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《江西农业学报》2022,(9)
为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系,对影响TRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为:模板DNA 40 ng,buffer 1×,Mg2+1.4 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,固定引物和随机引物浓度比为11∶1,Taq酶0.5 U,反应总体积为15μL。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条,与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP-PCR扩增,其中84个引物组合能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%;36个引物组合表现出良好的多态性扩增,并在20份柿属植物中进行了引物验证。 相似文献
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结合均匀试验与正交试验对影响目标区域扩增多态性—聚合酶链式反应(TRAP-PCR)效果的5个关键因素(DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶)进行优化研究,建立了适用于凹叶厚朴目标区域扩增多态性(TRAP)分析体系。凹叶厚朴TRAP-PCR最优反应体系:总体积25μL,含模板DNA 40 ng,Mg2+1.5 mmol·L-1,dNTPs 0.28 mmol·L-1,固定引物及随机引物0.3μmol·L-1,Taq DNA聚合酶0.75 U。PCR扩增程序:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,40℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;将退火温度升至50℃,其它条件不变进行38个循环;72℃延伸10 min。利用所得优化体系对16个不同种源凹叶厚朴进行扩增,结果表明该体系效果较好,可应用于凹叶厚朴相关研究。 相似文献
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为将新型分子标记-靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)应用到遗传棉花多样性研究中,分析了不同浓度梯度的模板DNA、Mg2+ 、dNTPs、Taq酶与引物浓度对TRAP-PCR扩增结果的影响.确立了稳定性强、重复性好的棉花TRAP-PCR最佳反应体系:在15 μL的TRAP-PCR反应体系中,含10×buffer 1.5 μL,25 mM MgCl2 1.5 μL,2.5 mM dNTPs 2.0 μL,20 mM固定引物0.75 μL,20 mM随机引物0.15 μL,100 ng/μL DNA 0.5 μL,Tap酶0.2 μL.结果表明优化后的TRAP-PCR反应体系可应用于棉花遗传多样性分析研究中. 相似文献
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为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献
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麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化 总被引：2，自引：0，他引：2
采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献
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杜鹃花属植物SRAP-PCR反应体系的优化及其应用 总被引：1，自引：0，他引：1
采用改良CTAB法提取杜鹃花属植物基因组DNA,对影响SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs和引物浓度进行优化,建立了杜鹃花属植物SRAP分子标记的扩增体系:20μl的PCR体系中含有模板DNA50 ng、10×PCR buffer(不含Mg2+)、Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、引物0.40μmol/L、TaqDNA聚合酶1.0 U。并对10种杜鹃花属植物群体进行扩增验证,共获得261条扩增条带,251个多态性位点,多态性位点比率为96.17%,结果表明供试材料间差异明显、多态性较高,该体系适合杜鹃花属植物种间差异性分析,为今后杜鹃花属植物分子生物学的深入研究奠定了基础。 相似文献
