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【目的】研究blaCMY-2阳性禽源奇异变形杆菌的多重耐药特征,并分析菌株CY32全基因组序列结构。【方法】对5株blaCMY-2阳性禽源奇异变形杆菌进行氟苯尼考和质粒介导氟喹诺酮类耐药基因检测、接合试验和blaCMY-2基因的Southern杂交定位,对其中一株菌CY32进行全基因测序和生物信息学分析。【结果】5株奇异变形杆菌携带的blaCMY-2位于染色体,其中,菌株CY12、CY32、S31和S52携带floR,菌株CY12和CY32携带qnrD。CY32的染色体同时含有SXT/R391型整合性接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)(ICEPmiJpn1)和PmGRI1共2种耐药基因岛。ICEs的可变区包含2个串联的复合型转座子(IS10构成),其中一个复合型转座子携带blaCMY-2;CY32的PmGRI1耐药岛含有12个耐药基因。与其他奇异变形杆菌携带的PmGRI1相比,多重耐药区差异最大的区域位于Tn21转座子... 相似文献
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【目的】了解金黄色葡萄球菌(以下简称“金葡菌”) Staphylococcus aureus中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的分布情况,分析其对抗生素耐药基因和毒力基因水平转移的影响。【方法】从公共数据库获取组装完整的金葡菌基因组575个,利用生物信息学方法,统计CRISPR结构的携带情况,菌株多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)型别分布和菌株耐药基因、毒力基因的分布情况;对CRISPR结构阳性(CRISPR+)和CRISPR结构阴性(CRISPR-)的金葡菌耐药基因和毒力基因携带数目进行差异显著性分析。同时对实验室60株金葡菌二代测序数据进行分析,验证公共数据库分析结果。对实验室60株金葡菌中原噬菌体、接合质粒的携带情况进行统计,讨论CRISPR结构对菌株原噬菌体和接合质粒的影响。【结果】基因组组装完整的575株金葡菌中,有62株携带CRISPR结构(CRISPR+),513株不携带CRISPR结构(CRISP... 相似文献
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分离猕猴桃溃疡病菌中的质粒,从质粒角度探索细菌的致病机制,分析其编码的主要基因、毒力因子。用试剂盒提取分离自安徽省岳西县猕猴桃溃疡病菌株JF8的质粒,对质粒DNA进行高通量测序及生物信息学分析。质粒基因组拼接显示菌株JF8质粒全长65 149bp,GC含量56.29%,包含45个假定蛋白(hypothetical protein)和38个有预测功能的蛋白。生物信息学分析发现,质粒携带多达8个直接参与基因重组和转移的转运蛋白(mobile element protein),5个基因直接参与细菌Ⅳ型分泌系统、1个基因参与细菌Ⅲ型分泌系统。基因ParA编码的蛋白是一个ATP酶,对质粒的分配以及维持质粒稳定具有重要作用,编码转录激活蛋白的基因LuxR与细菌的群体感应机制相关,影响毒力因子的表达和分泌,基因UmuC是细菌中SOS应答系统的组分之一,控制细胞中聚合酶Ⅴ的量。 相似文献
