云南古茶树(园)遗传多样性的ISSR分析   总被引：12，自引：1，他引：11  

季鹏章  张俊  王平盛  黄兴奇  许玫  唐一春  梁名志 《茶叶科学》2007,27(4):271-279

云南省保存有20多万亩古茶园,这些古茶树（阿萨姆变种Camellia sinensis var. assamica）种质资源可能含有各种优良基因,对未来茶树良种选育有重要意义。本研究采用ISSR分子标记技术对云南省十个有代表性的古茶园遗传多样性进行分析,十个居群的多态位点百分率（P）为56.5%~90.9%;Nei’氏遗传距离（He）居群平均是0.281,阿萨姆变种水平内是0.461;Shannon多样性指数(Ho)居群平均是0.418,阿萨姆变种水平内是0.653。而居群间遗传分化系数Gst=0.391,和Shannon多样性指数分析（36.0%）和AMOVA分析结果（39.7%）相一致,说明阿萨姆变种60.9%的遗传变异来自居群內的个体间,39.1%的遗传变异来自居群间。研究结果揭示阿萨姆变种居群遗传多样性高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化,这可能是由于茶树种内高度异交的特性和生境片段化所致。基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略。  相似文献   

基于SSR分子标记的龙井群体种的遗传多样性及遗传分化研究   总被引：2，自引：1，他引：1  

王丽鸳  姜燕华  段云裳  成浩  周健  曾建明  韦康 《茶叶科学》2011,31(1):40-44

利用48对SSR引物对来自龙井群体种的5个不同居群的91份材料进行了遗传多样性和遗传分化研究。结果表明,龙井群体有较高的遗传多样性水平,多态信息含量PIC在0.0567~0.7476之间,平均为0.4382,其中有16个位点属于高度多态位点,30个位点属于中度多态位点。哈迪-温伯格法则（Hardy-Weinberg）平衡检验结果表明,33.3%的位点符合Hardy-Weinberg平衡,66.7%的SSR位点不符合Hardy-Weinberg平衡。AMOVA分析表明,不同群体之间所贡献的变异百分比为3.45%,个体间的变异百分比为94.98%。龙井群体的遗传分化程度较低,个体间遗传分化系数FIT为0.0502,群体之间的遗传分化系数FST仅为0.0345。  相似文献   

茶树CsMDHAR基因的克隆与非生物胁迫响应分析     

林士佳  李辉  刘昊  滕瑞敏  刘婧愉  王爽  庄静 《茶叶科学》2019,39(5):495-505

基于茶树转录组数据,以龙井43茶树cDNA为模板,克隆得到开放阅读框（ORF）长度为1β305βbp,编码434个氨基酸的茶树单脱氢抗坏血酸还原酶基因,命名为CsMDHAR。蛋白序列特征和基因表达模式分析表明,CsMDHAR蛋白含有FAD结合功能域,属于FAD依赖的吡啶核苷酸-硫基氧化还原酶（Pyr-redox-2）家族。该蛋白有两个无序化区域,而且包含有32个磷酸化位点,理论相对分子量为47.21βkDa,pI为5.99,属于亲水性蛋白;CsMDHAR蛋白二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。通过PlantCARE和PLACE对启动子上游调控元件进行分析预测,结果显示,CsMDHAR基因启动子上游1β000βbp中含有多个与光、激素以及植物抗逆有关的顺式作用元件。利用荧光定量PCR方法检测龙井43和迎霜的CsMDHAR、CsAO和CsAPX在4种不同非生物胁迫下的表达水平,结果表明,在低温（4℃）胁迫下,两个茶树品种的CsMDHAR、CsAO和CsAPX的表达均受抑制,且品种间的差异较小;在高温（38℃）和干旱（200βg·L^-1 PEG）胁迫下龙井43中的CsMDHAR表达均上调,分别在8βh和2βh时达到最大值,为对照的1.49倍和1.85倍;盐（200βmmol·L^-1 NaCl）胁迫下,CsAO和CsAPX在两种茶树品种中的表达量变化趋势相似,但变化幅度不同,可能与品种间不同的抗逆性有关。  相似文献   

