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1.
《沈阳农业大学学报》2020,(3)
红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)是引起急性、热性猪丹毒的病原菌,是人兽共患病的病原。猪丹毒临床症状和病理变化与非洲猪瘟的症状和病理变化极为相似,容易混淆。从病死猪的肝脏和肺脏中分离到两株革兰氏阳性短杆菌,进行生化试验和药敏试验,并扩增16S rDNA和主要表面保护性抗原(spaA)基因并测序。将纯化后的细菌接种小鼠,测定分离菌的致病性。以国内外已发表的32条spaA基因序列为参考,用DNAstar软件分析分离菌spaA基因的遗传进化关系。登录生物信息学网站在线预测spaA蛋白三级结构。结果表明:两株分离株16S rDNA基因序列与GenBank中丹毒丝菌序列同源性达90%以上,确定为丹毒丝菌,分别命名为LN201801和LN201802。分离菌株均能分解葡萄糖、果糖、乳糖,不分解蔗糖、甘露醇和山梨醇,MR试验和VP试验均为阴性。LN201801和LN201802对青霉素和头孢噻肟高度敏感,对杆菌肽、恩诺沙星、阿奇霉素耐药。分离菌株spaA基因长1881bp,与已知强毒株Fujisawa序列同源性为99.9%。系统进化树分析表明,LN201801、LN201802与合肥分离株、安徽分离株、湖南分离株、湖北分离株位于同一分支上,提示该病可能存在跨地区传播。蛋白质在线预测结果显示,spaA蛋白分子量为72.294ku,分子式为C3260H5104N854O956S23,为脂溶性蛋白,性质稳定。该蛋白有337个B细胞表位,两个主要结构域(domain)。本研究为猪丹毒的诊断和治疗提供了方法,为该病的防控和开发亚单位疫苗提供候选菌株。 相似文献
2.
【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增,然后将PCR产物送出进行测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行了分析。【结果】XL、LF和WN 3株H9N2分离株间HA基因的核苷酸同源性为99.7%~99.9%,推导氨基酸的同源性为99.1%~99.6%;分离株与参考毒株HA基因核苷酸的同源性为96.2%~99.0%,推导氨基酸的同源性为96.2%~98.6%。通过对3个H9N2分离株间HA基因核苷酸序列的比较,发现共有5个位点的核苷酸发生突变,其中4个位点核苷酸的改变导致相应的氨基酸发生突变。HA蛋白的7个受体结合位点比较保守,但是其在551~553位缺失了潜在的糖基化位点。【结论】3株H9N2分离株裂解位点氨基酸序列完全符合低致病性禽流感的特征RSSR↓G,但是LF裂解位点附近333位脯氨酸(Pro)突变为组氨酸(His),即非极性氨基酸向极性带正电氨基酸(碱性氨基酸)转变,裂解位点的变化可能是H9N2禽流感病毒生物学特性改变的分子基础。 相似文献
3.
【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术,对IBV T株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明,IBV T株S1基因大小为1 739 bp。与Gen-Bank中的29株IBVS1基因进行比较发现,IBV T株与吉林疫苗株(JAAS)S1基因核苷酸同源性为99.8%,有4个核苷酸的差异,其中有3个碱基发生非同义突变,氨基酸同源性为99.4%;与其余28株IBVS1基因核苷酸同源性为73.8%~84.4%,氨基酸同源性为66.8%~85.9%。进化分析发现T株与JAAS株之间的亲缘关系很近,与其他IBV株的亲缘关系均较远。【结论】JAAS株是T株的变异病毒,IBV T株的变异病毒在我国存在。 相似文献
4.
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主要是β-折叠和无规则卷曲结构;分离毒株的M蛋白均包含有3个跨膜区。表明IBV分离株M蛋白在基因序列和二级结构上相对保守。 相似文献
5.
