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1.
Alpana Anupam Jahangir Imam Syed Mohammad Quatadah Anantha Siddaiah Shankar Prasad Das Mukund Variar Nimai Prasad Mandal 《水稻科学》2017,24(1):10-20
We genotyped 74 rice germplasms including Tripura's local landraces, improved varieties, cultivars and breeding lines and other rice varieties using molecular markers for genetic diversity, drought QTLs, and blast resistance genes. The number of alleles per locus ranged from 2 to 5 with an average of 2.9. The polymorphic information content value per locus ranged from 0.059 (RM537) to 0.755 (RM252) with an average of 0.475. Cluster analysis based on 30 simple sequence repeat markers revealed 5 clusters and also indicated the presence of variability within the rice accessions. The drought QTL qDTY2.1 was found in 56.0% of germplasms and qDTY1.1 was detected in only 6.8% of the germplasms. Out of seven rice blast resistance genes screened, only two rice varieties, RCPL-1-82 and Buh Vubuk (Lubuk), were positive for four blast resistance genes while only Releng possessed two blast resistance genes. Among 74 rice germplasms, only three accessions, Releng, RCPL1-82 and Buh Vubuk (Lubuk), possessed both drought-related QTLs and blast resistance genes. Overall, the 74 indigenous rice genotypes showed low level of genetic diversity, which is in contrast to high level of genetic diversity among rice varieties in northeast India, where highlights the good farming practice, conservation of germplasms and the limitation of molecular markers employed in this study. The presence of both drought related QTLs and blast resistance genes in some of the germplasms can be useful in future breeding programmes. 相似文献
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Genetic Diversity and Population Structure in Landraces and Improved Rice Varieties from India 总被引：1，自引：1，他引：0
Shailesh D.KUMBHAR Pawan L.KULWAL Jagannath V.PATIL Chandrakant D.SARAWATE Anil P.GAIKWAD Ashok S.JADHAV 《水稻科学》2015,22(3):99-107
A set of 50 rice genotypes comprising landraces, local selections, and improved varieties were characterized using simple sequence repeat(SSR) and inter simple sequence repeat(ISSR) markers to study genetic diversity and population structure. Following unweighted pair group method with arithmetic mean based clustering using binary data of polymorphic markers, the genotypes were grouped into 5 clusters and 11 sub-clusters, whereas population structure analysis separated 50 rice genotypes into 5 sub-populations. Grouping of rice genotypes showed better resemblance with the pedigree information of the genotypes. Both genetic diversity and population structure analysis separated majority of the improved varieties from landraces and local selections. Some of the SSR markers amplified unique alleles which were specific to a particular genotype and could distinguish them from the rest. The results indicate that these rice genotypes exhibit a higher genetic diversity and can be very useful in rice improvement program. 相似文献
3.
应用SSR标记技术,对33个香蕉引进品种(系)和1个国内品种的遗传关系进行了检测.40对SSR引物在34个品种(系)中扩增带数在4～17个之间,平均每个SSR座位可检测3.05个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.21～0.91之间,平均0.78.依据SSR数据计算的品种问遗传距离在0～45.53%之间,平均28.19%,说明引进的香蕉品种之间存在较为丰富的遗传变异.UPGMA聚类分析将34个品种分为A基因组和AB基因组为主的2大品种类群.检测出多个与我国早期引进的主栽品种巴西蕉和Williams遗传差异突出的引进品种,这为筛选鉴定出新的替代品种,以及进一步在不同类群品种之间进行杂交选育新的品种奠定了基础.洪都拉斯3号与M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间没有区分开来,它们可能分别是同一克隆,或者是同一克隆的突变体. 相似文献
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基于SCoT标记的福建茶树品种（系）遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SCoT标记对福建茶树资源进行分析,构建适用于福建茶树资源SCoT-PCR扩增体系。从38条SCoT引物中筛选出的16条多态性引物,构建了55份茶树品种（系）的SCoT标记指纹图谱。对55份材料共扩增出219条条带,多态性条带为216条,平均每条引物扩增出13.8条,多态性比率PPB为93.15%,55份供试材料的遗传相似系数（Genetic similarity, GS）介于0.49~0.85,平均为0.67。SCoT标记分析55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.93,有效等位基因数Ne为1.54,Nei基因多样性为0.32,香农指数Shannon为0.48,遗传分化Gst为0.067,基因流Nm为7.01。在遗传相似系数为0.64处,将55份茶树资源分成2大类。 相似文献
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对从国内收集的16个姬松茸菌株的基因组DNA进行SRAP分析,4对引物共获得31条明显的多态性扩增条带,其中多态性位点数为30,多态性位点百分比为96.77％;平均等位基因位点数为1.967 7,平均有效等位基因位点数为1.408 6,物种水平上Nei's基因多样度指数为0.246 8,Shannon遗传多样性指数为0.384 0。采用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示不同姬松茸菌株间的遗传背景呈现一定的差异性,产地差异性大,种内差异性小;在相似系数约为0.7的水平上,16个菌株可以分为4大类。SRAP分子标记适合姬松茸的DNA遗传多样性分析,可以作为姬松茸菌种鉴定的依据之一。 相似文献
7.
