牦牛Hepcidin 基因的克隆与序列分析     

厍睿  潘和平  阎萍  裴杰 《中国畜牧兽医》2009,36(7):88-92

根据GenBank中公布的普通牛Hepcidin基因序列(登录号为XM-589792.3)设计1对特异性引物。采用RT-PCR技术从牦牛肝脏组织总RNA中扩增出Hepcidin基因的编码序列并进行测序分析,同时构建Hepcidin蛋白物种进化树。结果显示,经克隆获得牦牛Hepcidin基因322 bp的cDNA序列（GenBank登录号为EU863791）,含289 bp的开放阅读框,编码82个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽;预测Hepcidin蛋白分子质量和等电点分别为8.88 ku 和 9.24;与已知普通牛Hepcidin序列的同源性达 99%,不同物种Hepcidin蛋白具有高度的保守性,Hepcidin蛋白物种进化树符合物种进化规律。本研究为Hepcidin基因cDNA 全长克隆及基因功能研究奠定了重要基础。  相似文献   

牦牛生长分化因子-9基因cDNA克隆及序列分析     

尹荣华  字向东  马志杰  陈绍威  张大伟  梁冠男 《畜牧兽医学报》2009,40(7)

根据GenBank中普通牛生长分化因子9(GDF-9)基因序列(AF 307092)设计1对引物,以麦洼牦牛卵母细胞总RNA为模板,通过RT-PCR技术对牦牛GDF-9基因cDNA进行克隆测序和序列分析.结果表明:所克隆的1399 bp片段为预期的牦牛GDF-9基因cDNA序列,包含由2个外显子组成的全编码区和3′-下游部分序列.牦牛GDF-9基因编码区核苷酸序列长度为1362 bp,编码453个氨基酸,与GenBank中报道的普通牛、水牛、绵羊、山羊相应序列一致,而与人和黑猩猩存在差异.和普通牛相比,牦牛GDF-9基因编码区存在1处碱基转换(C→T),导致相应的氨基酸由丙氨酸(A)转换为缬氨酸(V).牦牛与普通牛、水牛、绵羊、山羊、人和黑猩猩的核苷酸同源性分别为99.9%、98.4%、97.0%、96.8%、85.6%和85.1%;氨基酸同源性分别为99.8%、97.1%、95.1%、95.4%、79.4%和79.5%.利用NJ法和MP法以该基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树结果基本一致,即牦牛与普通牛先聚为一类,再与水牛聚为一类,而后与绵羊和山羊聚为一类,最后与人和黑猩猩聚为一类.该聚类结果与物种间遗传距离大小一致,也与各物种在动物学上的分类相吻合,表明GDF-9基因编码区适用于构建物种间系统进化树.  相似文献   

青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析     

《中国兽医学报》2017,(4):746-751

以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1基因在西门塔尔、牦牛精子中表达量极显著高于青海高原牦牛淋巴结(P<0.05),90日龄胎儿头部皮肤中表达量极显著低于青海高原牦牛淋巴结(P<0.01)。从青海高原牦牛克隆获得PRDM1基因编码区揭示了其分子特征,为青海高原牦牛PRDM1蛋白质功能的研究奠定基础。  相似文献   

贵州黑山羊RERG基因cDNA克隆与序列分析     

朱冠群  杨红文  罗卫星  韩勇  刘若余  陈志 《中国草食动物》2013,(2):8-11

选择与羊同源性较高的牛RERG基因组序列设计特异性引物,提取贵州黑山羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及序列分析。结果:首次克隆了贵州黑山羊RERG基因cDNA序列629 bp,GenBank登录号为JN672576,编码199个氨基酸;贵州黑山羊RERG基因蛋白与牛的同源性高达98.5%;聚类分析表明RERG基因编码区适于构建种间系统进化树。  相似文献   

麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5克隆及蛋白结构分析     

赵静  王利  李键  字向东  钟金城  江明锋  王海娟  李雪峰 《中国畜牧兽医》2015,42(1):38-43

采用RT-PCR方法扩增并克隆麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5(regulator of G protein signaling 5,RGS5)基因序列,利用ClustalX 1.83和Mega 5.0软件构建系统进化树,并选用多种生物信息学软件进行序列分析和蛋白结构预测.结果表明,所得麦洼牦牛RGS5基因长度为863 bp,包含1个546 bp的完整开放阅读框,编码181个氨基酸,GenBank登录号为KJ867514.系统进化树分析发现,麦洼牦牛RGS5氨基酸序列与普通牛亲缘关系最近,其次是山羊和绵羊.RGS5基因编码的蛋白质分子质量为20.94 ku,理论等电点(PI)为6.35,它是一种以α-螺旋为主,不含信号肽的非跨膜、不稳定性蛋白.三级结构预测显示,麦洼牦牛与人RGS5蛋白三级结构相似性高达90.51%.以上结果为深入研究RGS蛋白功能积累科学资料.  相似文献   

