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从长春地区某牛场发生疑似为牛病毒性腹泻-黏膜病的病牛粪样中分离到1株病毒,经序列测定为牛病毒性腹泻病毒命名为BVDV CC13B株。核苷酸序列的测定结果显示,CC13B毒株的完全基因组序列由12 265个核苷酸组成,其中5′端非编码区包含380个核苷酸,3′端非编码区包含188个核苷酸。病毒基因组含有1个大的读码框架,编码1个由3 898个氨基酸组成的前体多聚蛋白。序列对比结果显示,CC13B毒株的核苷酸和氨基酸序列与国外CP-5A毒株同源性最高,分别为为96.2%和97.3%;而与国内分离株JZ05-1的同源性最低,分别为69.8%和71.0%。系统进化树分析结果表明,CC13B毒株与国内分离的长春184、Xinjiang-3156和H等分离株归类为BVDV基因Ⅰ型的Ib基因亚型。结果表明,长春地区近年发生的牛病毒性腹泻-黏膜病依然主要由BVDV基因Ⅰ型毒株引起。 相似文献
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为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分子特征,本研究参考GenBank中登录的BVDV基因Ⅱ型病毒株全基因组序列,设计多对引物,通过RT-PCR方法,对一株分离自某商品化血清中的BVDV分离株HLJ-10全基因组进行分段克隆及序列测定,获得了该分离株的全基因组序列。生物信息学分析表明,该分离株为BVDV基因Ⅱ型,全长12 284 nt,编码区为11 694 nt,共编码3 897个氨基酸,5’和3’非编码区分别为385 nt和205 nt。与其它BVDV参考株序列比对分析表明,HLJ-10与SH-28和KZ91CP进化关系较密切,预测该分离株含有22个潜在糖基化位点,氨基酸差异性分析表明E2蛋白的氨基酸序列在瘟病毒属中变异性较大。 相似文献
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《中国兽医学报》2015,(10):1584-1588
牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)属于瘟病毒属,是养牛业中常见的病原体。通过MDBK细胞首次从广西分离获得1株牛源牛病毒性腹泻病毒,命名为GX4。设计引物对其全基因组进行扩增,获得其全基因序列,测序结果表明,GX4全基因组为12 218bp,编码3 898个氨基酸,GenBank登录号JN704144.1。对全基因序列进行分析,根据其5′-UTR,确定GX4属于BVDV-1b基因亚型;与BVDV其他参考毒株的比对发现,GX4与巴西分离株IBSP4ncp同源性最高,核苷酸同源性为94.4%,推导氨基酸同源性为96.2%,并且P125基因无外源序列插入,属于非细胞病变型。分子流行病学的结果,揭示了目前流行株的差异性,为该病的防控措施的制定提供参考。 相似文献
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20世纪80年代,西南民族大学"拉稀病"研究组从四川地区牦牛体内分离出牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV),导致牦牛发生以腹泻、消化道黏膜脱落为主要症状的传染病.牛病毒性腹泻病毒(BVDV)与猪瘟病毒(CSFV)、羊边界病毒(BDV)同属黄病毒科瘟病毒属, 基因和蛋白质结构与其他瘟病毒一致,其基因组为单股正链RNA,大小约为12.5 kb,包括1个大的开放阅读框(ORF)和两侧的非翻译区(UTR).开放阅读框编码1个多聚蛋白, 在宿主细胞和病毒自身蛋白酶作用下, 进一步加工为成熟的蛋白, 包括结构蛋白C、E0、E1、E2.研究根据5′非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)确定了牦牛牛病毒性腹泻病毒的基因型,对E0基因进行了序列分析,为进一步研究基因工程苗、有针对性地防治牦牛病毒性腹泻和制作诊断抗原奠定了基础. 相似文献
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采用快速扩增cDNA末端 (RACE)方法测定了我国超强毒株Harbin 1和经典弱毒株CJ80 1的非编码区。在两株病毒基因组A节段中 ,Harbin 1的 5′非编码区包括 10 0个核苷酸 ,CJ80 1包括 96个核苷酸 ;两个毒株B节段的 5′非编码区均含有 111个核苷酸。Harbin 1毒株A节段的 3′非编码区含 95个核苷酸 ,CJ80 1含 94个核苷酸。Harbin 1毒株B片段的 3′非编码区含 79个核苷酸 ,CJ80 1含 82个核苷酸。结构分析表明 :超强毒株Harbin 1与细胞适应株CJ80 1的 5′和 3′端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin 1与欧洲超强毒株的关系最近 ,CJ80 1与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能 ,阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。 相似文献
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从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。 相似文献
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《畜牧与兽医》2016,(9):38-44
鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)是引起雏鸭病毒性肝炎的主要病原之一。本研究将2013~2015年分离的5株DHAV进行了鸭胚传代复苏,发现JS2013株的鸭胚适应性最好,可导致鸭胚在接毒后2~5d出现有规律的死亡。应用血凝试验和PCR方法进行了鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭瘟病毒(DPV)和鸭圆环病毒(Du CV)等的检测,结果均为阴性。将DHAV JS2013株继续在鸭胚传代并测定其病毒滴度,发现其在5至8代之间病毒滴度稳定提升,第8代病毒的ELD50为10-7.5/0.1m L,但8至20代没有出现有规律的病毒滴度提升。为了揭示DHAV JS2013株的基因组特征,应用RT-PCR方法分9段扩增了病毒基因片段,通过序列拼接获得了全基因组序列,Gen Bank登录号为KP721458。同源比对发现,与DHAV JS2013株基因同源性最高的毒株属于基因I型DHAV。将其编码多聚蛋白的序列与同源性最高的10株已登录序列的DHAV毒株进行比对,发现存在8处氨基酸位点变异。该研究探明了DHAV JS2013株在鸭胚的增殖特性及其基因特征,为研制新型鸭肝炎病毒灭活疫苗奠定基础。 相似文献
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《中国兽医学报》2018,(12)
为了解我国新出现的基因Ⅻ型新城疫病毒(NDV)的分子特性,分析其基因组遗传演化特征,对2010―2012年我国首次分离到的3株基因Ⅻ型新城疫代表株进行基因组测序和生物信息学分析。结果显示,3株病毒F蛋白裂解位点相同为112 RRQKR/F117,符合强毒株特征。病毒基因组长度均为15 192nt,与早期基因型(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型)毒株相比,其在NP基因5′端非编码区有6个核苷酸插入。3株病毒在F蛋白信号肽、七肽重复区和跨膜区,以及HN蛋白跨膜区、中和抗原表位等功能区有多处氨基酸变异。病毒基因组遗传进化分析结果显示,3株病毒均属于基因Ⅻ型,但与南美地区分离株不同(基因Ⅻa亚型),我国分离株为基因Ⅻb亚型。 相似文献
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猪瘟病毒（Classical swine fever virus, CSFV）与牛病毒性腹泻病毒、羊边界病病毒、长颈鹿瘟病毒均为黄病毒科，瘟病毒属的成员，其基因组为单股正链RNA，大小约12300个核苷酸，其5^＋端非编码区由373个核苷酸组成，3^＋端非编码区约由229～244个核苷酸组成。开放阅读框编码一个大约3900氨基酸残基的多聚蛋白，该多聚蛋白在翻译过程中和（或）翻译后，在病毒编码的蛋白酶和宿主细胞酶的作用下，分解成为结构蛋白和非结构蛋白。[第一段] 相似文献