水稻瘤矮病毒基因组S8片段全序列测定及其结构分析   总被引：7，自引：0，他引：7  

范国成  吴祖建  林奇英  谢联辉 《农业生物技术学报》2005,13(5):679-683

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）中国广东信宜分离物（RGDV-C）的基因组S8片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C基因组s8片段全长1578bp（GenBank登录No．AY216767），含有一个ORF，编码一个含有426个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为96．0％和99．1％，与植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的三叶草伤瘤病毒（Wound tumor virus，WTV）和水稻矮缩病毒（Rice dwarf virus,RDV）各分离物的核苷酸同源性分别为56．8％和55．3％～56．0％。从s8编码的外层衣壳蛋白亲缘关系、反向重复序列、病毒粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV与WTV比RGDV与RDV具有更近的亲缘关系。  相似文献   

草鱼过氧化氢酶全长cDNA的克隆、序列同源分析与组织表达     

郑清梅  韩春艳  温茹淑  钟艳梅  姚琼凤  侯雨文 《广西农业生物科学》2011,30(5):529-538

过氧化氢酶（catalase,CAT）是生物体内抗氧化防御系统的关键酶之一,在清除过氧化氢而避免机体产生氧化应激的过程中起重要作用。本研究从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝胰脏中克隆了CAT完整编码序列（complete coding sequence,CDS）。该CAT序列（GenBank登陆号：FJ560431）全长2263bp,包括完全开放阅读框（ORF）1575bp、5＇非编码区（UTR）118bp和3＇UTR570bp。其ORF编码525个氨基酸残基,理论分子量为59.59kD,等电点为7.02。在草鱼CAT cDNA的终止密码子附近,其3＇UTR具有长且完整的AC重复序列,与斑马鱼、鲢鱼及啮齿类动物CAT的3＇UTR AC重复序列相似。序列比较表明,草鱼CAT的核苷酸及推测氨基酸序列与其它多种物种的一致性均较高,其一致性分别为93.4%～43.0%和98.1%～63.3%。同时,草鱼CAT cDNA的推测氨基酸序列具有与其它动物高度保守的特征性基序,包括亚铁血红素结合信号序列＂RLFSYPDTH＂、酶活性中心序列＂FDRERIPERVVHAKGA＂及3个催化位点残基His74、Asn147和Tyr357。此外,草鱼CAT还具有保守的亚铁血红素结合口袋与NADPH结合位点。根据草鱼CAT基因的上述特征,推测其属于CAT基因家族中的单功能或典型CAT基因亚群。采用实时荧光定量PCR（Q-PCR）检测草鱼CAT的组织表达特征。结果显示,草鱼CATmRNA在所检测的11种组织器官中均有表达,其中在肝中表达水平量较高,在红肌、白肌和脂肪中表达量较低。本研究结果将有助于进一步探讨鱼类CAT基因的结构与功能,并为研究其抗氧化分子机理奠定基础。  相似文献   

水稻黑条矮缩病毒玉米分离物基因组S8和S9的序列分析及其原核表达   总被引：15，自引：0，他引：15  

孙丽英  徐佳凌  方守国  王朝辉  韩成贵  李大伟  于嘉林 《农业生物技术学报》2004,12(3):306-311

通过RT-PCR获得了玉米粗缩病病毒湖北分离物(Hbm)基因片段S8和S9的全长cDNA克隆，并测定了它们的全序列。S8全长1936bp，其编码链只含1个ORF，编码1个由591个氨基酸组成、分子量约为68kD蛋白；S9全长l900bp，含有两个非重叠的ORF，分别编码由347个和209个氨基酸组成、分子量分别约为40kD和24kD蛋白。序列分析表明，Hbm-S8和S9与水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)中国不同分离物之间的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94．4％～98．9％和96．0％~99．0％，且与日本RBSDV的序列同源性高于与玉米粗缩病毒相应片段的序列同源性，进一步证明了引起我国玉米粗缩病的病原为RBSDV。SDS-PAGE分析表明，经IPTG诱导，RBSDV8和9编码的蛋白可在大肠杆菌(Escherichia coil)中高效表达。以这些蛋白为抗原，制备了抗血清。用Western blot方法在感病的玉米(Zea mays)植株中可检测到RBSDV-Hbm S8和S9 ORF1编码的蛋白。  相似文献   

