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1.
旨在明确实验用荣昌猪SLA遗传背景，深入研究SLA-1分子相关的抗原递呈和免疫应答机制，本研究对27头荣昌猪采集抗凝血，分离外周血淋巴细胞，提取总RNA,设计特异性引物对SLA-1基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序，对获得序列的分子特征进行分析。结果显示，荣昌猪中共获得11个SLA-1等位基因，其中，9个为新等位基因，全部获得GenBank登录号和ISAG SLA命名委员会官方命名，SLA-1*24:01等位基因在该群体中频率最高。SLA-1基因编码区全长1 086 bp,存在127个核苷酸多态位点，非同义单核苷酸多态性位点数高于同义单核苷酸多态性位点数。核苷酸多样度为0.044 9,单倍型多样度为1,平均核苷酸差异数为48.782,G+C含量为64.9%。SLA-1基因编码的361个氨基酸中，有75个氨基酸变异位点；第2和第3外显子编码区多态性最高，且第2外显子区域的氨基酸变异程度高于第3外显子区，组成抗原肽结合槽6个口袋的33个关键氨基酸位点中，11个在人与荣昌猪之间高度保守，与β2-微球蛋白结合的19个关键氨基酸位点中，10个保持一致，CD8分子与MHC结... 相似文献
2.
设计引物通过RT-PCR扩增巴马香猪和贵州小型猪香猪药物代谢关键P450基因CYP3A29基因的全长编码区,纯化并克隆入pMD 18-T载体,通过序列测定和比对分析其序列变异情况。17头小型猪共发现CYP3A29基因的5个单核苷酸变异位点,均表现为同义替换,对编码的氨基酸序列无影响;猪CYP3A29的单核苷酸变异和品系相关,在不同品系中可表现出品系特有的单核苷酸变异;贵州小型香猪G3 a2902发现1个可变剪接,缺失89 bp并产生移码,改变编码蛋白。本研究克隆的巴马香猪和贵州小型香猪CYP3A29基因及其序列变异情况,可为其作为药物代谢模型的应用提供技术资料。 相似文献
3.
目的:首先克隆了猪ALAS1(5-aminolevulinate synthase 1)DNA序列,并对CDS序列进行了序列分析,分析了该基因的表达模式。方法:以4月龄长大母猪的卵巢为材料,运用同源序列克隆技术,对猪ALAS1 DNA序列进行克隆并对其进行生物信息学分析;利用性腺激素处理卵巢颗粒细胞并结合RT-PCR方法分析了猪ALAS1基因的表达模式。结果:克隆得到了猪ALAS1 DNA序列9 137 bp,其中包括53 bp的5'非编码区序列、1 922 bp的CDS序列和2~9内含子序列,共编码640个氨基酸;猪ALAS1蛋白氨基酸序列与人和小鼠的相似性一致(100%);ALAS1蛋白的分子量约为38.0 KDa,等电点为9.07,可能存在10个PKC磷酸化位点、1个CAMP磷酸化位点、4个N-糖基化位点、12个豆蔻酰化位点、3个CKII磷酸化位点和1个酰胺位点,还包含1个天冬酰胺转氨酶超家族(AAT-1)保守结构域;猪ALAS1在性腺激素处理2个卵巢颗粒细胞后,可检测到该基因在卵巢颗粒细胞中的显著性表达,之后其表达量迅速下降,12 h后表达量又提高,之后表达量再次迅速下降。结论:猪ALAS1基因的CDS区在物种间保守性强,推测猪ALAS1基因参与卵泡的发育和排卵及在黄体化过程中发挥一定作用。 相似文献
4.
贵州白香猪为贵州特有的地方品种,为了研究贵州白香猪apoA5基因多态性,试验采用直接测序法对贵州白香猪apoA5基因全序列2 473 bp进行单核苷酸多态性(SNPs)检测.结果表明:在apoA5基因的内含子2和外显子3中分别检测出1个、11个变异位点;有4个突变发生在氨基酸编码区内,其中3个突变为同义突变,而G1 1... 相似文献
5.
