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1.
该研究运用RT-PCR技术,首次从大熊猫Ailuropoda melanoleuca的肌肉组织总RNA中成功克隆了AP2S1基因的编码序列,并对其进行了全面分析.结果表明:大熊猫AP2S1基因编码序列克隆片段全长为512bp,开放阅读框(ORF)为429bp,编码142个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为1.7×104,等电点pI为5.82,含有4种类型共5个功能位点,即1个蛋白激酶C磷酸化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个N-酰基化位点和1个网格蛋白调节素小肽链标签;且该蛋白在哺乳动物网状细胞中的半寿期(half-life)大于30h,不稳定指数(in-stability index)为26.99,属于稳定蛋白.进一步分析发现,大熊猫AP2S1基因与已报道的人、苏门答腊猩猩、牛、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的编码序列及其编码的氨基酸序列具有很高的相似性,表明该基因及其编码蛋白在物种漫长的进化过程中极其保守. 相似文献
2.
【目的】克隆和鉴定粘虫核糖体蛋白S11(Ribosomal Protein S11,RPS11)基因,为昆虫核糖体蛋白功能的研究提供基础资料。【方法】运用RT-PCR和RACE技术,以粘虫cDNA为模板,对RPS11基因进行克隆,获得其全长cDNA序列,并利用生物信息学方法,对RPS11基因全长cDNA序列及推测得到的RPS11蛋白氨基酸序列进行分析,构建其系统进化树。【结果】获得的粘虫核糖体蛋白S11基因(RPS11)cDNA序列长度为521 bp,其中包括26 bp的5′非编码区、36 bp的3′非编码区和459 bp的开放阅读框,编码一个由152个氨基酸组成的蛋白,其具有核糖蛋白S17蛋白家族典型特征。推测得到的粘虫RPS11蛋白的理论分子质量为17.737 9 ku,等电点为10.63,富含6种类型的特定功能位点,与同属夜蛾科的烟芽夜蛾(Heliothis virescens)的RPS11蛋白相似性高达97%。用Neigh-bor-joining(NJ)法构建基于RPS11氨基酸序列的系统发育树,结果显示,粘虫RPS11与烟芽夜蛾(H.virescens)、草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)和家蚕(Bombyx mori)等3种鳞翅目昆虫的亲缘关系较近。【结论】成功获得了粘虫RPS11基因全长序列(GenBank登录号为GQ222274),由其编码的核糖体蛋白RPS11属于核糖蛋白S17蛋白家族。 相似文献
3.
巴西橡胶树核糖体蛋白S5基因的克隆及生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
核糖体蛋白S5是核糖体蛋白家族的重要成员,在核糖体中发挥重要作用.利用本实验室获得的部分序列设计引物,采用3'-RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得一个核糖体蛋白S5基因的完整阅读框,该基因编码209个氨基酸的多肽,含有一个典型的真核生物核糖体蛋白S5结构域.在HbRPS5氨基酸序列中没有预测到跨膜区和信号肽,二级结构分析表明HbRPS5属于混合型蛋白.对14个RPS5系统进化分析表明,巴西橡胶树的RPS5基因在进化上具有保守性,与植物类拟南芥的RPS5基因亲缘关系最近,而与人和酵母等亲缘关系相对较远.该基因的克隆和生物信息学分析为深入研究其功能奠定了基础. 相似文献
4.
【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化,为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛cDNA文库中获得表达序列标签(EST),用Blast程序从GenBank数据库中查找同源序列,克隆得到松墨天牛的一个核糖体蛋白基因;用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测11种农药胁迫下该基因的表达。【结果】从松墨天牛cDNA文库中获得1条EST序列与昆虫核糖体蛋白S15A(RPS15A)同源的基因,命名为MaRPS15A。MaRPS15AcDNA长504bp,含有5′、3′非编码区和长393bp的开放阅读框,编码130个氨基酸,预测的蛋白质分子质量为14.75ku,理论等电点为9.95。MaRPS15A与赤拟谷盗(Tribolium castaneum)核糖体蛋白RPS15A的相似性为98%,与其他昆虫核糖体蛋白RPS15A的相似性大于88%。除溴氰菊酯外,其他农药胁迫导致MaRPS15A相对表达量下降。【结论】成功克隆了松墨天牛核糖体蛋白基因MaRPS15A(GenBank登录号:KJ930032)。大多数农药抑制了MaRPS15A的表达,表明松墨天牛受到了不利影响。 相似文献
5.