川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构     

姚明哲  马春雷  金基强  马建强  陈亮 《茶叶科学》2012,32(5):419-425

利用自主开发的EST-SSR标记分析了四川（川）和重庆（渝）的90份地方茶树品种资源的遗传多样性和群体结构。84对EST-SSR引物在供试样本中共扩增出275个等位位点,平均每对引物可鉴定3.3个等位位点,平均位点杂合度为0.33。90份地方品种的平均基因多样性（H）和多态性信息含量（PIC）分别为0.462、0.407。比较分析表明,重庆地方茶树品种的遗传多样性略高于四川,川、渝南部（Lat.相似文献   

茶树细胞色素P450基因CYP71A26与CYP71B34的克隆及差异表达特征分析     

单睿阳  林郑和  陈志辉  钟秋生  游小妹  陈常颂 《茶叶科学》2018,38(5):450-460

利用NCBI茶树转录组数据库,以铁观音芽叶为材料,克隆了茶树细胞色素P450基因CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长。CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长分别为1β879βbp和1β764βbp,分别含有1β539βbp（编码513个氨基酸）和1β533βbp（编码511个氨基酸）的完整开发阅读框。氨基酸序列比对结果显示,CYP71A26与CYP71B34的同源性为42.47%,为2个亚家族基因。氨基酸结构分析表明,2个基因均具有植物P450的螺旋C（Helix C）、螺线I（Helix I）、螺线K（Helix K）、“Meander”区域序列和血红素结合域（Heme binding domain）的典型结构。进化树分析显示,CYP71A26与CYP71B34在分子进化树上分属两大分支,2个基因与其他物种亲缘关系的远近不同。三级结构模拟与功能域分析显示,CYP71A26与CYP71B34主要由N端的β折叠和C端的α螺旋结构组成,且2个基因均具有一个P450蛋白结构域（Pfam domain）。荧光定量PCR结果表明,CYP71A26与CYP71B34基因在不同茶树害虫为害的叶片中,分别表现出上调和下调表达的现象。而在冷热环境下,CYP71A26与CYP71B34基因分别表现出下调和上调表达的现象。表明茶树CYP71A26与CYP71B34基因均参与了生物（害虫）与非生物（温度）的胁迫响应,但两个基因表达相反,参与环节可能相反。  相似文献   

茶树CsPAL3基因cDNA全长克隆及其表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

唐秀华  周喆  唐琴  陈佳佳  谢凤  洪瑶新  黄诗林  陈志丹  孙威江 《茶叶科学》2018,38(1):33-42

苯丙氨酸解氨酶（Phenylalanine ammonia-lyase,PAL）由多基因家族编码,是花青素等多酚物质合成途径的起始酶,对其合成具有调控作用。本研究以紫化茶树武夷奇种C18茶树为材料,采用RACE技术克隆获得CsPAL基因cDNA,命名为CsPAL3（登录号为KY865305）,分析其生物信息学特征,并检测不同叶色茶树品种（系）中的花青素总量及茶树PAL家族成员基因的表达情况。结果表明,获得CsPAL3基因全长cDNA为2β518βbp,包含一个完整的2β130βbp开放阅读框（Open Reading Frame,ORF）,编码709个氨基酸。序列分析表明,该基因编码的蛋白质为稳定亲水性蛋白,预测分子量为77.40βkD,理论等电点为6.26;Blast分析序列发现CsPAL3与芒果的MiPAL相似性最高,为87%。而在同源进化树分析中与芍药的PiPAL亲缘关系较近。紫化茶树的花青素总量和CsPALa、CsPALc、CsPAL3（CsPALe）基因表达量均高于常规绿叶茶树和白化茶树。这表明茶树CsPALa、CsPALc、CsPAL3（CsPALe）基因上调表达可能促进茶树花青素合成积累,使得茶树叶片呈现紫色。  相似文献   

