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1.
《园艺学报》2019,(11)
以58份切花菊为试验材料,调查了脚芽期、现蕾期和盛花期叶片以及盛花期舌状花低温半致死温度(LT50),利用全基因组关联分析挖掘耐寒性相关优异等位变异和候选基因。结果表明,切花菊品种不同时期叶片或盛花期舌状花耐寒性变异较大,变异系数均大于25%;通过主效可加互作可乘(AMMI)模型的双标图分析筛选出抗寒性强且稳定性较好的品种‘天使’。基于36737个高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析,共挖掘出24个与耐寒性显著关联的SNP位点(P0.001),其中有5个、11个和5个SNP位点分别与脚芽期、现蕾期、盛花期叶片耐寒性相关,3个SNP位点与盛花期舌状花耐寒性相关;5个SNP位点的表型效应值小于–4℃,为优异等位变异位点。通过显著性SNP位点所在的SLAF标签序列与菊花转录组数据库进行比对分析,筛选得到5个候选基因,其中CL2042.Contig4_All和Unigene40993_All可能与冷胁迫有一定关联。 相似文献
2.
测定了301份番茄（Solanum lycopersicum L.）种质的叶片在离体24 h后的相对失水率,以鉴定其抗旱能力,并进行了全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）。共检测到3个与番茄抗旱性显著关联的SNP位点,分别为S02.1158758、S02.1160893和S05.1426646,单个位点可以解释4.08%～18.97%的表型变异。挖掘到3个与番茄抗旱性显著关联的主效SNP位点和7个候选基因,有助于解析番茄抗旱性的遗传基础及其调控机制,为番茄抗逆遗传改良奠定了基础。 相似文献
3.
通过HRM技术筛查与梨矮生性状决定位点PcDw紧密连锁的SNP标记 总被引：1，自引：0，他引：1
在果树的基因组中存在大量的SNP（single nucleotide polymorphism）位点,筛查与目标性状紧密连锁的SNP标记,对目标基因的精细定位具有重要意义。以‘矮生梨’（Pyrus communis L.‘Aishengli’）与‘茌梨’（Pyrus bretschneideri Rehd.‘Chili’）的F1杂交分离群体共215个单株为试材,参考苹果基因组的序列设计26对适合HRM分析的引物,依据分离群体分组分析（bulked segregant analysis,BSA）原理,通过高通量熔解曲线（high resolution melting,HRM）分析,筛选到两个与决定梨矮生性状的PcDw基因连锁的标记CNqau012和CNqau039,二者与目标位点的连锁距离分别是13.3 cM和2.3 cM。对CNqau012和CNqau039的扩增子测序分析表明,在矮生型与普通型中都存在一处单核苷酸变化（分别是G/A和C/T）。这些标记的获得对PcDw基因的精细定位及克隆具有重要意义。 相似文献
4.
以杜鹃花品种‘埃尔西 ? 李’、‘紫萼’和‘紫蝴蝶’为材料,在浙江杭州自然低温条件下（2013年12月至2014年3月）测定7个取样时期的叶片相对电导率,结合Logistic方程计算半致死温度（LT50）,并比较耐寒性强弱。同时测定耐寒性相关生理指标,通过主成分及相关性分析发现,蔗糖、可溶性蛋白、脯氨酸、丙二醛的含量与杜鹃花耐寒性关系密切,较高的蔗糖积累量及可溶性蛋白、脯氨酸含量可能是‘埃尔西 ? 李’抵御寒冷的主要途径;由MDA含量推测,膜脂不饱和脂肪酸含量上升可能是另一途径。运用隶属函数法对3个杜鹃花品种耐寒性进行综合评价,‘埃尔西 ? 李’耐寒性最强,‘紫蝴蝶’和‘紫萼’耐寒性相似,结合园林应用及冬季表现情况,判定‘紫蝴蝶’耐寒性稍好于‘紫萼’。 相似文献
5.
以两份具有不同耐寒性的甘蓝自交系341和21-3为试材,根据已有拟南芥CBF1基因序列及甘蓝基因组测序拼接出的Scaffold信息,获得了甘蓝BoCBF1和BoCBF2基因编码区的全长序列。经PCR产物直接测序发现BoCBF1基因在自交系341和21-3间的变异表现为4个单核苷酸多态性（SNP）,而BoCBF2基因则表现为16个SNP及1个18 bp碱基的插入缺失（InDel）。为简便快捷地鉴定两个自交系间BoCBF1和BoCBF2基因序列的变异,开发了BoCBF1和BoCBF2基因的CAPS标记,分别命名为BoCBF1-TaqαⅠ和BoCBF2-BstUⅠ。利用这两个CAPS标记对两个自交系、F1、F2群体的基因型与耐寒性进行相关性分析,发现这两个基因的变异与材料的耐寒性极显著相关,可用该标记进行甘蓝耐寒育种的分子标记辅助选择。 相似文献
6.