采用PCR技术从米曲霉CICC2012菌株基因组中克隆6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因(gnd),并利用生物信息学手段对其氨基酸序列、进化树、理化性质、蛋白质结构等进行分析.序列测定和分析结果表明.gnd基因序列长为1 723 bp.包含1个1 551 bp的开放阅读框,编码516个氨基酸;gnd基因编码的6PGDH氨基酸序列与黄曲霉6PGDH基因的同源性为99％,存在的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点分别有11,2和6个;6PGDH蛋白分子量为57.3 kD,等电点为5.63; gnid基因编码蛋白二级结构α-螺旋区域占44.57％,β-折叠区域占12.79％.无规则卷曲区域占42.64％;氨基酸残基11～195位点为NADP+结合区域. 相似文献
6.
从芥蓝（Brussica oleraceaL．var．alboglabra）中克隆了一个新的PGIP基因,命名为BoPGIP2。BoPGIP2基因序列全长为1102bp,由2个外显子和1个内含子构成,外显子总长为993bp,内含子总长为95bp,编码330个氨基酸序列,分子量为37．1kDa。推导的氨基酸序列分析表明,该序列包含5个N一糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,5个酪蛋白激酶II磷酸化位点,4个N-豆蔻酰化位点;同源序列比对分析表明,所比对基因都含有LRR结构,在145位点的LRR结构域在所有物种中高度保守。 相似文献
7.
对斜纹夜蛾核型多角体病毒ⅡORF56基因的序列特征及原核表达进行了初步研究.ORF56基因编码区全长675 bp,编码224个氨基酸,预测编码蛋白分子量25.9 ku.序列分析显示,ORF56具有典型的晚期启动子特征序列GTAAG,推导的氨基酸序列中含有13个磷酸化位点和3个N-糖基化位点.PCR扩增获得该基因,克隆到融合表达载体pET-32a(+)中,在大肠杆菌BL21中诱导表达.用纯化的融合蛋白免疫家兔,制备了多克隆抗体,为深入研究SpltMNPVⅡORF56的结构与功能提供基础. 相似文献
8.
核糖体蛋白S6是核糖体蛋白家族的重要成员,在核糖体中发挥重要作用。利用农业部橡胶生物学重点开放实验室获得的部分序列设计引物,采用3-′RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得一个核糖体蛋白S6基因的完整阅读框,该基因编码249个氨基酸的多肽,含有一个典型的真核生物核糖体蛋白S6结构域。在HbRPS6氨基酸序列中没有预测到跨膜区和信号肽,二级结构分析表明：HbRPS6属于混合型蛋白。对10个RPS6系统进化分析表明：巴西橡胶树的RPS6基因在进化上具有保守性,与植物类玉米的RPS5基因亲缘关系最近,而与动物和酵母的亲缘关系相对较远。该基因的克隆和生物信息学分析为深入研究其功能奠定了基础。 相似文献
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RPS11是核糖体小亚基40S的组成部分,属于核糖体蛋白S17p家族,由RPS11基因所编码,主要存在于真核生物中。本研究通过PCR扩增RPS11基因,构建pET43a-RPS11和pGEX-4T-1-RPS11原核表达载体。将重组质粒转入E.coli DH5α,序列测定正确后,将其转入E.coli BL21(DE3),加入IPTG诱导表达。表达蛋白经SDS-PAGE分析后,利用亲和层析法纯化蛋白。结果成功克隆RPS11基因,构建了原核表达载体pET43a-RPS11和pGEX-4T-1-RPS11,转化宿主菌E.coli BL21(DE3)中进行了表达。SDS-PAGE分析证实表达目的蛋白正确。通过Ni-TNA和GSH-Sepharose层析柱获得纯化蛋白,为进一步研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。 相似文献