龙生型花生中的微卫星变异研究 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究用24份龙生型花生资源作研究材料,采用31个微卫星标记引物检测其分子水平上的遗传变异,其中13个引物能在龙生型花生基因组中扩增出多态性DNA片段.研究结果表明,在龙生型花生基因组中,一对SSR引物可扩增出2条以上的DNA片段,扩增片段数最多的是Pm36,在24份龙生型花生资源中扩增出16个大小不同的DNA片段;由这些多态性标记检测出的遗传距离,平均为0.17,最高为0.33,最低为0.03,但能区分所有的24份资源.对分子标记在花生育种和资源鉴定上的利用前景进行了分析讨论. 相似文献
8.
广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。 相似文献
9.
采用ISSR标记,对云南三种野生稻遗传多样性进行研究,并以竹类、栽培稻粳稻02428和籼稻金刚30以及非洲长雄野生稻为对照进行聚类分析,探讨云南三种野生稻遗传进化方向。结果表明,33条ISSR引物,在所有的材料中总共扩增出464个等位基因,平均每条引物扩增出多态性条带14.1条;从总体水平上看,云南三种野生稻具有丰富的遗传多样性,三种野生稻的多态位点数NP、多态位点百分率p、有效等位基因数Na、观察等位基因数Ne、Nei基因多样性指数H和香农指数I分别为357、76.74%、1.7694±0.4217、1.3391±0.3637、0.2037±0.1851和0.3180±0.2532;三种野生稻品种间基因分化系数Gst为0.5194,品种间的基因流Nm为0.4627,说明三种野生稻之间基因交流水平低,品种间存在较大的遗传分化。UPGMA聚类分析表明,在三种野生稻的进化过程中,疣粒野生稻分化最早,其次为药用野生稻,普通野生稻分化最晚。 相似文献
10.
基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：3，自引：0，他引：3
分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。 相似文献
11.
利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性 总被引：6，自引：0，他引：6
利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。 相似文献
12.
用EST-SSR标记分析巴西橡胶树的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：0
利用19对EST-SSRs引物对41份巴西橡胶树材料(6个野生材料和35个栽培种)进行遗传多样性分析.结果表明:19对引物均获得了预期的扩增结果,得到92个多态性位点,每对引物检测到的等位基因数为2～7个,平均为4.84个.在相似系数为0.64的水平上,野生材料和栽培种区分开来,在相似系数0.75的水平上,又可将栽培种材料分为四个类群;栽培种和野生材料间的遗传距离在0.11～1.16之间,栽培种间遗传距离较小,野生材料间遗传距离相对较大.在栽培种和野生材料之间,遗传距离最大的是AC/T/15/114与PR261(1.16),最小的是保亭155与热研7-20-59(0.11). 相似文献
13.
我国常规稻主栽品种的遗传变异分析 总被引：10，自引：1，他引：9
采用40个SSR标记,分析了329份我国近50年来常规稻主栽品种的遗传变异。结果显示,39个SSR标记具有多态性,在多态性位点共检测到223个等位基因,每个位点2～11个,平均57个;平均Nei基因多样性指数（He）为0632。籼粳亚种间的SSR变异差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 54,He = 0440）均高于粳稻品种（Na = 44,He = 0397）。Nei遗传相似系数表明总体样本具有较小的遗传相似度（I = 0366）,而骨干亲本具有较高的遗传相似度（籼:I = 0590;粳:I = 0590）。这导致了籼粳亚种内较高的遗传一致性（籼:I = 0558;粳:I = 0600）。早、中、晚稻各类型遗传相似度差异明显,晚籼和早粳类型具有较高的遗传变异。籼粳稻品种尤其是粳稻的聚类结果显示出较强的季节型和地域特征。这些均提示育种家应选择更广泛的亲本源以拓宽选育品种的遗传基础。 相似文献
14.
