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1.
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。 相似文献
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[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据. 相似文献
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为探究复合免疫制剂对凡纳滨对虾生长和肠道微生物的影响，在基础饲料中添加0.5%复合免疫制剂为试验组饲喂凡纳滨对虾28 d，以基础饲料为对照组，监测对虾生长情况及肠道菌群变化。结果显示：试验组凡纳滨对虾生长性能与对照组无显著差异（P>0.05），但存活率较对照组显著提高（P<0.05）；在门水平上，两组对虾肠道微生物均以拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主；在属水平上，试验组弧菌属相对丰度在各采样时间点均低于对照组，黄杆菌属相对丰度在第28天低于对照组。综上，复合免疫制剂能增加有益优势菌群丰度，抑制条件致病菌增殖，改善对虾肠道菌群结构的同时，不会对生长产生负面影响。 相似文献
4.
【目的】探究在高位池养殖凡纳滨对虾中添加丁酸梭菌对肠道上皮细胞及菌群结构的影响,为对虾健康养殖提供技术支持。【方法】设加菌组和对照组,饲料投喂频次为每天3餐,试验周期设为60 d。加菌组每天早上添加1%的丁酸梭菌拌料投喂,饲喂3 d后停3 d菌剂拌料投喂,以此为1个周期;对照组不添加丁酸梭菌。分别于0和60 d取样测定对虾体重和体长,并取对虾肠道进行组织切片和细菌群落结构分析。【结果】加菌组对虾的终体质量和终体长分别达9.54±0.38 g和9.12±0.12 cm,均显著高于对照组的7.35±0.36 g和8.25±0.10 cm （P<0.05,下同）。加菌组对虾的食物肠道饱满,肠道上色素呈稳定规则的星状结构,而对照组出现空肠现象,肠道上色素呈淡红色,且分散无固定的形态。加菌组对虾的肠道上皮细胞高度可达40 μm,显著高于对照组（10 μm）。在对虾肠道细菌群落结构方面,60 d时,加菌组厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度分别为50.44%和18.62%,显著高于对照组的0.05%和3.05%,而加菌组软壁菌门（Tenericutes）和变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度分别为10.03%和15.69%,显著低于对照组的56.25%和38.23%。在属水平上,60 d时,加菌组梭菌属（Clostridium）和乳杆菌属（Lactobacillus）的相对丰度分别可达22.49%和26.45%,显著高于对照组的5.02%和0.03%,而弧菌属（Vibrio）和Candidatus Bacilloplasma的相对丰度分别为8.16%和9.18%,显著低于对照组的14.39%和55.81%。【结论】通过在饲料中添加1%丁酸梭菌可显著提升对虾生长性能,增加肠道上皮细胞高度,改善肠道菌群结构,促进肠道有益菌生长,抑制有害菌的繁殖。 相似文献
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凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症病虾与健康虾肠道优势菌群比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究急性肝胰腺坏死综合征(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPNS)病原对凡纳滨对虾肠道菌群的影响,获取更多的AHPNS防治基础资料,采用PCR-RFLP方法比较了江苏地区患AHPNS病虾和健康对虾肠道微生物群落。结果发现,不同生长阶段病虾肠道中均只有弧菌属细菌;对照的健康对虾中,幼虾肠道优势菌为假单胞菌属、食酸菌属和固氮螺菌属细菌;养殖中期对虾肠道优势菌为发光杆菌属、弧菌属和希瓦氏菌属细菌;养殖后期对虾肠道优势菌为弧菌属、红杆菌属、莱茵海默氏菌属细菌。研究结果表明,凡纳滨对虾患AHPNS后肠道微生物群落明显不同于健康对虾,肠道菌群多样性遭到破坏,弧菌为肠道内绝对优势细菌,不同生长阶段健康对虾的肠道优势菌存在差异。本研究探究了AHPNS病原对于凡纳滨对虾肠道菌群的影响,并为认识和防控AHPNS提供试验基础。 相似文献
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驯化硝化型生物絮体养殖南美白对虾的初步研究 总被引：7，自引：4，他引：3