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【目的】研究养殖场鸡饮水中肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella pneumoniae）的耐药表型和耐药基因的携带情况,并分析其相关性,为有效预防该病提供参考。【方法】从养殖场鸡饮水系统中分离、鉴定肺炎克雷伯氏菌,采用药敏纸片扩散法检测分离菌株对25种常用抗菌药的耐药性,通过PCR检测菌株携带的常见耐药基因。对其中4株肺炎克雷伯氏菌进行全基因组测序,利用CARD抗性基因数据库预测耐药基因的携带情况。【结果】从养殖场鸡饮水系统中共分离到9株肺炎克雷伯氏菌,药敏试验表明这些菌株呈现出多重耐药,仅对多粘菌素敏感。PCR检测发现,9株肺炎克雷伯氏菌共携带13种常见的耐药基因,其中,β-内酰胺酶类耐药基因CMY-1、BlaSHV和BlaCTX-M,碳青霉烯类耐药基因KPC,喹诺酮类耐药基因QnrB、QnrS和QnrA,氨基糖苷类耐药基因Aph(3’)-Ia,磺胺类耐药基因Sul2等12种耐药基因与其耐药表型表现一致,而Mcr-1基因与其表型相反。全基因组扫描分析结果显示,4株肺炎克雷伯氏菌共携带了59种耐药基因,涉及31类抗生素药物,其中四环素类抗生素的耐药基因最多,其次是大环内酯类抗生素和氟喹诺... 相似文献
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《福建农业科技》2021,(7)
维氏气单胞菌(Aeromonasveronii JY01)是从福州某养殖场内金鱼烂尾、腐皮和溃疡等病灶处分离出的1株革兰氏阴性优势菌。为了解其基因组结构及功能特征,基于IlluminaPE150和Pacbio测序平台对维氏气单肥菌菌株JY01进行全基因组测序,并对测序数据进行组装和组分分析,利用生物信息学手段进行基因预测与功能注释、同时预测致病因子和耐药基因。结果表明:维氏气单肥菌菌株JY01基因组序列长度为4.97Mb,GC含量为58.17%;共预测到4 601个编码基因、31个rRNA、16个基因岛及124个tRNA;其中,3 461个基因在COG中获得注释,3 082个基因聚集到GO聚类分析中,4 345个基因在KEGG代谢通路中富集,预测维氏气单胞菌菌株JY01携带13种毒力因子包含240个相关毒力基因及9大类抗生素耐药性包含175个抗生素耐药基因。 相似文献
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为了解江苏市售禽肉中弯曲杆菌的污染及耐药情况,从江苏省10个市区农贸市场及超市采集252份新鲜鸡肉、鸭肉、鸽肉样品进行弯曲杆菌的分离鉴定,采用纸片扩散法测定分离菌株对8类10种抗菌药物的耐药性,采用PCR及测序技术检测菌株携带重要耐药基因的情况。结果表明：共分离到34株空肠弯曲杆菌和66株结肠弯曲杆菌,阳性率分别为13.5%和26.2%。鸡肉、鸭肉、鸽肉样品中弯曲杆菌阳性率分别为41.4%、29.6%和38.2%。耐药性检测结果显示,弯曲杆菌对四环素、红霉素、阿奇霉素、妥布霉素、氨苄西林和庆大霉素耐药率分别为60.0%、54.0%、54.0%、52.0%、50.0%和41.0%,对氟苯尼考和磷霉素耐药率分别为13.0%和2.0%,结肠弯曲杆菌的多重耐药率(84.8%)显著高于空肠弯曲杆菌(26.5%)。分离菌株对10种抗生素共产生31种耐药谱,空肠弯曲杆菌和结肠弯曲杆菌的优势耐药谱分别为AMP-CN-TOB-CIP-TE和TOB-E-AZM-SXT-TE。aadE-sat4-aphA-3及RE-cmeABC检出率分别为26.0%和20.0%,其与弯曲杆菌多重耐药表型符合率分别为90.9... 相似文献
