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1.
天山樱桃野生居群遗传多样性SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为给天山樱桃种质资源的保护和开发利用提供参考,应用SSR标记技术对新疆天山樱桃4个居群44份种质的遗传多样性进行分析。结果表明:筛选的14对SSR引物共检测到191个位点,包含148个多态性位点。Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.239 8和0.367 6,各居群遗传分化系数为0.193 5,基因流为2.084 3。天山樱桃遗传分化水平较低,各居群间基因交流频繁,遗传变异主要存在于居群内。由基于遗传距离的聚类结果可知,裕民县与大西沟居群遗传关系最近,与特克斯居群遗传距离较远,4个天山樱桃居群中大西沟居群遗传多样性最高。 相似文献
2.
濒危植物永瓣藤遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用ISSR分子标记技术研究永瓣藤居群的遗传多样性,用 10 个ISSR引物对全分布区10个天然居群的190个单株进行扩增,得出总的多态位点百分率为39.2%.Shannon多样性指数(Ho)为0.045 ～ 0.101,居群水平上平均值(Hpop) 为0.083,物种水平上(Hsp)为0.183,表明遗传多样性均较低.用 POPGENE 计算出的遗传分化系数GST为 0.567 2,即居群间的遗传分化占居群总遗传变异的56.72%,显示永瓣藤居群间分化较强烈.地史变迁和植被破坏引起的居群片断化、小居群致使基因流受阻以及永瓣藤自交的繁殖方式都加剧了居群间的遗传分化.研究结果还表明永瓣藤居群间遗传距离与地理距离密切相关. 相似文献
3.
[目的]通过我国无患子主要分布区的居群样本,研究无患子天然居群的遗传多样性和遗传结构.[方法]采用ISSR分子标记技术,利用12条ISSR引物分析18个天然居群的265株个体样本.[结果]表明无患子遗传多样性水平较高,物种和居群水平上的多态位点百分率 (PPB)分别为95.37%和57.82%,Shannon's信息指数(I)分别为0.256 9和0.199 8,Nei's遗传多样性指数(H)分别为0.390 9和0.298 0.AMOVA分析表明,18个居群间出现一定程度的遗传分化,且遗传变异主要发生在居群内.UPGMA聚类和Mantel检验结果表明,18个天然居群可分为2大组群,且居群间的地理距离与遗传距离之间不存在显著相关性(r=0.066 7,P=0.541 7>0.05).[结论]无患子以自交为主,其天然居群遗传多样性丰富,居群内的遗传多样性高于居群间.研究结果可为无患子育种策略的科学制定和种质资源的有效保护及利用提供理论依据. 相似文献
4.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2016,(12)
利用ISSR分子标记对钩栗Castanopsis tibetana Hance 9个野生居群进行了遗传多样性分析。利用100条引物分别对111份钩栗基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出158条清晰条带,其中多态性条带141条,多态性条带百分率(P)平均为89.01%。钩栗9个居群的Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数分别为0.332 3、0.492 0;总种群基因多样度(Ht)、各种群基因多样度分别为(Hs)0.410 8、0.334 6,表明钩栗的遗传多样性较高。9居群的基因分化系数Gst为0.185 5,占总遗传多样性的81.45%。分子方差分析表明,80.21%的遗传差异存在于群体内,19.79%的遗传差异存在于群体间。基因流为2.196 0。用NTSYS软件计算出9居群111材料的DICE相似系数在0.811 6~0.921 8之间,遗传亲缘关系较近。各居群间的遗传距离差异较大;其中,邵武与建瓯居群的遗传距离最近,仅为0.081 5;浏阳和周宁居群的遗传距离最远,为0.198 4。聚类分析结果表明,采自福建的邵武、建瓯、建阳、屏南和周宁居群聚在一起;恩施和桑植居群聚在一起;永顺和浏阳居群聚为一起,种群遗传变异分布模式基本上与其地理生态格局一致。研究结果表明:供试的钩栗具有较高的遗传多样性,存在着较为频繁的基因交流;基于ISSR标记分析能较准确地揭示出钩栗种间的遗传多样性。 相似文献
5.
