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ADD1基因PCR-SSCPs标记与猪肌内脂肪含量及背膘厚的关系 总被引：10，自引：0，他引：10
采用PCR SSCPs方法在苏太猪脂肪细胞定向分化因子 1(ADD1)基因第 347和 374位点发现单核苷酸多态性(SNP) ,分别为ADD1第 90和 99位氨基酸密码子的第 3位碱基 ,但这两个位点碱基的替换均没有引起氨基酸序列的变化。通过对 10 0头苏太猪肥育猪背最长肌中肌内脂肪含量的相关分析 ,发现杂合子AB肌内脂肪含量最高 ,极显著地高于AA纯合子 (P <0 0 1) ,BB纯合子肌内脂肪含量介于AB和AA之间 ,并有高于AA纯合子的趋势 (P =0 11)。各基因型间背膘厚没有显著差异。提示ADD1基因该位点上的PCR SSCPs可能作为选择肌内脂肪含量 ,而不影响背膘厚的一个辅助选择标记 相似文献
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[目的]研究拜城油鸡公鸡A-FABP基因的表达与肌内脂肪含量之间的相关性。[方法]随机选取拜城油鸡公鸡90只,随机分为3组,每组30只。采用索氏抽提法和荧光定量PCR方法分别在12、18和24周龄测定胸肌和腿肌中肌内脂肪含量和A-FABP基因的相对表达量。[结果]随着周龄的增长,肌内脂肪含量显著增加,相同周龄拜城油鸡公鸡腿肌中肌内脂肪含量极显著高于胸肌中肌内脂肪含量(P0.01)。不同周龄间、胸肌和腿肌间A-FABP基因的相对表达量差异不显著(P0.05)。[结论]拜城油鸡公鸡A-FABP基因的表达水平与肌内脂肪含量没有显著相关。 相似文献
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绵羊肌肉LPL基因表达的发育性变化及其对肌内脂肪含量的影响 总被引：5，自引：2，他引：5
【目的】研究绵羊肌肉中脂蛋白脂酶（lipoprotein lipase，LPL）基因mRNA的发育性变化规律及其对肌内脂肪沉积的影响。【方法】选取2、30、60、90和120日龄的雄性哈萨克羊和新疆细毛羊各6只（120日龄只有新疆细毛羊），屠宰后取背最长肌检测肌内脂肪含量，用荧光实时定量PCR法检测肌肉LPL基因mRNA表达水平，分析在不同时期的变化及其与肌内脂肪含量的关系。【结果】随着日龄的增加，雄性哈萨克羊的IMF（Intramuscular Fat）含量持续上升，各生长时期差异显著（P＜0.05），而新疆细毛羊的IMF含量在各生长时期无显著差异（P＞0.05），雄性哈萨克羊的IMF含量30～90 d期间极显著高于新疆细毛羊（P＜0.01）；雄性哈萨克羊肌肉LPL基因的表达量在2日龄时最高，60日龄时降到最低，然后逐渐上升，2日龄时LPL表达量极显著高于其它日龄（P＜0.01）。新疆细毛羊的表达量在2日龄时较低，30日龄时升到最高，随后下降，到90日龄时降到最低，然后又逐渐上升；30日龄表达量与2、90、120日龄差异极显著（P＜0.01），与60日龄差异显著（P＜0.05）；60日龄表达量与2、90、120日龄差异显著（P＜0.05）；哈萨克羊LPL基因2～60日龄的表达量与IMF含量呈负相关，相关系数为-0.625（P＜0.05）；新疆细毛羊IMF含量与LPL基因表达量无显著相关性。【结论】新疆细毛羊和哈萨克羊背最长肌肌内脂肪沉积的发育性变化不同，在生长发育早期，哈萨克羊随日龄的增加其IMF上升，新疆细毛羊在各时期保持一个稳定的水平；LPL基因在哈萨克羊生长早期对其肌内脂肪的沉积可能有负调控作用，而对新疆细毛羊无明显作用。 相似文献
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【目的】筛选出高肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关键基因并进行表达验证,为揭示猪肌内脂肪沉积的分子调控机制提供理论依据。【方法】根据NCBI-GEO数据库中高、低肌内脂肪巴克夏群体的转录组数据,利用DESeq2进行差异表达基因筛选(|log2Fold Change|≥1,FDR<0.05),采用Metascape对差异表达基因进行功能富集分析,通过MCODE筛选及鉴定出高肌内脂沉积的关键基因,并采用实时荧光定量PCR在地方猪(柯乐猪)和外种猪(杜长大猪)上进行关键基因表达量验证。【结果】从高、低肌内脂肪巴克夏群体6个文库中共鉴定出7661个基因,高肌内脂肪群体样本的脂质代谢相关基因总表达量显著高于低肌内脂肪群体样本(P<0.05,下同),其中差异表达基因有133个[110个上调(在高肌内脂肪群体高表达),23个下调(在低肌内脂肪群体高表达)]。上调差异表达基因主要富集于胶原蛋白绑定、细胞外基质组装、脂肪酰辅酶A生物合成过程、固醇代谢过程和脂质代谢调控过程等GO功能条目,以及脂肪乙酰辅酶A生物合成、ChREBP激活代谢基因、脂肪酸代谢等信号通路上;下调基因主要富集于线粒体组装、多细胞生物学过程、辅酶绑定和缺氧反应等GO功能条目,以及基于NFKB的TNFA信号、白细胞介素4和白细胞介素13信号和干扰素信号等信号通路上。通过MCODE分析共筛选获得5个关键基因,分别是SLC25A5、FN1、FASN、ACACA和PRKDC基因;挑选SCD、FASN和ACACA基因进行表达量验证,结果发现这3个基因的相对表达量均表现为柯乐猪高于杜长大猪,其差异达显著或极显著(P<0.01)水平,进一步佐证SCD、FASN和ACACA基因在高肌内脂肪猪群体中高表达。【结论】在巴克夏猪高肌内脂肪群体中高表达的SCD、FASN和ACACA基因,在高肌内脂肪的柯乐猪中也呈显著或极显著高表达,因此这3个关键基因有望作为筛选和培育高肌内脂肪猪品种的分子标记,同时为研究肌内脂肪沉积的分子调控机制提供技术支撑。 相似文献
