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1.
通信作者陈从英,Tel/Fax：0791-83813080;E-mail：chcy75@ hotmail.com【目的】分离影响母猪初情期的主效基因或分子标记。【方法】以白色杜洛克×二花脸资源群体F2代母猪为研究材料,利用Illumina猪60K SNP芯片分别对F0和F1及316头有初情期表型记录的F2代母猪进行基因型判定,通过单标记全基因组关联分析（GWAS）和连锁-连锁不平衡（LDLA）分析检测与母猪初情期显著关联的SNP位点或单倍型。采用标准关联分析、标记辅助关联分析和F值下降检验分析lin-28同源B基因（LIN28B）和跨膜蛋白38B基因（TMEM38B）3个SNP位点与母猪初情期的关联性。【结果】①与母猪初情期关联性最强的SNP为ASGA0032316,位于7号染色体（SSC7）33.07 Mb处RAB23基因内含子中,同时在1、6、12、15和17号染色体也检测到与母猪初情期显著关联的SNP;②达基因组显著水平的单倍型均位于SSC7,其中关联性最强的单倍型位于SSC7的38.39 -38.47 Mb处F1RVR7和ZFAND3基因之间的基因间隔区;③LIN28B和TMEM38B基因的3个SNP与母猪初情期均未达到显著相关（P＞0.05)。【结论】在白色杜洛克×二花脸资源群体中,与母猪初情期关联性最强的SNP位点和单倍型均定位于7号染色体, 1、6、12、15和17号染色体也定位到与母猪初情期显著关联的SNP,LIN28B和TMEM38B基因不是1号染色体QTL区间内的因果基因或需要搜寻更多的SNP进行分析验证。 相似文献
2.
鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联 总被引：2，自引：2，他引：0
【目的】全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1（JAK1）、 zinc finger DHHC-type containing 8（ZDHHC8）、vav 3 guanine nucleotide exchange factor（VAV3）、SATB homeobox 1（SATB1）等候选基因;84个与这两个性状潜在关联同时达到5%染色体水平显著的位点。【结论】利用GWAS分析策略筛选和鉴定的重要突变位点及候选基因,将为揭示鸡免疫器官发育的分子调控机制和抗病育种分子标记辅助选择提供必要的分子基础。 相似文献
3.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2018,(6)
【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9～0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P0.05或P0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。 相似文献
4.
《四川农业大学学报》2017,(3):414-419
【目的】检测多浪羊与和田羊初情期启动过程中血清4种生殖激素(E2,FSH、LH、P4)的变化规律,为研究绵羊的初情期启动机制提供理论依据。【方法】利用公羊试情等方法对40只多浪羊与40只和田羊初情期年龄进行了鉴定;利用放射免疫分析技术对这2种绵羊2月龄、3月龄、初情期前、初情期(早期、中期、后期)、初情期后血清4种生殖激素的变化规律进行测定。【结果】多浪羊达到初情期的年龄约在4月龄,和田羊达到初情期的年龄约在8月龄。在幼年期至初情期的发育过程中,2种绵羊4种生殖激素变化趋势相似。多浪羊2月龄、3月龄血清E2浓度均显著高于和田羊(P0.05);多浪羊3月龄(初情期前)、初情期早期、中期血清FSH浓度均显著高于和田羊(P0.05),初情期后期血清P4浓度显著高于和田羊(P0.05)。多浪羊初情期后血清FSH、LH、P4浓度均显著高于和田羊(P0.05)。【结论】多浪羊初情期前高水平的E2、FSH可能与其初情期启动早相关,初情期后高水平的FSH浓度可能与其排卵数多、多胎性相关。 相似文献
5.
利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血糖（glucose,GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins,GSP）浓度,采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点,为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础,同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰,收集血液后分离血清,利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控,将合格的SNP标记用于后续的关联性分析,利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP（ALGA0057739,P=1.58×10-5）,解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552,P=1.45×10-5）,解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版本）,无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析,这两个SNP都位于SSC8,距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta分析,未发现新的与GSP显著相关的SNP;在1号染色体250.32Mb处（DRGA0002016,P=2.48×10-5）和14号染色体43.97Mb处（ASGA0062984,P=1.29×10-5）,定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因,发现ASPM、TRPM3和KCTD10 等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。 相似文献
6.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2017,(4)
【目的】为揭示白血病抑制因子(leukemia inhibitory factor,LIF)基因变异位点与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了405头大白母猪LIF基因C4950G和C6988T位点的多态性,结合1 716窝母猪繁殖性能记录,分析了单个位点基因型及两位点合并基因型对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪C4950G和C6988T位点分别以等位基因G和T的频率最高,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态,杂合度较高。C4950G位点GG基因型母猪的总产仔数、产活仔数、仔猪初生窝重及21日龄成活数显著高于其余两种基因型(P0.05或P0.01),C6988T位点CT基因型母猪上述4个性状显著高于TT基因型(P0.05)。两个位点对母猪繁殖性能的影响呈现了明显的协同作用,合并基因型为GGCT的母猪,可较其他基因型显著提高总产仔数0.90~1.05头(P0.05或P0.01)、产活仔数0.54~0.88头(P0.05或P0.01)、仔猪21日龄成活数1.02~1.95头(P0.05或P0.01),仔猪初生窝重与21日龄窝重也更大(P0.05或P0.01)。【结论】进一步证实LIF基因与母猪繁殖性状间存在显著关联,但在不同品种(猪群)中,该基因的具体效应可能会有所不同。 相似文献
7.
