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1.
对蓝狐多巴胺受体D2(dopamine receptor,DRD2)基因进行克隆测序,为进一步探讨蓝狐DRD2基因与自咬行为的相关分析及染色体定位提供理论基础。本试验参考狗的DRD2基因序列(GenBank登录号:AF293962.1)设计特异引物,对蓝狐的基因组进行PCR扩增、克隆和测序,并进行序列的同源性分析。试验获得蓝狐DRD2基因序列819 bp,其序列与家犬的同源性最高,达97%,而在水貂和人及小鼠这些哺乳动物的同源性为85%~91%。本研究成功克隆了蓝狐DRD2基因的部分序列,表明其在物种间具有较高的保守性。 相似文献
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基于GenBank中已公布的家犬(Canis familiaris)、赤狐(Vulpes vulpes)、北极狐(Alopex lagopus)和貉(Nyctereutes procyonoides)黑素皮质激素受体1(MC1R)基因序列,利用BioEdit 7.0等生物信息软件,对4种犬科动物MC1R基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明,家犬、赤狐、北极狐及貉MC1R基因为单一外显子,编码区序列长度均为954 bp,碱基组成表现为C＞G＞T＞A,且G+C百分含量高于A+T;编码区碱基序列中共检测到20个突变位点,包括16个单一突变和4个简约突变,转换类型多于颠换,核苷酸和氨基酸序列同源性较高;赤狐与北极狐间的遗传距离最短,邻近法(NJ)、最小进化法(ME)和非对组算数平均法(UPGMA)3种方法构建的进化树基本一致,赤狐与北极狐首先聚为一簇,貉比家犬、赤狐和北极狐分化时间更早。 相似文献
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猪呼吸道冠状病毒S1基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以猪呼吸道冠状病毒(PRCV)AR310毒株为研究对象,观察PRCV在两种不同细胞中的生长繁殖情况,在猪肾原代细胞中生长良好,在PK15细胞中未见生长。参考GenBbank中已发表的基因序列,设计和合成一对引物,通过RT-PCR扩增出PRCVAR310株的S1基因,克隆到pMD18-T载体中并测序。结果表明与PRCVDQ811787核苷酸同源性为100%,与M94096、M94097的同源性分别为95.2%和95.0%;氨基酸序列分析表明,试验测序的PRCVS1基因氨基酸序列与Genebank中DQ811787同源性为100%,与M94096、M94097的同源性较高分别为95.2%和95.6%。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(10)
为了研究北极狐Wnt家族成员3a(Wnt3a)基因的结构和功能,利用RT-PCR的方法对北极狐Wnt3a基因CDS区进行了克隆,并对其测序结果进行了生物信息学分析。结果显示:北极狐Wnt3a基因CDS区长度为1 059 bp,编码352个氨基酸;编码蛋白为碱性不稳定的亲水性蛋白;二级结构以无规卷曲为主,其次是β-片层;该蛋白属于膜外蛋白,主要定位于细胞质、细胞核和线粒体中;该蛋白存在33个蛋白磷酸化位点,且该蛋白还存在信号肽结构;与其他9个物种的同源性和系统发育分析来看,与北极狐Wnt3a基因亲缘关系最近的是澳洲野犬,同源性达到了99.7%。该研究成功克隆了北极狐Wnt3a基因CDS区序列,并对其结构和理化性质进行了分析,为后期研究Wnt3a基因和其相关信号通路提供了理论铺垫。 相似文献
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本试验采用BamHI酶切伪狂犬病病毒 (PRV)Ma株基因组DNA ,电泳回收 3 4kb和4 4kb片段 ,快速克隆了伪狂犬病病毒Ma株BamHI 3 4kb和 4 4kb片段到质粒 pUC1 9中 ,对其进行部分序列测定并与Genebank序列进行同源性分析 ,结果表明BamHI 3 4kb片段包含UL50等基因 ,与Ka株UL50基因同源性为 87% ,BamHI 4 4kb片段包含RSP40及PK等基因片段 ,与Ka株RSP40基因同源性为 98%。Ka株BamHI 3 4kb片段包含TK基因 ,而包含UL50基因的BamHI片段为 7 4kb。结果表明 ,PRVMa株BamHI酶切位点发生了漂移 相似文献
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《中国畜牧兽医》2017,(12)
试验旨在克隆北极狐及乌苏里貉抑制素α(inhibinα,INHα)亚基基因并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中犬科INHα预测mRNA序列(登录号:XM_545660.5)设计1对引物,用RT-PCR技术从北极狐及乌苏里貉的卵巢组织中扩增出INHα亚基基因,同时将其插入到克隆载体中,进行测序及生物信息学分析。测序结果表明,北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因CDS序列全长为1 107bp,编码369个氨基酸。北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因与犬的同源性最高,分别为97.9%与97.6%。系统进化树分析表明,北极狐及乌苏里貉与犬亲缘关系较近,同时也说明INHα亚基基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。对INHα亚基蛋白的高级结构预测发现,由于半胱氨酸间形成的二硫键导致其采用"蝴蝶形"或"开放手"构型,其中α-螺旋形成分子的"手腕"结构,β-折叠形成分子的"手指"结构。本研究成功克隆了北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因,同时进行了系统的生物信息学分析,为今后研究抑制素在卵母细胞-颗粒细胞同步发育过程中的生物学功能奠定了基础。 相似文献
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水貂多巴胺受体D2基因的克隆测序及外显子区多态性检测 总被引：1，自引：0，他引：1
