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1.
三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是A群链球菌(group A Streptococcus,GAS)表面的纤溶酶原(Plg)受体之一,其C末端的赖氨酸残基可以与Plg的赖氨酸结合位点(LBS)相结合.脂蛋白(a)[Lp(a)]中的载脂蛋白(a)[Apu(a)]与Plg有很高的同源性.因此本实验室提出了Lp(a)可能与GA... 相似文献
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采用同源克隆方法,并结合RACE技术,从甜荞花芽分离得到1个A类MADS-box基因FeMADS1的cDNA全长,GenBank登录号为KM386627,其cDNA全长1 107bp,包括1个编码234个氨基酸、长为705bp的开放阅读框。序列同源比对和分子系统发生分析表明,其蛋白与拟南芥AGL8(FUL)的相似性最高,属A类MADS-box基因亚家族中的euFUL进化系,含MADS、I、K和C末端4个明显的结构域,并且K结构域包含K1、K2和K3共3个保守的富含疏水氨基酸残基的亚结构域,C末端结构域含FUL型基因2个特有的模体:FUL motif和paleoAP1motfi。 相似文献
3.
《山东农业科学》2017,(6)
以洋葱花蕾为试材,通过RACE试验获得了Ac PME基因的全长c DNA序列,Gen Bank登录号为JF913196.1。该基因DNA序列包含2 786个碱基,4个外显子,3个内含子,c DNA序列长度为2 228 bp,编码序列长度为2 001 bp,编码666个氨基酸。生物信息学分析显示Ac PME蛋白存在明显的信号肽和跨膜区域(SP/TM)、PMEI结构域和PME结构域,在PME家族分类中属于第Ⅰ类,即含有一个长的N末端前区域(PRO-region)。氨基酸同源比对与系统进化分析表明,Ac PME蛋白与水稻、玉米、高粱等单子叶植物的同源蛋白具有较高的一致性。三维结构模式图显示该蛋白具有一个明显的凹沟,4个果胶结合位点氨基酸残基(T423、Q453、R565和W567),2个活性位点氨基酸残基(D476和D497)。本研究为洋葱Ac PME基因的结构域蛋白互作及功能研究奠定了基础。 相似文献
4.
目的:表达并纯化M6型GAS表面烯醇化酶以及其敲除C末端赖氨酸残基重组蛋白(rSEN和rSENΔ434-435)。方法:克隆了M6型GAS ATCC32175的SEN基因以及SENΔ434-435基因,与pASK-IBA37载体连接后,表达蛋白并用亲和层析色谱纯化重组蛋白;通过酶促反应实验测定了重组蛋白的生物活性。结果:2种基因克隆条件稳定,蛋白表达量大,且纯化方法可靠,纯化的重组蛋白具有较高的生物活性。结论:成功表达并纯化了rSEN和rSENΔ434-435蛋白。 相似文献
5.
《江苏农业科学》2017,(18)
为研究不同二肽对奶牛乳腺组织中乳蛋白合成的影响,在体外培养的奶牛乳腺组织培养液中分别添加不同的赖氨酸二肽:赖氨酸-赖氨酸(Lys-Lys)、赖氨酸-组氨酸(Lys-His)、赖氨酸-苯丙氨酸(Lys-Phe)、赖氨酸-亮氨酸(Lys-Leu)和赖氨酸-苏氨酸(Lys-Thr),等量取代培养液中10%游离赖氨酸(赖氨酸总浓度为210μg/m L)进行培养,试验结束后收集乳腺组织和培养液分别检测基因表达和乳蛋白合成。结果表明,同游离Lys和Lys-Thr、Lys-Lys、Lys-His二肽相比,Lys-Leu和Lys-Phe显著提高了乳腺组织中αs1酪蛋白基因的表达(P0.05);5种肽结合Lys均显著提高了小肽转运载体2(Pep T2)的mRNA丰度(P0.05),Lys-Phe和Lys-Leu比等量的Lys-Thr、Lys-Lys和Lys-His更能促进Pep T2基因的表达(P0.05)。说明小肽不同的氨基酸组成可影响奶牛小肽的摄取和乳蛋白的合成,同亲水性氨基酸组成的小肽相比,疏水性氨基酸组成的小肽更能促进乳腺αs1酪蛋白基因的表达。 相似文献
6.
