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牛αS1酪蛋白基因变异及其与生产性状的关系 总被引：1，自引：0，他引：1
αS1酪蛋白是牛乳中含量最高的蛋白,其基因的多态类型会影响奶牛的产奶性状和牛乳的一些加工特性,人们已经对其进行了广泛研究.牛αS1酪蛋白基因编码区全长17 508 bp(不计启动子序列),由19个外显子和18个内含子构成,外显子与内含子长度比例为1∶14.4.尽管其编码区突变率较高,但侧翼序列比较保守.到目前为止,牛αS1酪蛋白共发现有9种变异体,由核苷酸非同义替换、插入或缺失及外显子跳跃造成.牛αS1酪蛋白蛋白质序列及DNA序列的高度差异性揭示其编码基因可能是一个高速进化的基因家族.αS1酪蛋白基因与泌乳性状之间的关联性可以用基因调控区,特别是转录因子结合位点存在突变位点来解释.但是,有关牛αS1酪蛋白基因变异体还存在一些未探明的结果,因此,阐明其基因的结构特点并进一步揭示它们与生产性状之间的关系是非常必要的. 相似文献
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【目的】扩增奶牛隐花色素昼夜节律调节因子1(cryptochrome circadian regulator 1,CRY1)基因全长编码区(coding sequence, CDS),构建该基因的真核表达载体并对其进行生物信息学分析,检测奶牛CRY1基因的表达谱,为后续探究CRY1蛋白的生物学功能提供参考。【方法】以奶牛肝脏组织cDNA为模板,PCR扩增CRY1基因CDS区,将其与酶切线性化的pcDNA3.1-3HA空质粒以同源重组法连接,重组质粒命名为pcDNA3.1-3HA-cCRY1;利用在线软件对奶牛CRY1基因进行生物信息学分析。将空质粒pcDNA3.1-3HA和重组质粒pcDNA3.1-3HA-cCRY1转染至HEK293T细胞,利用Western blotting技术检测奶牛CRY1基因在蛋白水平的表达;利用实时荧光定量PCR检测CRY1基因在奶牛不同组织中的表达量。【结果】试验成功获得1 764 bp的奶牛CRY1基因CDS区序列,且成功构建pcDNA3.1-3HA-cCRY1真核表达载体。奶牛CRY1基因与牦牛、山羊、绵羊相似性在98%以上,且遗传距离较近。生物信息学... 相似文献
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编码乳蛋白的基因位于常染色体上,呈共显性遗传.牛酪蛋白基因位于基因组第6号染色体上,编码4种酪蛋白的基因在染色体上的位置依次是αS1-酪蛋白、β-酪蛋白、αS2-酪蛋白和γ-酪蛋白,表明这4种酪蛋白基因的表达受到共同的启动元件和调控元件的调控[1].研究通过数字化差异显示技术分析发现,牛αS1-酪蛋白基因在牛泌乳前后的乳腺组织中的表达量发生着显著的变化,表明αS1-酪蛋白可能与牛的泌乳调控有关.因此,试验克隆了牛αS1-酪蛋白基因5′调控区域,并进行了多种生物信息学分析,现报道如下. 相似文献
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试验采用RT-PCR方法,以麦洼牦牛脾脏cDNA为模板扩增牦牛低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)基因,并运用生物信息学软件对其序列进行分析。结果发现,扩增得到的麦洼牦牛HIF-1α基因编码区长为2 472 bp,编码823个氨基酸;蛋白质预测结果显示,该蛋白质分子质量为92.13 ku,等电点5.09,为亲水性蛋白,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,有69个磷酸化位点和4个N-糖基化位点;系统进化树显示,麦洼牦牛与牦牛、野牦牛、普通牛亲缘关系最近。本试验成功克隆麦洼牦牛HIF-1α基因并对其序列进行了分析,为进一步研究HIF-1α基因的功能提供参考。 相似文献
