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初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
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采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。 相似文献
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烟草内生细菌多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的
分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分
别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus
sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium
tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属
Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红
花大金元最低、为1.3。 相似文献
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从北京凉水河床底泥中分离得到一株能在含450 mg/L CdCl2的LB平板正常生长的高抗镉细菌,编号为KCd1。16S rDNA序列分析结果显示,该菌株与Bacillus cereusATCC 14579T的序列同源性达99%;结合脂肪酸测定与生理生化测定结果,确定该菌株在分类上属于Bacillus cereus。根据GenBank中已发表的抗镉细菌cadA序列设计了巢式引物,以菌株KCd1基因组DNA为模板,扩增得到约500 bp的PCR产物,将该PCR产物克隆于pGEM T-Easy载体,测序结果显示其大小为468 bp,与已报道的Staphylococcus haemolyticus的cadA基因对应序列相似性达到99%,由此可知本实验所获得到468 bp基因片段为cadA基因的一段保守序列。该菌株cadA全长基因的获取工作还有待于进一步展开。 相似文献
5.
结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性（RFLP）的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡（欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡）的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属（Aeromonas sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、邻单胞菌属（Plesiomonas sp.）、克雷伯氏菌属（Klebsiella sp.）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter sp.）、不动杆菌属（Acinetobacter sp.）和肠杆菌属（Enterobacter sp.）等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株. 相似文献
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为治理环境中的农药污染提供依据,从长期施用有机磷农药的土壤中筛选出特殊细菌,采用细菌学、形态学、生理生化及分子系统学进行鉴定,以特异性引物扩增分离菌株的16S rRNA基因,经克隆测序后比对其相似性.结果表明:筛选出的2株菌细菌均为革兰氏阴性菌,均可产生接触酶,有还原硝酸盐的能力,能发酵麦芽糖、并使明胶液化,可在中盐环境中生长,2株菌为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila).经克隆测序后比对,与气单胞菌属相应基因的相似性为99％,对毒死蜱的降解力为21％左右,为中等强度的降解菌.2株嗜水气单胞菌降解毒死蜱的机理可能有一定的特殊性,可作为清除环境中毒死蜱等有机磷农药的候选菌株. 相似文献
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为探明发病怀头鲶Silurus soldatovi的病原及其生物学特征,从发病怀头鲶体内分离出1株革兰氏阴性细菌SG-1,通过细菌形态学观察、理化特性、16S r DNA测序和构建系统发育进化树分析对其进行了鉴定。结果表明:分离菌SG-1菌株葡萄糖产气、氧化酶、硝酸盐还原为阳性,鸟氨酸脱羧酶、硫化氢为阴性;进一步采用PCR方法扩增其16S r DNA序列,测序获得片段大小为1409 bp,与维氏气单胞菌Aeromonas veronii模式菌株ATCC35624序列相似性达99.86%;构建系统发育树分析显示,分离菌与维氏气单胞菌自然聚为一支,最终判定SG-1菌株为维氏气单胞菌;人工感染斑马鱼Danio rerio、鲶S.soldatovi,其死亡率均达100%,病鱼呈现体表出血、肛门红肿、腹水等症状;药敏试验结果显示,该菌对头孢克肟、头孢哌酮、头孢噻肟、诺氟沙星、左氟沙星、恩诺沙星、氟苯尼考等药物敏感,对阿莫西林、氨苄西林、磺胺异恶唑、甲氧嘧啶、复方新诺明等耐药。本研究结果为了解维氏气单胞菌感染鲶的致病机理及其该病的预防治疗提供了科学参考。 相似文献
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拉萨扎叶巴沟瑞香狼毒根际土壤细菌的分离与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