为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。 相似文献
6.
贵州白香猪为贵州特有的地方品种,为了研究贵州白香猪apoA5基因多态性,试验采用直接测序法对贵州白香猪apoA5基因全序列2 473 bp进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果表明:在apoA5基因的内含子2和外显子3中分别检测出1个、11个变异位点;有4个突变发生在氨基酸编码区内,其中3个突变为同义突变,而G1 185A突变为非同义突变,导致了密码子由CGC突变为CAC,从而导致氨基酸由精氨酸(Arg)突变为组氨酸(His);另外7个突变位点发生在3'-UTR;在检测出的12个变异位点中,G1 690C及G1 821C突变符合Hardy-Weinberg平衡状态,其余10个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡。 相似文献
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《家畜生态学报》2021,42(5)
为了深入挖掘与鸡羽色形成密切相关的SNPs位点,以略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡为研究对象,对3个品种70个样本的MC1R基因序列进行序列比对,分析序列变异导致的MC1R氨基酸变异、蛋白质结构和性质的变化,进行SNPs与羽色的相关性分析。结果表明:3个鸡种MC1R基因CDS区大小没有差异,均为945 bp,但品种间DNA序列存在序列变异,共检测到8个SNPs位点,其中4个SNPs位点引起错义突变:212(T/C)、398(T/C)、637(T/C)和644(A/C),且与鸡羽色极显著相关(P0.001)。基于SNPs造成的氨基酸序列变异,以红原鸡MC1R氨基酸序列为参考,将其定义为I型,在略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡发现了Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型和Ⅴ型4种MC1R类型,并对4种类型的理化性质、二级结构和三级结构进行比较分析,发现不同类型的氨基酸差异位点均不在跨膜区上,α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲比例均存在差异,蛋白质三级结构也存在一定变化。研究表明,在3个不同羽色鸡种上检测到的8个SNPs中,有4个导致MC1R蛋白理化性质和结构的变化,进而影响MC1R蛋白功能。 相似文献
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藏猪生长激素基因核苷酸多态性分析 总被引：8，自引：0，他引：8
本文应用PC R方法,体外扩增了藏猪5个个体的生长激素(GH)基因64～2022位之间1959 bp的片段(包含完整的5个外显子和4个内含子),并进行了序列测定。结合网上下载的猪GH基因同源区段序列进行比较分析,结果表明:藏猪GH基因有较丰富的核苷酸多态性;检出的24个核苷酸突变位点中有6个发生在外显子区,外显子2内有4个突变位点,导致2个氨基酸变异,外显子3和外显子4内各有一个突变位点,特别是外显子4内这个突变位点引起了1个氨基酸变异;单核苷酸转换(21个位点)大于颠换(5个位点)。 相似文献
9.
《中国畜牧杂志》2016,(1)
采集6头成年马鹿生长60 d茸组织,获得塔里木马鹿茸c-myc基因cDNA全长序列,并比对分析其转录因子的序列特征;结果表明:得到塔里木马鹿茸c-myc基因cDNA 1 840 bp序列,其中ORF区长1 314 bp,编码438个氨基酸;马鹿茸c-myc序列比对,与牛和羊序列相似性最高分别为96%和97%;氨基酸比对分析,在序列121位处马鹿比牛、羊、猪、人类及鼠少1个天冬氨酸(D);马鹿茸c-myc基因的DNA结合域由bHLHZIP结构组成,共80个氨基酸残基,在bHLH区的第16和46位氨基酸处,塔里木马鹿分别为天冬氨酸D和精氨酸R,而牛、羊、猪、人和鼠为天冬酰胺N和赖氨酸L。6个DNA结合位点和E-box的结合位点没有氨基酸变异;羊、牛、猪、人、鼠和马鹿的cmyc基因的Zip序列变异较大。本实验通过0.8 mmol/L IPTG诱导,2 h后构建的Pet-28b-c-myc原核表达载体开始表达目的基因,PAGE检测获得约48 ku目的蛋白质,同时发现随着诱导时间延长没有发现表达量的变化。 相似文献
10.