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试验旨在利用电子克隆法对水牛SND1(staphylococcal nuclease and tudor domain containing 1)基因进行克隆和序列分析,为探究该基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛SND1基因(GenBank登录号:NM_205784.1)作为种子序列,利用Primer Premier 5.0设计3对引物,以水牛基因组DNA为模板,PCR扩增水牛SND1基因mRNA序列,扩增获得序列连接pMD18-T载体,通过测序拼接获得水牛SND1基因mRNA全序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,水牛SND1基因完整编码序列长为3 503bp,包含长为2 733bp CDS序列,编码910个氨基酸,蛋白分子式为C4523H7183N1281O1354S26,分子质量为102.01ku,理论等电点(pI)为6.74,不稳定系数为42.07,平均亲水性为-0.419,属可溶酸性蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其中α-螺旋占37.80%,无规则卷曲占34.18%。结合Protfun 2.2在线软件对SND1的功能进行预测分析表明,该蛋白在嘌呤和嘧啶、中央中间代谢、能量代谢、氨基酸生物合成发挥功能的可能性分别为0.449、0.401、0.303和0.262。SND1基因编码区序列与黄牛、绵羊、山羊、猪、马、人的同源性分别为98.7%、97.8%、97.8%、93.8%、93.1%和91.7%,物种之间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致。利用SMART在线软件预测蛋白结构域,结果显示,水牛SND1蛋白包含有4个SN区域,说明SND1基因编码区在进化过程中较为保守。 相似文献
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旨在探讨中国荷斯坦奶牛的特异性蛋白1（specificity protein，SP1）基因结构特征及其对奶牛乳脂合成的影响。根据NCBI已经公布的奶牛SP1基因序列（NM_001078027.1），利用生物信息学分析其序列保守性、理化性质、蛋白亲水性、蛋白质结构及互作蛋白；采用PCR技术扩增并克隆SP1基因CDS序列。然后，选取6头健康的中国荷斯坦奶牛，分别取泌乳期和干奶期奶牛乳腺组织，运用实时荧光定量PCR和Western blot方法检测SP1基因在不同时期奶牛乳腺组织中的表达情况。分离并纯化泌乳期奶牛乳腺上皮细胞，通过SP1过表达及干扰检测其对乳脂合成的影响，分别进行3次独立试验。结果显示，SP1基因序列在不同物种间高度保守，与山羊相似度最高（98.94%）。奶牛SP1基因CDS区序列长2 361 bp，编码786个氨基酸，蛋白分子质量为80 902.17 u，理论等电点为6.94。平均疏水指数为-0.438，为不稳定的亲水性蛋白。SP1序列包含3个锌指结构，SP1蛋白二级结构以无规则卷曲（52.29%）为主。STRING蛋白互作分析结果显示，SP1与转录因子AP-1（JUN）、雌激素受体α（ERα）、MYC原癌基因蛋白（MYC）、TATA盒结合蛋白（TBP）等蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR和Western blot结果显示，SP1的mRNA和蛋白在泌乳期的表达量显著高于干奶期（P<0.01）。在奶牛乳腺上皮细胞中过表达SP1显著增加细胞甘油三酯的合成（P<0.01），而干扰SP1的表达，甘油三酯合成显著降低（P<0.01）。以上结果提示，SP1正向调控乳脂合成，分析SP1基因结构和功能为深入研究SP1对泌乳奶牛乳脂合成调控机制提供理论依据。 相似文献
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旨在运用多座位外显方差分析法(MPVA)分析中国荷斯坦牛CXCR1和IL8两个基因多个突变位点多态性与乳房炎易感性的交互作用.本研究以南方某大型奶牛场634头(其中102头患乳房炎)中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP和直接测序法分析CXCR1-5′端和编码区及IL8 2789/2862内含子3、外显子4和5,2个基因共7个SNPs位点的遗传多态性,并用MPVA法分析CXCR1和IL8基因各位点突变及其基因型组合对奶牛乳房炎易感性的影响.结果,MPVA分析发现CXCR1-1830、CXCR1-1768和IL8 2789/2862三位点交互作用对奶牛乳房炎易感性的影响达到显著水平.CXCR1-1830、CXCR1-1768和IL8 2789/2862三位点交互模型作为奶牛乳房炎易感性相关的基因联合选择模型最佳,MPVA可用于奶牛乳房炎易感性多基因分析模型. 相似文献