尝试在养殖中期逐渐降低碳源添加量至零,探讨驯化硝化型生物絮体对生物絮凝高密度南美白对虾养殖系统的水质、生物絮体细菌群落动态变化和对虾生长性能的影响。实验在3个跑道式养殖系统中进行,放养密度均为685尾/m~3。水质结果表明养殖前1~45 d,每日按日投饵量的100%~150%添加葡萄糖,能很好地降低氨氮的浓度,但对亚硝酸盐氮处理效果不明显。投糖量下降至零后,氨氮仍能维持在较低水平,亚硝酸盐氮浓度明显下降。利用高通量测序技术对生物絮体的细菌群落结构进行分析。检测结果表明在门水平上,异养型和硝化型生物絮体的主要优势菌群都是Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在纲水平上,异养型生物絮体的优势菌群是Alphaproteobacteria(α-变形菌纲),而硝化型生物絮体的优势菌群有Alphaproteobacteria(α-变形菌纲)、Flavobacteria(黄杆菌纲)和Gammaproteobacteria(γ-变形纲)。系统在65 d后不添加碳源情况下,生物絮体的异养细菌丰度减少,硝化螺旋菌属(Nitrospiral)开始快速增多并发展成为硝化细菌的优势菌群属,异养型生物絮体逐渐转变为硝化型生物絮体。实验结束时,总投糖量占总投饵量的41.03%±7.86%。南美白对虾的存活率和产量分别为43.35%±7.57%和(3.03±0.59)kg/m3。研究表明驯化硝化型生物絮体能优化高密度零水交换对虾养殖系统生物絮体的细菌群落结构和丰度,改善养殖水环境,保证对虾的生长和存活,节约成本。 相似文献
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为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于... 相似文献
8.
为了解池塘鱼菜立体种养系统中微生物的群落结构特征, 探究池塘鱼菜立体种养系统不同组成之间的相互关系, 采用Illumina MiSeq高通量测序方法对系统不同组成的微生物16S rRNA V3～V4区进行测序,比较分析了水体、底泥、蕹菜Ipomoea aquatica Forsk根际与根表、暗纹东方鲀Takifugu obscures肠道及凡纳滨对虾Litopenaeus vanname肠道微生物群落多样性及差异.结果表明: 池塘鱼菜立体种养系统的6组样品细菌分布于 62 门 1 503 属, 优势菌门包括变形菌门 Proteobacteria (27. 71%)、放线菌门 Actinobacteria (16. 37%)、蓝细菌门Cyanobacteria (16. 05%) 和拟杆菌门Bacteroidetes (10. 07%), 主要优势菌属包括红球菌属Rhodococcus、葡萄球菌属 Staphylococcus、弓形杆菌属 Arcobacter、红杆菌属 Rhodobacter、硫杆菌属Thiobacillus和支原体属Mycoplasma; 水体的优势菌门为放线菌门、变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门, 蕹菜根际及根表的优势菌门为变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 暗纹东方鲀肠道的优势菌门为厚壁菌门Firmicutes、 Epsilonbacteraeota、蓝细菌门和拟杆菌门, 凡纳滨对虾肠道的优势菌门为放线菌门和变形菌门; 池塘鱼菜立体种养系统中的功能性细菌分布略有不同, 蕹菜根表硝化细菌的相对丰度显著高于水体、鲀肠道和虾肠道 ( P<0. 05), 蕹菜根际反硝化细菌的相对丰度显著高于其他各组 (P<0. 05), 水体和蕹菜根际固氮菌的相对丰度显著高于虾肠道、底泥和鲀肠道 ( P<0. 05).研究表明, 池塘鱼菜立体种养系统的不同组成 (底泥、水体、蕹菜根际与根表、养殖对象肠道) 由于功能不同微生物群落结构存在较大差异, 在蕹菜根际及根表包含有相对丰度较高的硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌, 有助于促进氮循环, 提高系统中氮的利用率, 而养殖对象肠道中既有有益菌也有致病菌属. 相似文献
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选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。 相似文献
