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1.
鲫血清转铁蛋白cDNA片段的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
取体重约300g鲜活鲫(Carassius auratus)的肝组织进行总RNA提取。从GenBank数据库查询已发表的8种鱼转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了2对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的从大约550bp至1450bp的核心片段,长度为0．9kb。同时,比较了几种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,并推导出鲫血清转铁蛋白cDNA核心片段的氨基酸序列,并分析了该氨基酸序列的结构和特性。 相似文献
2.
生长抑素具有抑制脑垂体GH释放的作用，是调控鱼类生长的主要激素之一。本研究采用RT和RACE(rapid amplification of cDNA ends)法，分离和测定了团头鲂脑中生长抑素PSSI cDNA的全长核苷酸序列，并对该基因进行了结构和系统进化分析。3’RACE扩增得到700bp左右的片段，5’RACE分离得到500bp左右的片段，把3’片段与5’片段拼接得到全长cDNA。cDNA全长735bp[不含poly(A)]，5’端非翻译区有100nt。3’端290bp[不包含poly(A)]，阅读框(open reading frame，ORF)345bp。该序列与金鱼PSSI cDNA序列同源性为90％，主要差异在5’端非翻译区。团头鲂生长抑素mRNA阅读框编码114个氨基酸，包括一些酶切位点，产生26个氨基酸的大分子态生长抑素，进一步加工成与人等结构相似的14个氨基酸的生长抑素；团头鲂生长抑素前体氨基酸序列与金鱼、虹鳟、鲶鱼、鲅鱇、蛙、牛、鼠、鸡、猴、人等的比较发现，它与金鱼的同源性最高达95％，与鮟鱇最低50％，与人68％。这说明生长抑素基因在长期的进化中相当保守，同时，也因为鱼类生活环境多样导致基因变异较大。 相似文献
3.
对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆出全长rbcL基因的7种绿藻比较具有较高同源性,核苷酸序列和蛋白质序列同源性分别达到了82.07%～85.78%和88.00%～94.11%,其中与蛋白核小球藻蛋白质序列同源性最高,为94.11%。在此基础上,使用生物信息学软件对缘管浒苔rbcL氨基酸序列与其它植物或藻类进行了多序列比对,并且进一步应用在线软件程序进行了蛋白质的二级结构分析和三级结构预测。 相似文献
4.
鳜胃蛋白酶原基因cDNA全长的克隆与序列分析 总被引：6，自引：2，他引：4
利用RT–PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆鳜(Siniperca chuatsi)胃蛋白酶原基因cDNA全长序列，并对该基因的结构特征和系统进化关系进行了分析。鳜胃蛋白酶原基因cDNA序列全长1367 bp，5′端非翻译区43 bp，3′端非翻译区187 bp，开放阅读框(ORF)1137 bp，共编码378个氨基酸。鳜胃蛋白酶原氨基末端存在信号肽和激活肽序列，序列中含有催化活性必需的2个天冬氨酸残基和构成二硫键的6个半胱氨酸残基。鳜胃蛋白酶原氨基酸序列与其他脊椎动物胃蛋白酶原氨基酸序列的同源性为59.9%～91.2%，表明胃蛋白酶原基因在脊椎动物的长期进化中比较保守。鳜胃蛋白酶原基因的成功克隆不仅为进一步研究该基因的时空表达奠定基础，而且为鱼类胃蛋白酶原的分子特征和进化提供了新的资料。 相似文献
5.
鲮生长激素基因cDNA的分子克隆和序列分析 总被引：3，自引：2，他引：3
根据生长激素(growth hormone,GH)基因的保守性序列设计1对引物,利用RT—PCR技术从鲮(Cirrhina molitorella)脑垂体组织中克隆出经生长激素成熟肽cDNA片段,将纯化的DNA片段克隆到pUCm—T载体上。克隆的鲮GH cDNA开放阅读框全长567bp,编码由188氨基酸残基组成的生长激素成熟肽。序列分析结果表明,鲮GH成熟肽氨基酸序列与另2种鲮—印鲮(Cirrhina mrigal)和南亚野鲮(Labeo rohita)的成熟肽氨基酸序列同源性分别为87％和83％,与鲤的成熟肽氨基酸序列同源性为96％,并对9个科的17种鱼进行了分子系统进化树分析,结果与根据传统的形态学和生化特征分类进化地位基本一致。本研究所克隆的基因序列和推测的蛋白质序列已登录入GeoBank、EMBL和DDBJ基因库,序列号分别为AF458105和从AAL151107．1。 相似文献
6.