《园艺学报》2021,(7)
以231份来自世界各地的黄瓜核心种质为材料,于2017和2018年在北京和广州进行白粉病抗性鉴定,利用基因组重测序检测的950 382个SNPs进行全基因组关联分析。结果表明,黄瓜白粉病在广州地区的自然发病率显著高于北京地区,不同种质在两年病情指数(DI)之间存在较高的相关性;基于混合线性模型,共检测到12个显著关联信号,分布于1号、5号和6号染色体上,其中,pm1.1在北京的两年中被重复检测到,pm5.7在广州的两年中被重复检测到;显著关联信号中共有68个超过阈值[–log10(P value)=6.0]的SNP,包含1个外显子区非同义突变SNP(Chr5:16 676 542),位于编码异嗜性和多嗜性逆转录病毒受体蛋白基因XPR(Csa5G471600)上;在与白粉病抗性相关联SNP的LD区段内共检测到63个候选基因,其中7个候选基因的表达量在高抗材料接种白粉病前后出现显著差异。 相似文献
7.
《园艺学报》2021,(7)
通过对266份番茄核心种质资源第3穗果实处节间长度进行测定,进行全基因组关联分析,共鉴定7个与节间长度相关的QTL位点。对10和11号染色体中的显著性SNP进行候选基因分析,进一步挖掘控制番茄节间长度的主效基因IL10(Forkhead-associated domain protein)和IL11(Auxin-regulated protein)。以‘Ailsa Craig’番茄为背景材料,通过农杆菌介导的方法进行遗传转化,获得了11株IL10基因沉默、10株IL11基因沉默的株系,其节间长度比野生型短。综上所述,IL10和IL11为控制番茄节间长度的关键基因,对番茄节间长度起正向调控作用。 相似文献
8.
以RCC1（PF00415）、TNFR_c6（PF00020）和Pkinase（PF00069）保守域全蛋白序列为种子序列,在苹果全基因组范围比对分析了CRINKLY4（CR4）家族成员,对其理化性质、进化关系、染色体分布等进行了分析;基于qPCR分析了CR4基因在苹果腐烂病发生和低温胁迫过程中的表达情况。通过分析,共获得8个苹果CR4基因,其氨基酸序列大小介于668 ~ 1 690,分子量介于71.73 ~ 187.61 kD,等电点介于5.69 ~ 8.66,主要位于质膜;根据进化分析将其分为两个亚组。PCR表达分析结果表明,CR4基因在苹果不同组织和品种间存在不同的表达模式。分别有8个和6个CR4基因在苹果花芽感受低温和接种腐烂病菌后至少在1个时间点发生差异表达。其中,MD03G1068800在花芽感受低温后上调达25倍以上,而MD00G1166500和MD01G1153100在腐烂病发生后上调达150倍以上,以上3个CR4基因可作为后续功能研究的候选基因。 相似文献
9.
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因R_(gls)位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_(gls)基因位点共分离,将基因R_(gls)精细定位于标记InDel4199和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1~4.3Mb距离内的基因进行统计分析,表明在该区段内存在40个有功能注释的基因,涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。 相似文献
10.
跳枝碧桃(Prunus persica f.versicolor)在同一植株上可产生二色花和嵌合花,具有很高的观赏价值。以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料,利用简单重复序列(SSR)标记研究其遗传背景。通过PCR扩增,筛选出6对多态性引物,共计扩增出17个多态性条带,平均有效等位基因2.83个。SSR标记基因分型结果表明,供试材料可分为3种基因型,各采样地均具有2~3种基因型,同一植株的不同分枝基因型完全一致。基于基因分型结果,选取3种基因型跳枝碧桃各1株进行基因组重测序,结合公开发表的数据,进行位点变异分析,并构建系统发育树。结果显示3种基因型的跳枝碧桃聚在一个分支,其中B20、T3基因型与‘洒红桃’聚在一起,W5基因型相对独立。3种基因型的跳枝碧桃在起源上比较接近,但不同基因型之间存在一定的遗传差异。通过整合单核苷酸多态性(SNP)信息和花色表型开展全基因组关联分析(GWAS),鉴定出5个SNP与花色跳枝性状显著关联(P值<10-100),均位于7号染色体。在显著SNP位点的邻近基因组区段发掘3个DICER-LIKE2(DCL2)基因,揭示在桃树花色跳枝性状的形成中,依赖DCL2的表观遗传修饰途径可能发挥重要作用。 相似文献
11.