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[目的]评价不同养殖方式对鳙肠道微生物菌群种类及其多样性的影响,为发展鳙的健康养殖提供参考依据.[方法]设生物絮团组、施肥组和网箱吊养组3种养殖方式,经过8周的饲养周期后,运用PCR-DGGE对不同养殖方式下鳙肠道定植菌进行比较分析.[结果]鳙肠道细菌多样性排序为生物絮团组>施肥组>网箱吊养组,其中,生物絮团组与施肥组、生物絮团组与网箱吊养组、施肥组与网箱吊养组的DGGE图谱相似性依次为53.8%、39.4%和42.8%.生物絮团组鳙肠道的特异条带代表α-亚群的葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、绿弯菌(Chloroflexi)和几类不可培养细菌(EU585886.1、FN824844.1、GU498473.1、GU486235.1和JN399992.1);施肥组和网箱吊养组鳙肠道的特异条带代表梭菌属(Clostridium)、气单胞菌属(Aeromonas)及不可培养细菌(EU376178.1).[结论]生物絮团的应用能有效增强养殖鳙肠道微生物菌群组成多样性,降低气单胞菌在鳙肠道的分布,可作为高蛋白饵料类型被鳙摄食. 相似文献
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将60只健康罗曼粉鸡随机分为正常组和模型组,每组30只,模型组灌服1×104个孢子化卵囊进行人工复制鸡球虫病模型,正常组灌服等体积生理盐水,感染5 d,剖杀试验鸡,无菌采集鸡盲肠内容物,并通过Illumina PE250型高通量测序仪对肉鸡盲肠内菌群进行16S rDNA基因V3~V4可变区检测,对肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数、α多样性、β多样性及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价,探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群结构和多样性的影响。结果表明：与正常组相比,感染柔嫩艾美耳球虫后鸡肠道菌群的OTUs数、Chao1指数极显著降低,Shannon指数显著降低,Simpson指数显著升高;门水平上,模型组变形菌门的相对丰度极显著升高,而厚壁菌门的相对丰度显著降低,拟杆菌门和柔膜菌门的相对丰度显著降低;属水平上,正常组的优势菌属为拟杆菌属、瘤胃菌属–UCG014、副拟杆菌属,而模型组瘤胃球菌属–uncultured、球藻菌属、埃希菌–志贺菌属相对丰度极显著升高。可见,艾美耳球虫破坏了盲肠菌群的完整性,促进潜在致病菌的建立和生长,尤其使埃希菌–志贺菌属大量繁殖,快速生长。 相似文献
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为研究饲料中添加新型蛋白源鸡肠粉对鲤(Cyprinus carpio)肠道菌群的影响，选取初始体重为(57.30±0.10)g的鲤150尾，随机分为5组，每组10尾鱼，分别投喂鸡肠粉添加量为0%(D1组)、5%(D2组)、10%(D3组)、15%(D4组)、100%(D5组)的试验饲料，进行56 d养殖试验。饲养结束后，采集肠道样品，基于Illumina Miseq PE300平台进行高通量测序。结果表明，饲料中添加10%和15%的鸡肠粉降低了鲤肠道菌群的多样性，但具有改善肠道菌群结构的效果。D3、D4组α多样性显著低于D1组(P<0.05)。D3组降低了变形菌门(Proteobacteria)和邻单孢菌属(Plesiomonas)相对丰度，D3、D4组鲸杆菌属(Cetobacterium)和气单孢属(Aeromonas)相对丰度升高。表明在鸡肠粉添加量为10%时，鲤肠道致病菌相对丰度最低，有益菌相对丰度最高，对鲤肠道菌群结构有最好的改善作用。 相似文献
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为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体(A、B、C、D)的抗病性能,对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体(E)进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验,运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况,根据感染成活率的差异性,分析其中3个罗氏沼虾群体(A、C、E)肠道组织和养殖水体的菌群多样性。结果表明:肌肉组织样品中微生物主要分为6个门,其中厚壁菌门占绝对优势,次优势门为变形菌门,软壁菌门和酸杆菌门的含量相对较低;各感染组芽孢杆菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属的含量都高于对照组,而乳球菌属、乳酸杆菌属的含量明显低于对照组;肠道组织和养殖水体中微生物主要分为3个门,分别是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;基于不同罗氏沼虾群体肌肉组织中不同时间段内溶藻弧菌的含量,5个群体的抗弧菌感染能力分别为ABEDC,与感染成活率结果一致。综上,罗氏沼虾体内的菌群结构和养殖水环境密切相关,但相对独立;芽孢杆菌和类芽孢杆菌的含量差异可能是造成A群体和C群体感染成活率差异显著的原因。 相似文献