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新疆昌吉地区猪源喹诺酮耐药大肠杆菌PMQR因子检测及分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为了解2013年新疆昌吉地区猪源喹诺酮类耐药大肠杆菌携带质粒介导喹诺酮耐药基因的流行情况,采用PCR方法对355株喹诺酮耐药猪源大肠杆菌进行PMQR因子(qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS、qepA、oqxA、oqxB和aac(6′)-Ib-cr)检测,对目的条带进行DNA测序确定基因型。结果显示:该地区猪源喹诺酮耐药大肠杆菌PMQR因子的携带率高达86.8%(308/355),其中42.9%(152/355)的菌株携带2种PMQR因子,11.3%(40/355)的菌株携带3种PMQR因子,6.5%(23/355)的菌株携带4种PMQR因子;检出率较高的PMQR因子有qnrS(62.5%,222/355)、aac(6′)-Ib-cr(55.8%,198/355)、oqxA(26.2%,93/355)和oqxB(29.0%,103/355),未检出qnrA,qnrB,qnrC,qnrD,qepA等基因。与本实验室2010年的调查结果比较,该地区猪源喹诺酮耐药大肠杆菌携带的PMQR因子已从oqxA,oqxB为主发展成以qnrS,aac(6′)-Ib-cr,oqxA,oqxB为主,提示应加强PMQR因子监控。 相似文献
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【目的】解析辣椒疫霉拮抗菌Y4-39的全基因组序列信息,阐明其防病促生机制,为其开发和应用提供理论依据。【方法】采用三代牛津纳米孔测序（ONT）和二代测序平台（BGISEQ）相结合的方法,对从黑水虻肠道分离获得的对辣椒疫霉具有较强抑制活性的贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis） Y4-39进行全基因组测序、组装、基因预测和功能注释,并进行比较基因组学分析,从全基因组水平挖掘菌株Y4-39的次生代谢产物合成基因簇。【结果】菌株Y4-39全基因组大小为3891759 bp,GC含量46.67%,编码3713个蛋白基因,27个rRNA和86个tRNA基因,不含质粒。基于全基因组序列构建的B.velezensis系统发育进化树可分为5个亚群,亚群间的平均核苷酸一致率（ANI）大于97%,亚群内各菌株之间ANI大于98%。预测得到12个潜在的次生代谢产物合成基因簇,包括表面活性素、大环内酰亚胺H、bacillaene、芬枯草菌素、地非西丁、杆菌素和杆菌溶素等抑菌活性物质,同时还存在5个产物未知的次生代谢产物合成基因簇。【结论】贝莱斯芽孢杆菌种内存在一定程度的分化。菌株Y4-39基因组含有多个次生代谢产物合成基因簇,具有合成多种抑菌活性物质的能力,具有较好的应用前景。 相似文献
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为揭示动物源大肠杆菌耐药性机制,追踪潜在的抗性基因传播机制及其来源,在先前公布的分离自鸡肠道的多抗耐药性菌株大肠杆菌Escherichia coli C20基因组基础上,对E.coli C20抗生素抗性基因种类、数量、来源及其耐药性机制进行分析。通过与已知的抗生素抗性基因数据库进行对比和注释,一共预测和注释了80个潜在的耐药性基因,包括与先前筛选的7种抗生素抗性对应的抗性基因。其中,喹诺酮类抗生素抗性基因位于C20基因组上,四环素、磺胺类、氯霉素、氨基糖苷类以及大环内酯类抗生素的抗性基因则位于C20环状质粒分子上。基因组聚类分析表明,菌株C20与大肠杆菌K-12菌株DH1、BW2952和MG1655亲缘关系较近,序列相似性97%~99%。3株K-12菌株基因组中没有发现与C20质粒类似的序列,表明C20菌株的抗性基因主要是通过质粒介导的水平基因转移方式从其他环境微生物中获得。 相似文献