西伯利亚鲟糖异生途径关键酶基因全长cDNA的克隆和序列分析     

宫官  薛敏  王嘉  苏晓鸥  吴秀峰  郑银桦  韩芳 《动物营养学报》2013,(7):1504-1518

本试验采用简并引物反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏糖异生途径关键酶———C型和M型磷酸烯醇式丙酮酸羧基酶(PEPCK-C和PEPCK-M)、果糖-1,6-二磷酸酶(FBPase)和葡萄糖-6-磷酸酶(G6Pase)基因cDNA全长序列。结果显示:西伯利亚鲟PEPCK-C基因(GenBank登录号JQ995143)cDNA全长2 598 bp,开放阅读框1 869 bp,编码622个氨基酸,预测其分子质量为69.62 ku,与其他物种的相似性为77.3%～80.5%;PEPCK-M基因(GenBank登录号JQ995142)cDNA全长3 277 bp,开放阅读框1 935 bp,编码644个氨基酸,预测其分子质量为71.11 ku,与其他物种的相似性为64.6%～78.3%;FBPase基因(GenBank登录号JF834908)cDNA全长1 372 bp,开放阅读框1 017 bp,编码338个氨基酸,预测其分子质量为36.60 ku,与其他物种的相似性为73.4%～88.7%;G6Pase基因(GenBank登录号JF834907)cDNA全长2 625 bp,开放阅读框1 080 bp,编码359个氨基酸,预测其分子质量为40.62 ku,与其他物种的相似性为67.2%～72.7%。西伯利亚鲟糖异生途径关键酶基因全长cDNA序列的获得将为进一步研究其糖异生调控机理,比较其与典型肉食性鱼类和哺乳动物的异同奠定基础。  相似文献   

牦牛谷胱甘肽过氧化酶1基因(GPX1)的克隆及系统发育分析     

李瑞哲  徐惊涛  马志杰  孙永刚  韩银仓  陈生梅 《青海畜牧兽医杂志》2021,(1):1-5

本研究克隆了牦牛谷胱甘肽过氧化酶1GPX1基因的CDS区序列,分析了其核苷酸序列,并进行了系统发育分析。结果表明,牦牛GPX1基因CDS区全长618 bp,编码205个氨基酸;经与GenBank中其他物种GPX1基因CDS区比对,牦牛GPX1基因CDS区与普通牛和瘤牛完全一致,与水牛、绵羊和猪的序列一致性较高,与其他哺乳动物序列一致性较低。本研究为深入研究牦牛GPX1的生理功能提供了参考资料。  相似文献   

甘南牦牛Lfcin基因克隆及序列分析     

裴杰  阎萍  厍睿  马瑞林  梁春年  郭宪  曾玉峰  包鹏甲 《黑龙江畜牧兽医》2008,(12)

利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。  相似文献   

花鲈摄食调控相关因子全长cDNA的克隆和序列分析     

《动物营养学报》2015,(9)

本试验采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆花鲈(Lateolabrax japonicus)调控摄食因子雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、核糖体蛋白S6激酶beta-1(S6K1)、神经肽Y前体(NPY precursor)和脑肠肽前体(preproghrelin)cDNA全长序列。结果显示:花鲈mTOR(GenBank登录号KJ746670)cDNA全长8 296bp,开放阅读框7 551bp,编码2 516个氨基酸,预测其分子质量为286.14ku,与其他物种的相似性为62.0%~98.0%;S6 K1(GenBank登录号KJ746671)cDNA全长2 232bp,开放阅读框1 539bp,编码512个氨基酸,预测其分子质量为56.87ku,与其他物种的相似性为80.4%~84.9%;NPY precursor(GenBank登录号KJ850326)cDNA全长676bp,开放阅读框300bp,编码99个氨基酸,预测其分子质量为11.26ku,与其他物种的相似性为53.6%~99.0%;preproghrelin(GenBank登录号KJ850327)cDNA全长1 201bp,开放阅读框324bp,编码107个氨基酸,预测其分子质量为12.03ku,与其他物种的相似性为19.6%~85.0%。花鲈摄食调控因子cDNA全长序列地获得将为进一步研究其摄食调控机理奠定基础。  相似文献   

SD大鼠Krt71基因序列的分子克隆     

章金涛  张明昊  朱奎成  王君敏  杜春燕  王纯耀 《中国兽医学报》2015,(3):367-370

参考大鼠Krt71基因序列,用PCR方法对SD大鼠Krt71基因DNA和cDNA序列进行克隆,获得SD大鼠Krt71基因的8 206bp的DNA序列(GenBank登录号:KF311105)和1 575bp的cDNA序列(GenBank登录号:KF303589),编码524个氨基酸。SD大鼠与国外报道的BN大鼠、小家鼠、家猫、家绵羊、家牛、苏门答腊猩猩和人等7个物种的Krt71基因cDNA序列的同源性分别为99.9%,95.2%,88.5%,87.5%,88.0%,88.1%,88.1%;其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为100.0%,98.9%,92.5%,91.5%,91.3%,91.5%,92.1%。这一结果表明Krt71基因在进化过程中具有较高的保守性,但不同物种之间也具有功能上的特异性。通过比较SD大鼠Krt71基因与GenBank数据库中发布的Krt71基因的序列,本试验发现了6个SNP位点,这些位点位于该基因的内含子序列,没有改变氨基酸的性质,这一研究结果为Krt71基因的SNPs数据库提供了新的内容。  相似文献