以多巴胺受体D2基因(DRD2)作为候选基因,分析该基因对水貂自咬行为的影响。本试验采用聚合酶链式反应方法,首次从美洲黑貂脚部肌肉组织扩增出多巴胺受体D2基因的部分序列片段,并克隆测序,将该序列提交到Gene Bank上,已得到序列号为EU085471。通过序列比较,在第四外显子区域未发现碱基突变,在第5外显子区域发现在41位点处发生了(T→C)转换,采用单链构象多态性(PCR-SSCP)方法进行了多态性检测,结果表明:在不同个体中未检测到基因多态性。 相似文献
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从家蚕EST数据中检索到果蝇(D.melanogaster)硒磷酸合成酶基因(patuf)的氨基酸序列,用seqMAN延伸,电子克隆家蚕sps1的cds,用PCR克隆家蚕sps1基因序列.家蚕sps1基因cDNA长1817bp(登录号:ABA43639.1).利用BLASTN进行同源性分析表明与果蝇的同源性为94%,与大肠杆菌序列同源性最差为46%.Bmsps1基因在家蚕基因组中是单拷贝的,只有一个外显子.推导3'UTR序列包含AATAA终止信号和Poly(A).同时我们对Bm sps1进行了原核表达研究. 相似文献
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WEI Li-min SUN Li-rong ZHANG Yong-sheng XI Ji-feng LI Chao-cheng WANG Xu-hai WANG Xiang-zu JIA Bin 《中国畜牧兽医》2016,43(9):2272-2278
Specific primers were designed according to the mRNA sequence of Bos taurus Zfx/Zfy genes provided in GenBank.Zfx/Zfy sequences of Cervus elaphus were cloned and analyzed.The results showed that the cloned Zfx gene sequence of Cervus elaphus was 2 115 bp (GenBank accession No:KP257294.1) that encoded 696 amino acids,the cloned Zfy gene sequence was 2 406 bp (GenBank accession No:KU041539) that encoded 801 amino acids.The phylogenetic trees of Zfx and Zfy amino acid were obtained using the Neighbor-Joining method of DNAStar software.Analysis showed that Zfx of Cervus elaphus was closely related to Homo sapiens,compared with Bison,Pantholops hodgosoniiand,Panthera tigris,Felis catus,Bos taurus,Canis lupus familiaris,Ovis aries.Zfy of Cervus elaphus was closely related to Bos taurus,Bison,Ovis aries,Pantholops hodgosonii compared with others.Zfx/Zfy genes of Cervus elaphus were cloned and sequenced for the first time,and this research provided a foundation for further studying the structure and biological functions of the proteins. 相似文献
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根据GenBank中公布的牛Zfx/Zfy基因的mRNA序列,设计特异性引物,对马鹿Zfx/Zfy基因进行扩增,并对该序列进行分析。结果表明,克隆得到马鹿Zfx基因序列长为2 115 bp,GenBank登录号为KP257294.1,编码696个氨基酸;Zfy基因序列长为2 406 bp,GenBank登录号为KU041539,编码801个氨基酸。依据Zfx/Zfy基因氨基酸序列构建进化树,分析表明,马鹿Zfx基因与人的亲缘关系较近,与聚为一类的野牛、藏羚羊、虎、家猫、家牛、家犬、绵羊的亲缘关系稍远;Zfy基因与家牛、野牛、藏羚羊、绵羊的亲缘关系较近,与其他动物及人的亲缘关系较远。本研究首次克隆了马鹿Zfx/Zfy基因,为研究该基因蛋白质的结构和功能奠定了基础。 相似文献
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本试验采用RT-PCR技术克隆出鸭MyD88部分cDNA序列,克隆到的序列长为195 bp;同源性分析结果显示,鸭MyD88与鸡、火鸡、珍珠鸟的同源性最高,为97％～100％;与人、鼠、牛、猪、狗、马、兔、鲤鱼的同源性为83％～84％;与绵羊的同源性为79％;系统进化树分析表明,鸭MyD88与鸡的亲缘关系最近,与火鸡、珍珠鸟的较为接近,与狗、鼠、兔、人、猪、马、绵羊、牛的亲缘关系依次渐远,与鲤鱼的亲缘关系最远.检测MyD88在鸭7种组织中的分布情况,结果表明,在鸭的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、腔上囊中均检测出MyD88 mRNA的转录产物,而在肾脏、脑中未见.提示MyD88在不同种属及不同组织中具有生物多样性. 相似文献
