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1.
利用RT-PCR及nPCR技术扩增出了C-株免脾组织毒和广西玉林野毒（GXYL）p80基因的一段长942bp的序列，并将其克隆互PMD-18T载体中，测定其核苷酸序列并推导出了相应的氨基酸序列，比较C-株，GXYL株和已发表的Alfort株、Brescia株相应核苷酸序列及氨基酸序列同源性，核茜酸同源性最低为87.46%，最高为98.08%，氨基酸同源性最低为94.27%，最高为98.09%，进一步证实了HCV p80基因的高度保守性。 相似文献
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广西猪瘟流行毒与C-株疫苗毒gp55（E2）主要抗原区DNA序列差异的比较 总被引：7，自引：1，他引：7
采用反转录 PCR(RT- PCR)和套式 PCR(nest Polym erase Chain Reaction,n PCR)扩增出 3株广西省近期 (1999～ 2 0 0 0年 )猪瘟流行野毒的 E2 基因 ,将其分别克隆于 PMD- 18T载体上并进行了核苷酸序列测定 ,根据 C株及 Brescia和 Alfort株确定起始氨基酸三联体的正确位置后进行氨基酸序列推导 ,同时进行了同源性比较及 E2 糖蛋白结构的分析。结果表明 ,所测 3株 HCV E2 基因的长度均为 1170 bp,编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和部分跨膜序列 ,共由 384个氨基酸组成。3株流行毒的 E2 基因核苷酸序列同源性为 90 .10 %～ 98.5 4%,相应的氨基酸序列同源性为 89.5 9%～ 97.92 %。这 3株流行毒与 C-株兔脾组织毒 (疫苗种毒 ) E2 基因的核苷酸序列同源性为 82 .87%～ 83.99%,相应的氨基酸序列同源性为 86 .98%～ 90 .10 %,表明近期猪瘟流行毒与 C-株疫苗毒的 gp5 5蛋白之间存在一定的差异。 相似文献
3.
采用 RT- PCR和 n PCR扩增出 3株河南省近期 (1999～ 2 0 0 0年 )猪瘟流行野毒的 E2 基因 ,分别克隆于 PMD- 18T载体 ,对其进行了核苷酸序列测定及氨基酸序列推导 ,同时进行了同源性比较及 E2 糖蛋白结构的分析。结果表明 ,所测 3株 HCV E2 基因的长度均为 116 9bp。编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和部分跨膜序列 ,共由 384个氨基酸组成。3株流行毒的 E2 基因核苷酸序列同源性在 99%以上 ,相应的氨基酸序列同源性也在 99%以上 ;这 3株流行毒与 C-株兔脾组织毒 (疫苗种毒 ) E2 基因的核苷酸序列同源性在 83.14 %～ 83.2 3% ,相应的氨基酸序列同源性在 88.14 %～ 88.6 8%。经遗传发生关系分析 ,C-株兔组织毒 C-株细胞毒属于组群 1(group 1) ,河南省近期流行猪瘟毒属于组群 2 (group 2 ) ,近期猪瘟流行毒与 C-株疫苗毒的 gp5 5蛋白之间存在一定的差异 相似文献
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猪瘟兔化弱毒株E~(rns)基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从兔脾组织中提取猪瘟病毒兔化弱毒株RNA,利用RT-PCR技术,扩增了猪瘟兔化弱毒的第一个囊膜糖蛋白基因Erns,并对其进行了序列分析。核苷酸序列比较发现,CSFV与Brescia株和GPE-株的同源性为94.6 %,与石门毒株和Alfort/A19株的同源性为95.0 %,与ALD株的同源性为95.4 %。根据核苷酸序列推导出氨基酸序列,并进行氨基酸序列同源性比较,结果表明,CSFV与Alfort/A19株和ALD株的同源性为93.8 %,与GPE-株的同源性为93.0 %,与石门毒株和Brescia株的同源性分别为94.7 %和95.2 %。 rns 相似文献
5.
采用RT-PCR技术扩增了HCV 10个野毒株、4批不同厂家生产的兔化弱毒疫苗株和1个标准SM株Erns基因的cDNA片段并对其进行了序列测定。应用DNAstar序列分析软件对所测的15个HCV毒株与国内外6个参考毒株Alfort、Ald、Brescia、Gpe、C、CW株的相应片段进行了同源性比较分析。15株HCV Erns基因长度均为696 bp,其核苷酸及氨基酸的同源性分别为83.0%~100.0%和87.9%~100.0%。系统发生分析可将这些毒株分为Ⅰ和Ⅱ两大基因群及4个亚群,Erns基因与E2、 相似文献
6.