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《中国奶牛》2017,(9)
为了分析奶牛隐性乳房炎的不同发病阶段与乳清中α_1-酸性糖蛋白含量变化之间的关系,本试验选取10头健康奶牛和30头不同发病程度(轻、中、重)隐性乳房炎患牛作为试验动物,采用α_1-酸性糖蛋白ELISA检测试剂盒测定各组乳清样品中α_1-酸性糖蛋白的含量,对α_1-酸性糖蛋白与奶牛隐性乳房炎的相关性进行分析。结果显示,隐性乳房炎组奶牛乳清中α_1-酸性糖蛋白的含量显著或极显著高于健康组奶牛(P0.01或P0.05),且随着奶牛隐性乳房炎病情的加重及乳中体细胞数的增加,乳清中α_1-酸性糖蛋白的含量呈现出递增趋势。研究结果提示,乳清中α_1-酸性糖蛋白的含量变化与奶牛隐性乳房炎的发病程度具有一定的相关性,乳腺炎症引发的乳腺损伤及乳中体细胞数增加与乳清中α_1-酸性糖蛋白的含量呈正相关。 相似文献
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《中国兽医学报》2016,(4):665-668
免疫球蛋白λ多肽1(immunoglobulin lambda-like polypeptide 1,IGLL1)是一种具有编码蛋白质特性的基因,位于17号染色体上。通过本实验室前期的奶牛乳腺组织转录组测序研究表明,IGLL1基因可能对奶牛乳脂的合成代谢产生影响。本试验以中国荷斯坦奶牛乳腺组织为研究对象,选取3头高脂中国荷斯坦奶牛,3头低脂中国荷斯坦奶牛的乳腺组织提取RNA并反转录为c DNA,进行RT-PCR,并对数据进行统计分析,研究IGLL1基因在奶牛乳腺组织中的表达差异。结果显示,该基因在高脂奶牛及低脂奶牛的乳腺组织中均有表达,且高脂奶牛的乳腺组织中的表达量显著高于低脂奶牛的表达量(P=0.0370.05)。研究表明,IGLL1基因可能对中国荷斯坦奶牛的乳脂的合成或代谢产生影响。该研究为奶牛的优良品种选育提供了试验基础。 相似文献
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NPR1是SA介导的植物抗病通路中的转录共激活因子。本实验采用RT-PCR技术从杧果（Mangifera indica）中分离得到了MiNPR1-1和MiNPR1-2。序列分析显示：MiNPR1-1基因编码471个氨基酸，MiNPR1-2基因编码445个氨基酸。2种MiNPR1蛋白皆含BTB/POZ结构域和锚蛋白重复序列，非跨膜蛋白且无信号肽，为不稳定酸性亲水蛋白。蛋白结构预测表明：MiNPR1蛋白由α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-折叠构成，三级结构与二级结构相符。进化关系得出：MiNPR1-1为单独分支起源，MiNPR1-2蛋白与阿月浑子（Pistacia vera）的XP_031280798.1聚类为一簇。本研究克隆了杧果NPR1基因，预测其编码蛋白特征，为后续研究该基因在杧果上的功能及培育杧果优良抗病品种提供参考。 相似文献
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本研究旨在克隆奶牛脑肌类芳香烃受体核转位蛋白1基因（Brain and Muscle Arnt-Like Protein 1,BMAL1）的蛋白编码序列（Coding Sequence,CDS）并构建其真核表达载体,运用生物信息学方法解析其CDS序列和编码蛋白特性。以牛肝脏组织为材料,利用PCR技术扩增奶牛BMAL1基因中带有同源臂的CDS片段。采用同源重组法,将目的片段连接至酶切线性化的pc DNA3.1-Puro-N-3HA真核表达载体上,酶切及测序结果均符合预期的质粒命名为pc DNA3.1-3HA-c BMAL1。将空载与重组质粒分别转染至HEK293T细胞,通过实时荧光定量PCR技术（q PCR）和Western Blotting技术检验奶牛BMAL1基因的过表达效果,并利用生物信息学软件分析BMAL1基因CDS区及其编码蛋白的特性和功能。结果显示,pc DNA3.1-3HA-c BMAL1真核表达载体构建成功,将该质粒转染至HEK293T细胞后,成功实现了BMAL1在m RNA和蛋白水平的过表达;牛BAML1基因与绵羊、山羊同源性最高,BMAL1蛋白为不稳定蛋白,其上不存在... 相似文献