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绵羊YAP1基因全长cDNA克隆及生物信息学分析 总被引：6，自引：1，他引：6
【目的】克隆绵羊YAP1基因cDNA并分析其序列及其蛋白的遗传特性及其在不同组织中不同程度的表达情况。【方法】以湖羊为研究对象,利用RT-PCR和RACE技术获得绵羊YAP1序列,并结合生物信息学方法对绵羊YAP1的序列进行深入分析。【结果】从湖羊背最长肌中克隆YAP1基因的全长cDNA序列;利用生物信息学技术,对绵羊YAP1基因与其它物种的同源性,蛋白质序列的跨膜区,亚细胞定位,亲水性,潜在信号肽剪切位点,糖基化位点,磷酸化位点,编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构,三级结构等进行分析。【结论】克隆获得绵羊YAP1基因序列全长为1 712 bp,包括1 212 bp的编码区序列,编码403个氨基酸。同源性分析发现,绵羊YAP1核苷酸序列与推测氨基酸序列与灰仓鼠的同源性最高,分别达到78.77%和92.51%,而与人、黑猩猩的一致性差异较小。氨基酸序列分析发现该基因编码蛋白为水溶性蛋白,相对分子量为44079.0Da,理论等电点为4.91,无信号肽序列和跨膜区;亚细胞定位主要在细胞核,不属于分泌蛋白;预测含有33个磷酸化位点,7个糖基化位点,具有两个WW结构域,二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示,YAP1结构域区构成弯曲状螺旋结构。预测YAP1蛋白主要在调节功能过程中有着关键作用。以上研究为进一步探讨YAP1基因在肌肉生长过程中的功能研究奠定了遗传信息基础。 相似文献
11.
大熊猫源犬瘟热病毒基因组遗传特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒（panda derived-canine distemper virus,P-CDV）全基因组进行克隆测序,以了解大熊猫源CDV的全基因组遗传变异情况,进一步追踪感染源,为大熊猫犬瘟热防控提供理论依据。【方法】根据GenBank公布的CDV全基因组序列设计17对特异性引物,利用RT-PCR技术,从感染犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增CDV全基因序列,并克隆到pMD19-T载体中;经测序、拼接,获得第一个P-CDV全长cDNA序列;利用DNAman生物学分析软件分别对全基因组序列、H蛋白基因序列、F蛋白基因序列、P蛋白基因序列、M蛋白基因序列等进行遗传变异分析,构建系统进化树。【结果】经序列测序和拼接,大熊猫源犬瘟热病毒全基因组长15 690 nt,GenBank登录号为KP677502,主要编码6种蛋白,分别是N蛋白、P蛋白、M蛋白、F蛋白、H蛋白和L蛋白,在各个基因及间隔区中未发现碱基插入和缺失。遗传进化分析显示,P-CDV全基因组与20株代表性CDV全基因组序列同源性为91.5%-98.7%,P-CDV与强毒株MKY-KM08（HM852904）、PS、HLJ1-06（JX681125）、Hebei（KC427278）以及AC96I-H358（AB753776）在一个大的分支上,与PS株（JN896331）亲缘关系最近,同源性为98.7%,与标准野毒株Strain A75-17（AF164967）同源性为95.7%,与疫苗株CDV3（EU726268）亲缘关系较远,同源性为91.5%。H蛋白氨基酸序列分析和系统进化树表明,大熊猫源犬瘟热病毒属于强毒株,基因型为Asia-I型。P-CDV各蛋白基因与20株代表性的毒株相比有9处氨基酸发生了变异,与GenBank上现有的CDV序列相比,其中3处是独有的,分别是：F蛋白基因的208位由N（Asn,天冬酰胺,强毒株多为N）或K（Lys,赖氨酸,弱毒株多为K）变成了S（Ser,丝氨酸）,第215位由S变成了A（Ala,丙氨酸）,P蛋白基因的58位由Q（Gln,谷氨酰胺）变成K（Lys,赖氨酸）。【结论】成功克隆了大熊猫源犬瘟热病毒的全基因,并完成了序列分析,发现了在F、P基因上碱基的重要变异。这些数据将为研究大熊猫犬瘟热的遗传变异和流行特征提供分子生物学依据。 相似文献