采用SRAP分子标记技术,对分布于我国西南3个藏族地区山杨9个居群130个个体进行了遗传结构分析。结果表明,筛选出的7对引物组合共检测到多态性条带(AP)99条,多态性条带百分比(PPB)为59.28%。采用POPGENE软件分析,山杨9个居群平均多态位点百分率(PPB)为33.80%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.130 9和0.213 7,较东北地区山杨具有偏低的遗传多样性。遗传分化系数Gst=0.325 5,表明遗传变异主要存在于居群内个体间。地理距离与遗传距离之间具有弱相关关系(r=0.349,P=94.5%),山脉阻隔效应是导致西南藏族地区山杨居群间遗传分化的主要因素。UPGMA聚类表明,甘孜地区4个居群与迪庆地区的维西居群具有较近的亲缘关系,迪庆地区的德钦、香格里拉居群和昌都地区2个居群的遗传相似度较高。基于西南藏族地区山杨遗传结构分析,建议实施就地保护的同时,建立山杨种质资源库,促进不同居群间的基因交流。 相似文献
6.
雌性榧树4个居群遗传多样的SRAP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
《经济林研究》2014,(3)
为给榧树的育种提供理论依据,以浙江淳安朱塔、太湖源,安徽樵山、小荣4个雌性天然榧树居群86个样品为研究材料,根据优化的SRAP-PCR反应体系和扩增条件,用26对引物扩增出了404个位点,其中多态位点330个,占81.68%,平均多态信息含量值为0.294 3。POPGENE分析结果表明,居群总的Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon信息指数为0.454 5,居群间的基因流为4.090 9,雌性榧树总的遗传多样性水平较高。居群间的基因分化系数为0.108 9,遗传变异主要存在居群内,且4个居群间的遗传距离与地理距离相关不显著。 相似文献
7.
采用ISSR分子标记检测海南岛青梅(Vatica mangachapoi Blanco)7 个自然居群192 株个体的遗传多样性及遗传结构。筛选的10 条ISSR 引物共扩增出清晰位点132 个,其中多态性位点130 个,多态性百分率(PPB)达98.48%。物种水平上,Nei's 基因多样性指数(H)为0.3391,Shannon多态性信息指数(I)为0.5095,总基因多样度(Ht)为0.3441,反映了很高的遗传多样性。AMOVA 分析显示,青梅的遗传变异主要存在于居群内个体间,但亦产生了相当程度的居群间遗传分化（Gst为0.332）,另外 Mantel 检测表明,青梅的遗传距离与地理距离间没有显著的相关性(r<0.2),地理隔离对青梅各自然居群间的基因流影响不明显。 相似文献
8.
[目的]山西省是我国酸枣集中分布区之一,开展山西省酸枣遗传多样性研究,为酸枣种质资源保护及可持续利用奠定基础。[方法]本研究利用生物信息学方法筛选酸枣中单拷贝核基因标记,对山西省14个酸枣居群的遗传多样性、遗传结构及居群动态进行分析。[结果]本研究筛选得到6个单拷贝核基因标记用于开展山西省酸枣种质资源相关研究。单拷贝核基因标记的长度为199～846 bp,分离位点数目和单倍型多样性平均值分别为37和0.857,表明单拷贝核基因标记多样性较高。中性检验表明:所有单拷贝核基因标记均符合中性进化假设。山西省酸枣表现出产高的遗传多样性(π=0.007 20,θw=0.009 25),这与高度异交及居群历史动态有关。失配分布分析表明:山西省酸枣在进化历史上经历过居群持续扩张,这与黄土高原地区受第四纪冰期循环影响小有关。STRUCTURE分析表明:山西酸枣居群没有形成明显的遗传结构。AMOVA分析显示:居群间遗传分化水平较高(Fst=0.145),居群内变异是总变异的主要来源(85.48%)。Mantel test表明:遗传距离和地理距离之间没有相关性(r=0.177 5,P=0.216.)。[结论]单拷贝核基因标记可以应用于酸枣种质资源遗传学研究。山西省酸枣种质资源遗传多样性水平较高,居群间遗传分化较明显。 相似文献
9.
采用选择性扩增片段多态性(AFLP)技术对马缨杜鹃5个不同完整性居群的遗传多样性进行检测和分析。结果表明:筛选出的7对引物组合共扩增出527条带,其中多态带382条,多态带百分率为72.49%;5个居群间的多态性百分率在52.23%~69.64%之间,居群平均多态性百分率为57.80%;Nei’s基因多样性变化范围在0.113 9~0.173 8之间,Shannon信息指数为0.186 8~0.277 7;居群间遗传分化系数Gst为0.168 8,表明83.12%遗传变异发生在居群内,居群间基因流为2.462 4,足以维持居群间现有的遗传结构;AMOVA分析结果表明,18.34%的遗传变异存在于居群间,81.66%的遗传变异存在于居群内;基于UPGMA聚类结果,可将5个马缨杜鹃居群分为3组,紫溪山和板凳山居群、马雄山和小营地居群之间各为一组,老湾地居群独自一组。研究表明,该物种有些居群虽遭受严重的人为破坏,但居群的遗传多样性仍然较高。 相似文献
10.