【目的】通过全基因组关联分析,定位影响杜长大商品猪肌内脂肪含量的相关SNP位点及其重要候选基因,为利用分子生物学方法改良猪肌内脂肪含量提供科学依据。【方法】选取981头杜长大商品猪,包括阉割公猪447头、母猪534头,所有试验猪均在统一条件下饲养至150日龄后进行屠宰测定,屠宰后利用索氏浸提法对肌内脂肪含量进行测定。利用GeneSeek GGP 50K芯片进行基因分型,使用rMVP软件包的FarmCPU模型对肌内脂肪含量性状进行全基因组关联分析。【结果】杜长大商品猪平均肌内脂肪含量达2.27%,其变异系数为34.24%,基因组遗传力(h2)为0.39,属于中等遗传力性状,表明该性状具有较大的遗传改良空间。经质控后,剩余30600个SNPs位点用于全基因组关联分析,共发现有8个潜在SNPs位点与肌内脂肪含量相关,分别分布在2、3、5、11、12、13和14号染色体上。利用Gene Ontology数据库对可能影响肌内脂肪含量的候选基因进行GO功能注释分析,发现这些候选基因参与的代谢通路包括肌肉发育代谢过程、器官生长代谢、基因表达调控及RNA转录等生物学代谢过程,但主要以肌肉生长发育代谢通路为主,表明肌内脂肪含量与肌肉生长发育之间存在紧密联系。【结论】利用高密度芯片进行全基因组关联分析,发现有8个SNPs位点与肌内脂肪含量相关;根据基因生物学功能及相关研究文献,C2orf74、HS6ST3和ROBO2基因主要参与细胞增殖分化及脂肪代谢等生物学过程,可作为影响肌内脂肪含量的重要候选基因。 相似文献
8.
【目的】克隆多浪羊催乳素受体基因（PRLR）CDS区序列，并检测不同组织中PRLR基因在初情期前后表达差异，为PRLR基因在初情期启动过程中发挥的主要作用提供参考依据。【方法】利用RT-PCR技术和使用相关的生物学信息软件预测其编码蛋白的结构和功能，通过qPCR检测多浪羊初情期前后各组织中的PRLR基因的表达水平。【结果】获得了多浪羊PRLR基因的CDs区序列长1 746 bp。多浪羊的3个时期5个组织中均有PRLR基因的表达。PRLR基因在初情期前多浪羊垂体组织中的表达量显著高于其他组织（P<0.05）；初情期垂体组织中PRLR基因的表达量仍显著高于其他4个组织（P<0.05），初情期后下丘脑和垂体组织中PRLR基因的表达量显著高于其他3个组织（P<0.05）；初情期垂体和输卵管组织中PRLR基因的表达量升高，初情期后显著高于初情期前和初情期后（P<0.05）。【结论】揭示了PRLR基因可能在多浪羊初情期启动的过程中参与了调控。 相似文献
9.
【目的】果粒大小是葡萄外观和产量的重要构成因子之一,为受多基因调控的复杂数量性状,挖掘葡萄果粒大小相关性状的关键遗传调控位点和基因,将有助于葡萄产量的提高。【方法】本研究以150份葡萄品种资源为材料,分别于2019年和2020年对葡萄果实单粒重、种子数目和种子质量等进行测定,并结合重测序获得的高密度基因型数据进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,挖掘调控各性状的遗传位点和基因。【结果】各性状在关联群体中呈现广泛的连续变异,变异系数为39.55%—68.89%;在不同年份均服从正态分布,符合数量性状遗传特征;相关性分析表明葡萄果实单粒重、种子数目和种子质量呈显著正相关。全基因组关联分析共检测到150个与果实单粒重显著关联的SNP,在2019年检测到99个SNP,解释表型变异的14.48%—25.59%;在2020年检测到73个SNP,解释表型变异的16.08%—26.83%;其中24个SNP位点在两个年份均检测到,主要位于1号、5号、11号和16号染色体。相较于果实单粒重,检测到的与种子数目显著关联的SNP较少,2019年检测到1个... 相似文献
10.
【目的】探究初情期启动前、启动中、启动后大鼠下丘脑、垂体和卵巢中神经激肽B(Neurokinin B,NKB)的表达变化。【方法】以SD雌性大鼠为研究对象,分别取大鼠的下丘脑、垂体和卵巢组织制作冰冻切片,运用免疫荧光染色法检测SD大鼠下丘脑、垂体和卵巢上NKB的分布。【结果】NKB主要分布于各时期大鼠下丘脑的弓状核、腹内侧核、室旁核、腺垂体以及卵巢的黄体细胞、间质细胞。但NKB在不同时期表达水平不同,在初情期启动前(出生后25d)和启动后(出生后60d)表达最强,在初情期启动中最弱(P0.05)。同一时期不同核团之间NKB表达水平也不同,初情期启动前和启动中室旁核最强,弓状核次之,腹内侧核最弱(P0.05);在初情期启动后,弓状核和腹内侧核中NKB的表达显著高于室旁核(P0.05)。腺垂体中NKB在初情期启动时表达最强,初情期启动前次之,初情期启动后最弱(P0.05)。卵巢间质细胞中NKB在初情期启动中的表达显著低于初情期启动前、后(P0.05)。卵巢黄体细胞中NKB在初情期启动后表达最强,初情期启动时最弱。【结论】NKB可能与初情期启动的调控密切相关。 相似文献