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封闭群五指山小型猪33个微卫星位点的遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2018,(21)
依据北京市地方标准DB11/T828. 3—2011《实验用小型猪第3部分:遗传质量控制》,在DNA水平上对封闭群五指山小型猪进行种群遗传分析。通过利用多重PCR和基因扫描技术对封闭群五指山猪33微卫星位点进行遗传检测,统计各个基因座的杂合度及期望杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、固定指数和Shannon信息熵。结果表明,33个微卫星位点在WZSP封闭群中平均等位基因数为6. 42,平均杂合度为0. 66,期望杂合度平均值为0. 69。此外,总群体在33个位点多态信息含量的平均值为0. 65,平均固定指数为0. 05。说明封闭群五指山小型猪群体具有一定的遗传稳定性,符合封闭群动物的遗传结构特征,所选微卫星位点可用于五指山小型猪遗传多样性评估。 相似文献
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凡纳滨对虾3个亲本及其子代群体的SSR分析（摘要）（英文） 总被引：1，自引：0，他引：1
利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OI Q、SIS Q、Kona Bay Q）及其子一代（OI Z、SIS Z、Kona BayZ）共计120个个体进行遗传分析。计算6个群体在8个微卫星位点上的平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均Hardy-Weinberg平衡指数（D）,以上各参数均采用群体遗传学分析软件POP-GENE3.2处理,同时根据Nei的方法计算群体间的遗传距离和遗传相似系数。运用MEGA3.0软件,采取UPGMA方法根据6个群体的遗传距离进行聚类。结果表明：8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2 ～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.479 4 ～0.769 9,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。 相似文献
3.
利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富. 相似文献
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利用8个微卫星座位对洪山鸡的提纯选育效果进行分析,分别计算了群体有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似系数和近交系数等相关参数.结果表明:在零世代基础群和五世代洪山鸡群体中共检测到129个等位基因,片段长度在120～300 bp之间;2个世代的遗传多样性指标大多表现为高度多态,零世代基础群和五世代平均多态信息含量分别为0.861 4和0.649 9,平均观察杂合度分别为0.490 0和0.343 8,平均期望杂合度分别为0.8662和0.826 5;五世代的群体平均遗传相似系数为0.775 9,较零世代基础群体有显著提高(0.673 0);2个世代间的近交系数均值为0.047 7. 相似文献
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利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。 相似文献
6.
利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.0385±0.9999,3.1393±0.9507,0.6490±0.1246和0.5904±0.1334,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。 相似文献
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两个罗氏沼虾种群的遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解罗氏沼虾广东种群和广西种群的遗传多样性,指导罗氏沼虾的遗传育种工作,利用12个微卫星标记对罗氏沼虾广西和广东2个种群的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个微卫星位点在2个罗氏沼虾种群中的扩增产物均具有多态性,共获得71个等位基因,每个位点平均等位基因数为5.92个。广西种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.9183、0.9505、0.7376、0.6558,广东种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.4374、0.9413、0.7609、0.6834,高于广西种群。结果表明,两个罗氏沼虾种群均具有较高的遗传多样性,具有较大的育种潜力。 相似文献
8.
基于微卫星分子标记的重庆地区桔小实蝇遗传分化研究 总被引：2，自引：2，他引：0
【目的】探讨重庆地区桔小实蝇遗传分化情况。【方法】以8对微卫星引物对重庆地区6个桔小实蝇种群155个个体的遗传多样性进行研究。【结果】在8个微卫星位点上共检测到51个等位基因。6个种群在各位点的平均表观杂合度Ho为0.1731—0.2958,平均期望杂合度He为0.1311—0.6796,经卡方检验,各种群在大多数位点上不符合Hardy-Weinberg平衡。对多态位点百分率P、基因多样性指数Nei’s,Shannon信息指数I的分析表明,本文所研究的6个桔小实蝇种群具有较丰富的遗传多样性。种群间分化系数FST平均值为0.0777,说明遗传变异主要发生在种群内。武隆种群和永川种群之间的遗传距离最大(0.2367),江津种群和北碚种群之间的遗传距离最小(0.0667)。UPGMA聚类分析显示,重庆地区桔小实蝇大致分为两个亚群,北碚、江津、万州、秀山、永川5个种群为一个亚群,武隆种群单独为一个亚群。【结论】重庆地区的桔小实蝇出现了一定的遗传分化,但分化程度不高。桔小实蝇在重庆地区的入侵处于初级阶段。 相似文献
9.
