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《家畜生态学报》2021,(6)
生命科学研究进入到大数据时代,以组学大数据研究为核心的生物信息学技术已经发展为畜牧科学研究的重要支撑。生物信息学知识更新快、实践性强,针对大数据背景下生物信息学教学中存在的问题,笔者借助学校高性能计算平台开展了实验教学改革,以项目教学法为主要手段,以高性能计算平台为载体,针对基因组大数据分析的教学特点设计实验教学项目,进行教学实践探索。与传统教学方法相比,依托高性能计算平台的项目教学法紧跟生物信息学研究前沿,激发了学生对基因组大数据分析的学习热情,锻炼了学生编程能力和服务器使用技能,提高了学生独立解决问题的综合能力,符合生物信息学实验课程教学的内在规律,取得了较好的教学效果,值得在实验教学中推广和应用。 相似文献
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本研究自猝死海南黄牛的组织器官中分离到2株A型产气荚膜梭菌,命名为ZWCP209和ZWCP210。基因组拼接结果显示其基因组大小处于3.4～3.5 Mb之间,tRNA和CDS数量稳定。多位点序列分析(MLST)显示,测序菌株属于同种新ST型。从NCBI数据库中获取27株牛源产气荚膜梭菌的基因组,与测序分离株共同进行生物信息学分析：共检测到13种耐药基因,其中四环素类耐药基因tetA(P)和tetB(P)的携带率最高(79.4%),值得关注的是,本研究中2株海南黄牛分离株均携带了7种以上的耐药基因,其中包括非兽用抗生素■唑烷酮的耐药基因optrA。泛基因组分析结果显示以上菌株的基因组中共含有7 345个基因,核心基因数量占比22.94%;在核心基因组和plc基因的系统进化分析中,两海南黄牛分离株处于同一分支,并具有相同的毒力因子,具有极高的同源性。本研究为国内首次对海南黄牛产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定与生物信息学分析,对牛产气荚膜梭菌病的防治与基因组研究具有参考价值。 相似文献
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利用生物信息学方法对在基因文库中有完整注释信息的禽脑脊髓炎病毒(AEV)和其他小RNA病毒进行了基因组结构比较,发现小RNA病毒基因组结构的共性和个性;利用DNAMAN 5.0软件对小RNA病毒进行了基因组和蛋白多序列比对,并建立了蛋白质系统进化树。结果表明,AEV与甲肝病毒(HAV)的基因组结构最为相似;它们的基因组序列和蛋白序列的同源性最大,蛋白系统进化树的构建更进一步证明AEV与HAV的亲源关系最近;另外,经多序列比对发现猪肠道病毒A、鸭小RNA病毒TW90A型与猿猴小RNA病毒1型三者之间具有最大的序列同源性,并处于同一个进化树分枝,因此,建议将它们划分为一个新的小RNA病毒属,同时也为其他小RNA病毒科属种的划分提供了参考。 相似文献
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利用回收特异ISSR扩增片段的方法,从冰草中分离到1个P基因组特异DNA片段--UBC811535.经克隆、Southern杂交、测序和生物信息学分析表明,片段的序列长535bp,G+C含量为44%,片段相对小麦族A、B、D、V、H、Ns、R、St等基因组是特异的,与小麦Em基因的一段存在66%的同源性,与GenBank上注册的其他序列同源性较低,是冰草P基因组新的特异DNA序列(GenBank登录号为EU652952).序列中含有200bp以上的开放阅读框架,但无终止密码子,可能为基因的一部分. 相似文献
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质型多角体病毒(cypoviruses,CPV)是昆虫常见病原微生物。采用生物信息学方法对7种昆虫CPV基因组编码序列进行密码对使用模式分析,探究昆虫CPV基因组特征。分析结果表明:昆虫CPV基因组中密码对的使用是非随机的,密码对组合NNA→ANN、NNG→GNN、NNU→CNN、NNU→UNN中的多数密码对是CPV负偏好性密码对,密码对组合NNA→CNN、NNA→UNN、NNG→CNN、NNU→GNN中的多数密码对是CPV正偏好性密码对;残值最高的10个密码对与残值最低的10个密码对中有4个共用密码子(AAA、AAG、GAU、UAU),进一步说明密码对使用的偏好性;不同CPV间的基因组密码对使用偏好性程度相近,但极端偏好性密码对种类不同。同一电泳型CPV在聚类分析中的距离较近,说明同一电泳型CPV的基因组密码对使用模式相似,并且系统发育分析结果与基于密码对使用模式的聚类分析结果一致,说明CPV基因组密码对使用模式分析可用于研究其基因组进化。昆虫CPV基因组密码对使用具有偏好性,这种偏好性是其基因组特征的一种表现。 相似文献
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Bulfield G 《British poultry science》2004,45(1):5-8