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

毛娟  江鸿键  李崇兴  马建强  陈亮 《茶叶科学》2018,38(1):69-77

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。  相似文献   

四川3个特色茶树品种芽叶性状及光合特性分析     

谢文钢  陈玮  谭礼强  颜麟沣  唐茜 《茶叶科学》2021,41(6):813-822

为明确峨眉问春、川茶2号、紫嫣等3个四川特色品种的光合性能和生产潜力,本研究以常绿品种福鼎大白茶和紫化品种紫娟为对照,考察了3个品种春夏梢叶片的光合指标、叶绿素荧光、光合色素含量以及芽叶性状。结果表明,川茶2号的春、夏季的叶片净光合速率（P_n）和水分利用率（WUE）较高;其ΦPSⅡ原初光能转化效率（F_v/F_m）和潜在活性（F_v/F₀）最高,光化学猝灭系数（qP）、光系统ΦPSⅡ能量分配中光化学反应的相对份额（P）和反应中心耗散的相对份额（E_X）及类胡萝卜素含量较高。峨眉问春的春季P_n和WUE最高;但夏季P_n较低,其ΦPSⅡ原初光能转化效率（F_v/F_m）和潜在活性（F_v/F₀）最低,光合电子传递速率（ΦPSⅡ有效光化学效率F_v'/F_m'及ΦPSⅡ实际光合能力PhiPS2）最慢。紫嫣的春、夏季ΦPSⅡ有效光化学效率（F_v'/F_m'）最高,P_n及光合色素含量较高。与春季相比,各品种的夏季蒸腾速率（T_r）和气孔限制值（L_s）升高,而WUE和胞间二氧化碳浓度（C_i）降低。产量方面,川茶2号的产量显著高于其他品种,峨眉问春的产量与福鼎大白茶的差异不显著,紫嫣则显著低于福鼎大白茶（P<0.05）。可见,川茶2号的光合效率和水分利用效率较高,其产量最高;峨眉问春的春季光合能力和水分利用率较高,但夏季较低,其产量较高;紫嫣的光合色素及光合能力较高,但产量较低。  相似文献   

茶树生长素受体基因CsTIR1的克隆与表达分析     

曹红利  岳川  周艳华  王璐  郝心愿  曾建明  杨亚军  王新超 《茶叶科学》2015,35(1):45-54

吲哚-3-乙酸（又称IAA或生长素）,在植物生长发育中具有重要的调控作用,其作用主要通过信号转导途径来完成。生长素受体是其信号转导的关键元件之一。本研究通过RACE克隆,获得了茶树中生长素受体CsTIR1基因的cDNA全长序列（NCBI登录号：JX050147）。CsTIR1序列全长2β315βbp,含1β746βbp的完整开放阅读框,编码581个氨基酸,预测分子量65.18βkD,理论等电点（pI）5.64。茶树CsTIR1与烟草TIR1的相似性最高达82%,亲缘关系最近。CsTIR1含有1个F-box结构域和6个LRR结构域,三级结构形如“蘑菇状”。CsTIR1在茶树的根、茎、叶和花中具有组织表达特异性;其表达受IAA诱导,3种不同浓度的IAA均能诱导CsTIR1上调表达,且在50βμmol·L^-1浓度下表达量最大;ABA、GA3、MeJA和BR等激素也能够显著上调其表达;CsTIR1在越冬休眠芽中的表达量低,在活跃期中上调表达。  相似文献   

茶树Na+/H+逆向转运蛋白基因CsNHX1、CsNHX2的克隆及表达分析     

陈江飞  余津铭  杨建坤  余有本  肖斌  杨亚军  王伟东 《茶叶科学》2018,38(6):559-568

Na⁺/H⁺逆向转运蛋白（Na⁺/H⁺ antiporter,NHX）在植物生长发育与逆境响应过程中扮演着重要角色。本研究以龙井长叶茶树品种为材料,克隆获得了茶树CsNHX1和CsNHX2基因cDNA全长序列,GeneBank登录号分别为：MG722977和MG515211。生物信息学分析结果显示,CsNHX1和CsNHX2的cDNA全长分别为1β691βbp和1β757βbp,均包含1个1β626βbp的开放阅读框,编码541个氨基酸,预测分子量为59.5βkD和59.7βkD,理论等电点为7.07和8.79;蛋白序列分析结果显示,CsNHX1和CsNHX2属于典型的跨膜蛋白,均含有保守的Na⁺/H⁺ Exchanger结构域;进化树分析显示,CsNHX1和CsNHX2均为IC类中定位于液泡膜上的Class I成员。qRT-PCR结果显示,干旱、低温和盐胁迫能够显著诱导CsNHX1和CsNHX2上调表达;外源ABA处理下,CsNHX1和CsNHX2表达水平整体变化趋势不显著;高温胁迫处理下,茶树CsNHX1表达水平显著降低,而CsNHX2表达水平逐渐增加,表明茶树CsNHX1和CsNHX2参与了茶树对多种环境胁迫的响应过程,但对于不同逆境胁迫的应答模式存在一定差异。  相似文献   