[目的]深入预测CCE001a蛋白结构与生物学功能。[方法]使用生物信息学方法预测CCE001a基因所编码的蛋白质,预测其功能与结构。[结果]该蛋白的总氨基酸残基数为556个,分子式为C2865H4321N737O811S23,蛋白的等电点pI为5.32,带正电的氨基酸残基（Arg+Lys）为58个,带负电的氨基酸残基（Asp+Glu）为75个,蛋白不稳定系数为35.22,脂肪系数为75.91,总平均亲水性系数为-0.262;CCE001a蛋白有一个脱氢酶超家族（cl21494）结构域;经分析显示,α-螺旋、无规律的卷曲是这种蛋白质的主要二次结构,分别占31.35%和46.49%,还包括3.96%的β-转角和18.20%的扩展延伸链。经过三级结构学预测表明,该蛋白包括α-螺旋、β-转角;该蛋白亚细胞被确认为定位在内质网内,存在着信号肽的序列,初步可以认为是具有分泌力的亲水蛋白,且没有出现跨膜蛋白,共有37个磷酸化位点,1个N-糖基化位点。[结论]该研究可为研究CCE001a的解... 相似文献
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利用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)技术从斜纹夜蛾(Spodoptera litura(Fabricius))雄蛾触角扩增得到2个分别为275 bp和281 bp的信息素结合蛋白(PBP)cDNA片段:SlitPBP1和SlitPBP2,其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成,并且具有5个保守的半胱氨酸位点(全序列应有6个).通过在GenBank中进行序列的同源性比较,表明这2个序列与已知几种夜蛾科昆虫的PBP氨基酸序列具较高的同源性. 相似文献
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[目的]克隆抗性淀粉含量不同的小麦品种(系)中淀粉合成酶关键基因SBEⅡa和SBEⅡb进行多态性分析,从分子水平阐述不同小麦品种(系)间抗性淀粉含量差异的原因.[方法]根据GeneBank中公布的小麦SBEⅡa(AF286319.1)和SBEⅡb(AY740401.1)基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆SBEⅡa和SBEⅡb基因序列,利用Clustal.W进行测序结果的比对分析,NCBI Conserved domain和intePro在线网站对SBEⅡa和SBEⅡb氨基酸序列进行结构域预测,寻找影响抗性淀粉含量的主效基因位点.[结果]克隆了SBEⅡa(2 471 bp)、SBEⅡb(2 510 bp)基因ORF(open reading frame,ORF)全长.序列分析表明:SBEⅡa、SBEⅡb基因与公布的序列同源性分别为98.64;和99.07;.[结论]SBEⅡa基因ORF的三个结构域中未发现影响籽粒抗性淀粉含量的候选差异位点.在SBEⅡb基因编码区羧基C-末端的3个候选差异位点和α-淀粉催化酶结构域的1个候选差异位点可能是造成小麦品种(系)间抗性淀粉含量差异的原因.SBEⅡa、SBEⅡb氨基N-末端前面序列中共计10个单碱基变异作为潜在差异位点,也可能参与SBE基因的表达. 相似文献
9.
植物的多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIPs)在植物的抵抗疾病机制中起着重要作用,能够高效、专一的结合病原体侵染时分泌的多聚半乳糖醛酸酶,抑制其活性。克隆了棉花(苏棉9号)的一段长993bpPGIP基因,命名为GhPGIP1,它能够编码一段长330个氨基酸残基,分子量与等电点分别为37.0kDa与8.30的蛋白质。核酸和蛋白质序列与其他9个物种的同源性分别为65.6%～70.3%和63.4%～68.6%。蛋白GhPGIP1有10个N端、C端半胱氨酸残基,6个可能的N糖基化位点和5个保守的亮氨酸重复结构域(LRR)。在所有的保守LRR域中,L是高度保守的。半定量RT-PCR试验结果显示,GhPGIP1在棉花的根、茎、叶中均表达,其中以叶中表达量最多。 相似文献
10.