开展瑞香狼毒(Stellera chamaejasma)根际土壤微生物的研究,能够为遏制草原上瑞香狼毒的肆虐提供参考资料。釆用稀释倒平板法从瑞香狼毒根际土壤中分离、纯化细菌;采用经典分类和26S r DNA D1/D2区域序列分析相结合的技术,对纯化的菌株进行鉴定。结果显示,分离自拉萨河谷(扎叶巴沟)的瑞香狼毒土壤中的细菌55株,归属为鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas melonis)、Pseudomonas sp.、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、日本假单胞菌(Pseudomonas japonica)、芽孢杆菌(Bacillus sp.),其中又以鞘氨醇单胞菌为优势种;扎叶巴沟瑞香狼毒根际土壤细菌的种群结构间存在一定差异。其中鞘氨醇单胞菌对瑞香狼毒的抑制作用值得进一步研究。 相似文献
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对小水榕组织培养过程中的污染细菌进行分离鉴定,结果表明:分离到的13株污染细菌分别属于4个类群(Alphaproteobacteria、Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Actinobacteria)的11个属(Paracoccus、Sphingomonas、Agrobacterium、Delftia、Roseateles、Cupriavidus、Herbaspirillum、Stenotrophomonas、Acinetobacter、Microbacterium、Mycobacterium),其中Betaproteobacteria为优势种群,占总数的38.5%;所有菌株和其同源菌株的相似性均在98%以上。 相似文献
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【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。 相似文献
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小麦、水稻、玉米、白菜、芹菜内生固氮菌及其系统发育 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】了解小麦、水稻、玉米、白菜、芹菜内生固氮菌的主要类群,确定内生固氮菌的系统发育地位。【方法】样品表面灭菌后采用无氮培养基分离、培养内生固氮菌,乙炔还原法测定菌株固氮酶活性;PCR扩增得到菌株16S rDNA,通过序列测定和相似性分析研究菌株的系统发育。【结果】从大田小麦体内分离到内生固氮菌34株,固氮酶活性在0.30-30.24 nmol C2H4/h•mg蛋白,基于16S rDNA序列最大相似性,这些菌株分属于假单胞菌（Pseudomonas）、根瘤菌（Rhizobium）、芽孢杆菌（Bacillus）、黄杆菌（Flavobacterium）等13属21种,种群分布较为广泛;从大田水稻体内分离到内生固氮菌25株,固氮酶活性在3.12-254.12 nmol C2H4/h•mg蛋白,属于芽孢杆菌、伯克霍尔德氏菌（Burkholderia）、肠杆菌（Enterobacter）、克雷伯氏菌（Klebsiella）等9属16种,伯克霍尔德氏菌、肠杆菌和克雷伯氏菌是水稻内生固氮菌特有种群;从大田玉米体内分离到内生固氮菌9株,固氮酶活性在7.27-59.58 nmol C2H4/h•mg蛋白,属于根瘤菌、鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）等5属6种;从盆栽试验小白菜体内分离到内生固氮菌14株,固氮酶活性在2.33-205.21 nmol C2H4/h•mg蛋白,属于根瘤菌、节杆菌（Arthrobacter）等6属8种;从市售芹菜体内分离到内生固氮菌10株,固氮酶活性在1.23-46.70 nmol C2H4/h•mg蛋白,属于鞘氨醇单胞菌、假单胞菌等5属8种。【结论】在生长期小麦、水稻、玉米和部分蔬菜体内普遍存在内生固氮菌,菌株固氮酶活性差异较大,在0.30-254.12 nmol C2H4/h•mg蛋白,系统发育地位分属于假单胞菌、根瘤菌、芽孢杆菌等25个属的56个种,这些内生固氮菌对于农业生产有巨大潜能。 相似文献
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1株鸡肠源益生芽孢杆菌的分离·鉴定及其耐受特性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
从人工饲养的健康仔鸡的盲肠和大肠中分离出1株对大肠杆菌有较强拮抗作用的芽孢杆菌菌株Y-1,对该菌株进行了菌落形态、培养特征观察和生理生化特性鉴定及16S rDNA序列的分析。以16S rDNA序列为基础构建了包括11株相关种属细菌在内的系统发育树,其中与11个芽孢杆菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为94.63%~99.35%,Y-1被鉴定为侧孢短芽孢杆菌。模拟体内高胆盐环境(胆盐含量0.3%),监测菌株的耐受能力,然后测定在人工胃液、肠液环境中作用不同时间后的存活菌数。试验结果表明,Y-1在胆酸盐、人工胃液、人工肠液中表现出了很强的耐受能力。 相似文献
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广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析 总被引：4，自引：1，他引：3
【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。 相似文献
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对湖南常德地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)幼虫的肠道细菌进行分离培养,结合16Sr DNA测序,共分离得到11个细菌分离株,分别归为肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、莱略特氏菌属(Lelliottia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)5个属,与分离自玉米粘虫(Mythimna separata)幼虫肠道细菌归属的肠杆菌属、芽孢杆菌属及克雷伯氏菌属在种类上相似;发现草地贪夜蛾幼虫在玉米、豇豆、辣椒和甘蓝等植物上均可存活,存活率分别为70%、50%、17%和10%,这些植物可能是湖南地区的潜在寄主。 相似文献