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1.
为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。 相似文献
2.
选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。 相似文献
3.
通过细菌16SrRNA基因的高通量测序,对断奶仔猪的肠道菌群结构和饲喂两株单一益生菌(屎肠球菌)后肠道菌群的变化情况和规律进行分析。结果显示,断奶仔猪肠道微生态中拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes的细菌所占比例分别为50.5%和42.2%,为绝对优势菌群。饲喂屎肠球菌后,肠道菌群的多样性和细菌丰度均增加;厚壁菌门Firmicutes,变形菌门Proteobacteria、无壁菌门Tenericutes、酸杆菌门Actidobacteria、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、放线菌门Actinobacteria细菌的丰度明显上升,而拟杆菌门Bacteroidetes的细菌丰度则发生了明显下降。屎肠球菌所在的肠球菌属Enterococcus的比例虽由0.07%(对照组)上升至0.12%(SF1组)和0.14%(SF2组),但在肠道菌群中所占比例仍然很小,说明屎肠球菌对仔猪肠道微生态的作用主要是影响其他细菌的丰度和多样性进而改变菌群结构。与对照组相比,SF1组的上述菌群变化幅度高于SF2组,通过与3组仔猪生长性能数据的对比,上述菌群变化的幅度与仔猪生长性能提高的程度呈现正相关。 相似文献
4.
[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。 相似文献
5.
为探究德昂酸茶对高脂饮食小鼠的抗肥胖作用,按体重分别以德昂酸茶1.0 (低)、2.0 (中)、3.0 (高) g·kg~(-1)剂量对高脂饮食小鼠干预12周后,采集粪便,利用16S rDNA测序对肠道微生物菌群多样性进行分析。结果表明:德昂酸茶干预后,可显著提高高脂饮食小鼠肠道菌群的物种丰度和多样性;高脂饮食小鼠肠道优势菌群厚壁菌门丰度下降,拟杆菌门丰度提高;双歧杆菌属在各组中比例增加,空白对照组和酸茶低剂量组比例相近;另枝菌属在高脂对照组中含量较高(2.24%),但在酸茶组中,随着灌胃剂量的升高呈递减趋势。高脂对照组与其余各组肠道菌群的主成分区分明显,酸茶组菌群组成结构发生偏移。这一研究提示德昂酸茶可维持高脂饮食小鼠肠道微生态的平衡,降低厚壁菌门与拟杆菌门的比值,对减肥具有积极的意义。 相似文献
6.
为探讨日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响,分别采用组织学方法和16S rRNA宏基因组测序的方法对其进行研究。结果显示,高糖高脂连续饲喂8周后,团头鲂肝细胞呈不规则排列,肝细胞空泡化及细胞核偏移。试验构建了6个测序文库,获得了175 820条高质量序列和588个OTUs。在门水平上,试验组(高糖高脂)和对照组鱼肠道微生物菌群中,相对丰度最高的前4种分别为梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria),其中试验组的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度高于对照组,而厚壁菌门和拟杆菌门低于对照组。在属水平上,各组主要菌群相对丰度也有所不同,其中试验组Clostridium、Romboutsia和Macellibacteroides的相对丰度高于对照组,分别是对照组的2、6和2倍,而Porphyromonadaceae和Aeromonas相对丰度低于试验组。核心菌群和特有菌群分析发现,对照组和试验组共有OTUs为82个,试验组特有OTUs为26个,主要菌门为变形菌门(57.69%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(11.54%)和厚壁菌门(11.54%)。这些研究结果表明,高糖高脂饲料投喂团头鲂8周后,对团头鲂肝脏组织产生明显损伤,并对其肠道内容物微生物的菌群组成与结构产生影响,引起肠道菌群失调,进而可能对宿主的健康产生影响。 相似文献
7.