菠菜雌雄同株性状的全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《园艺学报》2019,(8)
菠菜为典型的雌雄异株植物,少数植株表现为雌雄同株。为了挖掘控制菠菜雌雄同株的基因位点,对82份菠菜高代自交系的性型进行调查分析,同时进行测序深度为10×的重测序。重测序共获得了3 420 496个SNP,过滤后得到1 621 970个多态性高的SNP位点。利用高质量的SNP对菠菜雌雄同株的性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。利用压缩混合线性模型(compress mixed linear model,cMLM)在菠菜4号染色体上检测到1个强关联区域。基于强关联信号SNP位点LD值(31.2kb)的大小,将控制菠菜雌雄同株的基因X~m定位在64.6kb的区间内。该范围内存在3个基因:Spo24600、Spo24601和Spo24602。该研究在关联区域内开发了KASP标记,可以有效用于菠菜雌雄同株的鉴定。 相似文献
12.
《中国瓜菜》2021,(7)
对黄瓜果顶形状进行QTL分析和候选基因预测,可为黄瓜新品种选育提供理论基础。以果顶平头形自交系玉女和果顶瘦尖形自交系R7构建的F2代分离群体为材料,对黄瓜果顶形状遗传及其QTL进行分析。结果表明,黄瓜果顶瘦尖形为不完全显性遗传的数量性状。基于QTL-Seq发现6个与黄瓜果顶形状有关的QTL,分别位于1号、2号、3号、4号、5号和6号染色体上,共包含108个SNP和InDel位点,含有12个变异基因。其中只有6号染色体上的CsaV3_6G005930.1基因在外显子上发生SNP替换(C-A)形成终止密码子,导致翻译提前终止,预测CsaV3_6G005930.1是与果顶形状相关的候选基因,该基因编码一个未知蛋白。 相似文献
13.
苹果属观赏海棠McANS基因克隆与不同叶色品种间表达差异分析 总被引：3，自引：0，他引：3
以苹果属观赏海棠品种‘王族’叶片总RNA为模板,通过RT-PCR与RACE扩增,获得一个1 350 bp的花色素花青苷元合成酶（anthocyanidin synthase,ANS）基因的cDNA序列,其基因编码区共1 074 bp,编码357个氨基酸,命名为McANS（登录号FJ817488）。基因组序列全长1 268 bp,有1个内含子,内含子的剪切位点均符合真核生物“GT-AG”规则。使用实时荧光定量PCR和紫外可见光分光光度计法,对3种不同叶色的观赏海棠品种‘火焰’（叶片绿色）、‘绚丽’（新叶红色）和‘王族’（叶片紫色）幼叶和功能叶中的McANS表达量、花青苷和类黄酮含量进行测定分析,结果表明：McANS在3个品种的幼叶和功能叶中均有表达,在幼叶中表达量显著高于功能叶,在‘绚丽’中表达量相差达到23.82倍。花青苷含量的变化与McANS相对表达量变化趋势具有一致性,而类黄酮含量的变化与McANS相对表达量无明显相关。说明McANS在苹果属观赏海棠叶片花青苷代谢及色泽形成过程中具有重要作用。 相似文献
14.
葡萄果粒形状简化基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点,本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序,平均测序深度为8.13×,共开发466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记,进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤,共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道,除基于一般线性模型的SNP rs26137624外,其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记,且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域,对关联区域进行功能基因挖掘,共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。 相似文献
15.
16.
从苹果金冠基因组中鉴定得到18个生长素输出载体蛋白PIN-formed(PIN),对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析。结果表明,MdPIN基因家族中,含有1~14个外显子,0~13个内含子;MdPIN蛋白的保守基序数量在3~10。苹果PIN和拟南芥PIN等蛋白高度同源,且根据其进化树分为G1、G2和G3亚组;18个MdPIN在不同基因型苹果的不同器官中表达具有明显差异。以‘长富2号’为材料,从其腋芽中克隆得到一个候选基因MdPIN15,其开放阅读框为1869 bp,编码622个氨基酸。实时定量PCR表明,MdPIN15在梢尖部位表达量最高,其次是腋芽,在花芽中表达量最低;,外源GR24和Lovastatin(LVS)处理降低MdPIN15的表达量;6-BA和去茎尖处理提高了MdPIN15的表达量。MdPIN15在介导细胞分裂素(CK)、生长素(IAA)和独脚金内酯(SL)等激素调控腋芽萌发有重要作用。 相似文献
17.