巴西橡胶树磷脂酰肌醇转移蛋白cDNA的克隆及其序列分析     

罗明武  邓柳红 《广西农业生物科学》2010,(1):164-169

本文从巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）差减cDNA文库中筛选到一个与磷脂酰肌醇转移蛋白（phos-phatidylinositol transfer protein）同源性较高的基因片段,并根据该基因片段序列信息,设计特异性引物,采用cDNA末端快速扩增技术RACE（rapid amplification of cDNA ends）进行差异片段的5＇和3＇端的扩增,并获得长度为1081bp的全长cDNA克隆R291（GenBank登陆号：AY589690）。序列分析表明,该基因包含702bp的开放阅读框,编码234个氨基酸,推测其蛋白质的分子量为26.8kD,等电点为6.51,有一个的跨膜螺旋区（氨基酸位点为83～103）。R291基因含有一个脂质结合保守区（Sec14p-like lipid-binding domain）,具有CRAL-TRIO脂质结合结构域,推测该基因是一个磷脂酰肌醇转移蛋白基因。该基因的克隆将为橡胶树磷脂酰肌醇代谢的研究奠定了基础,将有助于进一步了解磷脂酰肌醇代谢与胶乳再生之间的关系。  相似文献   

对虾白斑综合征病毒基因组片段的测序、亚克隆与表达     

朱建中  陆承平 《农业生物技术学报》2002,10(4):356-358

取对虾（Penaeid shrimp)白斑综合征病毒（WSSV）基因组DNA随机文库中1个约8kb的克隆片段进行测序，DNA序列用DNAstar软件进行分析，共发现43个100bp以上阅读框（ORF），其中1条链31个，互补链12个，用BLAST软件将43个ORF及其推导的氨基酸序列分别与GenBank中核酸蛋白数据序列进行相似性比较，结果无显著同源性。从白斑综合征病毒基因组的测序片段中，发现一个810bp阅读框，其编码氨基酸序列与海栖热袍菌（Thermotoga maritima) 外膜蛋白有24％的同源性，设计一对引物，扩增出该阅读框，用T载体克隆并按正确阅读框连接到E.coli表达载体pGEX-6p－1上。重组菌经IPTG诱导后，菌体SDS－PAGE显示有1条大小为56kD的融合表达蛋白产生。  相似文献   

水稻黑条矮缩病毒基因组片段3全长cDNA的克隆及其序列分析   总被引：7，自引：0，他引：7  

方守国  于嘉林  冯继东  吴大椿  李大伟  韩成贵  刘仪 《农业生物技术学报》2001,9(4):311-315

报道了水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarfvirus,RBSDV）基因组片段3（S3）的全序列。该基因组片段由3572个碱基对组成，其正链RNA的两末端具有与已报道的RBSCV S7－S10基因组片相同的保守序列5′－AAGUUUUU－－AGCNNNNGUC－3′，并在紧邻保守序列处有一片段特异性的8个碱基的反间重复序列。正链RNA只含一个长的开放阅读框，编码一个由1146个氨基酸组成的蛋白，推测其分子量为131.8kD。  相似文献   

猪小脂肪细胞因子1（SMAF1）基因cDNA的克隆及表达谱分析     

杨红文  郑嵘  李凤娥  蒋思文 《农业生物技术学报》2007,15(1):11-14

采用比较基因组学和RT-PCR方法，根据人和小鼠SMAF1基因的保守序列，设计简并引物，克隆了猪SMAF1基因的cDNA序列。所克隆片断全长256bp（GeneBank登录号 DQ191892），包括一个编码了81个氨基酸的完整编码区，该序列与人和小鼠的SMAF1基因的相似性分别为86%和78％，预测的氨基酸序列与人、小鼠、大鼠和牛的相似性分别为81％、67％、70%和84%。猪SMAF1基因在脂肪组织中高丰度表达，在4月龄瘦肉型猪（大白猪）脂肪组织中的表达量显著低于脂肪型猪（梅山猪）（P＜0.05）。本研究结果表明，猪SMAF1基因可能具有和其它物种SMAF1基因相似的功能，推测其在脂肪细胞发生和/或脂肪细胞功能中具有重要的调控作用。  相似文献   

