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为了获得荷斯坦牛DQA2基因序列并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本研究采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,通过DNAstar软件和在线服务器预测中国荷斯坦牛DQA2基因CDS区编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、信号肽、跨膜结构、二级结构以及三级结构。结果表明,中国荷斯坦牛DQA2基因CDS区长度为765bp,编码254个氨基酸,蛋白结构预测是一种混合型的可溶性蛋白质,具有4个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn31、Asn96、Asn260、Asn369;在第1~23位氨基酸之间存在信号肽;存在1个典型的跨膜螺旋区,氨基酸序号为217-239。本研究结果为进一步研究荷斯坦牛的抗病育种提供了理论基础。 相似文献
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牛TLR4基因生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了更加深入地了解牛TLR4基因的功能、结构及与该基因有关联的疾病识别及其致病机理,利用牛TLR4基因的氨基酸序列对其编码蛋白的基本理化性质、蛋白质译后的磷酸化位点和糖基化位点以及跨膜结构域和蛋白质结构进行预测。结果显示,牛TLR4基因一共编码841个氨基酸,负电荷残基总和(Asp+Glu)为84,正电荷残基总和(Arg+Lys)为76,不稳定指数小于40,表明该基因编码产物稳定性较好。在该基因整个编码产物中,亲水氨基酸占比较多,平均分值为-0.011,由此得知TLR4基因编码的蛋白质是一种易溶蛋白。有9个潜在的N-糖基化位点;78个磷酸化位点以及存在一个跨膜蛋白和存在信号肽,其切割位点在第25和第26个氨基酸之间。蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TLR4基因深入研究提供理论基础。 相似文献
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为了获得大通牦牛DQA2基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本研究采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,通过DNAstar软件和在线服务器预测大通牦牛DQA2基因CDS区编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、信号肽、跨膜结构、二级结构以及三级结构。结果表明,大通牦牛DQA2基因CDS区长度为765bp,编码253个氨基酸。蛋白结构预测结果表明,该蛋白是一种混合型的可溶性蛋白质,具有4个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn31、Asn96、Asn260、Asn369;在第1~23位氨基酸之间存在信号肽;存在1个典型的跨膜螺旋区,氨基酸序号为216-239;蛋白质功能显示该蛋白存在信号受体活性、催化活性、运载体、调节代谢过程、细胞定位及免疫系统过程的功能。本研究结果为进一步研究大通牦牛的遗传育种提供理论基础。 相似文献
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为研究牛的抗病能力,探究荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白的结构与功能,本研究采用生物信息学分析的方法对荷斯坦牛Nramp1基因编码蛋白质的理化性质、疏水性/亲水性、信号肽跨膜区、跨膜结构域、N-糖基化位点和磷酸化位点、蛋白质二级结构、三级结构及蛋白质互作进行分析和预测.结果表明,荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白全长... 相似文献
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《中国奶牛》2021,(10)
为了更加深入地了解牛TBX21基因的蛋白质结构和功能及其与该基因有关联的疾病,本研究以牛TBX21为目的基因,利用生物信息学方法对其编码蛋白质的基本理化性质、疏\亲水性、蛋白质翻译后的修饰位点、信号肽和跨膜结构域、亚细胞定位以及蛋白质的高级结构等对其进行预测分析。结果表明,牛TBX21基因编码532个氨基酸,分子质量为58188.87,基因编码产物不稳定指数为57.26,理论等电点为5.88,分子式为C 2597 H 3892 N 714 O 781 S 18。亲水性氨基酸占比为78.63%,疏水性氨基酸占比为21.37%,平均分值为-0.655,为负值,表现为亲水性。该基因中没有信号肽和跨膜结构域,没有N-糖基化位点,但含有磷酸化位点52个。通过对其亚细胞的定位分析,显示TBX21基因编码的产物主要是在细胞核内发挥其生物学作用。该基因的蛋白质二、三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TBX21基因深入研究奠定一定的基础。 相似文献
