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《福建水产》2021,(5)
本文基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因和16S rRNA基因片段对采集于厦门海域的仔稚鱼样品进行种类鉴定,探究其在仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共获得64条COI基因序列和74条16S rRNA基因序列,通过序列比对,COI基因将仔稚鱼样品鉴定为26个种类,其中19个种类鉴定到种、6个鉴定到属、1个种类仅鉴定到科;16S rRNA基因将仔稚鱼样品鉴定为29个种类,其中23个种类鉴定到种、6个鉴定到属。COI基因的平均种内遗传距离为0.001 5,平均种间遗传距离为0.197 6,16S rRNA基因的平均种内遗传距离为0.000 3,平均种间遗传距离为0.089 2,COI和16S rRNA基因的平均种间遗传距离都为平均种内遗传距离的10倍以上,两者都可以进行有效的仔稚鱼种类鉴定。在基于COI和16S rRNA基因构建的系统进化树上,所有物种都分别单独聚为一支,同一个种类的不同个体都能聚在同一个分支,这些物种均能得到有效区分。以上结果表明,COI和16S rRNA基因均可以实现仔稚鱼的种类鉴定,两种基因结合使用可以提高仔稚鱼种类鉴定的准确性。 相似文献
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本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。 相似文献
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采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍（4个群体）和九孔鲍（1个群体）共5个群体（53个样本）16S rRNA基因片段（16S）,测序获得了1000 bp核苷酸序列,其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析,旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型,九孔鲍1个群体（9个样本）有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示,变异位点占比对位点的20．5％,基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0．002～0．011,平均为0．005;九孔鲍群体内的平均遗传距离为0．004,两种鲍间的平均遗传距离为0．218;两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0．982,皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0．0051～0．0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系,显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支,九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支,4个种类未聚成单系支。 相似文献
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采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。 相似文献
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用蛋白酶k酚氯抽提法从圆斑星鲽、高眼鲽、大菱鲆和真鲷4种海水鱼的肌肉组织中提取基因组DNA,根据金枪鱼、牙鲆及相关鱼类的线粒体DNA(m tDNA)序列保守片断设计出扩增引物,扩增从16SrRNA到ND4之间约9400 bp的m tDNA长片段。用10种限制性内切酶(H inf I,H ind III,EcoR V,EcoT22 I,Mun I,EcoT14 I,Apa I,B ln I,Ava II,D ra I)对扩增得到的m tDNA长片段进行限制性酶切和分析,其中8种酶有酶切位点。利用Ne i-L i的片断法计算出单倍型的片断共享度,根据片断共享度计算出4种鱼之间的遗传距离,用M ega 3.1软件构建NJ系统关系树,同时探讨利用线粒体大片断PCR-RFLP方法进行鱼类系统发生研究的特点。 相似文献
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中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化 总被引：7，自引：0，他引：7
用13种限制性内切酶对兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤及瓯江彩鲤4种红鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。共产生17种限制性态型,其中5种酶为限制性片段长度多态性(RFLPs),归结为5种单倍型;兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤和瓯江彩鲤的核苷酸多样性(Ⅱ)分别为0．0087、0．0059、0．0094、0．0286,瓯江彩鲤的遗传多样性最为丰富;瓯江彩鲤起源于单倍型Ⅱ为主的母系祖先,推算分化时间分别约在11．5万年、9．5万年前;玻璃红鲤和荷包红鲤起源于单倍型I为主的母系祖先,推算分化时间分别约为5～5．6万年、2万年前。 相似文献
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为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAsar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树.结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以CO Ⅰ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性.在建立海参DNA条形码的基础上,设计了针对仿刺参(Apostichopus japonicas)的特异性探针.对4种海参(仿刺参Apostichopus japonicas、冰岛参Cucumaria frondosa、加州拟刺参Parastichopus californicus及梅花参Thelenota ananas)进行斑点杂交实验,结果显示,该探针具有较好的特性和较高的灵敏度,能够实现对仿刺参的鉴定.本研究为后续开展斑点杂交及基因芯片法鉴定海参种类的研究奠定了理论基础. 相似文献
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采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅（Misgurnus anguilli-caudatus）线粒体DNA（mtDNA）的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。 相似文献
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4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。 相似文献
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在饲料中添加海星棘皮,与两组商品饲料分别投喂体重为5.0–6.7 g的仿刺参(Apostichopus japonicus Selenka),进行60 d养殖试验,研究其对仿刺参平均增重率(AWGR)、特定生长率(SGR)、饲料系数(FCR)、摄食率(FR)和蛋白表观消化率(APD)的影响。结果显示,各组仿刺参生长良好,成活率无显著差异(P>0.05);60 d时,各组仿刺参的AWGR和SGR变化趋势相同,由高到低依次为市售2组、海星组、市售1组;海星饲料组仿刺参的FCR最低,与其他两组间差异不显著(P>0.05);海星饲料组与市售1组的FR间差异不显著(P>0.05),与市售2组FR间有显著差异(P<0.05);海星饲料组仿刺参的饲料转化率(FE)明显高于其他两组(P<0.05);海星饲料组仿刺参的APD最高,为67.28%,与市售1组的APD差异显著(P<0.05)。研究表明,添加海星棘皮可以较好地促进仿刺参的生长和提高饲料的利用,可添加到仿刺参幼参饲料中用作饲料源。 相似文献
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DGGE分析不同盐度仿刺参养殖环境中菌群多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用16S rDNA的PCR-DGGE基因指纹技术对不同盐度仿刺参养殖水环境中的菌群多样性进行了分析。试验设置了22、26、30、34,4个盐度梯度,每隔10 d采样1次,通过PCR-DGGE指纹分析发现,仿刺参养殖环境存在着丰富多样的细菌。其中大多属于非可培养细菌,变形菌门和CFB门的种类是水体中的优势菌群,交替假单胞菌属是报道过的腐皮综合征的致病菌。根据DGGE指纹图谱的聚类分析发现,同等盐度条件下的样品之间存在一定的菌群相似性,并在聚类分析图中分别各自成簇。样品的多样性指数为1.7～2.3,不同盐度条件下,样品的多样性指数随着时间的推移变化不大。 相似文献