1. I introduce the problems facing poultry breeding in the future and the role biotechnology may have to play. 2. I then review recent research in the genomics and bioinformatics of poultry and where this may lead in the near future. 3. Finally, I discuss the scientific and commercial opportunities of this research and strategies for implementation into poultry breeding practices. 相似文献
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cDNA microarray gene expression analysis and toxicological phenotype for anticancer drug 总被引：1，自引：0，他引：1
Lee GJ Lee WS Jeon KS Um CH Kim YS Kim SJ Lee CH Yoon HK Hwang SY Park JS Hwang JW Kang KS Lee YS Kim MS Chon KJ Yeo CD Kang JS 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2004,66(11):1339-1345
Toxicogenomics, the subdiscipline that merges genomics with toxicology, hold the promise to contributing toward the goal of elucidating mechanism by studying genomic profiling related with various drugs. The application of gene expression profiling technology to examine multiple genes and signaling pathways promises a significant advance in understanding the toxic mechanisms of various drugs and prediction of new drug candidate. Toxicogenomics is emerging field combining genomics and bioinformatics to identify and characterize mechanisms of toxicity of drug and various compounds. The principal hypothesis underlying on this field is that chemical-specific pattern of altered gene expression is related with each chemicals properties, especially toxicological property, and it will be revealed using high-density microarray analysis of sample from exposed organisms. So, in this study we compare the gene expression pattern of two anticancer drugs paclitaxel and orally absorbable paclitaxel, using the cDNA microarray. And from the result of this study, it is possible to provide the new possibility for genome-wide insight into mechanism of their anticancer activity and toxicological phenotype. 相似文献
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功能基因组学研究进展 总被引：3，自引：0，他引：3
2 1世纪是生物时代和信息时代 ,基因组学的研究已从结构基因组学转向功能基因组学 ,对于基因功能的研究也由单一基因转向大规模、批量分析。文章对功能基因组学及相关学科的概念作了概述 ,介绍了功能基因组学的研究内容与研究方法 ,主要包括应用差异显示反转录 PCR、基因表达序列分析 (SAGE)、微点阵、蛋白质组学和生物信息学等研究基因组表达概况、基因组多样性和模式生物学等。 相似文献
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短日照是苜蓿秋眠性的主要影响因子,故苜蓿秋眠被认为是一种光周期反应。光敏色素是光周期反应的主要受体,因而探究光敏色素与苜蓿秋眠性之间的关系可能是揭示苜蓿秋眠性机理的有效途径之一。紫花苜蓿光敏色素A、B基因尚未被克隆,本研究采用2种不同的试验策略,分别以mRNA和基因组DNA为起点,根据比较基因组学原理和生物信息学方法,利用RACE和染色体步移等手段,克隆得到了紫花苜蓿光敏色素A 全长和光敏色素B近全长基因序列,为进一步探讨两者在苜蓿生长发育,特别是苜蓿秋眠性的光周期调控机制中的作用奠定了基础, 并为克隆紫花苜蓿其他未知基因等研究提供思路和参考。 相似文献