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通过构建基因组DNA混合池对猪TLR4基因进行扩增和测序,并对其编码区的SNP位点进行筛选,运用生物信息学分析软件对猪TLR4基因的理化特性和编码蛋白质的二、三级结构进行预测。结果发现,在扩增的TLR4基因上没有发现SNP位点,猪TLR4基因片段一共编码118个氨基酸,其中缬氨酸(Val)最多,甲硫氨酸(Met)最少,编码产物不稳定指数大于40,说明编码产物具有不稳定性。编码蛋白质片段的亲水性平均值为0.385,说明该基因编码的蛋白质呈现疏水性,猪TLR4基因编码的蛋白质是一种不溶性蛋白质。研究结果为猪TLR4基因深入研究提供理论基础。 相似文献
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试验旨在研究草鱼GHR2基因的理化性质和结构,利用生物信息学软件对GHR2基因进行预测分析。结果显示：在草鱼GHR2基因序列中存在一条长度为1 800 bp的开放阅读框;通过对该基因的理化性质预测可知,该基因编码了599个氨基酸,分子式为C3015H4674N774O909S31,编码产物的分子质量为67 302.78 Da,理论等电点为4.89,不稳定指数为59.45,疏水性/亲水性平均值为-0.182,存在7个潜在的N-糖基化位点和73个磷酸化位点,在第25位氨基酸上存在信号肽剪切位点,二级结构以无规则卷曲为主。研究表明,草鱼GHR2蛋白是一种不稳定的可溶性酸性蛋白,也是一种跨膜蛋白,结果可为进一步阐明草鱼GHR2基因的功能奠定分子生物学基础。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2020,(1)
试验旨在分析牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株oppD/F基因序列(登录号:AF130119.1)设计1对引物,应用PCR技术扩增获得分离株oppD/F基因,将oppD/F基因片段克隆至pMD19-T载体中进行测序,在采用生物信息学方法分析其核苷酸序列的基础上对其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、可溶性、信号肽、跨膜域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和功能等进行分析和预测。结果显示,牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列全长1 617 bp,与Mb PG45株和Mb JF4278株的同源性均为100%,处于同一分支;该基因编码蛋白是由539个氨基酸残基组成,不存在信号肽及跨膜结构,是一种稳定的亲水性蛋白质;oppD/F蛋白存在1个AAA家族结构域,50个潜在的磷酸化位点和3个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高(61.78%),无规则卷曲次之(20.78%)。功能预测结果显示,oppD/F蛋白在信号传导、受体、结构蛋白、离子通道、免疫应答和胁迫应答等方面的几率均较高。本研究结果为进一步分析牛支原体oppD/F基因的功能提供了一定的理论依据。 相似文献
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试验旨在分析牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株oppD/F基因序列（登录号：AF130119.1）设计1对引物,应用PCR技术扩增获得分离株oppD/F基因,将oppD/F基因片段克隆至pMD19-T载体中进行测序,在采用生物信息学方法分析其核苷酸序列的基础上对其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、可溶性、信号肽、跨膜域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和功能等进行分析和预测。结果显示,牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列全长1 617 bp,与Mb PG45株和Mb JF4278株的同源性均为100%,处于同一分支;该基因编码蛋白是由539个氨基酸残基组成,不存在信号肽及跨膜结构,是一种稳定的亲水性蛋白质;oppD/F蛋白存在1个AAA家族结构域,50个潜在的磷酸化位点和3个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高（61.78%）,无规则卷曲次之（20.78%）。功能预测结果显示,oppD/F蛋白在信号传导、受体、结构蛋白、离子通道、免疫应答和胁迫应答等方面的几率均较高。本研究结果为进一步分析牛支原体oppD/F基因的功能提供了一定的理论依据。 相似文献