《江苏农业科学》2016,(1)
利用荧光光谱法研究杆菌肽与牛血清白蛋白的相互作用,结果表明,杆菌肽可使牛血清白蛋白的内源荧光发生猝灭。在不同温度下研究杆菌肽对牛血清白蛋白的荧光猝灭作用,利用Stern-Volmer方程处理试验数据,证明荧光猝灭机理属于静态猝灭。杆菌肽与牛血清白蛋白具有1个结合位点,计算得到不同温度下杆菌肽与牛血清白蛋白的结合常数(KA)为3.38×104L/mol(298 K)、2.92×104L/mol(308 K)、1.56×104L/mol(318 K)。通过计算热力学参数可知,杆菌肽与牛血清白蛋白的相互作用是吉布斯自由能降低的自发过程,且二者间的主要作用力类型为静电作用。三维荧光光谱试验显示,杆菌肽的加入引起牛血清白蛋白构象的变化,表现为蛋白质内部色氨酸残基所处微环境的疏水性降低。 相似文献
11.
[目的]对紫花苜蓿中的乙酰CoA硫解酶进行生物信息学分析与同源建模。[方法]应用生物信息学软件预测紫花苜蓿乙酰CoA硫解酶的理化性质、亲/疏水性、卷曲螺旋结构、糖基化位点、活性位点、亚细胞定位、二级结构、结构域及三维高级结构。[结果]该蛋白质是一个极疏水性蛋白,含403个氨基酸,理论等电点为6.95;包含1个明显卷曲螺旋结构、5个糖基化位点、1个硫解酶结构域;二级结构中α-helix(Hh)占39.95%、Extended strand(Ee)占16.38%、Random coil(Cc)占43.67%;Ramachandram结构检测表明预测蛋白质残基的二面角有90%以上位于黄色区域,符合立体化学能量规则。[结论]为该蛋白功能的探索提供了一定的理论参考。 相似文献
12.
【目的】高度保守的PAX转录因子家族在黑色素细胞的分化和黑色素的生成中起重要的作用,其家族共有的PD结构域是其与下游基因结合的主要位点,而PD结构域氨基端的PAI亚结构域在其与下游基因的结合过程中发挥重要的作用。研究表明Pax6在视网膜上皮黑色素细胞的分化中发挥至关重要的作用,本试验借助研究Pax6 PAI亚结构域的功能来对PAX转录因子家族共有的PD结构域和PAI亚结构域进行研究。【方法】首先通过Psipred对Pax6 PD结构域的结构进行分析,使用NCBI对Pax6 PD结构域与下游基因的结合位点进行分析,使用Jaspar对MITF、TYR、TYRP1和TYRP2启动子中Pax6 PD结构域可能的作用位点进行预测。使用普通PCR克隆Pax6PAI亚结构域,将其连入T载体,酶切后连入慢病毒载体,并送公司测序确认。将构建好的PAI亚结构域过表达载体通过细胞转染导入到培养的小鼠黑色素细胞中,使其过量表达。收集细胞,分别通过观察绿色荧光蛋白检测转染效率,使用RT-PCR和Western blot来检测MITF、TYR、TYRP1和TYRP2在m RNA和蛋白水平的变化,同时检测黑色素细胞中黑色素生成量的变化。【结果】通过NCBI分析可知,Pax6 PD结构域与下游基因的作用位点主要集中在氨基端的PAI亚结构域。通过Jaspar预测分析,得知,MITF启动子-695处存在Pax6 PD结构域的结合位点,TYR启动子-873和-1133处存在Pax6 PD结构域的结合位点,TYRP1启动子-629处存在Pax6 PD结构域的结合位点,TYRP2启动子-655处存在Pax6 PD结构域的结合位点。在黑色素细胞中过表达Pax6 PAI亚结构域后,与空载组相比,试验组MITF m RNA升高2.05倍(P0.01),蛋白质升高1.7倍(P0.01);TYR m RNA升高2.09倍,蛋白质升高2倍(P0.05);TYRP1 m RNA升高2.93倍(P0.05),蛋白质升高1.9倍(P0.01);TYRP2 m RNA升高3.62倍(P0.01),蛋白质升高1.37倍。同时试验组的黑色素含量是空载组黑色素含量的1.33倍(P0.001)。【结论】在小鼠黑色素细胞中,过表达Pax6 PAI亚结构域可以促进MITF、TYR、TYRP1和TYRP2的表达,进而使黑色素细胞黑色素的生成量增加。 相似文献
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鲨烯合酶(squalene synthase,EC2.5.1.21,简称SQS)是三萜类化合物生物合成通路的关键酶之一。采用生物信息学方法对13种五加科植物的SQS核苷酸及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、磷酸化位点、亲/疏水性、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、二级结构、功能域、三级结构及进化关系进行初步预测和分析,并构建SQS蛋白家族的系统进化树。结果表明,13种五加科植物的SQS氨基酸序列结构与理化性质基本一致,均表现出亲水性,没有信号肽,具有跨膜结构域;亚细胞定位分析显示,除Panax sokpayensis定位于内质网膜上,其余均定位于质膜上。α螺旋和无规则卷曲为SQS二级结构中最主要的结构元件,保守区包括底物结合区、镁离子结合位点、活性位点残基盖、催化残基和2个天冬氨酸富集区,具有典型的多聚异戊二烯基合成酶活性结构域和鲨烯/八氢番茄红素合成酶活性结构域。分析结果可为SQS的酶学特性及三萜类化合物生物合成的分子机制研究提供理论基础。 相似文献
14.