应用RT-PCR技术对贵州省不同时期不同禽源NDV分离株(肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株、越南斗鸡源DQ株、鸵鸟源TN株及鸽源GZ株)F蛋白基因进行扩增、克隆和测序分析,结果表明:8株NDV贵州分离株F基因长度均为1 662 bp,可编码553个氨基酸;NDV贵州分离株间核苷酸同源性为84.0%~99.7%,氨基酸同源性为87.5%~99.3%;与国内外NDV参考毒株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2 000株和TW2 000株)的核苷酸同源性为84.2%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;GZ株和TN株为基因II型,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VII型(均为VIId亚型),BY株和FW株为基因IX型。表明,不同时期NDV贵州分离株的基因型不同,近年流行的ND疫情主要是由基因VII型NDV引起,与国内其他省市ND流行趋势基本一致。 相似文献
6.
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的片段,长度为2 889bp;7株FAV-4河南株的Hexon基因与GenBank中的12株FAV-4参考毒株Hexon基因序列之间核苷酸序列同源性为98.5%~99.8%,与参考株相比存在碱基的插入、突变现象;FAV-4河南株Hexon全基因推导的氨基酸序列与参考株之间的同源性为98.2%~99.8%,且发生变化的位置集中在前段和中段。【结论】FAV-4河南株与印度分离株亲缘关系较近,但与韩国分离株亲缘关系相对较远。 相似文献
7.
《贵州农业科学》2016,(4)
为了解贵州猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的变异情况,对分离PEDV的M基因进行了克隆测序和生物信息学分析。结果表明:分离的PEDV株(用N-GZ表示)与贵州省动物疫病研究室曾报道的PEDV株(用GZ表示)位于同一进化分支,与疫苗株CV777处于不同进化分支。N-GZ株与GZ株M基因的核苷酸序列相似性为98.5%,表明其亲缘关系较近,与CV777疫苗株的亲缘关系稍远。多重比较发现,N-GZ株与CV777株M蛋白的抗原表位区存在3个氨基酸的差异,与GZ株相比存在2个氨基酸的突变。M基因是PEDV的保守基因,但N-GZ株M基因在抗原表位区存在一定程度突变。 相似文献
8.
[目的]对猪嵴病毒(PKV) VP1基因进行测序与同源性分析,确认其可能来源,为今后的生物学特性分析及仔猪腹泻防治工作提供科学依据.[方法]采用RT-PCR对GXPKV-1毒株VP1基因进行克隆,运用DNASTAR软件包中Megalign程序对测序获得的VP1基因进行核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分析.[结果]GXPKV-1毒株ⅥP1基因全长762 bp,共编码254个氨基酸,与GenBank已公布的13株参考毒株VP1基因的核苷酸同源性为74.1%~85.4%,推导氨基酸同源性为81.1%~93.3%.根据VP1基因推导氨基酸序列进行系统发育进化分析,发现GXPKV-1毒株与Gansu-2012、JS1419等国内参考毒株同属于同一亚群,而与瑞士分离株Swine-S-1-2007、泰国分离株THA-2008、美国分离株H24-2012-USA及四川分离株CHN-SC-2011-02等的亲缘关系较远.[结论]猪嵴病毒GXPKV-1毒株起源于国内流行毒株的传播,在新的环境下虽然其VP1基因核苷酸发生变异,但由于同义翻译,推导氨基酸的同源性仍然较高,说明碱基突变并未引起蛋白结构的改变. 相似文献
9.
【目的】研究猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)HN-2012株ORF3a和ORF3b基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank公布的猪传染性胃肠炎病毒ORF3a和ORF3b基因序列,分别设计合成1对特异性引物,通过RTPCR从猪传染性胃肠炎病毒HN-2012株的cDNA中扩增ORF3a和ORF3b基因,经克隆测序后,将其基因序列与NCBI中不同来源的TGEV毒株的相应序列进行同源性分析,构建系统进化树并进行遗传变异分析,然后将ORF3a和ORF3b基因亚克隆至真核表达载体,构建pCAGGS-ORF3a-flag和pCAGGS-ORF3b-flag载体,转染293T细胞进行表达,利用flag标签抗体对2个基因的蛋白表达情况进行Western blot分析。【结果】TGEV HN-2012株的ORF3a基因与其他毒株间核苷酸的同源性为92.6%~100%,ORF3b基因与其他毒株间核苷酸的同源性为98.6%~99.7%。Western blot结果表明,ORF3a蛋白和ORF3b蛋白的分子质量约为8ku和28ku。【结论】TGEV HN-2012株的ORF3a基因与CH/JLY2/08、CH/HLJH/08株等亲缘关系较近,ORF3b基因与TS株、Miller M6株等亲缘关系较近,与我国其他毒株关系较远;成功实现了ORF3a和ORF3b蛋白在293T细胞中的表达。 相似文献
10.