旨在了解猪瘟病毒流行毒株的变异情况,为防制猪瘟提供科学依据.根据GenBank上已发表的猪瘟石门株E2基因序列,设计合成了1对特异引物,应用RT-PCR技术对河南省一猪场采集的疑是猪瘟病料的猪瘟野毒E2基因进行扩增,将扩增的E2基因克隆于pGEM-T Easy栽体,对其进行了序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与HCLV株、C株、Alfort株和Brecsia株进行了同源性比较及遗传进化分析,并构建了CSFV的遗传发生树.通过PCR扩增得到与预期大小相符的产物,克隆测序验证是E2基因;所扩增的流行野毒与HCLV株、C株、Shimen株、Alfort株和Brecsia株核苷酸序列同源性分别为99.0%,96.5%,93.5%,94.4%和89.9%;氨基酸同源性分别97.8%,94.0%,92.6%,92.0%和91.0%;所绘制的遗传发生树显示所测得流行野毒与C株、HCLV株关系较近.所测的流行株与与中国使用的C株疫苗毒核苷酸同源性很高,说明现行的猪瘟疫苗在一定程度上仍然可以起到保护作用. 相似文献
7.
通过RT-PCR技术扩增和克隆2003—2007年由河北省分离到的、具有一定代表性的鸡新城疫病毒分离株F基因,与GeneBank中已发表的NDV不同基因型代表株F基因相应核苷酸片段及其氨基酸序列进行比较,构建系统发育进化树并确定分离株的毒力强弱及所属基因型。结果显示,分离株在该区段没有碱基缺失和插入,但有多处点突变分散存在。分离株F基因核苷酸序列与国内外已发表毒株相应序列核苷酸同源性为80.5%~98.5%,推导的氨基酸序列同源性为77.5%~97.7%。表明目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主,同时兼有传统的基因Ⅵ型和基因Ⅱ型。 相似文献
8.
利用反转录 ( RT)和 PCR技术完成了 5株近期 ( 1 997～ 1 998年 )猪瘟流行毒和 1株猪瘟 C-株弱毒疫苗毒 (兰州 ) Erns(或称 E0 )基因的核酸序列测定。通过序列分析发现 ,这 5株流行毒与 C-株疫苗毒的核酸序列同源性为 83%～ 84%;推导的氨基酸序列同源性为 88%～ 91 %,我国 50～ 60年代流行的中国石门株 ( SM)的核酸序列同源性为 85%;氨基酸序列同源性为 89%～ 91 %。而 5株流行毒间的核酸序列同源性为 91 %～ 98%;氨基酸序列同源性为 94%～ 98%。 相似文献
9.
2个猪瘟野毒株E2基因主要抗原区域的扩增及其序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用RT-PCR技术对华东地区2份猪瘟病料的E2基因主要抗原编码区域进行了扩增和序列分析。结果表明这2个毒株的棱苷酸序列同源性为97．321％、氨基酸序列同湃性为100％，但2个毒株的序列与我国的标准强毒Shimen株、疫苗毒HCLV株的差异较大，核苷酸序列、氨基酸序列均只有80％左右，与法国Alfort、意大利C1W株棱苷酸和氨基酸序列的同源性分别为84％～87％和91％。参考国内外对猪瘟病毒基因组的分型方法，将这2株猪瘟病毒归为基因Ⅱ型。 相似文献
10.
利用RT-PCR和PCR技术扩增出近期猪瘟流行野毒株的E2基因,将其克隆到载体上测定核苷酸序列,根据Alfort株和Brescia株、C-株确定起始氨基酸三联体的正确位置后推导出其氨基酸序列,结果表明近期流行的猪瘟毒株与疫苗毒株和强毒株之间存在一定差异;利用DNAstar软件分析E2基因编码的gp55蛋白的疏水性、抗原性和二级结构,并与猪瘟疫苗毒株(C-株)进行比较,结果表明,目前流行的猪瘟病毒与疫苗毒的gp55蛋白在抗原性、二级结构上存在一定的差异,而C末端疏水性差异不大。 相似文献
11.