海南普通野生稻自然居群间遗传多样性的微卫星分析     

王一平  魏兴华  袁筱萍  余汉勇  徐群  汤圣祥 《中国水稻科学》2007,21(6):573-578

采用48个SSR标记分析了海南11个普通野生稻自然居群的遗传多样性。结果显示海南普通野生稻自然居群具有较丰富的遗传变异（Na=8.3,He=0.716）。居群内多数等位基因（77.6％）频率较低,其中,70个等位基因仅出现在1个居群中。62.9％的等位基因显著偏离哈迪 温伯格平衡,多数居群及等位基因实际杂合度大于期望杂合度,表明居群内自交率低、杂合体过剩。居群间遗传变异差异明显,在11个自然居群中,崖城居群遗传多样性最低（Na=1.7,He=0348）,和庆、椰林B两居群遗传变异最为丰富（和庆：Na=4.0,He=0.577;椰林B： Na=4.0,He=0.531）。Mantel测验表明,居群间Nei遗传距离与地理距离呈极显著相关（r=0.386,P=0004）。东、西海岸居群间遗传分化显著但较小（Fst=0.048,P=0024）,而居群间遗传分化则较大（Fst=0.335,P < 0.001）。11个自然居群间基因流非常有限（Nm=0.404）,表明居群间隔离程度较大。基于居群等位基因数目、基因多样性指数以及基因频率特点,认为海南11个自然居群中和庆和椰林B居群应是优先保护对象。  相似文献   

野生和栽培大理茶居群的遗传多样性与群体结构     

毛娟  江鸿键  杨如兵  李崇兴  马成英  陈亮  马建强 《茶叶科学》2021,41(4):454-462

大理茶是栽培型茶树的野生近缘种,了解大理茶居群的遗传多样性和群体结构,对于大理茶资源的有效保护和开发利用至关重要.利用30对茶树核心SSR引物,对3个代表性的野生和栽培大理茶居群进行遗传分析.结果表明,30对SSR引物在所有大理茶样本中都能扩增出特异性产物,每个位点检测到的等位基因数为2～14个,PIC范围为0.041...  相似文献   

32份茶树地方群体种资源的遗传多样性和群体结构分析     

李长乐  葛悦  闫美琳  李慧  林青青  王璞  赵华  王明乐  王郁  郭飞  倪德江 《茶叶科学》2021,41(5):619-630

选取均匀分布于茶树15个连锁群上的30对SSR引物,对来自12个省份的32份茶树群体种资源进行遗传多样性和群体结构分析,以期为茶树杂交育种亲本选择和演化路线推断提供参考.研究共获得149个等位基因,平均每个SSR标记检测到5.96个等位基因,引物多态性信息含量均值为0.660.32个茶树群体Shannon's多样性指数...  相似文献   

基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究     

刘振  成杨  杨培迪  赵洋  宁静  杨阳 《茶叶科学》2020,40(2):250-258

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_IS为正值(F_IS=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_ST较小(F_ST=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbcL)、704 bp(matK)和320 bp(psbH-trnA)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。  相似文献   

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析     

宁静  李健权  董丽娟  杨阳  张曙光  谭正初  钟兴刚  朱旗  彭继光  黄建安 《茶叶科学》2010,30(2):149-156

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源“黄金茶”的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。  相似文献   

利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构     

吴晓梅  姚明哲  马春雷  王新超  陈亮 《茶叶科学》2010,30(3):195-202

基于26个EST-SSR标记研究了31份适制绿茶和37份适制乌龙茶品种的遗传多样性差异,结果表明两类品种在23个EST-SSR位点上的等位变异数目相等,另3个位点各存在一个等位位点的差异。乌龙茶品种遗传多样性指数（H）、多态性信息含量（PIC）和平均遗传距离(GD)均略高于绿茶品种。基于数学模型的聚类分析将供试品种分为两个亚类群,亚群A中67.9%的品种为乌龙茶适制品种;亚群B中71.0%的供试绿茶品种聚类其中。基于Nei’s遗传距离的聚类分析将供试品种分为3个类群,其中类群Ⅰ和Ⅱ中以乌龙茶品种为主,分别占聚类品种数的69.6%和66.7%;而类群Ⅲ中61.3%的供试绿茶品种聚类其中。多数品种按适制类型聚类,说明绿茶和乌龙茶品种间的遗传结构存在差异。但也有部分品种在不同的群体结构中呈穿插分布,推测与其适制类型划分的恰当性、地理来源和遗传背景有关。  相似文献