家蚕核型多角体病毒埃及株p10基因的克隆及结构特征分析*     

姜丽华  钟万芳  蔡平钟  徐兴耀  阎文昭  吴杰 《农业生物技术学报》2003,11(5):483-487

根据BmNPVT3株中p10基因侧翼保守序列设计一对特异性引物,以家蚕核型多角体病毒埃及株(Bombyx mori nuclear polyhedrosis vinus strain Egyptian,BmNPV Eg)基因组DNA为模板,应用PCR技术扩增得到p10基因(GenBank登录号：AF533970)。扩增片段全长为877bp。含有1个213bp的开放阅读框(ORF)、编码70个氨基酸,推测其分子量为7．5kD。序列分析表明：与苜蓿银纹夜蛾(Autographa califoraica)核型多角体病毒(AcMNPV)p10基因及张耀洲得到的BmNPVp10基因相比,BmNPV埃及株及BmNPVT3株的p10基因由于在ORF的第209nt后缺失了1个dATP,从而导致他们的编码区减少了24个氨基酸残基。与BmNPVT3p10相比,BmNPVEgp10又缺失了终止密码子TAA后66～67nt的1个10bp的序列,其中包括poly(A)信号序列。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异分析   总被引：9，自引：1，他引：9  

高志强  郭鑫  查振林  陈艳红  杨汉春 《农业生物技术学报》2004,12(3):283-287

从河北、江西猪场中分离到3株猪繁殖与呼吸综合征病毒(HB-1(sh)／2002、HB-2(sh)／2002和JX-1／2002)。采用RT-PCR方法扩增其完整的ORF5基因片段，进行了序列测定，并与其它5个国内毒株的ORF5基因序列进行了比较和变异分析。所有这些毒株的ORF5基因均编码200个氨基酸，推导的氨基酸相似性在88．2％～99．0％之间。其中BJ4、S1及J1间的相似性较高，在98％～99％之间；HB-1(sh)／2002，HB-2(sh)／2002，JX-1／2002及CH-1a间的相似性为92％～96％之间。根据ORF5基因核苷酸序列的遗传进化距离，这些毒株可分为两个亚群，BJ4、S1和J1为一个亚群，与VR2332及疫苗毒株接近；HB-1(sh)／2002、HB-2(sh)／2002、JX-1／2002和CH-1a为另一个亚群。  相似文献   

高粱花叶病毒广西甘蔗分离物全基因组序列分析     

周龙武  ;徐正银  ;唐瑶  ;吕榜丽  ;李建勇  ;司慧娟  ;温荣辉  ;陈保善 《广西农业生物科学》2014,(5):953-960

近年来,高粱花叶病毒（sorghum mosaic virus,SrMV）已成为危害广西甘蔗的主要病原病毒,但尚未见侵染本地区甘蔗的SrMV全基因组序列的报道。本研究以田间一株感染SrMV的甘蔗为材料,提取叶片总RNA通过RT-PCR及RACE技术扩增获得9 626 nt（不包括polyA尾）的病毒全长基因组序列,命名为SrMV-GX。序列分析表明,SrMV-GX与浙江萧山分离物（SrMV-XoS）、浙江余杭分离物（SrMV-YH）和美国德克萨斯州分离物（SrMV-H）的核苷酸同源性分别为95.4%、94.7%和80.9%编码的多聚蛋白氨基酸同源性分别为97.8%、98.4%和90.4%。与马铃薯Y病毒科的其它成员一样,SrMV-GX基因组中存在一个小的ORF（pretty interesting potyviridae ORF,pipo）,且其序列非常保守。本研究对SrMV-GX进行序列分析,为进一步研究SrMV的遗传多样性,改进现有的检测方法及培育健康脱毒甘蔗种苗提供理论依据。  相似文献   

11株鸡新城疫病毒强毒株的分子特性     

李春华  蒋凤英  魏晓锋  王英  胡建华  邹勇  孙凤萍  高骏  金佩芳 《农业生物技术学报》2009,17(1):36-40

选取2002～2007年从上海市分离鉴定的11株鸡新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）强毒株,克隆其融合蛋白（Fusion,F）基因片段,测序后登录GenBank,序列号分别为NDV 022433（EU258661）、022435（EU258662）、0210149（EU258653）、0210154（EU258654）、0210227（EU258656）、0210252（EU258658）、03024（EU258637）、04011（EU258639）、05013（EU258640）、07011（EU258642）和07023（EU258643）。序列分析结果显示：上述分离株的F基因扩增片段为1 654 bp,编码551个氨基酸,其核苷酸序列同源性为94.6%～100%,推导的F蛋白氨基酸序列同源性为93.0%～100%;各分离株F蛋白裂解位点序列均为112R-R-Q-K-R-F117,为基因Ⅶ型NDV强毒株。系统发育分析表明：这11株NDV分离株之间的遗传距离较近,而与传统疫苗株B1、La Sota、V4和F48E9的遗传距离较远。此外,这11株NDV强毒株均具有大多数鹅源NDV毒株特有的973和1 249 nt RsaⅠ位点。  相似文献   