在模拟动物体生理条件下,应用荧光光谱和紫外可见吸收光谱法研究了Diludine与牛血清白蛋白(BSA)的相互作用,结果表明,Diludine对BSA有较强的荧光猝灭作用,根据不同温度下Diludine对BSA的荧光作用及Stern-Volmer方程得到Diludine与BSA反应的结合常数K为1.23×106 L/mol(298 K)和2.27×104 L/mol(303 K)。根据Lineweaver-Buck,结合位点数为0.938 7(298 K)和0.674 03(303 K)。热力学参数△H和△S分别为1.84×10-3 J/mol和-1.91×103 J/mol,热力学数据说明Diludine与BSA之间主要以静电作用力与疏水作用力相互结合。根据Forster非辐射能量转移理论,求出Diludine与BSA间的结合距离r=4.58 nm。 相似文献
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鳡胰岛素样生长因子1基因的克隆及其组织特异性表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为克隆鳡(Elopichthys bambusa)的胰岛素样生长因子1(IGF1)全长cDNA和启动子序列及明确其组织表达特征,采用反转录PCR(RT-PCR)、cDNA末端快速扩增(RACE)和染色体步移等技术,从鳡肌肉中获得了IGF1基因的全长cDNA(844bp)和上游启动子部分序列(627bp)。结果表明:IGF1基因包含218bp的5′端非翻译区、140bp的3′端非翻译区和486bp的开放性阅读框(ORF),编码161个氨基酸,包含前44个氨基酸残基为信号肽、70个氨基酸残基的4个功能结构域和C端47个氨基酸残基的延伸肽结构域。启动子无TATA框,但含有一成肌分化抗原(Myo D)结合位点。氨基酸同源性和系统发育分析发现,鳡IGF1与鲤形目其他鱼类的同源性较高(94.41%～99.38%),亲缘关系最近。半定量RT-PCR结果显示,IGF1在鳡的肝脏中表达最高,而心脏中未见其明显表达。该研究为明确IGF1参与鳡生长发育的机制研究及其在鳡的繁殖育种中的应用奠定了基础。 相似文献
16.
17.
根据乙烯利刺激巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)胶乳差异表达cDNA文库的EST序列信息,利用RACE技术从胶乳中成功克隆了1个含有LIM结构域的未知功能新基因HbLIM的全长cDNA。生物信息学分析表明,该基因全长cDNA由1016bp的碱基组成,拥有1个570bp的开放阅读框编码189个氨基酸残基;推测氨基酸序列富含Lys,Ser,Ala和Leu,含有2个LIM结构域和2个N-豆蔻酰化位置。序列相似性分析表明,HbLIM编码的氨基酸序列与蓖麻、杨毛、葡萄相应的LIM基因的相似性高达98%,95%和92%。这些研究结果为深入探讨LIM结构域蛋白在巴西橡胶树乳管发育及乳管代谢中的功能奠定了基础。 相似文献
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利用基因克隆技术获得桃果实八氢番茄红素合成酶(PSY)基因的全长核苷酸序列,命名为PpPSY。PpPSY全长1 532 bp,编码区长度627 bp,共编码翻译成208个氨基酸。进化树分析发现,PpPSY与梅果实PmPSY亲缘性较高。蛋白质序列分析表明,PpPSY包含底物结合位点、Mg2+结合位点、活性位点残基盖、催化残基、天冬氨酸富集区等功能结构域,其属于isoprenoid biosynthesis enzymes class 1超级家族。实时荧光定量PCR结果显示,PpPSY基因在黄肉品种金丽发育组织中的表达高于白肉品种湖景,且在金丽品种中,PpPSY基因在花苞和硬核果中的表达显著高于在花、叶芽和软核果中的表达。本实验桃果实PpPSY基因的克隆及表达分析为研究桃果实类胡萝卜素生物合成分子机理奠定了良好的基础。 相似文献