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以禺毛茛叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以10×Buffer、Mg2+、dNTP和引物4种因素3个水平,对禺毛茛SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA、Taq酶用量对扩增效果的影响,建立了禺毛茛的SRAP最佳反应体系.结果表明,禺毛茛SRAP-PCR最佳反应体系为:20 μl反应体系中,10×Buffer 2.5 μl,25 mmol/L Mg2+ 2.5 μl,2 mmol/L dNTPs 1.5 μl,5 μmol/L引物1.0 μl,模板量为100～200 ng,Taq酶0.5 U.运用该体系对10份禺毛茛进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36个引物组合.这一优化的体系及多态性引物组合为利用SRAP标记技术进行毛茛属植物分子遗传学研究提供了科学依据. 相似文献
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正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选 总被引：3，自引：0，他引：3
以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据. 相似文献
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棉花DNA提取及优化SSR反应体系的建立和应用 总被引：4，自引：0，他引：4
对棉花DNA提取程序和SSR反应体系进行了研究。利用正交设计对模板DNA、引物、Taq酶和Mg^2＋浓度4种成分以3个梯度进行优化和选择,结果表明,最优反应体系为15μL,其中含有：10×Taq buffer 1．5μL、Mg^2＋（25mmol／μL）1．5肛L、dNTPs（25mmol／μL）2．0μL、引物（20pmol／μL）各2．0μL、Taq酶（2．0U／μL）0．15μL、DNA模板（25ng）3．0μL、ddH2O补至15μL。采用建立的反应体系,利用8对引物对3个品种进行扩增,6％的变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测结果显示该体系扩增结果清晰稳定。 相似文献
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[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。 相似文献
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以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16（4^4）正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性（SRAP）反应的锾离子（Mg^2＋）浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系（20．0μL）为：Mgn浓度1．750mmol·L^-1,dNTPs浓度0．175mmol．L^-1,砌酶1．500×16．67nkat,引物0．200μmol·L^-1。利用该优化体系对24个西洋杜鹃花品种进行遗传多样性分析。从88对SRAP引物中筛选出10对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出217条带,其中多态性条带212条,多态性比率达97.35％。24个杜鹃品种的遗传相似系数变化范围为0．591～0．708,算术平均数的非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析结果显示：在相似系数为0．590处将24个供试品种分为2个类群,在相似系数为0．623处又可分为2个亚群,说明该优化体系可应用于西洋杜鹃花品种鉴定及遗传多样性的研究。 相似文献
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苦楝RAPD反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以苦楝叶片提取的基因组DNA为材料,通过单因素多水平梯度试验,筛选DNA模板,Mg^2＋,Taq DNA聚合酶,dNTPs和随机引物的浓度及用量,建立苦楝RAPD技术分析体系.结果表明：当基因组DNA浓度为60 ng/μL,镁离子浓度为3.0 mmol/L,dNTP浓度为0.25 mmol/L,引物浓度为0.30μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1 U/20μL,反应体系总体积20μL时,出现可辨认的清晰谱带.其扩增程序为：94℃预变性2 m in;然后38个循环（94℃变性30 s,37℃退火1 min,72℃延伸80 s）;最后72℃延伸8 min,4℃保存. 相似文献
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向日葵产业的发展对调整黑龙江省种植业结构、利用中低产田、增加农民收入具有十分重要的作用,为了推广ISSR分子标记技术在向日葵分子育种上的应用,利用正交设计对向日葵ISSR-PCR反应体系中的5个因素(模板DNA、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq酶用量)在4个水平上进行优化,确立了适合向日葵ISSR-PCR反应的20μL体系:50ng模板DNA、2.0μmol·L-1dNTP、37.5μmol·L-1 Mg2+、8μmol·L-1引物、8UDNA Taq酶。 相似文献
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苹果自交不亲和基因PCR扩增程序优化 总被引：1，自引：0，他引：1