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为了解各地动物园圈养大熊猫的毕氏肠微孢子虫感染情况及其人畜共患风险,采用基于ITS基因的巢氏PCR方法,对江苏、福建、浙江等10个省(市、自治区)的动物园圈养大熊猫毕氏肠微孢子虫的感染情况及基因分型进行调查和检测。在31份大熊猫粪便样品中,共检测到毕氏肠微孢子虫阳性14份,总感染率45.2%,检测出SC02(13/14)和Peru6(1/14)两种毕氏肠微孢子虫基因型。种系发育分析表明,SC02和Peru6都属于具有人畜共患潜能的group 1b。本实验首次发现SC02基因型毕氏肠微孢子虫感染大熊猫,表明大熊猫可能作为毕氏肠微孢子虫的储存宿主引起人微孢子虫病,拓宽了基因型SC02的毕氏肠微孢子虫宿主范围。 相似文献
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秦岭大熊猫主食竹氨基酸含量的测定及营养评价 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]进一步了解秦岭大熊猫的营养需要。[方法]采用氨基酸自动分析仪测定秦岭山系中的巴山木竹、秦岭箭竹和龙头竹3种大熊猫主食竹中氨基酸的组成与含量,并对其进行营养评价。[结果]结果表明,样品经酸水解处理,含有17种氨基酸,营养丰富,包含大熊猫必需的8种氨基酸。竹样中谷氨酸含量最高,其次为天冬氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、丙氨酸、赖氨酸、甘氨酸、脯氨酸、苏氨酸、异亮氨酸、精氨酸和丝氨酸,半胱氨酸含量最低。竹叶中除半胱氨酸含量低于竹杆外,其余所有氨基酸含量都显著高于竹杆。氨基酸配比合理,高于WHO/FAO提出的参考蛋白质标准,可以为秦岭大熊猫日常生理活动提供质量较好的蛋白来源。[结论]该研究为秦岭大熊猫食物资源的保护和可持续发展提供科学依据。 相似文献
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邛崃山系3种主食竹单宁及营养成分含量对大熊猫取食选择性的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究单宁和营养成分含量在大熊猫取食时对不同竹种以及竹种不同部位选择的影响,本文在野外实地调查的基础上,对邛崃山系鞍子河自然保护区的冷箭竹、拐棍竹、白夹竹这3种大熊猫主食竹种的单宁、粗蛋白以及钙、镁、铜、锌等矿质元素含量进行测定对比,综合分析了不同主食竹种、不同营养器官以及不同部位中单宁和营养成分含量与大熊猫取食选择的相关性。结果表明:1）3种竹种相比较,冷箭竹的单宁含量最低,拐棍竹含量最高;3竹种中,全竿单宁平均含量高于茎部含量,各竹种的中、上部含量明显低于下部含量。2）冷箭竹粗蛋白含量最高,拐棍竹含量最低;不同竹种间矿质元素含量差异较大,主食竹的粗蛋白含量和锌元素含量都与大熊猫取食的断桩高度呈负相关性。3）大熊猫趋向于选择单宁含量低而粗蛋白含量高的竹种及部位,单宁含量和粗蛋白含量可以共同作为大熊猫对主食竹种以及主食竹不同部位取食的重要影响因子。 相似文献
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大熊猫分布区珍稀濒危物种丰富度空间格局与热点区分析 总被引：2，自引：1，他引：1
分析物种丰富度格局和热点区是保护生物多样性的有效手段和途径。本文基于珍稀濒危物种名录信息,结合遥感影像、文献信息和专家经验,研究了大熊猫分布区内珍稀濒危物种及中国特有珍稀濒危物种的丰富度空间格局,确定了物种丰富度热点区,分析了大熊猫保护区对热点区保护的有效性。结果表明:大熊猫分布区内,与大熊猫同域分布的珍稀濒危物种有293种,包括哺乳动物109种、鸟类58种、爬行动物18种、两栖动物35种、高等植物73种;其中,IUCN极危物种11种、濒危物种48种、易危物种111种、近危物种74种,列入CITES附录Ⅱ2种,国家一级保护植物7种,国家二级保护植物36种;293种珍稀濒危物种中,133种为中国特有,19种为大熊猫分布区特有。