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1.
猪瘟病毒石门株E2基因序列分析 总被引：6，自引：0，他引：6
经非猪瘟免疫猪增殖猪瘟病毒石门株,从抗凝血中直接提取病毒RNA进行RT-PCR,获得了猪瘟病毒石门株E2基因片段。克隆后测序,结果表明石门株的E2囊膜糖蛋白与国外报道的5株猪瘟病毒的E2囊膜糖蛋白具有相同的骨架结构,即均具有15个半胱氨酸残基和5个潜在糖基化位点,此外石门株也具有保守序列RYLASLH。同源性比较表明,石门株与日本的ALD株和GPE#+-株同源性最高,而与欧洲的Alfort株同源性最低。与国内的疫苗种毒（482代）、疫苗毒以及国外使用的中国猪瘟兔化弱毒株同源性比较表明,石门株与种毒(482代)同源性最高,其次为国外使用的中国猪瘟兔化弱毒株,而与国内使用的疫苗毒同源性最低。本研究提示国内疫苗毒的E2基因在生产中有较大变异,可能导致抗原漂移。 相似文献
2.
猪瘟兔化弱毒株E~(rns)基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从兔脾组织中提取猪瘟病毒兔化弱毒株RNA,利用RT-PCR技术,扩增了猪瘟兔化弱毒的第一个囊膜糖蛋白基因Erns,并对其进行了序列分析。核苷酸序列比较发现,CSFV与Brescia株和GPE-株的同源性为94.6 %,与石门毒株和Alfort/A19株的同源性为95.0 %,与ALD株的同源性为95.4 %。根据核苷酸序列推导出氨基酸序列,并进行氨基酸序列同源性比较,结果表明,CSFV与Alfort/A19株和ALD株的同源性为93.8 %,与GPE-株的同源性为93.0 %,与石门毒株和Brescia株的同源性分别为94.7 %和95.2 %。 rns 相似文献
3.
研究陕西省猪瘟病毒E2基因主要抗原区变异情况,为猪瘟防控提供依据.用巢式PCR方法对猪瘟疫苗和采自陕西省部分地区的疑似猪瘟病料进行E2基因主要抗原区扩增并测序,将测序结果与HCLV疫苗株和Shimen株E2基因进行序列比对分析.结果表明,23株流行毒株之间的核苷酸同源性在86.0％～100％,氨基酸同源性在87.8％～... 相似文献
4.
本实验用RHDV CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA。根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT—PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因。PCR产物纯化后,进行序列测定。测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp。该序列与已发表的其它13株RHDV VP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较。结果显示,CD株核酸序列与WX-84株同源性最高为97.5%,与其它毒株的同源性在92.0%~96.6%之间。氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexico-89株同源性最高为99.4%,与其它毒株的同源性在96.6%~98.3%之间。 相似文献
5.
根据GenBank中已发表的鸭瘟病毒TK基因序列,设计一对引物,对1株鸭瘟病毒强毒和1株鸭瘟病毒疫苗毒进行PCR扩增。将扩增的目的片段分别克隆到pMD18-T载体,经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定,获得阳性重组质粒,然后对阳性重组质粒进行序列测定及分析。结果表明,本实验所扩增的鸭瘟病毒TK基因及侧翼UL24基因大小为1 995 bp,鸭瘟强、弱毒株TK基因及侧翼UL24基因序列完全相同,该病毒TK基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911509与AY963569,四川株DQ640611,AV1221株EF173464,sd-01株EF417996同源性分别为99.5%,99.9%,100%,99.9%,100%,而该病毒UL24基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911511,DQ227739,EF417996同源性为99.9%,99.8%,99.9%,表明鸭瘟病毒强弱毒株TK基因及侧翼UL24基因高度保守。为构建鸭瘟病毒TK基因缺失的转移载体奠定了基础。 相似文献
6.
2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。 相似文献
7.
