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1.
对我国12个家驴品种126个个体（包括引用26个个体）的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。 相似文献
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本研究利用Dnasp4.10软件对中国9个家驴品种162个个体的mtDNA D-loop区385bp进行遗传多样性分析,共检测到32种单倍型35个核苷酸多态位点,其单倍型多样度为0.8137～0.9722,核苷酸多样度为0.0182～0.0270,表明我国家驴的遗传多态性丰富;利用MEGA3.1软件采用邻接法与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,并进行系统进化分析。结果表明:我国家驴的母系起源是非洲野驴中的努比亚野驴和索马里野驴,亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。 相似文献
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中国四个地方驴品种mtDNA D-Loop部分序列分析与系统进化研究 总被引：1，自引：2，他引：1
对中国4个家驴品种95个个体的mtDNAD—loop部分序列进行测序。用clustalX软件进行同源序列比对。Dnasp4-10软件用于遗传多样性分析，计算单倍型多样度、核苷酸多样度、平均核苷酸差异。MEGA3．1软件采用邻接法构建系统进化树并进行系统发生分析。以欧洲驴线粒体基因组为对照（Genbank登录号为X97337），中国家驴4个品种95个个体385bp序列共检测到核苷酸多态位点33个，其中31个位点为转换，1个位点为颠换，1个位点有插入现象。95个序列由31个单倍型组成，单倍型比例为32．6％。德州驴单倍型比例最高为100％，凉州驴单倍型比例最低为42．42％。31个单倍型与引用Genbank已登录的13条序列构建系统发育树，发现31个单倍型聚为两支，说明中国家驴可能有两个母系起源。以欧洲野驴线粒体D—loop为对照（登录号为AF403063、AF403063、AF403065），揭示本研究涉及的中国家驴品种与非洲野驴的进化亲缘关系较亚洲野驴近，并且从分子水平证明中国家驴可能起源于非洲野驴中的索马里野驴分支。 相似文献
4.
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对藏野驴与家驴４种血清同工酶进行比较研究。结果发现，除ＬＤＨ同工酶以外，藏野驴与家驴的酯酶、淀粉酶和碱性磷酸酶酶谱都有颇大的差异。 相似文献
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根据GenBank中山羊SRY基因序列设计一对引物,用PCR方法在雄性萨能奶山羊、努比山羊及其与云南圭山山羊杂交种个体中扩增出包含SRY基因整个编码区的特异片段,将特异PCR产物克隆到pMD182-T载体中,再转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中,筛选SRY基因的阳性克隆进行了测序,将其序列与GenBank中部分偶蹄目动物的SRY基因序列进行同源性比较,并用NJ法构建了系统进化树.结果表明:①萨能奶山羊、努比山羊及其与云南圭山山羊杂交种SRY基因编码区长度均为732 bp,其中包含长度为231 bp的HMG-box,位于编码区的第190至420位核苷酸之间;②萨能奶山羊SRY基因编码区序列与GenBank绵羊、欧洲牛、印度水牛、鹿、麝及猪等偶蹄目动物的同源性分别为96.9%、93.5%、92.6%、90.4%、92.4%、77.2%;努比山羊SRY基因编码区序列与GenBank绵羊、欧洲牛、印度水牛、鹿、麝及猪等偶蹄目动物的同源性分别为96.9%、92.9%、92.1%、90.3%、92.3%、77.1%;努比山羊与云南圭山山羊杂交品系SRY基因编码区序列与GenBank绵羊、欧洲牛、印度水牛、鹿、麝及猪等偶蹄目动物的同源性分别为96.9%、93.4%、92.5%、90.3%、92.3%、77.2%;③根据SRY基因编码区的核苷酸序列构建的物种间系统进化树结果基本与这些偶蹄目动物的传统系统分类相一致. 相似文献
6.