采用AFLP标记检测海南岛青梅7个主要自然居群192株个体的遗传多样性及遗传结构.应用筛选出的6对引物共扩增出频率大于5.00%的位点777个,其中多态位点比例为99.61%(774).在种级水平上,Nei's基因多样性指数(H)为0.266 1,Shannon多态性信息指数(I)为0.420 4;总基因多样度(H,1)为0.268 4.居群水平的平均多态性位点数和多态性比例为617个和79.45%;H和I平均值分别为0.215 3和0.335 2.遗传分化指数(Fst)和基因流(N,m)分别为0.198 0和1.012 7.UPGMA聚类和遗传距离与空间距离相关性分析结果表明,居群间遗传亲缘关系与其地理位置关系不明显(P=0.230 0,r'2=0.232 5.综合研究结果表明,青梅具有较高的遗传多样性,居群间有一定的遗传分化.建议采取人工促进天然林下层苗木生长和人工造林等措施,促进现有青梅居群遗传多样性保育和发展. 相似文献
11.
[目的]研究南方皂荚的遗传多样性和遗传结构现状,为制定有效的保护策略和育种策略提供理论依据。[方法]采用扩增片段长度多态性技术对供试的215份皂荚的遗传多样性及遗传距离进行分析。[结果]表明:检测到1 782个位点,其中,有1 389个为多态性位点,多态位点百分率为77.94%;皂荚各群体Shannon’s信息指数平均为0.256;Nei’s多样性指数平均为0.168,表明皂荚群体的遗传多样性偏低,皂荚群体间存在着一定的遗传分化;根据遗传距离UPGMA聚类分析,将10个群体划分为4大类。由遗传分化系数和分子方差分析结果发现,群体内的变异是皂荚遗传变异的主体,74.79%的变异来自群体内。[结论]皂荚群体的遗传多样性与遗传结构的形成不仅与其分布广泛、种子特性及生活史有关,而且与人为的砍伐、引种、生境片段化等因素有重要关系。基于上述结果提出了皂荚的保护策略。 相似文献
12.
[目的]研究毛红椿天然群体遗传多样性取样策略,为其种质资源收集、保存和遗传多样性保护等提供参考依据。[方法]利用8对微卫星分子标记进行毛红椿天然群体遗传多样性和空间自相关分析,综合制定其天然群体合理取样策略。[结果]毛红椿天然群体等位基因数平均为7.5个,期望杂合度(H_e)和多态性信息指数(PIC)均值分别为0.643 7和0.636 0,基因分化系数(G_(ST))均值为0.290 7。在遗传多样性取样策略方面,提出了根据毛红椿群体基因分化系数来确定取样群体遗传变异所占总变异比例的运算公式为1-(G_(ST))~(n-1),其中,n为取样群体的数量。当取样群体达到4个时,基本上能包括该树种97.5%的遗传变异;同时确定了目标群体的选择方法,应选择与其它群体间基因分化系数均值较大的4个群体,即贵州册亨(CH)、浙江遂昌(SC)、浙江仙居(XJ)和云南师宗(SZ)。通过构建云南宾川(BC)、云南师宗(SZ)和江西宜丰(YF)群体内取样单株数量与基因多样性和等位基因之间的捕获曲线,确定了群体内取样单株数量应达到15个以上;毛红椿天然群体内300～520 m范围内的单株间存在相似关系,超出此范围个体间差别较大,说明在进行群体内单株取样时,单株间距应大于520 m。[结论]取样群体数量、群体间遗传分化系数、群体内单株数量以及单株间距离等影响了毛红椿取样群体的遗传多样性。毛红椿天然群体遗传多样性取样策略为取样群体4个、每个群体最少取样15个单株,单株间距大于520 m。 相似文献
13.