以RT-PCR扩增新城疫病毒JZ05株的HN基因,并进行克隆和测序.采用DNAssist序列分析软件将JZ05毒株HN基因与另外18个NDV毒株HN基因序列及其氨基酸序列进行比对分析.测序结果表明,JZ05毒株的HN基因全长1716 bp,HN蛋白由571个氨基酸残基构成,具有5个潜在糖基化位点及13个半胱氨酸残基,第6个潜在糖基化位点(538-540 aa)发生缺失.与另外18个NDV毒株比对,仅NDV JZ05株发生单个氨基酸残基变更的有6处.与11个毒株(ZJ1、TJ03、Jlan-1-00、SBZ02、SCL03、JS02、GD05、SQD04、SQZ04、YG、Taiwan95)比对,HN基因序列及其氨基酸序列的同源性均在94%以上;但与3个疫苗毒株(Clone30、LaSota、B1)比对,基因序列的同源性约82%,氨基酸序列的同源性约87%. 相似文献
8.
【目的】构建传染性喉气管炎病毒(ILTV)的真核表达载体。【方法】从传染性喉气管炎病毒河南株(ILTV-XY)感染的鸡胚绒毛尿囊膜中提取病毒DNA,进行PCR扩增,PCR产物进行T-A克隆与测序,获得了鸡IL-TV-XYgB全基因序列;对ILTV-XY株gB基因与GenBank中读取的5株ILTVgB基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行了比较分析;并将该基因片段克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,对构建的重组质粒pcDNA3.1/gB进行酶切、测序鉴定。【结果】序列测定表明,gB全基因核苷酸长度为2 629 bp,编码873个氨基酸,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸。与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因进行比较,核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-XY株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又都插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28~32位5个氨基酸的移码突变。构建的重组质粒pcD-NA3.1/gB经酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确。【结论】成功构建了ILTV的真核表达质粒pcDNA3.1/gB,为ILTV核酸疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
9.
为分析从不同地区分离的犬瘟热病毒(CDV)毒株的抗原性差异,对5个CDV分离株和1个CDV弱毒疫苗株的N蛋白基因进行了核苷酸测序,并与11个参考毒株进行了比较。结果表明,5个分离株之间核苷酸序列同源性达94.5%-99.8%。China(国内疫苗株)与分离株的核苷酸序列同源性普遍较低(90.9%-93.5%)。分离株之间氨基酸序列同源性差别大(87.9%-100%),其中,HT-P与THD1的氨基酸序列同源性为100%;而与China疫苗株氨基酸同源性普遍较低,为89.7%-91.8%。China疫苗株与Onderstepoort有着很高的同源性,同源性比例分别为97.1%。分析结果显示,最近CDV的流行和免疫失败现象发生,与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关。 相似文献
10.
[目的]为研制和筛选猪细小病毒核酸疫苗提供依据。[方法]对猪细小病毒Vaccine株VP2进行克隆、测序以及抗原性分析。[结果]参考GenBank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物,并利用该引物扩增了猪细小病毒vaccine株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上,测序获得656 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列,共编码218氨基酸,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,比NADL-2毒株缺失781 bp,两者核苷酸同源性为98.9%,氨基酸同源性为97.2%;应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有7个抗原表位,分别在氨基酸N端的第10~183、4~39、94~103、121~126、137~144、156~165和209~214区段,此序列具有较好的免疫原性。[结论]该研究为发展特异性和敏感性诊断系统和研制疫苗提供了有力的技术依据,为研究蛋白质特性分析提供了理论依据。 相似文献
11.
[目的]对日本乙型脑炎病毒分离株E基因进行克隆及序列分析。[方法]根据乙型脑炎病毒SA14和SA14-14-2株序列,设计并合成一对E基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增出JEV分离株E基因片段,将其与pMD19-T载体连接,应用DNAStar、Clustal_1.81和Mega序列分析软件进行同源性比较。[结果]分离株E基因的cDNA长1 500 bp,可编码500个氨基酸;分离株E基因与VN50/Viet Nam/1989/Hu-man brain株、SA14株、Whe株、Benjing 1株、P3株、KV1889株J、aGAr01株和SA14-14-2株的核苷酸同源性为88.0%～99.1%,氨基酸同源性为97.8%～99.8%;分离株为乙型脑炎病毒强毒株。[结论]该研究为乙脑病毒基因工程疫苗的研发奠定了一定的基础。 相似文献
12.