为分析牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系,从5个麦洼牦牛个体基因组DNA扩增克隆SRY基因,同时从GenBank检索家牛属物种及野牛的SRY基因序列,分析家牛属物种在SRY基因的多态性及其SRY蛋白中HMG-box区域基因序列的变异特征,并基于SRY基因序列构建家牛属物种间的父系系统进化树及其网络中介图,分析进化关系。家牛属物种编码SRY蛋白N、C两端氨基酸(HMG-box侧翼)基因序列的错义突变率(0.57)显著低于编码HMG-box区域基因序列的错义突变率(0.69),推测家牛属物种间在SRY基因进化过程中的正选择同时作用于编码HMG-box及其侧翼区的基因序列;相对水牛和牦牛,欧洲野牛与黄牛的亲缘关系更近,此结果从父系侧面支持现存的黄牛牛种由已经灭绝的野牛或原牛驯化而来的观点;牦牛可能有2个或多个父系祖先;非洲水牛和江河水牛与其他牛种之间在SRY基因存在较多变异导致明显的分歧进化,也支持可划分为沼泽型和江河型2个亚种的论断。所以,家牛属物种间在SRY基因具有特殊的变异特征,物种间的父系进化关系分析结果支持前人论断。 相似文献
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【目的】研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。【结果】在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002～0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。【结论】本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资... 相似文献
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关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析 总被引：10，自引：0，他引：10
本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源 相似文献
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本研究旨在对驴Zfy基因的cDNA序列进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中公布的家牛Zfy基因mRNA序列(登录号:NM_177491.1)设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取驴Zfy基因的cDNA序列,并对Zfy基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfy基因CDS区序列长度为2 325bp,编码774个氨基酸;蛋白质二级结构预测结果显示,Zfy蛋白没有信号肽及跨膜结构;驴Zfy基因CDS区序列与家牛、绵羊、人、家猫、家犬、马鹿、黑猩猩、藏羚羊的同源性分别为92.9%、92.6%、91.8%、93.8%、92.5%、92.3%、91.6%和92.6%;对驴和其他8种哺乳动物Zfy基因CDS区核苷酸序列构建的系统进化树显示,驴与绵羊、藏羚羊、家牛、马鹿亲缘关系较近,与家犬和家猫的亲缘关系稍远,与人和黑猩猩亲缘关系最远。本研究成功克隆出驴Zfy基因CDS区序列,为进一步研究驴Zfy基因的功能奠定了基础。 相似文献
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本研究旨在克隆驴Zfx基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的牛Zfx基因mRNA序列(登录号:D84097.1)设计特异性引物,利用RT-PCR技术获取驴Zfx基因CDS序列,并对驴Zfx基因CDS区核苷酸序列和蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfx基因CDS区序列长度为2 403 bp,编码800个氨基酸;驴与马、牛、家犬、白犀牛、马鹿、猫、人、绵羊、黑猩猩的Zfx基因CDS区核苷酸序列同源性分别为99.6%、95.0%、95.3%、97.9%、93.5%、94.9%、95.0%、95.7%和94.9%。对驴及其他9种哺乳动物Zfx基因CDS区的核苷酸序列构建系统进化树,结果显示,驴与马亲缘关系很近,与白犀牛的亲缘关系次之;同时又与聚在一类的家犬、猫亲缘关系较近,而与绵羊、牛的亲缘关系稍远。Zfx蛋白理论等电点(pI)为5.19,不稳定系数为42.94,消光系数为35 810,属于不稳定的亲水性蛋白,含有60个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构,属于非分泌蛋白。Zfx蛋白α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别为23.12%、20.25%和56.63%,三级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。本试验成功克隆获得驴Zfx基因CDS序列,为后期深入研究该基因及其编码蛋白的结构功能提供依据。 相似文献