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为了解克隆罗非鱼SIRT1基因,并分析其在不同组织器官中的表达量和饥饿前后白肌和肝中的表达量,以期为研究罗非鱼基因功能和代谢调控机制提供参考。采用逆转录PCR(RT-PCR)技术由罗非鱼肌肉组织克隆获得罗非鱼SIRT1基因,并用生物信息学方法构建系统进化树,利用实时荧光定量PCR(QRT-PCR)技术对SIRT1在罗非鱼体内表达进行研究。结果显示,SIRT1基因开放阅读框(ORF)为2 109 bp,共编码702个氨基酸,具有保守的DUF、SIR2和TPP保守结构域。进化树分析发现,罗非鱼与伯氏朴丽鱼和红丽鱼的SIRT1首先成簇,说明2个物种的亲缘关系最接近。且SIRT1基因在所检测的组织、器官中均有表达,其中白肌、肠道中表达量最高,且差异显著(P0.05)。与饥饿组0 d相比,饥饿组7 d的白肌SIRT1基因mRNA的表达无明显变化,而肝表达量却显著增加(P0.05)。提示罗非鱼SIRT1基因可作为信号转导调控机体糖代谢、脂肪代谢的候选基因之一。 相似文献
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【目的】分析心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)和脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA在不同日龄清远麻鸡不同组织中的差异表达量,为进一步阐明H-FABP、A-FABP在鸡IMF含量和腹脂沉积中的作用机制奠定基础。【方法】依据鸡H-FABP和A-FABP基因及参照基因GAPDH序列设计引物,以鸡心肌、胸肌、腿肌、肝脏和腹脂mRNA逆转录合成的cDNA为模版,应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR,检测56和120日龄清远麻鸡A-FABP、H-FABP基因mRNA的差异表达量。【结果】H-FABP、A-FABP和GAPDH的基因融解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确。120 d时清远麻鸡的胸肌和腿肌的肌内脂肪(IMF)含量显著高于56 d;H-FABP基因mRNA 120 d时在心肌、胸肌和腿肌的差异表达量显著高于56 d,且同一日龄时在心肌的差异表达量显著高于胸肌和腿肌(P0.05)。120 d时清远麻鸡A-FABP基因mRNA在腹脂和肝脏的差异表达量显著高于56 d;同一日龄时,A-FABP基因mRNA在腹脂的差异表达量显著高于肝脏,A-FABP基因在心肌、胸肌和腿肌中不表达。相关分析表明,H-FABP基因mRNA差异表达量与胸肌、腿肌IMF含量分别呈显著和极显著正相关,A-FABP基因mRNA差异表达量与腹脂率呈极显著负相关。【结论】H-FABP基因主要在鸡肌肉组织的肌内脂肪中表达,而且在心肌中高度表达,与IMF含量呈显著或极显著的正相关,其是IMF含量的下调基因;A-FABP基因主要在腹脂与肝脏中表达,且在腹脂中高度表达,与腹脂率呈极显著负相关,是脂肪细胞的上调基因,且为正调控。 相似文献
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为明确不同品种绵羊(Ovis aries)肌肉组织miRNA的表达情况,筛选影响绵羊肌内脂肪沉积的关键miRNA,以滩羊、杜泊羊和小尾寒羊为研究对象,测定背最长肌肌内脂肪含量并对其进行转录组测序(RNA-Seq),筛选绵羊脂肪沉积相关的差异表达miRNA。结果表明,滩羊肌内脂肪含量显著高于杜泊羊,极显著高于小尾寒羊;杜泊羊肌内脂肪含量显著高于小尾寒羊。转录组测序质量良好。3个品种绵羊共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNA,这些miRNA的长度主要介于21～23 nt,且首位碱基对U碱基具有明显偏好性。以P≤0.05和|log2FC|>1(FC为差异倍数)为筛选条件,3个比较组共获得42个差异表达miRNA;杜泊羊与滩羊比较组中筛选出22个差异表达miRNA;小尾寒羊与杜泊羊比较组中筛选出21个差异表达miRNA;小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出12个差异表达miRNA。筛选出的42个miRNA靶向到326个靶基因,显著富集到减数分裂I、肌肽-寡糖1,2-α-甘露糖苷酶活性和甘露寡糖甘露糖苷酶活性等303个基因本体(GO)条目,以及富集到α-亚麻酸... 相似文献
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【目的】明确藏猪和杜藏猪(杜洛克父本与藏猪母本杂交F1代)的生长和胴体性状及肉质指标等表型差异,并分析背最长肌中脂肪沉积相关基因的表达差异,为藏猪种质资源利用及猪脂肪沉积规律研究提供参考依据。【方法】以藏猪和杜藏猪为研究对象,分别测定其体长、体高和胸围等生长性状,屠宰率、背膘厚及眼肌面积等胴体性状,以及pH、肉色、蒸煮损失及肌内脂肪含量等肉质指标;并通过荧光实时定量PCR检测脂肪沉积相关基因在2种猪背最长肌中的表达情况。【结果】杜藏猪的左胴体重、右胴体重、屠宰前重、胴体长、体长、体高、管围和胸围均高于藏猪,且差异显著(P<0.05,下同),眼肌面积(33.00±3.84 cm2)也显著大于藏猪(16.83±1.81 cm2),背膘厚(13.15±2.48 mm)则显著低于藏猪(22.83±2.80 mm),藏猪与杜藏猪的皮厚、腹围和屠宰率无显著差异(P>0.05,下同);杜藏猪肌肉的pH-24 h、熟肉率、剪切力和含水率显著高于藏猪肌肉,而杜藏猪肉色的a-24 h值(10.30±1.06)和肌内脂肪含量[(2.48±1.44)%]显著低于藏猪。除GHR基因外,其他脂肪沉积相关基因的相对表达量均表现为杜藏猪低于藏猪,其中,ADIPOQ基因和FASN基因的相对表达量显著低于藏猪,IGF1基因、TNFa基因和Leptin基因的相对表达量极显著低于藏猪(P<0.01)。相关分析结果显示,GHR基因相对表达量与杜藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,FASN基因相对表达量与藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,IGF1基因相对表达量与藏猪背膘呈显著负相关。【结论】杜藏猪的肉质性状与藏猪相似,但杜藏猪具有更佳的生长性能,说明以杜洛克为父本与藏猪母本杂交得到的杜藏猪具有更优的生产效率。藏猪和杜藏猪的肌内脂肪含量差异与脂肪沉积相关基因的表达差异有关,即猪的肌内脂肪含量受多种脂肪沉积相关基因调控。 相似文献