以鸭肠炎病毒(DEV)SD-01株DNA为模板,根据GenBank上已发表的基因序列设计一对引物,利用PCR技术扩增出US2全基因,将目的条带连入pGM-T载体,得到的阳性重组质粒命名为pGM-US2并进行序列测定。将测序结果与疫苗株、鸭瘟鸡胚化弱毒疫苗(C-KCE)株和单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)、马立克氏病病毒(MDV)、伪狂犬病病毒(PRV)的US2基因同源性进行比较,发现核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为100%~25.8%和100%~28%。结果表明,US2基因在DEV中是完全保守的,但与其它疱疹病毒相比同源性较低。 相似文献
13.
禽呼肠孤病毒血清学相关性及S3基因序列同源性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用血清学交叉中和试验方法,分析了4株禽呼肠孤病毒株CL(鸡源禽呼肠孤病毒)、YH和YB(鸭源禽呼肠孤病毒)及S1133(禽呼肠孤病毒标准株)之间抗原的相互关系;并对CL株的S3基因进行克隆测序,用DNAsis和Prosis等分析软件进行序列比较及推导氨基酸序列分析.结果表明:4株禽呼肠孤病毒株之间具有共同的群特异抗原,但不同病毒株间存在中和抗原位点的不对称性;血清学相关性与S3基因序列及其推导的σB蛋白氨基酸序列同源性不一致,表明禽呼肠孤病毒诱导机体产生特异性中和抗体的病毒蛋白不止σB蛋白一个,σB氨基酸序列同源性与血清学相关性没有必然的直接联系. 相似文献
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参照已发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白基因(N)序列设计合成了1对引物,用RT-PCR方法对从发病狐、貉中分离的MS01、SC01、ZD01三株CDV的N基因进行扩增,并分别将其PCR产物进行克隆和测序。测序结果表明:3病毒分离株N基因阅读框架全长均为1572bp,编码523个氨基酸。利用DNAstar的MegAlign生物软件,将3病毒分离株与Genbank数据库中现有的CDV毒株的N基因序列及推导出的氨基酸序列进行了同源性比较和系统进化树分析,结果发现:3病毒分离株与强毒参考株A75/17等野毒株高度同源,核苷酸同源为96.2%～99.1%,氨基酸同源为96.0%～99.8%,而与疫苗株Onderstepoor相对较远,核苷酸同源为93.6%～94.0%。N基因的系统进化关系分析显示:3病毒分离株均归为强毒株,并且与中国新疆的TN株、中国台湾的Kaohsiung株基因型最近,表现出一定的地理位置相关性。 相似文献
15.
利用反转录 ( RT)和 PCR技术完成了 5株近期 ( 1 997～ 1 998年 )猪瘟流行毒和 1株猪瘟 C-株弱毒疫苗毒 (兰州 ) Erns(或称 E0 )基因的核酸序列测定。通过序列分析发现 ,这 5株流行毒与 C-株疫苗毒的核酸序列同源性为 83%～ 84%;推导的氨基酸序列同源性为 88%～ 91 %,我国 50～ 60年代流行的中国石门株 ( SM)的核酸序列同源性为 85%;氨基酸序列同源性为 89%～ 91 %。而 5株流行毒间的核酸序列同源性为 91 %～ 98%;氨基酸序列同源性为 94%～ 98%。 相似文献
16.