[目的]探讨基于微卫星标记分析刺槐叶瘿蚊遗传多样性指数与样本量的相关关系。[方法]设置了12个样本量梯度,选取11对微卫星引物分析了我国刺槐叶瘿蚊5个种群的遗传多样性指数。[结果]表明,样本量的大小与平均等位基因数(Na)呈显著正相关,与有效等位基因数(Ne)呈中度正相关,与观测杂合度(Ho)呈负相关,而与期望杂合度(He)、Nei’s遗传多样性指数(H)和多态信息含量(PIC)没有明显相关性。此外,当样本量小于25时,随着样本量的增加,有效等位基因数增幅明显,观测杂合度起伏变化较大,但当样本量大于30时,随着样本量的增加,上述两个指数增(降)幅度平缓。[结论]在利用微卫星DNA标记对我国刺槐叶瘿蚊种群的遗传多样性研究中,选取的最适样本量应为25～30,分析的最适遗传多样性指数应为期望杂合度、Nei’s遗传多样性指数和多态信息含量。该研究结果将为我们后续研究提供科学数据,并有助于分析其他入侵昆虫种群遗传结构的研究,同时可为其他双翅目昆虫的遗传多样性研究提供样本量参考。 相似文献
14.
[目的]利用SSR标记比较大别山黄狮寨不同年龄级映山红(Rhododendron simsii Planch.)种群的遗传多样性及遗传结构,探究映山红不同世代间遗传多样性的变化规律,为大别山野生映山红资源的合理利用和高效保护提供科学依据。[方法]按照基径大小和丛枝多少将大别山黄狮寨典型映山红种群划分为老树、成树、小树、幼苗4个年龄级,筛选出12对多态性强的SSR引物用于PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测并银染。构建"0/1"矩阵,利用POPGENE 32. 0软件分析种群遗传多样性。基于Nei's遗传距离,采用软件MEGA5. 0进行UPGMA聚类。[结果]不同龄级的映山红遗传多样性差别较大,幼苗和老树种群多样性最差,小树种群多样性最丰富。12个微卫星标记观测等位基因数为3～9个,平均5. 08;有效等位基因数为2. 254 9 6. 129 7,平均3. 460 5;观察杂合度HO和期望杂合度HE分别为0. 676 4～0. 881 2和0. 607 7～0. 690 7。Shannon信息指数(I)以小树群体最高,成树次之,幼苗最低。近交系数Fis为-0. 638 3～0. 174 4,平均为-0. 294 6;总近交系数Fit为-0. 615 1～0. 270 6,平均为-0. 162 1,表明各龄级种群内主要繁殖方式为杂交。分子方差分析(AMOVA)表明89. 76%的遗传变异存在于年龄级内,仅10. 24%存在于年龄级间。基因流水平高,仅1个位点Nm 1。遗传一致度最高的为小树和成树种群。[结论]大别山黄狮寨映山红种群遗传多样性丰富,种群间中度分化,遗传变异主要存在于年龄级内。 相似文献
15.
[目的]了解环境因子对毛红椿适生区分布的影响,为其资源保护、引种及其人工林的发展提供参考。[方法]基于MaxEnt模型能利用现存不完整、小样本、离散型分布数据构建物种适生区预测模型,用受试者工作曲线线下面积(AUC)检验预测模型的精度,面积越大精度越高等优点,本研究应用毛红椿在云南的分布数据及1个地型因子和6个气候因子,来构建其适生区分布模型。[结果]毛红椿适生区分布MaxEnt模型平均训练AUC和平均测试AUC分别为0.891、0.885,说明对毛红椿适生区的预测是可靠的;降水量变异系数和最干季度降水量是决定毛红椿适生区分布的主要因子,年均气温变化范围、最冷季度平均气温、最湿季度降水量、最冷季度降水量是次要因子。在当代和未来(2050S、2070S)气候变暖条件下(RCP2.6情景),云南省和全国适生区面积计算结果直观、定量的反应了全球变暖对毛红椿适生区变迁的影响。[结论]预测云南省及全国的毛红椿适生区随全球变暖而小幅萎缩。 相似文献
16.
[目的]通过对思茅松自由授粉子代测试林的生长与形质性状遗传参数的估计,进行优良家系选择,为建立思茅松高世代种子园及培育优良无性系苗木提供种质资源。[方法]采用随机区组试验设计,在214个思茅松自由授粉家系子代测试林中选择胸径、地径、树高、枝下高、冠幅、通直度、树干圆满度、树冠圆满度、材积及地上生物量等生长与形质性状,利用线性混合模型进行遗传参数的估计,进行优良家系筛选。[结果]思茅松自由授粉子代测试林生长与形质性状的遗传参数在家系间差异极显著。各性状的家系遗传力较高,其中,地径的家系遗传力最大(1.105)。材积的预期遗传增益高于地上生物量,利用家系/家系内选择方法进行优良家系的筛选,材积的预期遗传增益为60.75%,入选家系为60个;地上生物量的预期遗传增益为44.22%,入选家系为66个。轮盘数、通直度和树干圆满度对材积和地上生物量都有显著影响。[结论]在早期选择中,形质性状的遗传变异对思茅松自由授粉优良家系的选择有重要参考作用,4年生思茅松自由授粉家系子代测试林中各性状存在着丰富的遗传变异,在早期选择中可以筛选出适合不同培育目标的优良家系,最大限度挖掘其遗传潜力。 相似文献
17.