试验克隆了猪MAP3K5基因cDNA序列,分析了猪MAP3K5基因与MAP3K家族及其他物种MAP3K5基因的序列同源性,并研究了其保守结合域。通过RACE-PCR扩增获得猪MAP3K5基因5 452 bp的序列,并分析其可能的开放阅读框及预测蛋白序列,获得了MAP3K5基因31个外显子结构。通过比对发现,猪MAP3K5基因与MAP3K家族其他成员的mRNA及蛋白质序列的同源性较低,均在50%以下,其中猪MAP3K5与MAP3K6基因序列的同源性相对较高;猪MAP3K5基因与其他物种的MAP3K5基因的mRNA及蛋白质序列的同源性较高,均在78%以上,其中猪MAP3K5基因与牛、绵羊、犬和人的MAP3K5基因序列的同源性较高。对与猪MAP3K5序列同源性更高的蛋白质进行保守结构域分析,发现MAP3K6与MAP3K5的保守域和结合位点类似,其他MAP3K家族成员与MAP3K5的结构域差别较大;而其他物种的MAP3K5与猪MAP3K5相比保守结构域和结合位点相似。结果初步表明了猪MAP3K5序列和结构域特点,可为后续MAP3K5基因的功能研究奠定基础。 相似文献
11.
不同物种肌细胞生成素基因序列结构与功能特性的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。 相似文献
12.
本研究旨在克隆猪锚蛋白重复序列和细胞信号抑制因子盒蛋白2（ankyrin repeat and suppressor of cytokine signalling box containing protein 2,ASB2）基因完整CDS区序列,通过生物信息学方法分析CDS序列和蛋白质基本特性,探讨其在晋汾白猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达规律。选取1日龄晋汾白猪为研究对象,依据GenBank中猪ASB2基因预测核苷酸序列设计引物,以背最长肌组织cDNA为模板,采用分段扩增法进行猪ASB2基因的克隆。利用生物信息学软件分析ASB2氨基酸序列及编码蛋白质的结构和功能,利用实时荧光定量PCR技术检测ASB2基因在猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达水平。结果显示,猪ASB2基因完整CDS区序列长1 824 bp,共编码607个氨基酸。猪ASB2基因核苷酸序列与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析发现,ASB2蛋白为亲水性蛋白,共有54个磷酸化位点,11个O-糖基化位点,1个N-糖基化位点,没有信号肽。保守结构域分析结果表明存在11个ANK基序和1个SOCS基序。猪ASB2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链分别占43.99%、40.36%、10.05%和5.60%。实时荧光定量PCR结果显示,ASB2基因在猪腰大肌组织中表达量最高,其次为背最长肌和心脏,且与其他组织中表达量具有极显著差异（P<0.01）;在诱导卫星细胞成肌过程中发现该基因表达量呈先升高后降低趋势,提示其可能参与调控肌肉生长过程。本研究结果可为进一步探讨猪ASB2基因功能及作用机制提供参考依据。 相似文献
13.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(15)
为了进一步研究家犬(Canis lupus familiaris)ZP3的生物学功能及作用机制,研究采用生物信息学的方法,从NCBI数据库中搜集犬ZP3基因的编码区序列(CDS),通过MAGE软件将其转化为蛋白质序列,利用Ex PASy、BLAST和DNAStar等生物信息学在线软件及程序对蛋白质的一级、二级和三级结构进行预测,运用PAML软件对11个物种ZP3基因进化、受到选择的位点进行分析,用Predictprotein和Weblogo分析了ZP3的保守性,采用Python和Py MOL对蛋白质的三级结构进行编辑。结果表明:犬ZP3基因编码426个氨基酸,编码产物是一个有信号肽的亲水跨膜蛋白,第1~23位氨基酸是信号肽区域,跨膜结构域在第386~408位氨基酸的α螺旋区;有4个位点检测到受到磷酸化的作用,这些磷酸化位点可能与信号转导有关;在ZP结构域上有9个蛋白质结合位点;在ZP3的325~385区段存在1个高变异区,并且大部分的磷酸化和受选择的氨基酸位点都分布在这一区域。说明该区域经历了快速的进化,暗示ZP结构域和该高变异区可能参与了精-卵的相互作用。 相似文献
14.