核衣壳蛋白(N)是传染性支气管炎病毒的主要结构蛋白之一. 以前的研究结果显示IBV-ZJ971毒株以引起腺胃肿大为特征,IBV-X和N毒株以引起肾炎为特征.为了探讨不同组织嗜性传染性支气管炎病毒N基因的变异,我们依据已发表的IBV- Beaudette 毒株N基因的序列设计和合成引物,RT-PCR扩增IBV-ZJ971、N、X和H52的核衣壳蛋白基因,并测序、分析和在E.coli中进行表达.结果显示:IBV-ZJ971、N、X和H52毒株的N基因的ORF由1230 bp组成,编码409个氨基酸.与来源于GenBank中的IBV毒株比较,IBV-ZJ971、N、X和H52与其它IBV毒株的核苷酸同源性分别是87.0-98.6%、86.6-99.7%、86.3-99.7%、87.2%-98.5%,氨基酸的同源性分别是90.0-97.8%、 90.5-98.8%、 90.0-98.8%、 91-98%.IBV-ZJ971毒株的N蛋白不同于其他IBV的独特变异是111,117, 142, 171 和 401位点上的氨基酸改变,IBV-N和X毒株的N蛋白不同与其它IBV的独特变异是46, 48, 189,190, 220, 223, 236, 237, 240, 286, 299, 301 334, 335, 336 and 351位点上的氨基酸改变.说明IBV嗜腺胃毒株(ZJ971)和嗜肾毒株(N和X)的N基因以散在的点突变为特征.将IBV-ZJ971毒株的N基因在E.coli中表达,并用western-blotting检测,发现IBV-ZJ971的N蛋白是一分子量约为45 kD的蛋白. 相似文献
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猪伪狂犬病是由猪伪狂犬病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)引起的一种急性、热性传染病。自2011年底以来,PRV发生了变异,传统的PRV弱毒疫苗已不能对PRV变异株提供完全保护,这给我国PR防控带来了巨大挑战。为了解安徽省PRV流行特征及其主要毒力基因遗传变异情况。利用PCR技术、细胞接种试验、电子显微镜观察、间接免疫荧光试验及兔体接种试验等方法,对安徽省临诊病例中疑似PRV感染的病猪进行病原检测及PRV分离鉴定,并通过设计6对特异性引物对PRV分离株主要毒力基因(gE、gI、TK、gB、gC、gD)进行克隆及测序分析。2016—2018年安徽省临诊病例中共分离鉴定15株PRV;PRV分离株主要毒力基因序列均与2011年后国内PRV变异株同源性较高;与2011年前国内PRV经典株序列比对,PRV分离株gE、gB、gC及gD基因存在多个位点的一致性替换、插入或缺失,且gE、gC基因多位点突变位于其重要的抗原表位区。本研究分离的15株PRV均为变异株,变异株已成为安徽省主要的流行毒株。15株PRV分离株的gI、TK基因序列较为保守,而gE、gC蛋白抗原表位区域氨基酸的突变可能导致其毒力及抗原性发生改变。部分PRV分离株与邻近地区PRV序列同源性均为100%,可能与频繁跨省调运生猪、跨区引种等原因有关。 相似文献
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为分析四川地区猪流行性腹泻流行状况及分子遗传演化特征,对2016年6月至2018年6月收集的71份猪腹泻病例进行RT-PCR检测与相关的流行病学调查,并对其中4份阳性样品进行ORF3、S1基因的检测与序列分析。结果显示,近2年的发病高峰日分别在1月28日和2月11日,发病高峰期在12月至3月;猪场连年感染数量下降,新疫源地增加;ORF3基因可分为2个基因型,部分毒株发生少量碱基突变;从S1基因高变区段分型结果显示,2016年底至2018年初流行的PEDV毒株为GⅡ群,与目前流行的PEDV变异毒株在同一分支,同源性为92.8%~99.3%,碱基变异数量较大,与国内的经典疫苗株CV777亲缘关系较远,同源性为82.7%~87.3%,发病时期更集中,较传统PEDV有轻度后移。结果表明,四川地区规模化猪场PED发病率呈下降趋势,对于该病的防控取得初步成效。目前流行PEDV毒株有变异的趋势,为PEDV的防控奠定基础。 相似文献