[目的]为了丰富马尾松遗传信息,开发更多适用于马尾松的新型分子标记。[方法]依据马尾松Ty1-copia类型和Ty3-gypsy类型反转录转座子RT序列的保守区域设计引物,建立了马尾松IRAP-PCR技术体系并以12个基因型个体为材料进行验证。[结果]42条引物中筛选出多态性丰富、重复性好的29条进行PCR扩增,共获得227条谱带,其中多态性条带207个,多态性比例为91.19%,平均观测等位基因数(Na)为1.911 9±0.284 1,有效等位基因数(Ne)为1.468 0±0.288 2,Nei’s基因多样性指数(H)为0.291 1±0.144 9,Shannon’s信息指数(I)为0.447 2±0.195 3;利用引物P-12、P-15或R-1,可以将栽培种与无性系两类区分开;P-2可作为核心引物,能将12份供试材料有效区分开来;采用IRAP标记构建了供试种质的DNA指纹图谱;供试种质的遗传相似系数为0.46 0.69,以相似系数为基础,进行UPGMA聚类分析,以0.57为阈值可将供试种质分为三类,其中无性系内不同材料间也存在较大的遗传变异。[结论]IRAP分子标记能有效地用于马尾松种质的鉴别与亲缘关系分析等相关研究。 相似文献
18.
[目的]研究红豆树优树自由授粉子代遗传多样性及其对生长的影响,比较天然居群子代和孤立木子代遗传多样性差异,揭示子代遗传多样性的变化规律及天然居群在子代遗传多样性维持中的作用,为红豆树遗传保育和优异种质挖掘提供科学依据。[方法]以来自浙、闽、赣、川等26个红豆树优树自由授粉家系为研究对象,利用11对SSR引物对765个子代群体进行遗传多样性评价,同时分析子代遗传多样性参数与种子、生长性状的相关性。[结果](1)红豆树优树子代群体具有较高的遗传多样性,有效等位基因数为7.766个,观测杂合度(H_O)和期望杂合度(H_E)分别为0.469和0.865。(2)除SSR8外,其余位点的观测杂合度均小于期望杂合度,表明子代群体绝大多数位点处于杂合子缺失状态。(3)红豆树不同家系的遗传多样性存在明显差异,12号家系的遗传多样性水平最高,8号家系则最低。(4)比较发现,天然居群子代的遗传多样性显著或极显著地高于孤立木子代。(5)F统计量和分子方差分析(AMOVA)均表明,红豆树优树子代群体的遗传变异主要存在于家系内,家系间的遗传分化相对较小。(6)相关性分析发现,子代遗传多样性参数与种子性状、子代年高生长量呈显著正相关(r=0.378~0.527)。[结论]较大的红豆树天然居群在维持其子代较高遗传多样性中发挥了重要作用,子代遗传多样性显著影响苗木生长,这为红豆树遗传保育和优良家系选择提供了理论依据。 相似文献
19.
[目的]为了解红花尔基地区沙地樟子松天然纯林的结构特征,指导沙地樟子松的保护与经营。[方法]在红花尔基地区设置2块100 m×100 m的樟子松天然纯林固定样地,利用样地内每木定位调查数据和分析统计软件进行一元分布及二元分布特征分析。[结果](1)樟子松天然林纯林直径分布为单峰或多峰山状分布,垂直结构简单,只有乔木层和草本层。(2)樟子松天然纯林的林木分布格局为均匀分布,接近随机分布,林木分布格局类型与林分密度无关;林分中樟子松个体竞争激烈,多数单元中林木呈较密集状态。(3)2块样地中随机分布状态下的林木多数为中等密集或比较密集,不同分布状态下的林木优劣性差异较小;低密度樟子松天然纯林中多数密集状态的林木为绝对优势木或优势木,而高密度林分中林木密集度分布与林木大小无关。[结论]红花尔基沙地樟子松天然林结构不合理,应选择病腐木及聚集分布的个体作为潜在调整对象,进行密度调整和结构优化。 相似文献