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为深入了解牛MBL-C蛋白的结构功能特点、作用机制及其结构基础，以中国荷斯坦牛的MBL-C蛋白序列为研究对象，使用多种软件工具对其进行生物信息学分析。结果表明，中国荷斯坦牛MBL-C蛋白由249aa构成，不稳定指数29.71，脂肪系数68.19，亲水性氨基酸占68.46%，疏水性氨基酸占31.54%，总平均亲水性-0.403，为亲水性稳定蛋白。含Sec/SPⅠ常规信号肽，无跨膜结构域，主要定位于胞外，为经典分泌蛋白。预测到23个磷酸化位点及其对应激酶，未预测到N-糖基化位点和O-糖基化位点。分别有27.71%、4.82%、51.41%、16.06%的氨基酸参与形成α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链，获得了可信度和质量较高的三聚体三维立体结构模型。本研究可为牛MBL-C蛋白结构与功能、作用机制阐释乃至牛抗性遗传、分子育种等深入研究提供参考。 相似文献
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本研究旨在分析牛支原体P48基因的序列特性、蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株P48基因序列（GenBank登录号：CP002188.1）设计特异性引物,运用Overlap-PCR扩增获得P48基因全长,其目的片段连接到pMD19-T载体上并进行测序,利用生物信息学方法分析和预测其核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质、结构功能（信号肽、跨膜结构、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构）。结果显示,分离株P48基因序列为1 407 bp,与Mb PG45国际标准株的同源性为100%,聚类于一支;P48基因编码467个氨基酸残基,组成一个无跨膜、稳定的亲水性蛋白;P48蛋白存在信号肽,有44个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高（41.76%）,无规则卷曲次之（37.69%）。功能预测显示,在信号转导、胁迫应答、受体等方面该蛋白存在较高概率。本研究成功克隆了分离株P48基因片段,其编码的蛋白是一个稳定可溶、亲水性蛋白,为分析分离株P48基因的特性和功能提供了一定的理论基础和科学依据。 相似文献
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不同物种肌细胞生成素基因序列结构与功能特性的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。 相似文献
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采用PCR和测序技术以及生物信息学方法,预测和分析岷县黑裘皮羊MSTN基因第一外显子编码产物的理化特性、高级结构、信号肽、N-糖基化位点及其同源进化关系。结果表明:岷县黑裘皮羊MSTN基因第一外显子编码69个氨基酸,产物为一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,且以无规则卷曲(Cc)为主,并且不存在N-糖基化位点。从同源进化关系来看,绵羊的MSTN基因与牛的亲缘关系最近。该研究结果可为进一步全面分析和研究岷县黑裘皮羊MSTN基因及其应用研究奠定基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2020,(7)
本研究旨在初步探究草原红牛Bcl2L13的基因功能,并对其进行生物信息学分析,检测Bcl2L13在草原红牛不同组织中的表达差异。本实验以草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛Bcl2L13基因序列(GenBank登录号:NM_001078082.2)设计引物,PCR扩增获得Bcl2L13的完整CDS并进行测序,利用分析软件进行序列同源性比对并构建系统进化树;获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、蛋白亲疏水性和磷酸化位点;预测蛋白二级结构并进行蛋白质三级结构模型构建;采用实时荧光定量PCR方法检测Bcl2L13基因在草原红牛各组织中的表达规律。结果显示:草原红牛Bcl2L13基因核苷酸序列与普通牛和牦牛的同源性高(100%和99.3%),与瘤牛和亚洲水牛的同源性较高(91.8%、90.5%);Bcl2L13基因CDS大小为839bp,编码279个氨基酸,该蛋白质分子式为C_(1348)H_(2108)N_(348)O_(439)S_5,分子量为30.374 ku,理论等电点为4.51,蛋白质不稳定指数为77.71,总平均亲水性为-0.250。亚细胞定位分析表明,Bcl2L13蛋白分布在内质网(4.3%)、线粒体(4.3%)、过氧化物酶体(8.7%)、细胞质(65.2%)、细胞骨架(4.3%)、细胞核(13.0%);磷酸化位点分析发现Bcl2L13蛋白存在33个磷酸化位点;二级结构主要形式有α-螺旋(22.4%)、β-转角(12.1%)、β折叠(31.0%)、无规则卷曲(34.5%),与三级结构预测相同;Bcl2L13在背最长肌中表达量最高,在肺组织中表达量最少。综上,Bcl2L13基因在生物进化过程中具有低保守性,其编码的氨基酸组成的蛋白质结构不稳定,属于水溶性蛋白,主要在细胞质中发挥作用,在草原红牛不同组织的表达量有显著差异。 相似文献