为探究复合免疫制剂对凡纳滨对虾生长和肠道微生物的影响，在基础饲料中添加0.5%复合免疫制剂为试验组饲喂凡纳滨对虾28 d，以基础饲料为对照组，监测对虾生长情况及肠道菌群变化。结果显示：试验组凡纳滨对虾生长性能与对照组无显著差异（P>0.05），但存活率较对照组显著提高（P<0.05）；在门水平上，两组对虾肠道微生物均以拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主；在属水平上，试验组弧菌属相对丰度在各采样时间点均低于对照组，黄杆菌属相对丰度在第28天低于对照组。综上，复合免疫制剂能增加有益优势菌群丰度，抑制条件致病菌增殖，改善对虾肠道菌群结构的同时，不会对生长产生负面影响。 相似文献
8.
[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度. 相似文献
9.
【目的】研究加味二术散对断奶仔猪回肠、盲肠肠道菌群的影响,为其在生产中的应用提供依据。【方法】选用30日龄断奶仔猪75头,随机分为5个组,即:不做任何处理的空白对照组,饲喂在基础日粮中添加0.2%,0.3%和0.5%加味二术散的3个中药处理组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)以及饲喂在基础日粮中添加0.5%硫酸粘杆菌素的阳性对照组,每处理3个重复,每重复5头猪。在饲养第1,2,3周无菌采集空白对照组、中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪回肠、盲肠内容物,采用PCR-DGGE技术分析肠道细菌菌群的结构变化。对DGGE图谱中的差异性和共性条带进行克隆、测序和序列分析,对其对应的菌种进行鉴定。【结果】中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪肠道菌群的多样性高于空白对照组;盲肠菌群多样性高于回肠。中药添加Ⅱ组和阳性对照组回肠微生物菌群相似性高,均达到82%以上;中药添加Ⅱ组盲肠微生物菌群相似性高于空白对照组和阳性对照组。DGGE图谱中特异条带和共性条带测序结果表明,断奶仔猪回肠、盲肠的肠道细菌主要归属于厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)。【结论】加味二术散能够增加仔猪肠道微生物菌群多样性,改善肠道微生物菌群结构,促进断奶仔猪肠道微生物区系达到新的平衡,防治仔猪腹泻。 相似文献
10.
饮水添加氯化钙对高脂日粮饲喂小鼠脂肪沉积和肠道菌群的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究饮水添加氯化钙对高脂日粮饲喂小鼠脂肪沉积和肠道菌群的影响,为提高动物胴体品质和人体健康提供理论依据。【方法】选用27只4周龄C57BL雄性小鼠,分为高脂日粮组和高脂日粮+饮水添加氯化钙组,试验期13周。每周测定小鼠体质量,试验末测定小鼠体脂含量,试验结束后采集小鼠皮下脂肪、附睾脂肪并称质量。于试验后期10～12周采集小鼠粪便进行16S rRNA高通量测序,并分析对菌群的影响。【结果】饮水添加氯化钙显著降低了小鼠体质量、体脂含量、皮下脂肪指数和附睾脂肪指数,与高脂组相比分别降低了12.85%、32.69%、26.65%和18.60%。饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便样中的菌群多样性和菌群丰度。在门水平下,饮水添加氯化钙对拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、脱铁杆菌门Deferribacteres、放线菌门Actinobacteria、软壁菌门Tenericutes的丰度无明显影响。在纲水平下,与高脂组相比,饮水添加氯化钙显著降低了丹毒丝菌纲Erysipelotrichia和放线菌纲Actinobacteria的相对丰度,并且显著提高了梭菌纲Clostridia的相对丰度。【结论】饮水添加氯化钙能够降低高脂日粮饲喂小鼠的体质量和体脂含量,这可能与饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便菌群多样性和特定菌群丰度有关。 相似文献
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[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据. 相似文献
12.