基于super-BSA技术开发甜瓜含糖量和酸度性状的功能性分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国瓜菜》2015,(6):21-25
为达到选育甜酸味品系、缩短育种周期、提高选择准确率的目的,本研究基于简化基因组测序(SLAF-seq)的选择性基因型鉴定和集群分离分析(Super-BAS),结合生物信息学方法,以‘风味4号’甜瓜F2群体甜味、酸味、不甜不酸3个极端表型群体为试验材料,精细定位甜瓜含糖量、酸度性状相关基因并开发功能性标记。结果显示:(1)将甜瓜含糖量、酸度性状定位在双亲基因组;(2)获得1个含糖量性状相关候选基因,3个酸度性状相关候选基因;(3)针对候选基因开发出1个含糖量性状相关基因功能性分子标记SLAF18745-S01和3个酸度性状相关基因功能性分子标记SLAF36334-S02、SLAF50072-S03和SLAF31212-S04。本研究开发的功能性分子标记为甜瓜品质性状基因的分子标记辅助选择提供了重要的标记基础。 相似文献
18.
叶绿素的含量与叶片光合作用效率以及作物产量潜力密切相关,是作物的一个重要生理指标。通过对黄瓜株系HN3种子进行甲磺酸乙酯(EMS)诱变,筛选得到叶色黄化的突变体yl-2。以该叶色黄化突变体yl-2和野生型黄瓜HN3为亲本,构建了BC_1F_2分离群体,遗传分析表明该突变体为隐性单基因控制。通过DNA混池测序,运用MutMap的方法寻找突变基因,得到4个符合要求的SNP位点,这4个SNP位点分布在黄瓜6号染色体上13～19 Mb的物理区间内。在这4个SNP中,仅有1个SNP即SNP17451330位于基因(Csa6G385090)上,且为异义突变,其余3个SNP均位于基因间。生物信息分析发现基因Csa6G385090编码叶绿素a加氧酶CAO,SNP17451330导致的氨基酸突变位于CAO蛋白的保守结构域。根据异义突变SNP17451330设计的dCAPS标记与群体植株的叶色表型共分离,预示着基因Csa6G385090很可能是叶色黄化突变体yl-2的候选基因。 相似文献
19.
不同穗醋栗品种枝条抗寒性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
通过测定6个穗醋栗品种离体枝条在-10℃至-40℃处理下的相对电导率,拟合Logistic方程,计算半致死温度,同时结合自然越冬下萌芽率和抽枝率调查,鉴定6个品种枝条抗寒性。结果表明,随着处理温度的降低,枝条组织相对电导率逐渐增加,不同品种枝条相对电导率间有差异,结合半致死温度结果,6个品种抗寒性的强弱顺序为:‘寒丰’‘奥依宾’‘绥研1号’YR-1YS-5‘丹江黑’,与田间调查结果一致。 相似文献
20.
苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术（Specific-locus amplified fragment sequencing，SLAF-seq）对509份苹果属植物种质进行测序，获得586 454个SLAF标签，其中多态性SLAF标签463 612个；经过序列比对，根据完整度 > 0.94、次要等位基因频率（MAF）> 0.05，过滤筛选得到46 460个多态性单核苷酸（SNP）位点；基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明，通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记，并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高（He = 0.318，I = 0.488，Ae = 1.520），在多于1份试材的种群中，变叶海棠的遗传多样性水平最高，中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明，供试苹果属植物分为5个基本的类群，Ⅰ山荆子类群，Ⅱ苹果属植物野生种类群，Ⅲ苹果栽培品种类群，Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群，Ⅴ新疆野苹果类群。野生种丽江山荆子、山楂海棠、陇东海棠、变叶海棠、花叶海棠、滇池海棠和沧江海棠聚类比较紧密，栽培种之间的亲缘关系相对较近，栽培品种与东方苹果和森林苹果等野生种聚在一起，新疆野苹果与中国原产苹果属栽培种的亲缘与起源演化关系有待于进一步考究。 相似文献