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为了解不同养殖模式对凡纳滨对虾养殖环境微生物多样性和群落结构的影响,利用高通量测序技术,结合生物信息学分析,比较凡纳滨对虾主养模式和鱼-虾混养模式中水体、底泥以及虾肠道微生物的多样性和群落结构。结果显示,无论是物种的多样性水平还是丰富性水平,均是底泥>水>虾肠道,主养池塘底泥和虾肠道样品的物种多样性和丰富性均高于混养池塘。不同样品微生物群落的菌群分布于59个门,其中10个门的丰度>1%,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)属于绝对优势菌群,在混养池塘和主养池塘中均>10%。主养池塘的微生物标志物共有8个类群,分别为双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)等,混养池塘的微生物标志物共有18个类群,分别为蓝色芽殖杆菌属(Gemmobacter)、外硫红螺菌科(Ectothiorhodospiraceae)、外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)等。通过功能预测及其相对丰度比较,发现主养模式在这些代谢通路中... 相似文献
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[目的]探究室内培育卤虫的成虫肠道菌群组成及结构特征,为开展人工健康养殖卤虫提供参考依据.[方法]选取俄罗斯鄂木斯克地区及我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫卵进行孵化,人工养殖至成虫期后采用16S rDNA高通量测序技术分析不同产地卤虫肠道内的菌群组成及结构特征.[结果]Illumina MiSeq测序共得到481096条有效序列,平均每个样品有53455条有效序列.变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为不同产地卤虫肠道内的优势菌群,其在肠道菌群内的相对丰度均在97.0%以上.不同产地卤虫肠道菌群的共有OTU为291个,共有OTU对应序列数占不同产地卤虫总序列数的95.04%.其中,假单胞杆菌属(Pseudomonas)有29个OTUs,其对应序列数占总序列数的31.25%;盐单胞杆菌属(Halomonas)有15个OTUs,其对应序列数占总序列数的16.44%;交替赤杆菌属(Altererythrobacter)有9个OTUs,其对应序列数占总序列数的12.00%.不同产地的卤虫肠道菌群也存在一定差异,交替赤杆菌属和列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)在俄罗斯鄂木斯克卤虫肠道内的相对丰度显著高于我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫(P<0.05,下同),微小杆菌属(Exiguobacterium)在我国巴里坤卤虫肠道内的相对丰度显著高于俄罗斯鄂木斯克地区和我国渤海湾产地的卤虫,而Idiomarina属仅在我国渤海湾卤虫肠道菌群中出现.[结论]卤虫肠道菌群构成与其生存的水体环境和摄食的饵料相关,因此可通过调整养殖水体环境和投喂饵料的一致性以提高肠道共有菌群的比例.卤虫肠道中参与食物消化吸收的有益菌群可作为今后研究卤虫生长机制的靶菌群. 相似文献
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为研究土池和高位铺膜池两种养殖模式下杂交鳢Channa maculata♀×Channa maculata argus♂肠道菌群结构的差异,采用高通量测序方法分别对土池养殖的健康杂交鳢(体质量为1140.67 g±45.88 g)和高位铺膜池养殖的健康杂交鳢(体质量为1130.00 g±96.27 g)肠道菌群结构进行了对比分析,其中,土池设置3个重复组,分别记为abce123、abce124和abce125,高位铺膜池设置3个重复组,分别记为abce126、abce127和abce128。