利用微卫星标记对中国宁夏固原地区地方品种鸡固原鸡和培育品种鸡固原红鸡两个群体DNA水平上的遗传多态性进行了研究,探讨群体内的遗传多态性,为种质资源的保护、开发、利用等提供理论依据。结果表明,利用微卫星标记分析6个位点,共检测到38个等位基因,固原鸡和固原红鸡分别发现29个和20个等位基因;平均有效等位基因数分别为4.6983和3.9385个;群体内平均杂合度分别为0.7198和0.6944。固原鸡和固原红鸡平均多态信含量分别为0.6456和0.5584,表明两个鸡群均为高度多态,均具有较为丰富的遗传多态性。 相似文献
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为了评估我国斜带石斑鱼野生群体与人工繁殖群体的种质现状,采用19个微卫星标记对斜带石斑鱼南海野生群体和海南人工繁殖群体进行遗传多样性研究。结果显示,在野生和人工繁殖群体中,19个基因座位的有效等位基因数（Ne）分别为1.135 0～4.516 2和1.00 0～3.982 7;群体平均观测杂合度（Ho）分别为0.706 1和0.687 5;群体平均期望杂合度（He）分别为0.480 3和0.421 5;多态信息含量（PIC）分别为0.547 5和0.493 0;2个群体间的遗传相似系数（Gst）为0.979 4,遗传距离（D）为0.020 8。这表明斜带石斑鱼南海野生群体与人工繁殖群体的遗传多样性仍然比较丰富,人工繁殖群体没有出现明显的遗传分化和种质退化的现象。 相似文献
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奥尼罗非鱼及其亲本的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
运用SSR技术对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus♂）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus♀）及其杂交子代（O．aureus♂×O．niloticus♀）的遗传多样性进行了研究。从12对微卫星引物中筛选出8个微卫星特异性位点,其中奥利亚罗非鱼（♂）特异位点7个;尼罗罗非鱼（♀）5个;杂交子代6个。利用这8个位点检测3个群体的遗传结构,共检测到63个等住基因,平均等位基因2．4394个,奥利亚罗非鱼（♂）、尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的平均观测杂合度分别为O．7083、0．9015和0．9787;平均期望杂合度分别为0．5341、0．5761和0．6435,平均多态信息含量（PIC）分别为0．4133、0．4693和0．5584。结果表明,3个群体的遗传多样性水平都较高,其中杂交子代群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低;基于Nei＇s遗传距离的聚类分析显示尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的遗传距离较近。 相似文献
12.
选择12对微卫星标记检测了于2011年采集自元江(红河上游中国江段)5个样点192尾鲤的群体遗传多样性。共检测到201个等位基因,每个位点等位基因2-27个。各群体各位点平均等位基因(NA)12.25-14.67个,平均有效等位基因(NE)8.28-9.73个,平均观察杂合度(HO) 0.7765-0.8037,平均期望杂合度(HE)0.7761-0.8080,平均多态信息含量(PIC) 0.7534-0.7843。元江鲤种群192个个体各位点NA、NE、HO、HE、PIC分别为16.50、11.26、0.7927、0.8049、0.7966,种群遗传多样性水平高。元江鲤群体之间遗传分化小,可作为一个种群管理单元进行管理。增殖放流要防止遗传多样性丧失。 相似文献
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利用12个微卫星分子标记对长江下游4个放流鲢群体进行了遗传多样性分析。在12个基因座位中,共检测到56个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为1～7个,其中有10个基因座位具有多态性,多态位点百分率为83.33%,4个群体的平均等位基因数A为3.98,平均有效等位基因数Ne为2.384 0,观测杂合度Ho平均值为0.467 6,期望杂合度He平均为0.490 6,多态信息含量平均值为0.381 2。4个鲢群体的遗传多样性较丰富,与文献报道的下游野生群体大致相当,但明显低于上游野生群体;放流鲢群体的平均观测杂合度均低于各自相对应的平均期望杂合度,表现出一定程度的近交现象。4个放流鲢群体间遗传相似系数为0.937 1～0.971 8,遗传距离为0.028 2～0.062 8,基因分化系数Fst为0.027 5～0.050 6,表明群体间的遗传分化程度较弱。 相似文献
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利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。 相似文献