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为探讨硅结合蛋白(silica-binding protein 117,SBP117)基因的生物学功能,采用生物信息学方法从分子水平对其编码产物进行预测和分析。结果表明,SBP117基因CDS区共编码416个氨基酸残基,富含脯氨酸、甘氨酸、赖氨酸,且脯氨酸含量占总氨基酸总数的43.3%;其编码蛋白是一种不稳定类蛋白质,蛋白质分子质量为46 539.07,理论等电点为9.06;氨基酸亲水性/疏水性预测发现,SBP117基因编码氨基酸从40位之后均为亲水性氨基酸,为亲水性蛋白;二级结构中以无规则卷曲为主,且其比例高达占90.87%,三级结构预测发现主要由螺旋构成。本研究结果为硅结合蛋白在分子领域的进一步研究奠定了理论基础。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2018,(12)
本研究旨在对肠炎沙门氏菌(Salmonella Enteritidis)鞭毛蛋白FliC基因进行克隆,并对所获序列进行生物信息学分析。提取该菌基因组DNA作为模板,参考GenBank中肠炎沙门氏菌FliC基因序列设计1对引物,利用PCR克隆获得FliC基因,将其插入到克隆载体中进行测序,应用生物信息学软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,利用BLAST进行同源性比对,并构建系统进化树,同时对该基因编码蛋白的理化性质、亲水性、信号肽、跨膜结构域、糖基化位点和B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行分析。结果显示,试验成功克隆了1 518bp的目的基因,编码505个氨基酸。同源性比对发现,FliC基因相对保守,与大肠杆菌属有较高的同源性。该蛋白的化学分子式为C2254H3701N657O803S4,理论分子质量为52.981ku,理论等电点为4.91;不稳定指数为16.86,是稳定存在的亲水蛋白质。结构分析结果显示,该蛋白没有信号肽或跨膜结构域,但具有8个N-糖基化位点、13个O-糖基化位点和60个磷酸化位点,同时还含有26个B细胞线性结合位点和5个T细胞结合位点。二级结构分析显示,α-螺旋、β-转角、延伸链和无规卷曲分别占43.76%、3.76%、20.99%和31.49%。本试验成功克隆了肠炎沙门氏菌鞭毛基因FliC,并对其序列结构进行了分析,为进一步研究鞭毛在肠炎沙门致病过程中的作用及基因工程疫苗的研制提供理论依据。 相似文献
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获取金草鱼Serpinc1基因序列,研究金草鱼与草鱼Serpinc1基因的差异,并预测金草鱼Serpinc1基因序列的特征及其编码蛋白的高级结构。本研究利用RT-PCR克隆测序技术获得金草鱼Serpinc1基因序列,分析其与草鱼Serpinc1基因的差异,并通过生物信息学方法预测金草鱼Serpinc1基因序列的特征及其编码蛋白的高级结构。结果显示,金草鱼Serpinc1基因与草鱼相比共有4个核苷酸位点发生改变(c.1091TA、c.1116AT、c.1176TG和c.1179CT),其中仅有1个位点(c.1091TA)为错义突变,导致第364位缬氨酸(Val)转变为谷氨酸(Glu)。生物信息学预测结果表明,金草鱼Serpinc1基因开放阅读框长度为1 353 bp,共编码450个氨基酸,分子量为50.89 kDa,理论等电点为6.58,不稳定指数为34.55,属于不稳定蛋白;编码氨基酸包含20种标准氨基酸,其中亮氨酸最多(10.2%),而色氨酸(Trp)含量最少(1.3%);整条肽链的亲疏水平均值为-0.213,表现为亲水性;包含4个糖基化位点和37个磷酸化位点;蛋白质二、三级结构以α结构和功能及其发挥该功能的活性位点的验证奠定了基础,为金草鱼出血性疾病相关分子标记的筛选提供了理论基础。 相似文献
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为研究山羊紧密连接相关蛋白Claudin-1基因编码蛋白的组成结构及生物学特性,本试验综合运用多种生物信息学软件对山羊Claudin-1蛋白的理化性质、亲/疏水性、信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点、亚细胞定位、蛋白质二级结构及三级结构进行生物信息学分析,并推测与其他物种的生物进化关系。结果表明:山羊Claudin-1基因全长636 bp,共编码211个氨基酸,蛋白质理论大小值为22.865 ku,理论等电点为8.40,呈碱性;不稳定指数为43.82,其编码蛋白属于不稳定的疏水性蛋白;二级结构以α-螺旋为主要结构,比例为54.50%,主要存在于内质网,其次为质膜,在细胞外(包括细胞壁)和空泡中也有少量分布。Claudin-1蛋白具有15个潜在的磷酸化位点,存在信号肽和4个跨膜区。通过进化树分析发现,山羊Claudin-1基因与绵羊和牛的亲缘关系最为密切,这与动物学分类结果相一致,提示Claudin-1基因与胃肠道黏膜上皮选择性屏障存在联系。通过不同的在线预测软件对山羊Claudin-1基因编码蛋白的组成结构及生物学特性进行分析,为深入探讨Claudin-1基因编码蛋白提供理论指导。 相似文献