大熊猫分布区中,岷山的文县和平武,邛崃山的汶川、宝兴和康定珍稀濒危物种丰富度最高,达到15~19种/km2,物种密集区呈块状或线状破碎化分布;秦岭山系、岷山山系和邛崃山系为中国特有珍稀濒危物种丰富度最高的集中分布区,丰富度为5~6种/km2;海拔1400~1600m和1800~2000m,分别为珍稀濒危物种和中国特有珍稀濒危物种丰富度最高的海拔区段,物种丰富度达186种和77种;800~2800m是珍稀濒危物种和中国特有珍稀濒危物种分布最密集的海拔范围,分别覆盖了88.4%的珍稀濒危物种和87.2%的中国特有珍稀濒危物种。大熊猫分布区有6个珍稀濒危物种丰富度热点区,占分布区总面积的10.5%,覆盖了分布区85%的珍稀濒危物种;中国特有珍稀濒危物种热点区,占分布区总面积的17.2%,覆盖了85%的中国特有珍稀濒危物种。大熊猫保护区,覆盖了27.6%的珍稀濒危物种热点区和21.4%的中国特有珍稀濒危物种热点区,保护了71.7%的珍稀濒危物种和70.7%的中国特有珍稀濒危物种。本研究结果可为提高大熊猫保护区的有效性和维护大熊猫种群的持续生存提供科学依据。 相似文献
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基于主成分分析法和层次分析法的大熊猫生存环境因子研究 总被引：2，自引：0，他引：2
从大熊猫生活痕迹出发,对如何预测适合大熊猫生存的环境展开一系列的探讨和研究,并建立模型。运用层次分析法和主成分分析法相结合的办法确定了影响大熊猫生存的环境因子。 相似文献
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黄嘌呤氧化酶(XO)和多胺氧化酶(PAO)是乳汁中两类重要的氧化还原酶,与新生幼崽免疫系统的形成密切相关。采用牛、羊鲜乳及其冷冻乳建立XO和PAO活性的Amplex Red荧光检测方法,对冷冻大熊猫初乳中XO和PAO活性进行测定,并与新鲜和冷冻牛、羊乳中这两种酶的活性进行比较。结果表明,3种乳中XO活性高于PAO活性;XO活性总体趋势为牛乳>大熊猫初乳>羊乳;PAO活性总体趋势为牛乳>羊乳>大熊猫初乳。大熊猫初乳通过XO、PAO和乳过氧化物酶LPO系统的协同抗菌机制在新生幼崽肠道微生物和先天免疫系统形成过程中发挥作用且以XO为主。 相似文献
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大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)是我国特有的珍稀物种,也是世界上最濒危的野生动物之一。为了将人工繁育的部分大熊猫个体重引入其历史分布区或复壮野生种群,中国保护大熊猫研究中心从2003年开始进行圈养大熊猫的野外放归工作,通过野化培训以提高圈养大熊猫适应和选择野外环境的能力。对野化培训大熊猫"淘淘"的生境选择研究表明:该野化培训大熊猫幼仔经常活动于新笋密度较大的区域[生境与对照:(2.68±1.14)对(1.58±0.66)],却避开成竹密度过大[(9.91±2.51)对(12.18±4.68)]、竹子较高[(4.57±1.09) m对(4.98±0.66) m]以及枯死竹过多[(2.52±0.86)对(3.39±1.33)]的区域;喜欢活动于离水源[(1.59±0.67)对(2.19±0.87)]和隐蔽场所较近[(5.37±2.14) m对(8.35±7.76)m],以及距离乔木较远[(3.09±0.69) m对(2.70±0.42) m]和郁闭度较低[(1.85±0.57)对(2.10±0.47)]的区域(P < 0.05),新笋密度大小是该栖息地在整个野化培训期间是否被利用的最重要因素。该野化培训大熊猫幼仔保持着与带仔母兽相近的生境选择特征,对竹子环境的选择也与卧龙野生大熊猫相似,野化培训对该大熊猫幼仔产生了积极的作用。野化培训大熊猫幼仔形成的家域和核域面积分别为9.21 hm2 和1.93 hm2,占野化培训圈面积的51.95%和10.89%,其中家域面积仅有卧龙野生大熊猫的1.4%-2.4%,所以在以后的野化培训过程中需要采取增加野化培训圈中环境丰富度等方式,促进野化培训大熊猫形成较大的家域面积。 相似文献