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国内外海参自然资源、养殖状况及存在问题 总被引：49，自引：6，他引：43
海参含有丰富的蛋白质和黏多糖,营养和药用价值极高。自20世纪80年代以来,海参的几种重要商业品种的苗种培育在日本、中国和印度等国家相继获得成功。近年来,海参消费需求的逐步扩大导致世界范围内海参自然资源的过度开发和种群数量的急剧下降,海参的人工养殖随之兴起。目前,国内海参养殖规模不断扩大,养殖方式多种多样。然而养殖的过速发展和不规范运作也造成了如生态环境恶化、病害等诸多问题。本文综述了国内外海参的自然资源、种群分布,以及目前海参主要养殖品种的苗种培育和增养殖技术要点,就海参养殖中存在的主要问题进行了探讨并提出了相应的对策。 相似文献
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2014年6月,按照海洋资源调查规范,调查北黄海大连沿岸的刺参Apostichopus japonicas原产区中的旅顺口区塔河湾附近海域和大连金州新区城山头海滨地貌保护区海域内大型底栖动物的种类、密度、生物量,计算优势种、生物多样性和群落物种相似性,探讨其修复策略。结果表明,两处海域刺参生境大型底栖动物群落结构基本相同,优势种组成相似,优势类群均为软体动物;物种组成因饵料条件及周边海域底质不同呈现差异性分化;两处海域内海星类与刺参的密度比分别约为1∶3和1∶1,海星类与刺参的生物量比值与密度比相同;海星类与海胆类密度比均约为1∶1和3∶1,海星类与刺参及海胆类密度和的比分别为1∶4和1∶1,海胆类与刺参密度比均约为1∶2。根据调查结果认为刺参生境和增养殖区的养护、修复策略为:(1)多种共养,以参为主;(2)控制海星,适度增殖海胆;(3)提高初级生产力,降低污染。 相似文献
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González-Wangüemert Mercedes Roggatz Christina C. Rodrigues Maria João Barreira Luísa da Silva Manuela Moreira Custódio Luísa 《International Aquatic Research》2018,10(4):361-373
International Aquatic Research - This work makes a comparative evaluation of the biochemical profile of three sea commercial cucumber species (Holothuria mammata, H. polii and H. tubulosa) caught... 相似文献
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Identifying rates of change in the abundance of sea cucumbers under differing management regimes is fundamental to estimating commercial yields, identifying ecological interactions and facilitating management. Here, we review the status of sea cucumber stocks from a range of Pacific Island countries (Samoa, Tonga, Palau, Fiji and Papua New Guinea), some of which have had a moratorium on exports for up to a decade. We use a time‐series approach to look at variation in sea cucumber presence, coverage and density from survey and re‐survey data. Results give an appreciation of variation between ‘high’ status (less impacted) and depleted stocks. Survey data show marked declines in coverage and abundance as a result of artisanal fishing activity, and although species groups were not lost at a country level, local extirpation and range restriction was noted. Resilience and ‘recovery’ following cessation of fishing varied greatly, both among locations and among the species targeted. Worryingly, even after extended periods of moratorium, the density of some species was markedly low. In many cases, the densities were too low for commercial fishing, and may be at a level where the effective population size is constrained due to ‘Allee’ affects. From these results, we suggest that management regimes presently employed are generally not well aligned with the level of response to fishing mortality that can be expected from sea cucumber stocks. New adaptive, precautionary approaches to management are suggested, which would allow more timely interventions to be made, while refined information on stock dynamics is sought. 相似文献
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To fill in the gaps in knowledge as to how individual sea cucumber Apostichopus japonicus behave consuming eukaryotic food sources in natural environments, eukaryotic communities in the faeces of sea cucumbers and sediments were analysed through one whole year based on 16S rRNA gene sequencing of the organelle genomes. A total of 390 eukaryotic features were obtained, and 99.7% of the features were assigned to chloroplasts. The eukaryotic communities in faeces and sediments showed seasonal fluctuations through one whole year based on Bray‐Curtis distance and community composition. Comparison of eukaryotic communities between faeces and sediments showed that 12 families including Chaetocerotaceae and Laminariaceae were more abundant in faeces than in sediments, suggesting that sea cucumbers may choose sediment containing these algal taxa more often compared with others in natural environments. All features of Laminariaceae were assigned to Saccharina japonica, which is consistent with the fact that this alga is one of the most suitable diets in the aquaculture of A. japonicus. Assessments of individual 16S amplicon sequences of both faecal and sediment samples could be an alternative tool to help us understand dynamic feeding behaviours of sea cucumber populations in contributing to bioresource conservation and development of a superior approach to aquaculture. 相似文献