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《蚕业科学》2015,(6)
病程相关蛋白(pathogenesis-related proteins,PRs)是植物体内受病原物或其他环境因子胁迫而诱导表达的一类蛋白质,在植物抗病反应过程中起着非常重要的作用。在桑树叶片中扩增得到MuPR1-2基因(Gen Bank登录号:KC453994),该基因编码区全长609 bp,编码蛋白质含有202个氨基酸,具有一个典型的信号肽和PR蛋白结构域以及PR1蛋白所共有的α-β-α夹心结构。将Mu PR1-2与绿色荧光蛋白基因gfp融合转入拟南芥,通过对转基因拟南芥根尖的显微结构观察,证明MuPR1-2蛋白定位于细胞壁或分泌到细胞间隙。转入MuPR1-2基因的拟南芥对丁香假单胞菌番茄致病变种(Pst DC3000)和灰霉菌具有较强的抵抗能力,表明Mu PR1-2在植物防御功能中具有重要作用。 相似文献
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试验旨在克隆中国荷斯坦奶牛CC趋化因子受体5(C-C chemokine receptor type 5,CCR5)基因,对其进行生物信息学分析,并探究CCR5基因在奶牛炎性和健康组织中的表达水平。采用PCR技术扩增并克隆荷斯坦奶牛CCR5基因CDS区全长序列,连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,通过蓝白斑方法筛选阳性克隆并测序,对序列进行相似性比对及系统进化树构建;应用多种在线生物信息学软件对其编码蛋白进行分析,并利用实时荧光定量PCR方法检测CCR5基因在健康和炎症奶牛乳腺组织中的表达情况。结果显示,中国荷斯坦奶牛CCR5基因CDS区全长1 059 bp,编码352个氨基酸。相似性和遗传进化分析结果显示,奶牛CCR5基因与绵羊的遗传距离最近,高达96.0%,与鸡遗传关系最远,为61.0%,且在不同物种之间CCR5基因高度保守。中国荷斯坦奶牛CCR5蛋白分子质量为40.235 ku,理论等电点(pI)为9.30,为疏水性蛋白但不是分泌蛋白,主要存在于细胞质内;在CCR5蛋白二级结构中α-螺旋和无规则卷曲分别占51.14%和32.95%,三级结构模型预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示,CCR5基因在健康奶牛乳腺组织中的表达量极显著低于炎性奶牛乳腺组织(P<0.01),提示其可能参与奶牛乳腺炎的发生过程。本试验结果为进一步研究奶牛CCR5蛋白的功能提供了理论依据,对探究奶牛CCR5基因在奶牛乳腺炎中的调控功能等具有重要意义。 相似文献
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<正>VP1是组成口蹄疫病毒衣壳的重要蛋白,具有该病毒的主要抗原位点,其基因序列分析已被广泛用于分子流行病学调查研究。从Gen Bank数据库检索并下载我国上传的FMDV VP1基因序列36个,以贵州A型FMDV VP1为参考,对蛋白理化性质、二级结构、同源性等进行分析。结果显示VP1基因编码区长度为636bp,共编码212个氨基酸,含有α-螺旋、β-转角等丰富的二级结构。同源性分析表明我国FMDV VP1基因核苷酸相似性为50.3%～99.2%。 相似文献
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本研究旨在克隆和分析中国荷斯坦奶牛的铁蛋白(FTH)基因,为该基因的功能研究和有效利用提供理论依据.运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从公犊肝脏组织中扩增出FTH基因的3'端cDNA序列,并利用生物信息学方法对该基因的氨基酸序列进行分析.结果表明,FTH基因3'端cDNA全长为489 bp,编码81个氨基酸;经生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白无N端信号肽及跨膜区,相对分子质量为9.1253 kD,理论等电点为5.19,脂肪系数为85.56,总亲水性为-0.342,其一级结构中存在4个功能结构域;二级结构元件以α-螺旋和β-旋转为主;同源序列分析表明,中国荷斯坦奶牛与原牛FTH氨基酸的相似性最高(99％);系统进化树显示,在该基因座位上中国荷斯坦奶牛与所测物种的亲缘关系均较远.本研究有助于揭示FTH家族基因的进化历史,为对其进行深入的功能分析和利用研究提供参考. 相似文献