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本研究旨在克隆驴Zfx基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的牛Zfx基因mRNA序列（登录号：D84097.1）设计特异性引物,利用RT-PCR技术获取驴Zfx基因CDS序列,并对驴Zfx基因CDS区核苷酸序列和蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfx基因CDS区序列长度为2 403 bp,编码800个氨基酸;驴与马、牛、家犬、白犀牛、马鹿、猫、人、绵羊、黑猩猩的Zfx基因CDS区核苷酸序列同源性分别为99.6%、95.0%、95.3%、97.9%、93.5%、94.9%、95.0%、95.7%和94.9%。对驴及其他9种哺乳动物Zfx基因CDS区的核苷酸序列构建系统进化树,结果显示,驴与马亲缘关系很近,与白犀牛的亲缘关系次之;同时又与聚在一类的家犬、猫亲缘关系较近,而与绵羊、牛的亲缘关系稍远。Zfx蛋白理论等电点（pI）为5.19,不稳定系数为42.94,消光系数为35 810,属于不稳定的亲水性蛋白,含有60个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构,属于非分泌蛋白。Zfx蛋白α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别为23.12%、20.25%和56.63%,三级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。本试验成功克隆获得驴Zfx基因CDS序列,为后期深入研究该基因及其编码蛋白的结构功能提供依据。 相似文献
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驴Zfy基因cDNA克隆及生物信息学分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在对驴Zfy基因的cDNA序列进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中公布的家牛Zfy基因mRNA序列（登录号：NM_177491.1）设计特异性引物，运用RT-PCR技术获取驴Zfy基因的cDNA序列，并对Zfy基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明，驴Zfy基因CDS区序列长度为2 325 bp，编码774个氨基酸；蛋白质二级结构预测结果显示，Zfy蛋白没有信号肽及跨膜结构；驴Zfy基因CDS区序列与家牛、绵羊、人、家猫、家犬、马鹿、黑猩猩、藏羚羊的同源性分别为92.9%、92.6%、91.8%、93.8%、92.5%、92.3%、91.6%和92.6%；对驴和其他8种哺乳动物Zfy基因CDS区核苷酸序列构建的系统进化树显示，驴与绵羊、藏羚羊、家牛、马鹿亲缘关系较近，与家犬和家猫的亲缘关系稍远，与人和黑猩猩亲缘关系最远。本研究成功克隆出驴Zfy基因CDS区序列，为进一步研究驴Zfy基因的功能奠定了基础。 相似文献
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采用RT—PCR技术从日本大耳白兔的脾脏组织克隆出兔的Toll样受体基因3（命名为。TLR3），并对其mRNA在兔的17种组织中的分布情况进行了检测。结果显示，RTLR3核苷酸序列与GenBank中登载的穴兔（Oryctolagus cuniculus）TLR3序列（登录号：NM_001082219）相似性为100％；兔的胸腺、脾脏、睾丸等14种组织中检测出TLR3 mRNA的转录产物，而在骨骼、胃和皮肤中未能发现。推导的氨基酸序列同源性比对表明，兔TLR3与人、野猪、牛、猫、褐鼠等动物的同源性最高，为80％-85％；与原鸡同源性次之，为61％；与草鱼、绿河豚等同源性在45％～48％之间；系统进化树分析表明，兔TLR3与马的亲缘关系最接近，与猪、人／绵羊、牛、猩猩／猫的亲缘关系依次渐远，与鼠的亲缘关系最远。可见，TLR3在不同种属动物及不同组织中所起的作用具有生物多样性。 相似文献
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本研究旨在克隆牦牛X染色体相关小肌肉蛋白(small muscle protein X-link,SMPX)基因的CDS区序列,分析该序列所编码蛋白的结构与功能,并检测SMPX基因在牦牛不同组织中的表达情况。运用RT-PCR技术扩增并克隆SMPX基因CDS区序列,分析其氨基酸序列相似性并构建系统进化树;通过在线软件对其理化性质、二级结构和三级结构进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR方法检测SMPX基因在牦牛右心室、臀大肌、肺脏和大脑4个组织中的表达情况。结果表明,牦牛SMPX基因CDS区全长515 bp,开放阅读框(ORF)长261 bp,编码86个氨基酸。牦牛SMPX氨基酸序列与野牦牛、水牛、家犬、人、白尾鹿德克萨斯亚种、绵羊、黑猩猩、藏羚羊、野猪的相似性分别为100%、97.7%、96.5%、96.5%、95.3%、95.3%、96.5%、94.2%和91.9%,说明其在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学分析发现,SMPX蛋白是一种不稳定的亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,为膜内蛋白,无信号肽和跨膜蛋白;SMPX氨基酸序列共有4个磷酸化位点。亚细胞定位结果表明,SMPX蛋白的分布于细胞核(52.2%)、线粒体(43.5%)和细胞质(4.3%)。实时荧光定量PCR检测结果显示,SMPX基因在牦牛右心室中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。本试验结果为深入研究SMPX基因在牦牛中的生理功能和调控机制提供了参考数据。 相似文献
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为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45～49位(SQKPP)、147～152位(RPPPTH)和169～173位(SPPKY)。 相似文献
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DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。 相似文献