【目的】探索犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)基因的遗传变异情况,为CDV的防控提供理论依据。【方法】收集2014-2015年流行于上海和安徽两地的CDV野毒株,用RT-PCR方法克隆其血球凝集素蛋白基因(H),从分子水平上讨论CDV H基因的流行规律、遗传进化特性和变异情况。【结果】分离的5株CDV之间H基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%~99.9%和97.5%~99.2%,其与CDV疫苗株CDV3和Onderstepoort H基因核苷酸的同源性为90.9%~99.9%,氨基酸的同源性为90.4%~99.6%。进化树分析结果表明,分离到的5株CDV野毒株均属于亚洲Ⅰ型,与大部分的亚洲Ⅰ型处于同一分支。CDV H基因有9处潜在的天冬氨酸糖基化位点;H基因整体的同义突变概率与非同义突变概率的比例,即ds/dn=5.887 0。【结论】选择压力并未作用于分离到的CDV毒株,而是在中性选择作用下进化的。 相似文献
11.
【目的】分析目前陕西省猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的E0、E2全基因分子特征,为猪瘟防控提供参考。【方法】根据CSFV Shimen株及HCLV株全基因序列,设计并合成了4对引物,采用RT-PCR方法,从采自陕西不同地区的猪瘟病料中扩增E0、E2全基因并进行序列测定分析。【结果】从采集的病料中成功扩增了5株猪瘟流行毒株的E0、E2全基因,这5株流行毒株E0基因核苷酸同源性在94.4％～99.8％,与参考毒株ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、Paderborn、Rimes和Shimen的核苷酸同源性在80.4％～96.3％,氨基酸同源性在86.5％～99.3％。5株流行毒株E2基因核苷酸同源性在91.1％～98.0％,与参考毒株的核苷酸同源性在77.7％～94.6％,氨基酸同源性在85.2％～95.9％。5株流行毒株E0 Rnase活性区域氨基酸基序位点没有变异,但导致流行毒株发生免疫逃逸的E2蛋白关键位点中有3个发生了变异。【结论】测定的陕西省猪瘟流行毒株E0、E2基因序列变异明显,其中E2蛋白关键位点变异较大。 相似文献
12.
对引起仔猪严重腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)进行RT-PCR检测,并对PEDV部分基因进行克隆和序列分析。从陕西省某发生严重仔猪腹泻的养猪场采集肠道内容物,利用RT-PCR技术成功检测到PEDV感染。克隆检测到的PEDV M、N和E基因片段,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的PEDV毒株进行比较分析。结果表明,克隆的M、N和E基因与其他已经发表的PEDV毒株核苷酸的同源性分别为96.3%～99.9%、95.2%～99.5%和96.1%～96.9%,氨基酸同源性分别为95.6%～99.6%、96.1%～99.5%和96.1%～98.7%;系统进化树结果表明,试验检测的PEDV与国内分离株的PEDV株亲缘关系更近。可见:陕西省养殖场存在猪流行性腹泻病毒感染,其M、N和E基因变异不大。 相似文献
13.