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为探索在干旱后复水条件下糜子抗旱种质的基因表达特点,寻找与其复水后快速恢复生长相关的基因,利用抑制消减杂交(Suppressive subtraction hybridization,SSH)技术,以糜子干旱后复水处理叶片的cDNA为tester,干旱胁迫处理叶片的cDNA为driver,构建了一个抑制消减杂交文库。在文库中随机选取100个克隆(插入片段≥250 bp)测序,所获序列去除载体、引物及接头序列后,利用NCBI的BLAST序列比对分析软件分别对GenBank的dbEST数据库和非冗余蛋白数据库进行序列比对分析。序列同源性分析显示,文库中序列的同源基因主要以与新陈代谢、能量代谢、转录、蛋白加工、细胞信号转导及细胞组分生物合成相关的基因为主,其中以新陈代谢及细胞组分生物合成相关的基因数最多,分别占到与已知蛋白同源的EST的22.4%和10.3%。表明植物在干旱后复水条件下产生一系列的信号传导,同时启动相应的转录机制,激活响应基因的表达,以适应逆境的改变。 相似文献
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[目的]研究激素与棉花蕾铃脱落的关系,为解析离层脱落相关基因的表达、调控及功能鉴定提供基础资料.[方法]以50 mg/L赤霉素(GA3)和250 mg/L乙烯利(CEPA)分别处理的棉花蕾铃离层cDNA为Tester,H2O处理的棉花蕾铃离层cDNA为Driver,利用抑制消减杂交(SSH)技术构建经GA3和乙烯处理后的消减文库,反向Northern blo-tting筛选出离层差异表达的EST序列,然后进行基因功能注释与功能分类,并分析蕾铃离层差异表达基因的组织表达模式和GA3诱导表达规律.[结果]以GA3处理的离层cDNA为Tester、H2O处理的离层cDNA为Driver,所构建的cDNA文库命名为GA文库;以CEPA处理的离层cDNA为Tester、H2O处理的离层cDNA为Driver,所构建的cDNA文库命名为CE文库.从构建的两个消减文库(GA和CE)中共筛选出29个在离层差异表达的EST序列,通过基因功能注释与功能分类,可将这些EST序列分为翻译相关、代谢相关、信号传导、转录相关、蛋白合成、能量代谢、抗逆相关、基因组序列和未知功能等九大类,其中与翻译相关的EST序列占24.14%,说明经激素处理后棉花蕾铃离层有大量的蛋白合成.从消减文库中挑选10个差异表达基因(EST序列)进行RT-PCR分析,结果发现以GA3处理棉花蕾铃离层后部分相关基因的表达模式会发生变化.[结论]棉花蕾铃离层经激素处理后能激活脱落相关基因的表达,进而影响器官脱落,是其对逆境胁迫反应的结果. 相似文献
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为发掘鮸鱼的EST-cSNP位点,以测序获得的鮸鱼脾脏4609条高质量表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列为源序列,利用Vector NTI 11.0软件拼接出707条重叠群(contig)序列,检测到209个可信度高的编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP)位点;SNP位点数在包含SNP序列中的发生概率为0.743%,在209个SNP位点中包含114个碱基转换位点、74个碱基颠换位点和21个插入缺失位点,转换与颠换比为1.54;对所鉴定的SNP位点的相关序列进行基因注释表明,这些序列包括一批与免疫抗逆相关的基因,例如主要组织相容性复合体、免疫球蛋白、T细胞受体以及各类蛋白酶等.说明所发掘的SNP将有助于促进鮸鱼的分子遗传学及分子辅助育种研究. 相似文献
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Generation and Analysis of Expressed Sequence Tags （ESTs） from Muscle Full-Length cDNA Library of Wujin Pig 
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下载免费PDF全文 ZHAO Su-mei LIU Yong-gang PAN Hong-bing ZHANG Xi GE Chang-rong JIA Jun-jing GAOShi-zheng 《农业科学学报》2014,13(2):378-386
Porcine skeletal muscle genes play a major role in determining muscle growth and meat quality. Construction of a full-length cDNA library is an effective way to understand the expression of functional genes in muscle tissues. In addition, novel genes for further research could be identified in the library. In this study, we constructed a full-length cDNA library from porcine muscle tissue. The estimated average size of the cDNA inserts was 1 076 bp, and the cDNA fullness ratio was 86.2%. A total of 1 058 unique sequences with 342 contigs （32.3%） and 716 singleton （67.7%） expressed sequence tags （EST） were obtained by clustering and assembling. Meanwhile, 826 （78.1%） ESTs were categorized as known genes, and 232 （21.9%） ESTs were categorized as unknown genes. 