结果表明:高位铺膜池的水温、pH与土池无显著性差异,但总氨氮、亚硝酸氮和总碱度等明显低于土池;不同养殖模式下杂交鳢肠道菌群结构存在明显差异,且土池养殖杂交鳢肠道中细菌多样性远高于高位铺膜池;在门水平上,土池杂交鳢肠道样品abce123中变形菌门所占比例明显高于其他门类,样品abce124、abce125中分别以变形菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes所占比例最高,而高位铺膜池3个肠道样品中均以梭杆菌门Fusobacteria所占比例最高;在属水平上,土池abce123肠道样品中优势细菌属类均为未知细菌属类,abce124肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属Chryseobacterium、支原体属Mycoplasma、食酸菌属Acidovorax、不动杆菌属Acinetobacter和鲸杆菌属Cetobacterium,abce125肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属、不动杆菌属、食酸菌属、支原体属和鲸杆菌属,而高位铺膜池3个样品中均以鲸杆菌属为主,占95%以上。研究表明,土池和高位铺膜池两种不同养殖模式下杂交鳢肠道微生物组成及多样性差异较大,其结果可为今后杂交鳢的养殖模式选择和微生态学研究提供数据参考。 相似文献
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采用高通量测序技术对6只亚成体和老年体的圈养大熊猫口腔唾液样本进行测序，分析圈养大熊猫口腔细菌的菌群多样性、结构和潜在致病菌及其在2组不同年龄群体间的差异。结果显示：大熊猫口腔中的细菌以变形菌门(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)等为主，相对丰度分别为70.4%、13.4%，在属水平上主要有放线杆菌属(Actinobacillus)、劳特罗普氏菌属(Lautropia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和莫拉氏菌属(Moraxella)等，相对丰度分别为10.5%、5.4%、3.9%、3.8%；亚成体大熊猫口腔菌群的多样性和丰富度高于老年体的，但差异无统计学意义；β多样性分析结果显示，2组大熊猫口腔菌群结构间的差异无统计学意义；LEfSe分析发现2组之间的差异细菌在亚成体组中有Niveispirillum、固氮螺菌属(Azospirillum)与根瘤菌属(Rhizobium)，在老年体组中则有气单胞菌属(Arenimonas)和二氧化碳噬纤维菌属(Capnocytophaga)，但它们的相对丰度均不高；圈养大熊猫口腔中有链球菌属(Streptococcus)、放线菌属(Actinomyces)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)和葡萄球菌属(Staphylococcus)等致病菌，其中与龋齿相关的菌群相对丰度较高，这可能与圈养大熊猫摄入了较多的碳水化合物有关。 相似文献
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为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。 相似文献
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人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。 相似文献
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为了对比硝化型和异养型生物絮团养殖系统的运行效果,实验在硝化组和异养组中养殖吉富罗非(GIFT Oreochromis niloticus)幼鱼51天,对比研究罗非鱼的生长性能、非特异性免疫酶活、消化酶活以及水体和肠道微生物的群落结构。结果显示：两组罗非鱼的成活率和增重率等生长性能指标均无显著性差异。异养组罗非鱼的非特异性免疫酶活显著高于硝化组。硝化组罗非鱼肠道的淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于异养组,异养组的蛋白酶显著高于硝化组。罗非鱼肠道占比前5的优势门均为变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和衣原体门(Chlamydiae),其中变形菌门是各组中最主要的菌群。硝化型水中占比前4的优势门为变形菌门,绿弯菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes),浮霉菌门(Planctomycetes);异养型水中占比前4的优势门为变形菌门,绿弯菌门,拟杆菌门,放线菌门。分枝杆菌属(Mycobacterium)是是水体和肠道中最主要的潜在致病菌而Diplorickettsiaceae和邻单胞菌属(Plesiomonas)均保持在较低水平。水体和肠道中除梭菌属(Clostridium)外其余潜在致病菌如气单胞菌属(Aeromonas),黄杆菌属(Flavobacterium)等含量水平硝化型组均高于异养型组。 相似文献