个外显子和2个内含子,属于phi型GST;氨基酸序列比较分析表明,其与仙客来（Cyclamen persicum）CkmGST3、香石竹（Dianthus caryophyllus）DcGSTF2和矮牵牛（Petunia hybrida）PhAN9等花青素苷转运相关的GST具有较高的相似性;荧光定量PCR分析表明,该基因在含有花青素苷的组织中表达信号较强,在花序发育早期表达丰度最高,花序开放末期表达量下降。据此推测分离得到的ScGST3可能与瓜叶菊中花青素苷的转运与积累相关。 相似文献
15.
以‘长富2号’苹果为试验材料,采用RT-PCR的方法,从其芽中克隆得到INDETERMINATE DOMAIN(IDD)转录因子基因MdIDD7,其开放阅读框长度为1 626 bp,编码541个氨基酸。序列比对和结构域分析表明,该转录因子含有1个核定位信号和4个高度保守的锌指蛋白结构域。系统进化树分析表明,MdIDD7与白梨(Pyrus×bretschneideri,XP_009364602.1)、桃(Prunus persica,XP_007225628.1)和梅(Prunus mume,XP_008220893.1)聚在一起。实时荧光定量PCR表明,MdIDD7在‘长富2号’不同组织(茎、叶、花、果和芽)中均有表达,其中芽的表达量最高。花后40~60 d,MdIDD7在易成花品种‘烟富6号’芽中表达量显著高于难成花品种‘长富2号’。"小年"树顶芽组织中MdIDD7的表达量显著高于"大年"树。在花芽诱导前期,外源GA处理诱导MdIDD7下调表达,而蔗糖处理诱导其上调表达,说明MdIDD7响应激素和糖信号,促进苹果成花。 相似文献
16.
采用 5 种不同光质光源，分别对真姬菇（Hypsizygus marmoreus）的菌丝、原基和子实体进行照射，检测菌丝生长速度、原基形成数量、子实体菌柄长度、菌柄直径、菌盖直径以及产量等。结果显示：真姬菇菌丝在黑暗和红光下生长较快，在红绿蓝复合光下生长最慢；在蓝光下形成的原基数量最多，而在红光下原基数量最少；子实体阶段，黑暗下菌柄的长度及直径最大，绿光下菌柄长度及直径最小；而在蓝光和红绿蓝复合光下菌盖直径最大。相同培养时间，真姬菇在黑暗和蓝光下产量较高，在绿光下产量最低。进一步检测真姬菇光受体基因 WC1 和 WC2 在不同光质条件下的差异表达。结果表明，在菌柄中 WC1 在黑暗下表达量最高，WC2 在蓝光下表达量最高；而在菌盖中 WC1 和 WC2 均在蓝光下表达量最高。 相似文献
17.
【目的】为了明确谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因、羧酸酯酶(CarE)基因,过氧化氢酶(CAT)基因在柑橘全爪螨Panonychus citri抗性中的作用,【方法】在室内用噻螨酮对柑橘全爪螨进行抗性选育,进一步构建抗/敏品系数字基因表达谱,采用RPKM法对柑橘全爪螨敏感品系和噻螨酮抗性品系3种代谢抗性相关基因进行表达差异分析。【结果】经过20代抗性选育,获得了柑橘全爪螨噻螨酮抗性品系,与敏感品系比较,柑橘全爪螨对噻螨酮的抗性倍数达到3 532.12倍。基因差异性分析发现,抗性品系中有11条GST基因、17条CarE基因和6条CAT基因表达上调;14条GST基因、24条CarE基因和3条CAT基因表达下调。上调倍数最高的GST基因、CarE基因和CAT基因分别为Unigene31530[log2 ratio(RS/SS)=1.05]、Unigene23121[log2 ratio(RS/SS)=2.05]和Unigene31477[log2 ratio(RS/SS)=10.04]。进一步对Unigene31477进行荧光定量PCR分析发现,抗性和敏感品系基因表达水平没有显著差异。【结论】根据柑橘全爪螨抗/敏性品系基因表达差异推断,GST、CarE和CAT基因可能与柑橘全爪螨对噻螨酮产生的抗性没有密切关系。 相似文献
18.
以先前克隆到的黄瓜脂氧合酶基因CsLOX2 全长的cDNA 为模板,用含有特异性酶切位点
的Yh1、Yh2 为引物,通过PCR 方法将黄瓜脂氧合酶基因CsLOX2 的ORF 区构建到大肠杆菌表达载体
pGEX-4T-1 上获得原核表达载体p4t-LOX2,将该表达载体p4t-LOX2 转化到大肠杆菌菌株BL21（DE3）
中,获得相应的重组工程菌。在IPTG 诱导下,通过SDS-PAGE 电泳,得到一条约115 kD 的融合蛋白条带,
除去pGEX-4T-1 自身诱导的约26 kD 大小的GST 标签蛋白后,CsLOX2 编码一个约89 kD 的蛋白。 经过
融合蛋白表达体系的优化分析,表明该融合蛋白在 37℃,0.80 mmol·L-1 IPTG 诱导表达 10.5 h,可获得
融合蛋白的最大表达量。 相似文献
19.
利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱(two-dimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术,研究广叶绣球菌(Sparassis latifolia)原基期、幼菇期和成熟子实体阶段的差异表达蛋白质组.采用Q-Exactive质谱鉴定并经ProteinPilot软件搜库,对所获得的差异蛋白进行GO (gene ontology)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)和转录因子注释分析.结果共鉴定到可信蛋白2305个,其中2219个蛋白具有相对定量信息.与原基期相比,幼菇期显著上调蛋白104个,下调蛋白142个,子实体阶段显著上调蛋白155个,下调蛋白460个.GO分子功能提示这些差异性蛋白主要参与催化活性、蛋白结合和水解酶活性.KEGG代谢通路分析结果显示,差异蛋白主要涉及碳代谢、氨基酸合成、核糖体、糖酵解/糖衍生等代谢过程.差异蛋白中与信号传导和转录因子相关的蛋白数量分别为27个和7个. 相似文献