为鉴定糙柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高其利用效率,利用来自不同柱花草种中的16个SSR标记对14份糙柱花草种质进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：在16个SSR标记中,10个SSR标记在14份糙柱花草种质间具有多态性。10个多态性SSR标记共检测到32个等位基因,每个标记可检测到2～8个等位基因,平均为3.20个;每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.191～0.796和0.173～0.769,平均为0.474和0.411。14份糙柱花草种质间的遗传相似系数为0.438～0.938,平均为0.733。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.74处,14份供试糙柱花草种质可明显被分为3类,其中III类中的CPI 93116柱花草与其他种质遗传关系较远。 相似文献
15.
采用197对EST-SSR引物和67对gSSR引物对35个不同耐寒甘蔗品种进行标记,并筛选出36对多态性较好的EST-SSR引物和17对gSSR引物进行遗传多样性分析.结果表明:17对gSSR引物共扩增出87条谱带,平均每对引物扩增出5.1条谱带,PIC值在0.53～0.93,平均值为0.84,引物的DP值在0.54～0.96,平均值为0.87.36对EST-SSR引物共扩增出162条谱带,平均每对引物扩增出4.5条谱带,PIC值在0.43 ～0.93,平均值为0.79,引物的DP值在0.44～0.96,平均值为0.81.品种间的gSSR遗传相似系数在0.413 8～0.804 6,平均值为0.625 1;品种间的EST-SSR遗传相似系数在0.5145～0.797 1,平均值为0.665 1;因此,本研究中gSSR标记的效果要好于EST-SSR.聚类分析结果表明,35份甘蔗品种可分为7个类群;然而,聚类分析结果并不能反映供试材料的地域特性.耐寒性相对较好的品种分散于5个类群中,说明聚类分析结果并不能把耐寒性好的品种聚成一类;而两三个耐寒性较差的品种能够聚在一起,说明SSR标记对耐寒性较差的品种的聚类起到较好的作用.以上结果为SSR标记在甘蔗耐寒性研究上的应用提供起到一定的参考作用. 相似文献
16.
为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数（Na）为5.8个,有效等位基因数（Ne）为2.0519,观测杂合度（Ho）为0.3318,期望杂合度（He）为0.4603,多态性信息含量指数（PIC）为0.417。基于遗传相似系数聚类结果,将火龙果主要商业品种分为3大类群。依据20对SSR引物在58个品种中扩增的特异带型组合,选取其中9对引物采用引物-带型组合法构建了58个火龙果品种的指纹图谱,品种鉴定的置信概率几乎为100%。研究结果可为火龙果种质分类、品种鉴定和品种权保护提供重要的理论依据与技术支撑。 相似文献
17.
A Comparative Study of SSR Diversity in Chinese Major Rice Varieties Planted in 1950s and in the Recent Ten Years （1995-2004） 总被引：1，自引：0，他引：1
YUAN Xiao-ping WEI Xing-hua HUA Lei Yu Han-yong WANG Yi-ping Xu Qun TANG Sheng-xiang 《水稻科学》2007,14(2):78-84
Forty pairs of SSR markers were used to compare the genetic diversity changes in 151 Chinese major rice varieties planted in 1950s and in the recent ten years. Of 40 SSR loci, 39 were found to be polymorphic while one locus (RM479) monomorphic. A total of 213 alleles were identified from the 39 polymorphic loci. The average number of alleles per locus (Na) was of 5.5, ranging from 2 to 11. Nei’s gene diversity index (He) varied drastically among loci from 0.309 at RM174 to 0.869 at RM418, with an average value of 0.649. There existed significant difference in SSR allelic diversity between indica and japonica subspecies, and indica had more variation than japonica both in Na and He. By comparison with the genetic changes in Na and He, it was revealed that the varieties planted in 1950s had more alleles and higher He than those in the recent ten years both for indica and japonica rices. The difference between two subspecies for Na was significant in a tendency over time (indica: z = 2.677, P = 0.007; japonica: z = 3.441, P = 0.001), but not significant for He (indica: z = 1.471, P = 0.141; japonica: z = 1.932, P = 0.053). Analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that there existed significant difference (P < 0.05) in genetic variation between the two periods, of which more genetic variation was contributed by indica (Fst = 0.050) and japonica (Fst = 0.082) subsets. Using locus-by-locus AMOVA procedure, significant genetic differentiations were observed in 13 loci (RM21, RM128, RM147, RM169, RM190, RM221, RM231, RM251, RM253, RM317, RM341, RM418, and RM478) for indica varieties and 11 loci (RM101, RM135, RM152, RM159, RM169, RM190, RM251, RM253, RM311, RM418, and RM478) for japonica ones between the two periods. It was found some alleles had been lost in current major rice varieties as comparing with those in 1950s. Therefore, it should be necessary to exploit more alien elite genetic resources for extension of genetic background in current rice breeding program. 相似文献