利用RT—PCR和RACE方法克隆得到日本鳗鲡（Anguilla japonica）肝脏中控制高不饱和脂肪酸（highly unsaturated fatty acids,HUFA）合成的脂肪酸去饱和酶（fatty acid desaturase,FAD）和脂肪酸延长酶（fatty acid elongase,ELO）全长cDNA序列。结果表明,2456bp的FAD全长cDNA序列含长达1046bp的3’-UTR、75bp的5’-UTR和编码444个氨基酸的长1335bp的阅读框。编码的蛋白序列含有FAD全部的特征结构区,包括3个组氨酸簇、2个跨膜区和1个细胞色素h5结构域,与其他具有不同生活史鱼类的FAD氨基酸序列具有70．5％～77．5％的同源性;分析显示其在系统树中与溯河洄游鱼类的亲缘关系最近。克隆得到的ELO全长cDNA序列长1239bp,含有885bp的开放阅读框,编码294个氨基酸,该蛋白序列含有单一的氧化还原中心组氨酸簇、内质网停留信号和多个跨膜区等ELO特征结构,与其他鱼类ELO氨基酸具有87．1％～88．8％的同源性;其在系统树中与北非鲶鱼（Clarias gariepinus）和斑马鱼亲缘关系较近。日本鳗鲡FAD和ELOcDNA全序列的获得为今后进一步研究其体内高不饱和脂肪酸合成途径及阐明该途径在不同鱼类中的分子进化机理奠定基础。 相似文献
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淇河鲫IL-8 cDNA克隆及组织表达分析 总被引：3，自引：2，他引：1
IL-8是最早发现的趋化因子,属于CXC亚家族,与鱼类非特异性免疫水平关系密切。实验采用同源克隆和cDNA末端快速扩增(RACE)方法,从淇河鲫总RNA反转录产物中获得了641 bp IL-8cDNA序列,其中包含102 bp的5’非编码区,242 bp的3’非编码区和297 bp的开放阅读框。该基因编码由98个氨基酸残基组成的前体蛋白,前22个氨基酸残基为信号肽。肽链中含有4个保守半胱氨酸,前2个半胱氨酸被1个精氨酸分隔,形成CXC结构。第一个半胱氨酸前缺乏ELR基序,其组成是DPR。由氨基酸同源性分析和进化分析可知,淇河鲫IL-8与鲤、鳙、草鱼、鲢等鲤科鱼类的进化关系较近,与鲤IL-8的同源性最高(94%)。通过实时荧光定量PCR检测,淇河鲫IL-8在被检测的8个组织中都有表达,其中在肌肉中的表达量最高,其次为脾脏、头肾和脑等。研究结果对调控淇河鲫非特异性免疫能力,提高淇河鲫健康养殖水平具有一定参考价值。 相似文献
8.
根据5种硬骨鱼已知CYP3A序列保守区设计兼并引物,以异育银鲫cDNA为模板扩增得到CYP3A基因片段,根据得到片段序列设计特异引物并利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得全长cDNA。得到异育银鲫CYP3A基因全长为1 769 bp,开放阅读框为1 545个核苷酸,编码514个氨基酸。其预测蛋白质分子量为58.624 ku,理论等电点为6.30。将异育银鲫CYP3A序列理论编码氨基酸序列提交细胞色素P450命名委员会(Cytochrome P450 Nomenclature Committee)并由其命名为CYP3A136。氨基酸序列分析显示,其与稀有鮈鲫、草鱼、鲦同源性较高,并且具有高度保守的血红素结合区域FXXGXXXCXG。异育银鲫CYP3A基因的半定量RT-PCR显示,在肝和肠组织中转录水平最高,在肾和鳃中次之,其余组织较低。 相似文献
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利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途中多种信号的调控。该基因的成功克隆及生物信息学分析不仅为DMRT1基因的分子进化和相似性比较研究提供了新的材料,而且对进一步研究其编码蛋白的结构与功能以及其在鱼类性别调控中的作用具有重要意义。[中国水产科学,2007,14(1):23-31] 相似文献
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蓝太阳鱼生长激素全长cDNA的克隆与序列分析 总被引：7，自引：1，他引：7
The full length cDNA encoding growth hormone of a freshwater fish, Lepomis cyanellus, (LcGH) was cloned from pituitary RNA with RT-PCR, 3‘ and 5‘ RACE (rapid amplification of cDNA ends). The LcGH cDNA (Genbank No. AY530822), about 989nt (nucleotide) long, consisted of a open reading frame with 615nt long, 5‘and 3‘untranslated regions with 93nt and 224nt long respectively, and a 57nt poly (A) tail. The DNA sequence analysis showed that there are typical Kozak sequence and polyadenylation signal. The pregrowth hormone peptide of 204aa deduced from LcGH cDNA included a putative signal peptide (17aa) locating in its Nterminal. There exist a Asn-Cys-Thr glycosylation site at amino acid 201, and 4 cysteine residues (No. 69, 177, 194, 202) that are essential to construct two S-S bonds in this pregrowth hormone peptide. Homological comparision among LcGH and other species growth hormones showed that There is high homology (more than 85%) between growth hormone of Lepomis cyanellus and that of most perciformes fish, but low homology (less than 70%) in comparison with other species such as Siluriformes and Cypriniformes fish. 相似文献