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藏鸡群体遗传关系和遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体(拉萨、林芝、山南和日喀则)进行遗传多样性分析,统计了藏鸡群体多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、F-统计量和群体内遗传距离,并采用UPGMA法构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果表明:藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均有效等位基因数为3.9个,藏鸡群体PIC值分布在0.223 2～0.823 1之间,H值在0.256 8～0.846 0之间,PIC和H平均值分别为0.615 1和0.694 3。在所检测的4个地方群体中,各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度。哈代-温伯平衡检测结果表明:藏鸡群体大部分微卫星标记均处在不平衡状态。UPGMA法聚类分析显示,拉萨群体和日喀则群体之间的遗传距离较近,林芝群体则与山南群体之间的遗传距离较近,这说明不同地区间藏鸡群体有一定程度的遗传分化。 相似文献
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长江三角洲白山羊是皮、肉、毛兼优的地方山羊品种。通过微卫星标记（SSR）对长江三角洲白山羊保种群体进行遗传多样性分析,可为种质资源保护和品种改良提供数据支持。选取30个SSR标记,采用PCR扩增和毛细管电泳技术检测海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交白山羊的遗传多样性。对各群体不同位点和各位点不同基因型进行分析。海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交山羊群体中等位基因总数分别为205、191和147个,平均有效等位基因数（Ne）为4.012、3.812、3.092,平均期望杂合度（He）为0.683、0.668、0.617,平均观测杂合度（Ho）为0.726、0.691、0.633,平均多态信息含量（PIC）为0.647、0.630、0.567。三个群体的平均近交系数（Fis）为0.011 0,平均遗传分化系数（Fst）为0.050 7,平均基因流（Nm）为4.680 6。杂交山羊和崇明白山羊的遗传距离较近,和海门山羊遗传距离较远。系统进化树聚类分析表明,崇明白山羊与崇明杂交山羊聚为一类。两个纯种长江三角洲白山羊群体和杂交群体均表现出较高的杂合度、多态性和遗传变异;两个保种群体为中度遗传分化,近亲繁殖率低,存在基因交流,可用于种质资源的保存和利用。 相似文献
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为合理利用地方猪遗传资源,随机选取河北省4个市的4个黑猪群体,采用FAO-ISAG联合推荐的8个微卫星标记对各样本群体的等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量及F-统计量进行检测。结果显示,8个微卫星座位共检测到66个等位基因。有效等位基因数(3.103~5.349),观察杂合度(0.346~0.437),期望杂合度(0.638~0.790)和多态信息含量(0.578~0.762)4个指标,表明4个猪群体具有丰富的多样性。所检测的微卫星位点均偏离平衡状态,主要是由于起始群体规模小或公猪家系少所致。F统计量结果表明,4个猪群体都存在一定程度的近交。依据对4个猪群的分析结果,群体1、2可通过扩大血统数,以减缓近交程度;群体3、4应开展选育,以提高群体一致性。 相似文献
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应用等位酶技术对漳浦、连江和温州3个地理群体的中国鲎遗传多态性进行分析.实验结果发现：6个酶系统的10个位点中有6个为多态性位点,共获得21个等位基因;大部分位点在3个群体中偏离Hardy-Weinberg平衡;在物种水平上,有效等位基因数为1.635,观察杂合度为0.456,期望杂合度为0.306,香侬指数为0.486,表明中国鲎的遗传多样性较高;F-统计量（FST）平均为0.0475,表明中国鲎遗传差异主要存在于群体内;遗传一致度平均为0.969,遗传距离平均为0.0315,表明中国鲎群体间遗传分化较低;基因流平均为5.0120,显示群体间存在较大的基因交流.由此认为3个群体属于同一个繁殖群体.在进行鲎物种保护的同时,要加强对其遗传多样性的保护. 相似文献
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采用分布在黄牛基因组15条染色体上的15个微卫星标记对迪庆黄牛60个样品进行了群体遗传变异检测分析。共检测到63个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,有效等位基因数在2.0000~4.0000之间,平均每个座位等位基因数（4.2000±0.8619）个,有效等位基因数（3.552 9±0.531 2）个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.9958±0.0161,0.7098±0.0637和0.6573±0.0851。结果表明,迪庆黄牛群体遗传变异丰富。 相似文献