65 novel porcine genes that exhibit no identity in the TIGR gene index of Sus scrofa and 124 full-length sequences with unknown functions were deposited in the dbEST division of GenBank （accession numbers： EU650784-EU650788, GE843306, GH228978-GH229100）. The abundantly expressed genes in porcine muscle tissue were related to muscle fiber development, energy metabolism and protein synthesis. Gene ontology analysis showed that sequences expressed in porcine muscle tissue contained a high percentage of binding activity, catalytic activity, structural molecule activity and motor activity, which involved mainly in metabolic, cellular and developmental process, distributed mainly in intracellular region. The sequence data generated in this study would provide valuable information for identifying porcine genes expressed in muscle tissue and help to advance the study on the structure and function of genes in pigs. 相似文献
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WANG Li-na WU Dong YU Shu-xun FAN Shu-li SONG Mei-zhen PANG Chao-you LIU Jun-jie 《中国农业科学(英文版)》2011,10(1):28-40
A full-length normalized cDNA library for the flower development stages of short-season cotton(Gossypium hirsutum L.)(CCRI36)was constructed.A total of 3 421 clones were randomly selected for sequencing,with a total of 3 175 effective sequences obtained after removal of empty-carriers and low-quality sequences.Clustering the 3 175 high-quality expressed sequence tags(ESTs)resulted in a set of 2 906 non-redundant sequences comprised of 233 contigs and 2 673 singletons.Comparative analyses indicated that 913(43.6%)of the unigenes had homologues with function-known genes or functionassumed genes in the National Center for Biotechnology Information.In addition,763(36.4%)of the unigenes were functionally classified using Gene Ontology hierarchy.Through EST alignment and the screening method,the full-length cDNA of two MADS-box genes viz.,GhMADS11 and GhMADS12 were acquired.These genes may play a role in flower development,Phylogenetic analysis indicated that GhMADS11 and GhMADS12 had high homology and close evolutionary relationship with AGL2/SEP-type and PI-type genes,respectively.The expression of both GhMADS11 and GhMADS12,genes was high in reproductive