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1.
11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944AT、c.1438GA、g.21063GT)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944AT和g.21063GT2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944AT位点上变异显著(0.01P0.05);而里岔黑猪、槐猪、玉山黑猪、合作藏猪、八眉猪在g.21063GT内变异极显著(P0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438GA突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。 相似文献
2.
本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。 相似文献
3.
猪表皮生长因子基因的遗传变异及其与产仔性状的相关性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究通过建立两次PCR扩增分型法,分析猪表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)基因第3内含子上的875bp插入片段在13个中外不同繁殖性能的猪种中的遗传变异,以及EGF基因在白色杜洛克×二花脸资源家系180头F2母猪中与繁殖性状的相关性。结果表明,不同类型中国地方猪种与西方商业猪种在EGF基因位点上存在偏态分布。在资源家系中该位点对总产仔数、产活仔数和断奶活仔数无显著影响(P0.05);尽管BB基因型的产活仔数和断奶活仔数分别比AA型多1.74和0.46头,但BB型的个体太少,各基因型间的均值差异不显著(P0.05);虽然产活仔数的a值和d值分别达到0.87和1.24头,但该基因位点的加性效应和显性效应并不明显。因此,需要利用更多的SNP位点和更多样本进一步了解EGF基因与繁殖性状的关联性。 相似文献
4.
本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基因同源物B（FosB）在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性。采用PCR产物直接测序法搜寻了FosB基因488、806bp2个片段的单核苷酸多态位点（SNPs）,鉴别到FosB-EU163403-g．187A〉T,FosB-EU163403-g．188A〉C和FosB-EU163403-g．297C〉G3个SNPs。采用PCR—Mbi I-RFLP法分析了G297C位点在资源群体中的多态及与母猪母性行为的相关性。传递不平衡检测（TDT）表明该多态位点与母猪杀婴行为、衔草做窝、哺乳、踩仔猪、压仔猪等母性行为均无显著相关性（P〉0．364）。FBAT分析结果也证实了这一点（P〉0．236）。考虑到母性行为属于复杂性状,可能由微效多基因控制,因此有必要在更大规模群体进行分析或搜寻其他候选基因的突变位点。 相似文献
5.
通过检测苏太猪群体和白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪群体240日龄血浆血糖(Serum glucose,GLU)和糖基化血清蛋白(glycosylated serum proteins,GSP)含量,应用全基因组关联分析影响猪血糖性状的数量性状位点(QTL),并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。屠宰240日龄苏太群体435头和白色杜洛克×二花脸F2资源家系760头,收集血清并检测血糖和糖基化血清蛋白指标,利用Illumina porcine60K SNP芯片判定个体的基因型,并进行全基因组SNP与两个性状关联性分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系个体240日龄血糖和糖基化血清蛋白的QTL。在Ensembl(EMBI-EBI)和NCBI(National Center for Biotechnology Information)网站搜寻相应的位置候选基因。在3条染色体上共检测到1个影响GSP和2个影响GLU的QTL,此外在苏太猪中检测到2个影响GSP的QTL,但这两个显著关联SNP的染色体位置目前尚无结论,所以没有定位到哪条染色体上,这些QTL均为5%染色体显著水平。影响不同性状的QTL位于不同染色体上,影响同一性状的QTL也位于不同染色体上,解释表型变异为3.719%和3.724%。 相似文献
6.
本研究检测了大白猪、长白猪和梅山猪SGCB基因第4外显子上的G/A突变,并进行了多态性研究。采用改进的扩增受阻突变系统-PCR（ARMS-PCR）技术在3个不同猪种和“大白×梅山”F2代资源家系中进行遗传分析,结果表明,等位基因A和G在4个群体中分布平衡。对266头“大白×梅山”F2代资源家系中SGCB基因多态性与胴体性状进行关联分析。结果表明：该位点AA基因型对活体瘦肉率存在极显著影响（P〈0.01）,GG基因型对眼肌高存在极显著影响（P〈0.01）。 相似文献
7.
采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究影响猪后腿质量的QTL,采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记,对白色杜洛克(♂)×二花脸(♀)资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测,利用最小二乘线性回归分析,通过置换试验确定显著性域值,对影响猪后腿质量的数量性状位点(QTL)进行了定位分析.共检测到10个QTL位点,其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs,在5和7号染色体上检测到2个5%基因组显著水平QTLs.影响效应最大的QTL位于7号染色体58 cM处,置信区间仅为5 cM,这些结果为下一步的精细定位和位置候选基因的分离奠定了基础. 相似文献
8.
试验采集了435头240日龄苏太猪和760头240日龄白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪的血清以检测其血糖和糖基化血清蛋白指标,并利用Illumina porcine 60 K SNP芯片判定个体的基因型,同时进行了全基因组SNP与2个性状关联性分析,以及定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪个体240日龄血糖和糖基化血清蛋白的QTL。结果表明,试验共定位到5个影响血糖和糖基化血清蛋白的QTL,且均为5%染色体显著水平,但其中2个可能是假阳性结果,这些QTL位于不同染色体区域,解释表型变异为3.719%和3.724%。 相似文献
9.
为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座(QTL),本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F_2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度,检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型,并据此进行了QTL定位分析.共检测到9个QTLs,包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs,分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10,其中SSC1和SSC7的QTLs达到1%基因组显著水平;影响半膜肌硬实度的5个QTLs分别位于SSC1、SSC7、SSC10、SSC12和SSC14,其中SSC7和SSC14的QTLs分别达到5%和1%基因组显著水平. 相似文献
10.
试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示：在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,... 相似文献
11.