通过研究PCR反应体系(DNA、Primer、Mg2+、dNTP、Taq聚合酶、buffer)及退火温度对苹果自交不亲和基因(S基因)扩增结果影响的分析,构建了适合于苹果自交不亲和基因的PCR扩增程序的优化体系。结果表明:在20μL的反应体系中,模板DNA的最适含量为40ng,dNTP最适浓度为0.25mmol/L,而Primer最适浓度为0.4μmol/L,Mg2+的最适浓度为2.5mmol/L,Taq聚合酶最适浓度为1U,buffer最适浓度为1×buffer,最适退火温度为50℃。 相似文献
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【目的】建立和优化割手密AFLP分子标记技术体系,为割手密遗传多样性分析、遗传图谱构建提供技术支持。【方法】以广西割手密GXS87—16、GXS85．30、GXS79—9、GXS96、GXS112、GXS212为材料,利用改良SDS法提取DNA,并用EcoR I和Mse I酶切,连接接头后,采用正交试验设计对影响预扩增反应和选择性扩增反应的主要成分如Mg^2＋、模板DNA、引物、dNTP、Taq聚合酶浓度进行优化。【结果】样品DNA用限制性内切酶＆0RI和MseI各3u于PCR仪过夜可完全酶切。经正交设计优化,较佳的预扩增体系包含0．4μL dNTPs（20mmol／mL）,1．6μLMg^2＋（25mmol／mL）,2．0μL EcoRI—P（5pmol／mL）,2．0IxLMseI-P（5pmol／mL）,1UTaq酶（1U／μL）,DNA模板稀释10倍;选择性扩增体系包含0．4μL dNTPS（20mmol／mL）,0．8μLMg^2＋（25mmol／mL）,1．0μL EcoR I—AAG（6pmol／mL）,1．0μL Mse I-CAG（6pmol／mL）,3U Taq酶（1U／μL）,DNA模板稀释20倍。以对优化反应体系扩增获得的PcR产物用5％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染后,可获得清晰的多态性指纹图谱。【结论】建立的割手密AFLP分子标记技术体系具有扩增条带清晰、多态性丰富的特点,可为构建割手密高密度遗传图谱提供技术支持。 相似文献
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水稻SSR-PCR反应体系的优化 总被引：4，自引：1，他引：3
[目的]为了探索水稻最佳SSR—PCR反应体系。[方法]以水稻R117为试验材料,研究Mg^2＋、dNTP、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量以及退火温度对水稻SSR—PCR扩增结果的影响。[结果]当Mg^2＋浓度2．00mmol／L,dNTP浓度O．15mmol／L,引物浓度0．30μmol／L,TaqDNA聚合酶用量2．0U,退火温度56．6℃时,PCR扩增DNA条带最亮。[结论]在20山反应体系中,上述结果为水稻最适SSR—PCR反应体系。 相似文献
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【目的】优化苦瓜抗白粉病SRAP标记的PCR体系,为获得苦瓜抗白粉病的SRAP分子标记、加快苦瓜抗白粉病新品种的选育提供参考。【方法】采用正交设计L16（45）,在已有SRAP-PCR扩增程序基础上,以苦瓜抗、感白粉病的父母本及其杂交后代基因组DNA为模板,用4对SRAP引物对模板DNA、dNTPs、Mg2＋、引物、TaqDNA聚合酶等5个因素浓度进行优化组合和验证。【结果】提取的苦瓜基因组DNA纯度较好,无蛋白质、RNA等物质污染,其纯度和完整性较好。利用引物对ME9-EM11进行PCR扩增,16个不同因素组合处理在苦瓜父本MC18和母本MC1-2的基因组DNA间的扩增结果有明显差异,其中以处理3的SRAP-PCR体系（20.0μL：DNA5.0ng/μL、dNTP0.05mmol/L、Mg2＋2.5mmol/L、引物0.6μmol/L、TaqDNA聚合酶0.088U/μL）获得较清晰、较多的扩增条带。用4对引物对验证优化的SRAP-PCR体系,其重复性好,不同苦瓜材料间无明显的多态性。【结论】优化的SRAP-PCR体系适用于苦瓜抗白粉病SRAP分子标记的筛选。 相似文献
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板栗ISSR反应体系的优化及河北省板栗生态型的分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以早丰和燕明2个板栗品种为试材,应用编号为ISSR52的引物,对ISSR反应体系中的dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板和甲酰胺等主要影响因子进行了优化筛选。结果表明：20μLISSR反应体系各组分的最适浓度分别为1×Buffer（含2．0mmol／L的Mg^2＋）,dNTPs0．2mmol／L,TaqDNA聚合酶1．0U,引物0．2μmol／L,模板25ng。加入2．0％的甲酰胺有利于减轻背景的干扰。利用该体系对9个河北省板栗品种（系）和1个山东省板栗品种进行了分析,以明确河北省板栗居群的遗传多样性。通过对53个ISSR引物的重复筛选,获得了19个稳定的ISSR引物,在10个品种（系）中共产生93条带,33．3％为多态性务带。通过聚类分析进一步明确河北省板栗可分为燕山和太行山2个生态型,并且太行山地区的板栗具有较高的遗传多样性。 相似文献