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在优化RAPD检测条件的基础上，从100个随机引物中筛选出60个扩增较好的引物对异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫和湘江野鲤相互间扩增DNA片段的异同性进行比较研究。结果显示，60个引物共产生1554条带，单一引物扩增的DNA片段数在6～20条之间，片段大小在200～3500bp之间。遗传相似率分析表明，异源四倍体鲫鲤与其原始母本红鲫的相似率为69．41％，与其原始父本野鲤的相似率为64．47％，说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本红鲫的遗传物质要多一些；而红鲫和野鲤之间的相似率为42．18％，说明两者的基因组成有较大的相似性，从分子水平证实了红鲫和野鲤的远缘杂交具有较大的亲和性。在分析中，还发现异源四倍体鲫鲤有4条非亲本带，非亲本带谱率达0．72％，这些非亲本带可以作为异源四倍体鲫鲤特异性的分子标记。 相似文献
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彭泽鲫的分子遗传分析及其与方正银鲫A系的比较 总被引：16，自引：2，他引：16
Genetic homogeneity between Pengze crucian carp and strain A of silver crucian carp was studied by using transferrin,isozyme and RAPD markers.The studied individuals of Pengze crucian carp showed transferring patterns were the same of silver crucian carp A strain while distinct from those of other crucian carp populations.As far as isozyme is concerned,the MDH,LDH and EST are all of the same with only slight differences in SOD between them.The RPAD patterns clearly indicated high homogeneity among 16 individuals (6 sampled from individuals of two years old and the others aged one) from crucian carp of Pengze and 5 individuals from strain A of silver crucain carp.Nearly indentical banding patterns were observed among all individuals.Average genetic distance within all the individuals is only 0.011,suggesting crucian carp of Pengze might possess indentical genetic background with strain A of silver crucian carp. 相似文献
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载脂蛋白E(Apolipoprotein E,ApoE)作为胆固醇代谢过程中的关键因子,参与脂蛋白转运和性腺发育。为进一步了解该基因的作用,本实验克隆并测序了异源四倍体鲫鲤及其父母本ApoE基因的全长序列。异源四倍体鲫鲤、红鲫和鲤的ApoE全长分别为1393 bp、1384 bp和1396 bp,均编码281个氨基酸。序列对比表明,异源四倍体鲫鲤ApoE与父本鲤更为相似。另外有2个氨基酸位点发生了与父母本均不同的变异,证明异源四倍体鲫鲤除了有杂交特征外也产生了变异。通过Mega软件构建的哺乳动物ApoE进化树与系统分类相一致:鲤科鱼类的ApoE聚类在一起而分离于其它物种。Real time PCR分析表明,ApoE基因在3种鱼中的组织表达模式基本一致,所有组织均有表达,而在脾脏中表达最高。 相似文献
16.
草鱼SREBP-1基因的克隆及糖对其在肝脏中表达的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
固醇调节元件结合蛋白(SREBPs)是调控糖脂代谢相关基因表达的关键核转录因子。为获知草鱼SREBP-1基因的序列及其在肝脏中的表达规律,本实验采用同源克隆和RACE方法获得了草鱼SREBP-1基因的部分cDNA序列,并通过生物信息学方法对该基因及所编码蛋白的结构特征进行了分析;采用实时荧光定量PCR技术,对SREBP-1基因在8种不同组织的表达规律及低糖(糖含量24%)和高糖(糖含量42%)投喂条件下肝脏中的表达水平进行了研究。结果显示,所克隆到的草鱼SREBP-1基因cDNA长4 760 bp,其中包括开放读码框3 426bp,编码1 141个氨基酸;草鱼SREBP-1具有一个典型的碱性螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链结构(bHLH-zip);氨基酸序列比对结果显示,草鱼SREBP-1与其他鱼类的同源性在76%~88%之间,与斑马鱼的进化关系最近;草鱼SREBP-1基因在脑中的表达量最高,肝脏和肠次之,在肾脏、脾脏、肌肉、脂肪和性腺中均有少量表达;与对照组相比,SREBP-1基因在高糖诱导下表达量显著提高(P0.05),低糖诱导下没有显著性差异。研究表明,在高糖负荷条件下,草鱼肝脏中SREBP-1可能会促进糖的利用和转化,从而参与糖代谢调节过程,为丰富鱼类糖代谢调控机理提供研究资料,并有望为提高鱼类对饲料糖的利用效率提供理论依据。 相似文献