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根据已报道正常哺乳动物朊蛋白(PrP)基因序列设计引物,采用PCR法扩增了德州驴的PrP基因,将其克隆到T-Vector。序列测定及分析表明所克隆的德州驴PrP基因片段为767 bp,该基因内无内含子,包含了驴PRNP完整编码区序列,编码256个氨基酸的前体蛋白,推测其分子量约34 ku。通过对德州驴朊病毒核苷酸和氨基酸序列与其他7种动物的比较,我们发现有3个区域变异较大,分别与种属屏障和潜伏期有关。经推测驴的PrP基因型是ARQ型,对羊痒病中度敏感,但是至今没有马属动物感染羊痒病的报道。这为TSE种间传播的突破提供了基础数据。 相似文献
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德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
本试验对德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中11个物种相应基因编码区核苷酸序列、氨基酸序列进行了比对分析,同时通过最小进化法(ME法)、邻接法(NJ法)和非加权组平均法(UPGMA法)对H-FABP基因编码区核苷酸序列进行了物种间分子系统进化树分析。结果表明,德州驴H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、2、3、4大小分别为73、173、1025、7 bp,内含子1、2、3大小分别为3500、1980、1425 bp。CDS序列全长为405 bp,前体氨基酸数为134个;德州驴与马、野猪、人、牛、山羊、牦牛、大鼠、小鼠、红原鸡、绿头鸭、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上有较高的保守性,同源性大小分别为96.79%、91.36%、89.14%、88.89%、88.89%、88.64%、84.07%、83.46%、75.80%、74.81%、67.90%;3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致,并且3种分子进化树结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。 相似文献
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本研究旨在克隆驴Zfx基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的牛Zfx基因mRNA序列（登录号：D84097.1）设计特异性引物,利用RT-PCR技术获取驴Zfx基因CDS序列,并对驴Zfx基因CDS区核苷酸序列和蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfx基因CDS区序列长度为2 403 bp,编码800个氨基酸;驴与马、牛、家犬、白犀牛、马鹿、猫、人、绵羊、黑猩猩的Zfx基因CDS区核苷酸序列同源性分别为99.6%、95.0%、95.3%、97.9%、93.5%、94.9%、95.0%、95.7%和94.9%。对驴及其他9种哺乳动物Zfx基因CDS区的核苷酸序列构建系统进化树,结果显示,驴与马亲缘关系很近,与白犀牛的亲缘关系次之;同时又与聚在一类的家犬、猫亲缘关系较近,而与绵羊、牛的亲缘关系稍远。Zfx蛋白理论等电点（pI）为5.19,不稳定系数为42.94,消光系数为35 810,属于不稳定的亲水性蛋白,含有60个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构,属于非分泌蛋白。Zfx蛋白α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别为23.12%、20.25%和56.63%,三级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。本试验成功克隆获得驴Zfx基因CDS序列,为后期深入研究该基因及其编码蛋白的结构功能提供依据。 相似文献
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藏野驴属国家一级保护动物 ,主要生活在西藏及新疆、青海等高海拔地区 ,以前由于当地牧民严重猎杀 ,藏野驴到了濒临灭绝的地步。从 1 996年开始 ,当地将藏野驴列为保护动物 ,遏制捕杀藏野驴。由于保护得力 ,藏野驴种群数量在不到 8年的时间里 ,从不足 2万多头猛增至 6万多头。藏野驴喜欢群居生活 ,不仅爱用蹄子挖草根吃 ,而且酷爱结队奔跑 ,最高时速达 70km ,驴蹄过处 ,草场被破坏得一塌糊涂。随着种群数量的增加 ,藏野驴和家畜争夺草场纠纷越来越严重 ,昔日的珍稀动物如今已成了牧民眼中的“公害”。在 2 0 0 3年日土县人民代表会上 ,1 0位… 相似文献