为确定引起西藏牦牛常发多发肺炎的细菌病原体，采集145份西藏牦牛鼻腔粘液，通过病原分离培养、菌落形态观察、生化试验和PCR鉴定等方法进行细菌检测；通过OD630和pH变化对分离株进行生长曲线测定；采用K-B纸片法进行药物敏感性试验。结果显示:从145份牦牛鼻腔粘液中分离得到10株牛支原体；分离株菌落形态和生化试验结果均符合牛支原体的生物学特性；通过PCR分别扩增得到238 bp的uvrC特异性基因与1 500 bp 16S rRNA基因。10株分离株间的uvrC特异性基因和16S rRNA基因序列同源性较高，均与国际标准株PG45有高度同源性，uvrC特异性基因序列和16S rRNA基因序列与国际标准株PG45的同源性分别为98.4%~100%和99.1%~99.9%。生长曲线测定表明，分离株在PPLO培养基中培养24 h内为迟缓期，培养42 h后开始进入稳定期，78 h后开始进入衰亡期；3个分离株培养物的平均pH随着培养时间延长不断降低，其中24~42 h期间pH下降最快，随后下降速度减慢，至78 h后几乎不再变化。药物敏感性试验表明，分离株对大环内酯类、氨基糖苷类和林可胺类等药物均存在不同程度的耐药，但对强力霉素和卡那霉素敏感或中度敏感。 相似文献
14.
羊口疮疫病的暴发可严重影响畜牧的经济效益,为探明陕西地区该病的发病原因。本研究从陕西关中地区某羊场出现特征症状病羊嘴部痂皮中分离病原,经过感染MDBK细胞系,获得1株病毒,经形态学、理化学、PCR检测及病理组织学等方法鉴定,该病毒分离株为羊传染性脓疱病毒(Orf virus,ORFV),命名为ORFV-SXGZ。依据GenBank中发表的ORFV特异性B2L、F1L及VIR基因的核酸序列,设计并合成3对引物,应用PCR方法成功对ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L及VIR基因进行克隆,并将其基因序列及推导的氨基酸序列与其他不同来源ORFV分离株进行比较分析。序列分析结果表明,ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L和VIR基因与其他已发表ORFV毒株之间的核苷酸同源性分别为96.7%~99.6%、95.8%~97.9%和95.0%~99.3%,氨基酸同源性分别为95.3%~99.7%、95.8%~98.2%和95.5%~98.4%。系统进化树分析结果显示,ORFV-SXGZ毒株与国内新疆和甘肃等西北部地区分离株的亲缘关系更近,证实陕西关中地区养殖场中存在羊口疮病毒感染。 相似文献
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克隆新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)Roakin株HN基因,并构建真核表达载体.应用RT-PCR扩增出NDV Roakin株HN基因,将其克隆入pMD18-T载体,并进行了测序鉴定和HN基因的序列分析.然后分别将NDV的HN基因和选择标记基因-二氢叶酸还原酶(dhfr)基因插入到真核表达载体pCI-neo中,通过PCR扩增、酶切分析和测序分析等鉴定所构建的重组真核表达载体.RT-PCR扩增的NDV Roakin株HN序列与GenBank中标准毒株(登录号AY289000)HN序列同源性为99.8%,构建了HN基因的真核表达质粒pCI-HN-D.成功构建了含有NDV Roakin株HN基因和dhfr基因的真核表达载体. 相似文献
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目的 研究2017年福建地区中小规模猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）毒株的分子流行情况。方法 从福建地区中小规模猪场收集83份疑似蓝耳阳性病料,对编码GP5蛋白的ORF5基因进行了RT-PCR检测和遗传进化分析。结果 采集的83份疑似蓝耳病料中阳性率为73%,测得的序列之间ORF5的核苷酸相似性达80.3%~100.0%,其中所测的各个分支毒株与其所属分支的代表毒株NADC30、GM2和JXA1的核苷酸相似性分别为92.6%~93.9%、89.8%~93.0%和93.4%~99.3%,检测到新分支中新出现的毒株与JXA1的核苷酸相似性为91.0~93.0%。GP5氨基酸比对结果显示不同亚群GP5信号肽区、诱导表位、主要中和表位及高变区等功能区发生了显著变异。结论 福建地区出现了PRRSV新分支,使福建PRRSV变异种类更加多样化,建议加强PRRSV流行及变异的监测。 相似文献