organs.In floral organs,GhMADS11 expression was high in petals(whorl2)and ovules,while GhMADS12 expression was high in petals(whorl2)and stamens(whorl3).Results show that the EST strategy based on a normalized cDNA library is an effective method for gene identification.The study provides more insights for future molecular research on the regulation mechanism of cotton flower development. 相似文献
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【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106 pfu•mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签（EST）,序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基因涉及细胞生长、信号转导、翻译合成、抗逆反应和能量代谢等功能;并详细鉴定了部分与烟碱合成和抗病相关的基因。【结论】通过Cap-trapper法成功构建了高质量的烟草幼苗叶片全长cDNA文库;大规模EST测序分析挖掘到大量与烟草幼苗叶片发育、抗逆、抗病、烟碱代谢相关的侯选基因。 相似文献
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为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Eif2s2)、Na+/K+-ATP酶转运β3多肽、溶菌酶1、溶菌酶2等基因。结论:这些差异表达基因在猪链球菌2型感染过程中可能发挥重要功能。 相似文献
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几种作物GA受体的同源性比较 总被引：1，自引：0，他引：1
隋炯明 《青岛农业大学学报(自然科学版)》2009,26(4):309-312
目前,在水稻中已克隆出GA受体GID1基因,其功能丧失会导致植株矮化。同时,在拟南芥中也克隆出3个相关的GA受体基因。根据它们氨基酸序列的保守区设计简并引物,在不同作物中进行扩增。扩增产物进行回收及测序,根据这些片段的序列从数据库中得到对应的EST序列和氨基酸序列。结果表明:水稻与高粱、小麦、玉米(GID1A和GID1B)和棉花中GA受体的氨基酸序列具有较高的同源性,分别为81.44%、81.36%、80.50%、79.14%和63.13%。 相似文献
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The protein kinase complement of the human genome 总被引：3，自引：0，他引：3
Manning G Whyte DB Martinez R Hunter T Sudarsanam S 《Science (New York, N.Y.)》2002,298(5600):1912-1934
We have catalogued the protein kinase complement of the human genome (the "kinome") using public and proprietary genomic, complementary DNA, and expressed sequence tag (EST) sequences. This provides a starting point for comprehensive analysis of protein phosphorylation in normal and disease states, as well as a detailed view of the current state of human genome analysis through a focus on one large gene family. We identify 518 putative protein kinase genes, of which 71 have not previously been reported or described as kinases, and we extend or correct the protein sequences of 56 more kinases. New genes include members of well-studied families as well as previously unidentified families, some of which are conserved in model organisms. Classification and comparison with model organism kinomes identified orthologous groups and highlighted expansions specific to human and other lineages. We also identified 106 protein kinase pseudogenes. Chromosomal mapping revealed several small clusters of kinase genes and revealed that 244 kinases map to disease loci or cancer amplicons. 相似文献