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驴Zfy基因cDNA克隆及生物信息学分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在对驴Zfy基因的cDNA序列进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中公布的家牛Zfy基因mRNA序列（登录号：NM_177491.1）设计特异性引物，运用RT-PCR技术获取驴Zfy基因的cDNA序列，并对Zfy基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明，驴Zfy基因CDS区序列长度为2 325 bp，编码774个氨基酸；蛋白质二级结构预测结果显示，Zfy蛋白没有信号肽及跨膜结构；驴Zfy基因CDS区序列与家牛、绵羊、人、家猫、家犬、马鹿、黑猩猩、藏羚羊的同源性分别为92.9%、92.6%、91.8%、93.8%、92.5%、92.3%、91.6%和92.6%；对驴和其他8种哺乳动物Zfy基因CDS区核苷酸序列构建的系统进化树显示，驴与绵羊、藏羚羊、家牛、马鹿亲缘关系较近，与家犬和家猫的亲缘关系稍远，与人和黑猩猩亲缘关系最远。本研究成功克隆出驴Zfy基因CDS区序列，为进一步研究驴Zfy基因的功能奠定了基础。 相似文献
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为揭示中国家驴 MSTN 基因的遗传多样性,以新疆驴和青海驴为研究对象,根据GenBank上公布的马的 MSTN 序列,设计9对特异性引物,利用驴混合DNA池为模板对该 MSTN 基因部分序列进行PCR扩增和测序分析。结果显示,扩增出的驴 MSTN 基因部分序列长度为3242 bp,包括5'-UTR区(671 bp)、第一外显子(373 bp)、第一内含子(1825 bp)和第二外显子(373 bp)。在该基因中共发现4个SNPs,分别为65 bp处T→Ｃ（5'-UTR）,872 bp处A→G（第一外显子）,2017 bp处G→A (第一内含子),2395处C→G突变（第一内含子）。利用PCR-RFLP技术对新疆驴和青海驴共计80个样本进行基因分型,4个突变位点共检测到6种单倍型（H1-H6）,其中H1是最主要的单倍型。两个家驴品种 MSTN 基因的遗传多样性很丰富（H=0.6044）,这对中国驴的遗传资源保护具有重要作用。 相似文献
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<正> 原贺兰山军马场为”培育耐粗饲抗病力强、爬山性能好、适应性好、步法轻快等特点的优良军骡”,1966年从北京动物园引进野公驴1头与家驴、马杂交,繁育出一代驴8头、骡1头。一野公驴1965年生于北京动物园。母系为青海野驴,父系来源不详。1966年8月入场。图1) 相似文献
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为了明确羊蛔虫的分类学地位,本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析,并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明,羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14 288bp,编码36个基因,包括12个蛋白质编码基因(cox1-3、nad1-6、nad4L、atp6和cytb)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区,其与人蛔虫和猪蛔虫的线粒体基因组核苷酸序列的相似性分别为98.7%和98.2%,种系发育树显示,羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫位于同一进化支,亲缘关系很近。这些研究结果提示羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫可能属于同一物种。本研究为羊蛔虫在分类、演化、分子流行病学和控制等方面的基础研究提供了基本数据。 相似文献
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【目的】克隆德州驴血红素氧合酶-1(heme oxygenase-1,HO-1)基因,对其进行原核表达及多克隆抗体制备,同时检测HO-1基因在德州驴不同组织中的表达情况,为后期研究HO-1基因功能提供支撑材料。【方法】参考GenBank中公布的马HO-1基因序列(登录号：XM＿023631135.1)设计特异性引物,从驴原代肺泡巨噬细胞(donkey primary alveolar macrophages, DPAMs)中提取RNA,反转录为cDNA后进行PCR扩增HO-1基因编码区(coding sequences, CDS),对测序所获序列与其他物种进行相似性比对并构建系统进化树;应用多种在线软件对HO-1基因编码蛋白进行生物信息学分析。将HO-1基因序列克隆至pCold-SUMO载体进行原核表达,经镍柱亲和层析纯化后,以重组的HO-1蛋白免疫新西兰大白兔,制备多克隆抗体,利用ELISA和Western blotting检测多克隆抗体特异性及与抗原结合的最大稀释度。利用免疫组化试验检测德州驴4种组织中HO-1蛋白的表达水平。【结果】德州驴HO-1基因CDS区全长873 bp,编码... 相似文献