《中国畜牧兽医》2020,(5)
本研究旨在克隆猪锚蛋白重复序列和细胞信号抑制因子盒蛋白2(ankyrin repeat and suppressor of cytokine signalling box containing protein 2,ASB2)基因完整CDS区序列,通过生物信息学方法分析CDS序列和蛋白质基本特性,探讨其在晋汾白猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达规律。选取1日龄晋汾白猪为研究对象,依据GenBank中猪ASB2基因预测核苷酸序列设计引物,以背最长肌组织cDNA为模板,采用分段扩增法进行猪ASB2基因的克隆。利用生物信息学软件分析ASB2氨基酸序列及编码蛋白质的结构和功能,利用实时荧光定量PCR技术检测ASB2基因在猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达水平。结果显示,猪ASB2基因完整CDS区序列长1 824 bp,共编码607个氨基酸。猪ASB2基因核苷酸序列与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析发现,ASB2蛋白为亲水性蛋白,共有54个磷酸化位点,11个O-糖基化位点,1个N-糖基化位点,没有信号肽。保守结构域分析结果表明存在11个ANK基序和1个SOCS基序。猪ASB2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链分别占43.99%、40.36%、10.05%和5.60%。实时荧光定量PCR结果显示,ASB2基因在猪腰大肌组织中表达量最高,其次为背最长肌和心脏,且与其他组织中表达量具有极显著差异(P0.01);在诱导卫星细胞成肌过程中发现该基因表达量呈先升高后降低趋势,提示其可能参与调控肌肉生长过程。本研究结果可为进一步探讨猪ASB2基因功能及作用机制提供参考依据。 相似文献
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根据GenBank收录的猪白细胞介素-6（PIL-6）设计1对特异性引物，经刀豆蛋白素A（Co—nA）诱导猪淋巴细胞并提取总RNA，用1it—PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上，经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明：该基因cDNA全长741bp，开放阅读框由639个核苷酸组成，推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现：荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高，为99．8％。100％，氨基酸的同源性为99．5％-100％。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析，表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。 相似文献
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根据GenBank收录的猪白细胞介素-6(PIL-6)设计1对特异性引物,经刀豆蛋白素A(ConA)诱导猪淋巴细胞并提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上,经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明:该基因cDNA全长741 bp,开放阅读框由639个核苷酸组成,推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现:荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高,为99.8%~100%,氨基酸的同源性为99.5%~100%。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析,表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。 相似文献
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试验旨在探究IGF-1基因单核苷酸突变位点对保山猪和杜洛克猪生长性能的影响。试验以保山猪和杜洛克猪为研究对象,采用直接测序法对IGF-1基因的多态性进行检测,利用生物信息学软件分析编码蛋白结构。结果显示：在保山猪IGF-1基因编码蛋白的外显子上共筛选出1个SNP位点（Exon4-G189A）,该突变属于同义突变,引起密码子改变,但所编码的氨基酸未改变。生物信息学分析结果显示,保山猪IGF-1基因CDS区编码164个氨基酸,分子式为C782H1265N247O239S11,相对分子质量为18303.82,理论等电点为9.89,不稳定性指数为73.25,整体表现为亲水性,不具有跨膜结构,含有信号肽序列;蛋白质二级结构只含有无规则卷曲和α-螺旋,分别占60.37%、39.63%,三级结构预测模型与保山猪IGF-1基因的蛋白结构匹配度为-1.15,具有较好的一致性。研究表明,IGF-1基因在物种进化过程中高度保守,使其编码保山猪和杜洛克猪的氨基酸序列相同,蛋白质结构和功能差异很小或不存在差异,能否作为调控保山猪瘦肉少、脂肪多、生长慢的候选基因还需进行关联性的研究。 相似文献