根据已报道的ＴＭＶ Ｕ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）的序列设计了特异性引物,利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从烟 草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）上扩增移动蛋白（ＭＰ）基因及其邻近序列。将此ｃＤＮＡ片段克隆于 ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＳＫ质粒上,进行测序分析。结果表明：ＭＰ基因由８０７个核苷酸组成,编码２６８个氨基酸。与 ＴＭＶ－Ｕ１的ＭＰ基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性分别为９９．０１％和 ９８．８９％。与ＴＭＶ－Ｙｕ的ＭＰ基因序列比较,同源性分别为９８．１４％和９８．８９％。说明ＴＭＶ的ＭＰ基因 在不同株系中是非常保守的。 相似文献
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运用PCR技术从表现产蛋异常的种番鸭分离鉴定的减蛋综合征病毒(EDSV)E05株中分段扩增六邻体蛋白基因,分别与克隆载体pMD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序.结果表明,E05株六邻体蛋白基因长度为2733 bp,共编码910个氨基酸.序列分析表明,该株病毒与鸡源EDSV 127株和鹌鹑源EDSV QU株六邻体蛋白基因的核苷酸同源性分别为99.6%和96.0%,氨基酸同源性分别为99.9%和99.3%. 相似文献
13.
根据禽多杀性巴氏杆菌psl基因序列,设计了1对引物,从猪源多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株中扩增出453bp的psl基因,将其克隆到pMD18-T载体后测序。序列分析表明,该基因与禽多杀性巴氏杆菌T16株的psl基因序列只相差2个碱基,同源性高达99%;与流感嗜血杆菌编码P6蛋白的基因序列同源性为83%。猪psl基因的推导氨基酸序列与禽psl基因、P6蛋白的氨基酸序列同源性分别为100%,87%。结果表明,多杀性巴氏杆菌psl基因在猪和禽的菌株中是高度保守的,而且与P6蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。 相似文献
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3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低. 相似文献
15.
【目的】克隆西农萨能山羊泌乳中期和后期乳腺组织差异表达基因Ubi-d4并进行生物信息学分析,为进一步研究该基因的功能以及乳腺退化的分子机制提供信息。【方法】以西农萨能羊乳腺组织为材料,利用抑制性消减杂交技术筛选泌乳中期和后期乳腺组织差异表达基因,用RT-PCR克隆Ubi-d4基因,用实时定量PCR分析Ubi-d4基因的表达水平变化,用生物信息学方法对Ubi-d4基因进行结构和功能域预测。【结果】山羊乳腺Ubi-d4基因开放读码框全长1 176 bp,编码391个氨基酸,GenBank登陆号为EF105410;与牛（XM_881516）、人（NM_006268.3）、鼠（NM_011262）、兔（XM_341998）对应基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98%、90%、93%、90%和99%、99%、99%、98%,泌乳后期乳腺组织中mRNA表达水平是泌乳中期的6.10倍;氨基酸序列中含有一个C2H2型锌指结构,一个PHD型锌指结构,没有信号肽和跨摸结构。【结论】筛选到西农萨能山羊乳腺泌乳后期高水平表达基因Ubi-d4,克隆了它的开放读码框（1176bp,GenBank No：EF105410）;生物信息学分析推测它是乳腺退化过程中的重要功能基因。 相似文献
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口蹄疫病毒Akesu/58持续感染分离株P1基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：2，他引：2
以持续感染模型动物牦牛的食道/咽部分离物(O/P液)为材料,采用RT-PCR法,扩增和克隆了P1结构蛋白基因的全序列。序列测定和分析结果表明,持续感染分离株的序列与Akesu/58参考毒株的序列相比,其同源性为86.5 %,而与china/99的同源性高达89.4 %。氨基酸差异分析表明,氨基酸相应的密码子中T-C或A-G互变频率较高,这可能是导致氨基酸改变的主要因素。 相似文献
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参考Gen Bank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物,并利用该引物扩增了猪细小病毒NJ-1株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上,测序获得882 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列,共编码294aa,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,两者核苷酸同源性为99.2%,氨基酸同源性为99%;应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有9个抗原表位,分别在氨基酸N端的第34-40,62-70,88-92,137-157,167-181,189-200,206-219,258-272和280-294区段,此序列具有较好的免疫原性. 相似文献
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为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%~97.0%,氨基酸相似性为31.8%~95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。 相似文献