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[目的]研究乙酰乳酸合成酶(ALS)及Pro197Ser(P197S)突变体与抑制剂苯磺隆(TBM)的分子结合模式,阐明其分子作用机制,为基于ALS的新型除草剂研发和杂草防控等提供参考.[方法]运用AutoDock 4.2进行ALS和P197S与TBM多构象对接,采用YASARA平台进行分子动力学模拟,利用MMPBSA.py模块计算ALS_TBM和P197S_TBM体系复合物的结合自由能,并以Amber 12分析关键氨基酸、结合模式和相互作用力.[结果]P197S_TBM突变体系接触氨基酸残基数量增多,接触位点偏集中于C端,氢键数量更多、键长更短;P197S_TBM体系的均方根偏差(RMSD)较低,250~320位氨基酸残基区域和350~430位氨基酸残基区域均方根涨落(RMSF)下降明显;P197S_TBM体系的结合P197S自由能更低,亲和力贡献大的氨基酸残基数量增加.[结论]P197S突变引起ALS与TBM结合位点和结合模式发生变化,接触氨基酸残基和氢键增多,促结合能量值增加,突变体系更稳定.417~423位氨基酸残基在ALS与TBM结合过程中是较集中贡献能量的氨基酸团. 相似文献
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【目的】利用原核表达小菜蛾(Plutella xyllostella)中肠膜结合碱性磷酸酯酶(membrane-bound alkaline phosphatase,mALP)并经Ligand blot验证其具有与Cry1Ac毒素结合的能力;通过同源建模和分子对接研究Cry1Ac-mALP的结合模式,预测毒素和受体结合区域及关键氨基酸位点(热点残基),为了解毒素-受体互作机制及分子改造增强Cry毒素活性的研究打下基础。【方法】针对小菜蛾mALP全长设计引物,并以小菜蛾c DNA为模板扩增mALP基因,双酶切后用T4连接酶连接至pET-26b原核表达载体,将构建的pET-26b-mALP载体转化Trans1-T1克隆感受态,挑取克隆并提取质粒后进行PCR、双酶切和测序验证,将验证无误的重组质粒转化E.coliBL21(DE3)表达感受态细胞,进行诱导表达。将诱导表达后的mALP转至PVDF膜上,通过Western blot和Ligand blot分别验证mALP是否成功表达以及是否具有与Cry1Ac毒素结合的能力。对mALP进行同源建模、分子动力学模拟以及模型评价,获得的mALP最佳三维结构与Cry1Ac毒素利用Patch DOCK和Fire Dock程序进行分子对接试验,对确定的最佳毒素-受体复合物进行结合区域和结合氨基酸位点分析,并通过计算机辅助的丙氨酸突变扫描试验确定毒素和受体参与的关键氨基酸残基。【结果】扩增出小菜蛾mALP基因并克隆至pET-26b原核表达载体,转化E.coli BL21(DE3)表达感受态后挑取阳性克隆提取质粒后进行PCR、双酶切和测序均显示构建正确。通过原核表达和Western blot验证成功表达了mALP蛋白,并经Ligand blot试验证实了原核表达的mALP具有和Cry1Ac毒素结合的能力。利用同源建模成功获得了mALP的三维结构,通过Patch DOCK和Fire Dock分子对接程序,获得毒素和受体的对接复合物,通过溶剂可及表面积变化计算和Ligplot分析,确定毒素结构域Ⅱ和结构域Ⅲ均参与了受体结合,并且毒素和受体均以疏水结合和氢键结合模式参与结合,最后通过热点残基预测发现Cry1Ac毒素和mALP中分别有3个氨基酸残基(376ASN、443SER和486SER)和4个氨基酸残基(452ARG、499THR、502TYR和513TYR)是参与互作的关键氨基酸位点。【结论】经原核表达的小菜蛾mALP同样具有与Cry1Ac毒素结合的能力,并利用分子模拟技术预测了小菜蛾mALP三维结构及与Cry1Ac毒素结合模式。 相似文献