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【目的】研究副猪嗜血杆菌脂寡糖合成相关基因lpxM对其生长、生物被膜形成能力、抗50%猪血清杀菌能力、对巨噬细胞毒力和抗生素敏感性部分生物特性的影响,为揭示HPS致病机制,lpxM基因缺失疫苗的构建奠定理论基础,为猪场防治HPS进行药物选择时提供依据。【方法】以高致病性血清5型HPS地方分离株H45为研究对象,自杀性质粒PK18mobsacB为载体,通过自然转化法将构建好的重组质粒转进H45,使其在抗生素的压力下发生同源重组,最终经过抗生素筛选并通过PCR和测序验证得到lpxM基因缺失株H45-△lpxM,比较两者之间部分生物学特性的差异。测定两者的OD600-t关系曲线比较生长情况;用结晶紫染色法比较两者在培养24h后生物被膜形成的能力;测定两者在50%猪血清中存活率,比较两者的抗血清补体杀菌能力;将两者同时刺激小鼠单核巨噬细胞RAW264.7细胞,作用时间为6、12和24h,检测细胞培养上清液中LDH的释放量,比较两者对巨噬细胞毒力影响;利用K-B 纸片扩散法研究两者对氨苄西林等临床上常用13种抗生素和多粘菌素B抗生素敏感性,通过测定抑菌圈直径来并参照耐药标准判断对抗生素的敏感性。【结果】成功构建lpxM基因缺失株H45-△lpxM,生长情况比较发现菌株生长前期缺失株慢于野生株,8h后保持一致,结果表明lpxM基因缺失能在一定程度上抑制H45的生长;两者均能形成生物被膜,但是缺失株弱于野生株;野生菌株在50%猪血清中存活率为16.1%,而缺失株只有0.71%,缺失株明显低于野生菌株;两者均能引起巨噬细胞的死亡,作用6、12和24h后,野生株对细胞的致死率分别为6.63%、10.86%和22.17%,而缺失株对细胞的致死率为2.62%、6.35%和18.01%,结果表明随着作用时间的延长,两者对细胞的毒力作用越来越大,具有一定的时间依赖性,在各个时间点,缺失株的毒力作用均低于野生株;抗生素敏感性结果发现,两者对头孢噻吩等10种抗生素均表现敏感,对恩诺沙星均表现抗性,但对阿莫西林克拉维酸、磺胺二甲异噁唑和氨苄西林三种抗生素的耐药性发生了较大的差异,阿莫西林克拉维酸和磺胺二甲异噁唑两种抗生素由耐药变成了敏感,氨苄西林也从中介变成敏感,结果表明lpxM基因缺失对H45抗生素敏感性具有一定影响。【结论】lpxM基因缺失能一定程度地抑制HPS生长,降低其生物被膜形成能力、抗血清杀菌能力和对巨噬细胞的毒力作用,增大对临床上多数常用抗生素的敏感性,揭示lpxM基因可能是HPS毒力基因,与HPS的致病能力密切有关,但具体机制还需要进一步研究。 相似文献
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[目的]从沙门氏菌全基因组范围筛选和鉴定其与β-内酰胺类抗生素耐药性相关的基因.[方法]对临床分离的10株沙门氏菌进行药敏试验,选择耐药性最广泛的菌株作为研究对象,利用mariner转座子对其基因组进行随机突变,获得转座子突变株文库,筛选文库中对β-内酰胺类抗生素敏感的突变体,通过套式PCR、核苷酸测序及序列比对确定突变体中转座子的插入位点及其破坏的基因.[结果]从突变株文库中筛选得到15株分别对青霉素G、氨苄西林和头孢哌酮敏感的突变株,其中3株对三种抗生素都敏感.转座子破坏基因为STM4216 (inner membrane protein)和STM4150 (50S ribosomal protein L1).[结论]筛选出的基因有望成为控制或扭转沙门氏菌耐药性的作用靶点. 相似文献