[目的]分析屎肠球菌(Enterococcus faecium)活菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落优势门属的持续影响,为揭示益生菌调节仔猪肠道健康的作用机制及人为调控仔猪肠道微生物以促进其健康提供参考依据.[方法]给健康新生仔猪灌服无菌脱脂乳(对照组)或屎肠球菌制剂(益生菌组),持续灌服6 d,分别采集7和21日龄仔猪结肠内容物,提取总细菌DNA后进行PCR扩增,采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测16S rRNA序列的V3~V4可变区,分析肠道微生物群落α多样性及其在门和属分类水平上的结构特点.[结果]给新生仔猪灌服屎肠球菌并不影响7和21日龄仔猪结肠微生物群落α多样性.与对照组相比,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落优势门的相对丰度无显著变化(P>0.05,下同),21日龄仔猪拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度也无显著差异,但变形杆菌门(Proteobacteria)相对丰度呈显著增加趋势(P<0.05,下同);在属水平上,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落中相对丰度变化明显的优势属均隶属于拟杆菌门,其中,普雷沃氏菌属(Prevotella)相对丰度显著增加,而拟杆菌属(Bacte-roides)相对丰度极显著减少(P<0.01,下同),丁酸单胞菌属(Butyricimonas)相对丰度显著减少;21日龄仔猪结肠微生物群落中66.67%优势属的相对丰度呈减少趋势,其中以厚壁菌门4个属的变化尤其明显,即巨型球菌属(Megasphaera)相对丰度极显著减少,乳杆菌属(Lactobacillus)、产琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和粪杆菌属(Faecalibacterium)相对丰度显著减少.[结论]新生仔猪口服屎肠球菌能对其结肠微生物群落优势门或属组成产生持续影响,表现为促进有益于结肠健康菌属的生长,而抑制具有潜在致病性菌属的增殖,为今后定向研究调控仔猪肠道健康的肠道共生微生物提供明确范围. 相似文献
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选取80只3月龄康乐黄鸡，随机均分为4组，每组5个重复，每个重复4只。对照组(CON组)和应激组(STR组)饲喂基础饲粮，酵母硒组(SY组)和酵母硒+应激组(SY＿STR组)饲喂在基础饲粮中添加0.5 mg/kg酵母硒的试验饲粮。预试期7 d，正试期21 d。试验第21天时，给STR组和SY＿STR组肉鸡腹腔注射15 mg/kg敌草快，CON组和SY组注射等量生理盐水，24 h后，每个重复选取1只鸡，采集盲肠内容物样品，用于肠道菌群分析，研究酵母硒对氧化应激肉鸡盲肠微生物多样性、菌群结构及物种丰度的影响。结果表明：盲肠菌群α多样性指数在各组间的差异均无统计学意义(P>0.05);β多样性分析显示，与CON组和SY＿STR组相比，STR组盲肠菌群结构分布相对零散，物种相似度较低；与CON组相比，STR组厚壁菌门与拟杆菌门相对丰度之比(F/B)、肠球菌属和埃希氏菌属–志贺氏菌属相对丰度显著(P<0.05)升高，毛螺旋菌属和嗜胆菌属相对丰度显著(P<0.05)降低；与STR组相比，SY＿STR组和SY组拟杆菌门相对丰度显著(P<0.05)升高，F/B、厚壁菌门、Mon... 相似文献
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运用Miseq高通量测序技术,分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中,高密度组的丰富度和多样性均最高,丰富度随放养密度的增大而增加,而在生物絮团菌群中,高密度组的丰富度最低;在门水平上,肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,优势菌属的组成和所占比例明显不同,梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在,Coccinimonas仅在絮团样本中存在;肠道样本中,中密度组弧菌属的相对丰度最小,为5.23%,高密度组弧菌属的相对丰度最大,为23.39%,絮团样本中,低密度组弧菌属的相对丰度最大,为16.15%,中、高密度弧菌属的相对丰度均较小,分别为5.51%和4.20%;随养殖密度增大,肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小,分别为1.36%、0.41%、0.02%,而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见,生物絮团养殖模式下,养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。 相似文献
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将60只健康罗曼粉鸡随机分为正常组和模型组,每组30只,模型组灌服1×104个孢子化卵囊进行人工复制鸡球虫病模型,正常组灌服等体积生理盐水,感染5 d,剖杀试验鸡,无菌采集鸡盲肠内容物,并通过Illumina PE250型高通量测序仪对肉鸡盲肠内菌群进行16S rDNA基因V3~V4可变区检测,对肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数、α多样性、β多样性及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价,探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群结构和多样性的影响。结果表明：与正常组相比,感染柔嫩艾美耳球虫后鸡肠道菌群的OTUs数、Chao1指数极显著降低,Shannon指数显著降低,Simpson指数显著升高;门水平上,模型组变形菌门的相对丰度极显著升高,而厚壁菌门的相对丰度显著降低,拟杆菌门和柔膜菌门的相对丰度显著降低;属水平上,正常组的优势菌属为拟杆菌属、瘤胃菌属–UCG014、副拟杆菌属,而模型组瘤胃球菌属–uncultured、球藻菌属、埃希菌–志贺菌属相对丰度极显著升高。可见,艾美耳球虫破坏了盲肠菌群的完整性,促进潜在致病菌的建立和生长,尤其使埃希菌–志贺菌属大量繁殖,快速生长。 相似文献