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Abstract – Induced morphological defences, where individuals develop morphological structures as a response to signals from sympatric predators, are common among invertebrates. Such defences have also been reported in a freshwater fish, the crucian carp Carassius carassius . In crucian carp, the presence of piscivorous fish presumably induces the development of a deep body as a defence mechanism. We tested how the growth rate (in body depth, length and mass) of individually tagged crucian carp responds to pike Esox lucius odours and control water. In general, crucian carp exposed to pike odour grew better (both in length and mass) than control fish. The treatment crucian carp also developed deeper bodies than control crucian carp. Further, there was a strong positive relationship between individual growth rate and the rate of change in body depth and this relationship did not differ between control and treatment fish. 相似文献
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三种脂肪源和两种降脂因子对鲈生长、体营养成分组和血清生化指标的影响 总被引：12，自引：0，他引：12
在人工配合饲料中加入3种脂肪源(鱼油、鱼油+玉米油1.34∶1、鱼油+豆油1.34∶1)和两种降脂因子(胆碱10g·kg-1、肉碱350mg·kg-1)饲喂鲈,并用冰鲜杂鱼饵料作为配合饲料的对照。经过8周的饲养,对鲈的生长情况、体营养成分组成和血清生化指标进行测定和分析。结果表明,鲈对脂肪肝的耐受性较差,长期大量投喂冰鲜杂鱼易诱发病变,肝脏对病变的敏感性高于肌肉;在满足必需脂肪酸需要量的情况下,不同脂肪源对鲈生长差异影响不大,但对体脂沉积有一定影响;胆碱和肉碱具有一定的降体脂作用。 相似文献
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肌原纤维结合型丝氨酸蛋白酶(myofibril-bound serine proteinase,MBSP)是最近发现的一种蛋白酶。该酶参与肌原纤维蛋白的降解及鱼糜制品弹性的下降。但是,对该酶一级结构的研究,迄今为止,未有报道。本文根据已测定的鲤MBSP N-末端氨基酸序列以及丝氨酸蛋白酶活性中心保守序列设计兼并引物,结合RT-PCR技术实现了MBSP基因片段的扩增。再根据克隆到的MBSP片段序列设计基因特异引物,用于MBSP基因的5′和3′末端快速扩增。综合以上结果,鲤MBSP的全长被确定。序列分析表明,MBSP cDNA含有一732 bp的开放阅读框,编码243个氨基酸残基,其中信号肽长度为21个氨基酸残基。组成丝氨酸蛋白酶活性中心的氨基酸残基(His61,Asp107和Ser197)在MBSP中保守存在。成熟MBSP含有222个氨基酸残基,分子量为24.5 ku,比其天然蛋白的分子量30 ku略小。成熟MBSP的等电点为10.43。鲤MBSP与鲫MBSP,猪胰蛋白酶,牛胰蛋白酶,美洲鲽胰蛋白酶的同源性分别为80.6%,55.8%,55.3%和53.9%。而与仓鼠肌肉中具有胰凝乳蛋白酶性质的蛋白酶的同源性为39.2%。MBSP有高含量的赖氨酸残基(11.93%),此特性可能与该酶的肌原纤维结合特性有关。 相似文献
20.
获得了草鱼脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase, LPL)部分cDNA序列（GenBank注册号为FJ612596）,并进行了序列同源性分析;采用半定量反转录聚合酶链式反应（SQ-RT-PCR）方法,检测了LPL基因在草鱼不同组织和不同发育阶段脂肪细胞中的表达状况;研究了饥饿和再投喂对草鱼肝胰脏LPL基因表达的影响。结果显示,所获得的草鱼LPL部分cDNA序列长度为360 bp,与其它物种的同源性为70%~89%; LPL基因在肝胰脏、肌肉、心脏、鳃、腹腔脂肪组织中均表达,其中在腹腔脂肪组织中表达丰度最高,在鳃中表达丰度最低;在成熟脂肪细胞中的表达丰度显著高于基质脉管组分（stromal vascular fraction,SVF）细胞;草鱼LPL基因表达水平在饥饿48 h后显著升高,再次投喂后12 h,回复到0 h的表达水平。研究表明,草鱼LPL在不同组织及脂肪细胞分化的起始和终末阶段均有表达,显示其在草鱼不同组织和脂肪细胞分化中具有重要作用,同时,其表达水平受营养状况的调控。论文首次克隆得到草鱼LPL基因部分cDNA序列,并对其进行了表达分析,研究结果可为LPL在鱼类脂质代谢中的作用研究提供参考和依据。 相似文献