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为了探明东北区甜菜单胚不育系的遗传基础和类群划分,使用SRAP分子标记技术对48份东北区甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性进行分析。筛选出21对多态性较高的引物组合对供试材料进行PCR扩增,共扩增出366条带,其中196条是多态性带,平均多态性条带比率是53.6%。平均遗传距离是0.3945,平均遗传相似系数是0.6740。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,供试材料被分为5个类群。结果表明,东北区48份甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性较为丰富,利用各类不育系做亲本,将可获得杂交优势好的杂交组合。 相似文献
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石斛属（Dendrobium Sw.）为兰科（Orchidaceae）兰亚科（Subfam. Orchidoideae）植物,在我国有着广泛的分布与应用,多用于名贵中药材和观赏植物,具有较高的经济价值。由于苛刻的生长条件加上过度的开发利用,导致野生石斛资源破坏严重,大部分种类已近枯竭,这也导致市场上出现的石斛种质混杂、真伪鉴定困难等问题亟待解决。石斛属植物遗传多样性的研究和数字指纹图谱的建立,可以为石斛的品种鉴定与分类、良种选择与保护提供理论依据,对保护药用植物生物多样性也具有十分重要的意义。以31种石斛属植物及金石斛（Flickingeria comata）为研究对象,应用SRAP-PCR分子标记技术对其开展遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。结果表明：利用筛选出来的15对引物进行扩增,共扩增出264个位点,其中多态性位点为251个,平均每对引物扩增出16.73个多态性位点,多态比率达95.08%,其中Me2-Em5、Me4-Em3、Me4-Em5、Me7-Em3、Me7-Ee7等5对引物的多态百分率均为100%,这些引物组合对石斛种类的鉴别效率较高;经过计算31种石斛属植物与金石斛间的观测等位基因数（Na）为1.784,有效等位基因数（Ne）为1.430,Nei’s基因多样性指数（H）为0.202,Shannon’s信息指数（I）为0.386,石斛种间存在较高的遗传变异度与丰富的遗传多样性水平;其遗传相似系数的变化范围为0.591~0.851,亲缘关系较近,当遗传相似性系数为0.660时,金石斛单独聚为一类,当遗传相似性系数为0.724时,可将31个石斛属植物进一步分为10组;构建DNA指纹图谱可单独鉴别出31种石斛属植物以及金石斛,为石斛遗传背景分析和快速鉴别石斛种类提供科学依据。 相似文献
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《作物学报(英文版)》2015,(5)
Breeding for salinity tolerance using Bangladeshi rice landraces and understand genetic diversity has been limited by the complex and polygenic nature of salt tolerance in rice genotypes. A genetic diversity and association mapping analysis was conducted using 96 germplasm accessions with variable response to salt stress at the seedling stage. These included86 landraces and 10 indica varieties and lines including Nona Bokra, from southern Bangladesh. A total of 220 alleles were detected at 58 Simple Sequence Repeat(SSR) marker loci randomly distributed on all 12 rice chromosomes and 8 Sequence Tagged Site(STS) markers developed for genes SKC1, DST, and SalT. The average gene diversity was 0.5075 and polymorphism information content value was 0.4426, respectively. Cluster analysis revealed that 68 and 21 accessions were clustered into 2 distinct groups, possibly corresponding to indica and japonica groups, respectively and the remaining 7 landraces were classified as an admixed group. In addition to Wn11463, the STS marker for SKC1, RM22418 on Chr. 8 was significantly associated with salinity tolerance, at the location of a QTL detected in previous studies. Our findings of favorable alleles associated with salinity tolerance in Bangladeshi rice landraces, as well as the development of STS markers for salt tolerance genes, will be helpful in future efforts to breed salinity tolerance in rice. 相似文献