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研究不同动物来源大肠埃希菌iss基因分布及其致病性。分别将分离于发病猪、鸡和犊牛的44株大肠埃希菌计数后腹腔注射小白鼠,观察临床症状,记录发病及死亡情况;采用PCR方法分别扩增不同动物来源的44株大肠埃希菌的iss基因存在情况,同时对部分PCR扩增产物测序并进行同源性分析。感染后小白鼠出现不同程度的临床症状。其中有14株对小白鼠的致病性最强,感染小鼠的死亡率达100%;有25株致病性较弱,死亡率为20%~80%;而另有5株接种感染后小鼠均无死亡;iss基因在致病性大肠埃希菌中的PCR扩增总频率为79.5%;在毒力较强大肠埃希菌中的PCR扩增频率为92.8%;在无致病力(或低毒力)大肠埃希菌中的PCR扩增频率为16.7%;部分基因片段核苷酸序列与参考序列之间同源性在91.6%~99.0%。iss基因致病性强的菌株扩增频率明显高于其他菌株,且不同来源菌株iss基因片段变异程度不大。 相似文献
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旨在了解新疆地区多杀性巴氏杆菌主要流行株的特性。通过病原的分离纯化、PCR扩增及测序,分析8株多杀性巴氏杆菌的血清型,16S rDNA基因、ompH基因和ompA基因的差异。结果表明,3株羊源、2株牛源和1株禽源分离株为荚膜A型,1株牦牛源分离株为荚膜B型,1株标准株为荚膜E型,均具有很强的致病性。分离株与GenBank公布的代表株的16S rDNA基因、ompH及ompA基因同源性分别为93%~100%、93%~100%、98%~100%。ompH基因的ORF氨基酸C端最后10个氨基酸变化较大,分离到5株ompA基因的ORF氨基酸序列N端多出6个氨基酸（M-K-R-I-I-Q）替代原先的起始位置。可见：新疆主要流行株为强致病性的荚膜A型,且有出现变异趋势。 相似文献
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草鱼源致病性维氏气单胞菌的分离鉴定及药物敏感性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从贵州兴义某水库网箱养殖的患病草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肝脏中分离出菌落大小、形态一致的细菌,编号为GZ09007。经革兰氏染色、生理生化反应等表型鉴定为气单胞菌(Aeromonas)。通过扩增16S rRNA和gyrB基因序列并构建系统发育树,进一步鉴定该菌为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)。该菌株具有act、aer、lip、exu、fla、ser等毒力相关基因,不具有alt、ast、gca T和ahy B等毒力相关基因。人工感染试验表明该菌对草鱼、鲫、团头鲂和鳙均具有强致病性,半数致死量LD_(50)分别为7.45×10~5、1.27×10~5、1.76×10~5和5.36×10~4 CFU·(g·B·W)~(-1)。药物敏感性试验表明该菌对萘啶酸、恩诺沙星和左旋氧氟沙星等12种药物敏感,对新霉素、呋喃唑酮中度敏感,对氨苄西林耐受。研究结果表明维氏气单胞菌GZ09007是引起此次草鱼发病的致病菌。 相似文献
20.
两种弧菌感染大黄鱼免疫相关基因的SNP位点分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探究大黄鱼(Larimichthys crocea)免疫相关基因的SNP与弧菌抗性关系,分别利用鳗弧菌(Vibrio anguillarum)和副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)人工感染大黄鱼。对感染前后抗感群体的转录组进行高通量测序、筛选并分析其抗病差异:(1)筛选氨基酸的非同义突变SNP位点在抗鳗弧菌组有17个,而抗副溶血弧菌组的有28个;(2)一代测序验证结果发现,染色体NW_011323507.1上白细胞介素6受体基因(IL-6R)第91 196位碱基G突变为C,导致缬氨酸突变为亮氨酸,该位点G/C在抗鳗弧菌组、对照组样本之间突变基因型CC频率分别为12.5%和0,呈显著性差异(P0.05);(3)补体C1q/肿瘤坏死因子相关蛋白9(CTRP9)基因在染色体NW_011323975.1上的35 665位碱基突变(A-G),在副溶血弧菌抗感易感群体中突变位点基因型GG频率分别为37.5%和0,呈极显著性差异(P0.01)。结果表明,IL-6R-91196-G/C位点突变与大黄鱼抗鳗弧菌有关联,CTRP9-35665-A/G位点突变与大黄鱼抗副溶血弧菌有关联,这为大黄鱼抗弧菌群体的选育提供了理论依据。 相似文献