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为研究多鳞白甲鱼肠道微生物菌群组成及其多样性,采用16S rRNA高通量测序对野生多鳞白甲鱼以及养殖成年健康多鳞白甲鱼肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:不同环境多鳞白甲鱼肠道内容物样品间OTU个数具有一定差别。多鳞白甲鱼肠道菌群主要包括:变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。野生样品中优势菌群主要是鲸杆菌属(Cetobacterium),养殖样品中优势菌群主要是乳杆菌属(Lactobacillus)。主成分分析则发现,野生多鳞白甲鱼的肠道微生物群落与人工养殖多鳞白甲鱼具有差异。以上结果说明:不同环境间多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成及多样性存在差异。 相似文献
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为研究南极鱼皮肤微生物群落的多样性,揭示不同种类南极鱼皮肤微生物的差异,提取伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)和革首南极鱼Notothenia coriiceps(NC)皮肤微生物基因组总DNA,采用16S rDNA分子标记和高通量测序技术检测样品微生物群落多样性。结果表明:对两种南极鱼的6个样本分别进行测序,共获得有效序列数378 517条,获得操作分类单元(OTUs)740个;两种南极鱼皮肤的优势菌门包括厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria等,以厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门的丰度较高;两种南极鱼皮肤的优势菌属为厌氧芽孢杆菌属Anoxybacillus、火山岩菌属Vulcaniibacterium、芽孢杆菌属Bacillus、嗜冷杆菌属Psychrobacter、青枯菌属Ralstonia、短波单胞菌属Brevundimonas、假单胞菌属Pseudomonas和嗜甲基菌属Methylophilus;同种南极鱼不同个体间皮肤微生物菌群差异较小,且伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼间皮肤微生物菌群无显著性差异(P0.05)。研究表明,采用高通量测序可以精准地对两种南极鱼皮肤微生物主要菌群进行分析比较,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门是伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼皮肤微生物的优势菌门,两种南极鱼间的皮肤微生物菌群无显著性差异。 相似文献
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【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。 相似文献
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为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肠道微生物与生长间的关系,通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 °C、29 °C、32 °C、35 °C）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1;成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%;平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短;蜕壳增重率随水温升高先升后降;四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）;α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低;β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P < 0.05）。在门水平,四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria）,三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%;26 °C水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 °C水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 °C水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P < 0.05）;在属水平,26 °C水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 °C水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 °C水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 °C水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P < 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 °C左右时生长最好,肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降,高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加,影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。 相似文献