《畜牧兽医学报》2016,(2)
本研究测定了288头来自白色杜洛克×二花脸F2群体的母猪杀婴行为表型,旨在定位出影响母猪杀婴行为的QTL。基于整个家系及已经扫描个体的60KSNP芯片信息推测出本试验288头个体60K的基因型。随后,我们利用R语言GenABEL软件包的广义混合线性模型对母猪杀婴行为表型进行全基因组关联分析,定位影响母猪杀婴行为的显著关联SNP位点。结果,在SSC2和SSC8上共发现50个与母猪杀婴显著关联的SNPs位点,其中有21个SNPs位于SSC8:35.05~47.54 Mb区域达到基因组显著水平,在SSC2上只有1个SNP位点达到染色体显著水平。通过搜寻显著相关SNP所在区域内的注释基因,发现了12个可能影响母猪杀婴行为的重要位置候选基因。该研究为进一步鉴别影响母猪杀婴行为的主效基因和因果突变位点提供了研究基础。 相似文献
12.
研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响。结果表明:在VEGF 5′调控区内有2个突变位点。P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因。长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01)。P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因。TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05)。P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究。 相似文献
13.
《畜牧兽医学报》2015,(7)
本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96CG,外显子上的同义突变g.1829TC和错义突变g.1794TC(p.Phe432Leu)。RT-PCR检测后发现,IRS4基因在垂体、下丘脑中高度表达,在其他组织中弱表达或不表达。在白色杜洛克×二花脸F2资源家系、苏太猪群体、二花脸群体、杜长大三元杂商品猪及中国地方野猪中,用PCR-RFLP方法对IRS4的3个SNPs位点进行判型,然后分析它们的基因频率及其与4点(肩、胸、腰、臀部)背膘厚、腹脂重、肌内脂肪含量和眼肌面积的相关性。结果发现,g.96CG位点在F2家系(含有SSCX QTL)中分离程度很低,被首先排除作为潜在因果突变(QTN)的可能性。g.1794TC和g.1829TC位点在所有检测的西方猪种(白色杜洛克和杜长大)是均为TT基因型,而它们的CC基因型频率在二花脸猪中分别为65%和100%。在不同群体中标记关联分析结果显示,g.1794TC与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),但它在苏太猪中仅与IMF显著相关(P0.05),且与二花脸猪表型关联不显著(P0.05);g.1829TC则不仅与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),而且与苏太猪的4点膘厚和眼肌面积呈显著或极显著相关。此外,生物信息学分析发现,g.1794TC错义突变可能对IRS4蛋白的功能影响不大。结果提示,该错义突变也不太可能是影响脂肪沉积的QTN,而g.1829TC与F2和苏太猪的脂肪沉积性状都显著关联,故其可作为这些性状选育的分子标记,并值得深入研究。 相似文献
14.
本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白（Desmoplakin,DSP）基因单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪，利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点，并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型（GLM）对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明，在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点，在第14外显子发现3个SNP位点：g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A，在第14内含子发现6个SNP位点：g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及... 相似文献
15.
为研究干扰素-γ(Interferon-gamma,IFN-γ)基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481头个体IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行了检测,结果发现在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4内各发现1个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。用最小二乘法分析了各个突变位点基因型与部分免疫指标的相关性,结果表明,T825C位点3种基因型间IgG含量AB型显著高于AA型和BB型(0.01P0.05);T2730C位点IgM含量CC型显著高于CD型和DD型(0.01P0.05);G5301A位点IgG含量EE型显著高于EF型(0.01P0.05)。 相似文献
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MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析 总被引：9，自引：0，他引：9
采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。 相似文献
17.
本研究对大白猪、长白猪和梅山猪CDIPT基因5'端G/A突变进行了多态性研究.采用PCR-Taq I-RFLP方法在3个不同猪种和"大白×梅山"F2代资源家系中进行遗传分析.结果表明,等位基因A和B在4个群体中表现平衡.对228头"大白×梅山"F2代资源家系进行了CDIPT基因多态性与肉质和胴体性状的关联分析,结果表明该位点AA基因型个体在股二头肌色值、股二头肌大理石纹评分和肌内水分含量性状上表现为显著差异(P<0.05);BB基因型在肩部背膘厚、眼肌厚度和内脂比率性状上表现为显著差异(P<0.05). 相似文献
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旨在开展GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)关联分析,筛选关键功能位点。本研究选取屠宰日龄为215天的317头健康北京黑猪,并提取耳组织DNA,对GREB1L和MIB1基因进行引物设计、并利用聚合酶链式反应(PCR)技术和Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与肋骨数和胴体性状进行关联分析。试验共筛选到6个SNPs,包括GREB1L基因的3个同义突变、MIB1基因的2个同义突变和1个内含子区的可变剪切突变。将6个SNPs分别对肋骨数和胴体性状使用Duncan’s多重检验统计分析发现,GREB1L基因上的3个同义突变6:106574972 G>A、6:106648540 C>T、6:106648558 A>G与性状关联均不显著(P>0.05);MIB1基因上的1个同义突变6:106936590 C>T与胴体长显著相关(P<0.05);而内含子15～16的6:107016475 A>G可变剪切突变与肋骨数显著相关(P<0.05);第三个同... 相似文献
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研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P＜0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P＜0.05),NBA差异极显著(P＜0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P＜0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P＜0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究. 相似文献
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为探索胰高血糖素样肽-2受体（glucagon-like peptide-2 receptor，GLP2R）基因多态性与绵羊肉质性状的相关性，试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象，采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点，根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度（Ho）、杂合度（He）和多态信息含量（PIC）。结果显示，绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变，存在3种基因型：CC、TC和TT，2种等位基因：C和T，其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中，TC基因型为优势基因型，在杜泊羊×小尾寒羊群体中，CC基因型为优势基因型；2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示，2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态（0.25 < PIC < 0.5），有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示，南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）；杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变，可能是影响肉质性状的潜在位点，是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。 相似文献