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【目的】分析贝莱斯芽孢杆菌MC2-1的全基因组序列信息,挖掘该菌株拮抗物质合成的相关基因,为其生防机理研究和开发应用提供数据基础。【方法】采用二代Illumina Hiseq与三代Pacbio平台相结合的测序技术,对从美洲大蠊肠道内分离获得的烟草疫霉拮抗菌MC2-1进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组装、预测、功能注释、共线性分析及次级代谢产物合成基因簇预测。【结果】菌株MC2-1的全基因组大小为3929792 bp,平均GC含量为46.5%,共编码4015个基因;包含tRNA基因86个、rRNA基因27个、sRNA基因81个;含有基因组岛2个、前噬菌体1个、CRISPRCas 9个。在NR、Swiss-Prot、COG、GO和KEGG数据库中分别注释到4015、3347、2996、2841和2223个基因。在CAZyme数据库中注释到几丁质酶、纤维素酶和淀粉酶等可降解植物病原真菌细胞壁的相关酶基因。预测到菌株MC2-1中有12个次级代谢产物合成基因簇,编码表面活性素（Surfactin）、丰原素（Fengycin）、杆菌素（Bacillibactin）、杆菌溶素（Bacilysin）、大环内酰亚胺H （Macrolactin H）、杆菌烯（Bacillaene）和艰难菌素（Difficidin）等抑菌物质,其中多数抑菌物质是通过非核糖体途径和聚酮合酶途径合成,且其中6个基因簇在贝莱斯芽孢杆菌中高度保守。【结论】菌株MC2-1的基因组中含有多种次级代谢产物合成基因簇,可编码合成已知的抑菌活性物质,同时还存在降解病原真菌细胞壁的相关基因。推测菌株MC2-1可通过分泌抑菌次生代谢物及相关降解酶达到防治植物病害的效果,在农业生物防治中具有较好的应用前景。 相似文献
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为查明南京市某赛鸽公棚赛鸽出现腹泻、死亡的致病病原,本研究对采集的病料进行病原分离鉴定,分析致病菌的血清型、生物被膜表型、毒力基因、耐药菌谱,并对分离菌株进行了人工感染试验。研究表明:1)从患病鸽组织、拭子和粪便中分离出的细菌初步诊断为大肠杆菌O157;分离菌株在NA平板上长出白色、光滑的圆形菌落,在CT-SMAC平板上长出紫红色菌落。2)分离菌株的16S rRNA基因序列与大肠杆菌的相似性达98%~99%,命名为E.c.86246。3)血清学试验表明分离菌株为大肠杆菌O157:非H7菌株,动力试验进一步证实其为动力株。4)分离菌株携带tccp1014、eaeA和hly毒力基因,可导致雏鸡胃肠道出现不同程度的功能损伤,甚至导致死亡;其半数致死量为2.0×105 CFU/mL,具有较强的致病性。5)分离菌株携带tetA、tetM、sul2、aadA1和blaTEM 5种耐药基因,具有较弱的生物被膜形成能力,对四环素、氨基糖苷类等抗菌药物严重耐药,对阿莫西林、氧氟沙星和诺氟沙星敏感。综上,本研究分离的鸽源大肠杆菌O157:非H7菌株,具有动力性,有较强的致病性和一定的耐药性,为大肠杆菌O157的流行病学调查、致病机理分析和抗菌药物的精准施治提供理论依据和数据参考。 相似文献
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从河南省4个地市（区）商品肉鸡病料中分离了15株大肠杆菌（E．coli）,在对其进行生化鉴定的基础上,采用微量倍比稀释法测定了17种抗菌药物对它们的体外最小抑菌浓度（MIC）,并按照美国临床实验标准化委员会（NCCLS）的抗菌药物敏感性标准（2009年第十九版）进行耐药性判断和耐药谱比较分析。结果显示：15株鸡E．coli对17种抗菌药物中的16种药物均有不同程度的耐药性,其中对头孢唑林、恩诺沙星、新霉素、环丙沙星的耐药性比例达90％～100％,对阿莫西林、头孢曲松、庆大霉素、阿奇霉素的耐药性比例达到80％以上,对多西环素、大观霉素、左氧氟沙星的耐药性比例达到60％以上。17种抗菌药物敏感性比例达到60％以上的有多粘菌素B、阿米卡星、氟苯尼考,其余药物的敏感性比例均在40％以下。15株鸡E．coli均为多重耐药菌株,耐药谱最多的药物达到14种,耐药谱最少的药物有6种。说明鸡E．coli对常用抗菌药物已产生比较普遍的耐药性,而且耐药谱较宽。 相似文献