辣椒脉斑驳病毒文昌分离物基因组测序及分析     

龚殿  王健华  吴育鹏  张雨良  王洪星  孙玉娟  刘志昕 《广西农业生物科学》2011,30(5):583-589

辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）近年来严重危害海南黄灯笼辣椒的产量,开展针对该病毒的研究以求达到对其有效防控迫在眉睫。本研究分7段克隆了ChiVMV文昌分离物（ChiVMV Wenchang isolate,ChiVMV-WC）的基因组。分段克隆的测序结果通过拼接,共获得ChiVMV-WC基因组9717个核苷酸（nt）序列（GenBank登录号：GQ981316）。在核苷酸序列的第164位～第9270位存在一个大的开放阅读框（ORF）,编码一个多聚蛋白（分子量为350.44kD）。近年来被证实的马铃薯Y病毒科的一个新的ORF（pretty interesting potyviridae ORF,PIPO）存在于ChiVMV-WC基因组核苷酸序列的第2892位～第3110位,编码一个由72个氨基酸聚合而成的多肽（分子量为8.26kD）。ChiVMV-WC与ChiVMV其它分离物的基因组核苷酸序列比较发现该病毒存在着较高的变异率。本研究通过与同属内病毒的同源性分析以及系统进化树分析,确定了ChiVMV-WC在生物进化史上的地位。  相似文献   

芒果AP1同源基因的克隆及其生物信息学分析     

罗聪  ;何新华  ;陈虎  ;蒋雅琴  ;高美萍  ;李杨瑞 《广西农业生物科学》2009,(5):851-858

我们采用RT-PCR方法克隆了2个A州同源基因全长cDNA,分别命名为MAPl—1（GenBankac—cession No．FJ529206）和MAPl—2（GenBankaccession No．FJ529207）。MAPl—1编码247个氨基酸,开放阅读框长度为741bp,蛋白质分子量为28．54kD,等电点为8．31;MAPl—2编码248个氨基酸,开放阅读框长度为744bp,蛋白质分子量为28．78kD,等电点为8．70。同源性分析表明,它们的核苷酸序列与其它木本植物A纠同源基因的一致性为72％～81％。实验分析表明,MAPl—1和MAPl—2第1至第61个氨基酸含有一个MADS盒结构域,第88至第178个为K盒结构域;两个基因均定位于细胞核,且功能位点分布存在着不同,推测这两个基因在花器官发育过程中的功能存在差异。蛋白二级结构预测显示,MAPl—1蛋白有12个α-螺旋,4个8折叠区,14个β-转角;而MAP1—2蛋白有11个α-螺旋,5个B折叠区,15个β-转角;其大多数氨基酸具有亲水性。本研究有助于进一步了解芒果的开花分子机理及成花的生物学发育阶段。  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒（IBV）广西流行株3＇端非编码区序列分析     

磨美兰  范文胜  黄柏成  郎亚辉  陈秋英  侯金莲  李孟  韦平  韦天超 《广西农业生物科学》2010,(3):457-463

本研究应用RT-PCR方法扩增出分离自广西的26株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）以及参考株M41和疫苗株H120、Ma5和4/91的3＇端非编码区（3＇UTR）的cDNA,并对其进行了克隆、序列测定、比较及其系统进化分析。序列分析结果表明,与Beaudette株的3＇UTR序列相比较,26株分离的IBV中有1株和3株的分离株3＇UTR序列分别插入了23个和2个碱基,另外有12株、6株、1株、2株和1株的分离株3＇UTR序列分别缺失了1个、2个、22个、29个和84个碱基,不同毒株之间碱基数量最大相差达107个碱基。系统进化分析结果表明,26株分离株可分为4群,其中21株属于第Ⅰ群,与经典疫苗株H120的核苷酸同源性均较低（54.4%～75.5%）;3株与4/91同属于第Ⅱ群;1株与H120同属于第Ⅲ群;另外1株单独属于Ⅴ群。综上所述,广西流行IBV的绝大部分毒株在3＇UTR序列上与目前常用的疫苗株相比都发生了很大的变异,而且存在多种形式的碱基缺失和插入现象。由此,我们认为流行株的变异可能是疫苗不能提供有效保护的主要原因。  相似文献   

从烟草上分离的中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA全基因组结构特征     

李波  李战彪  韦茂春  卢燕回  廖咏梅  陈保善  蒙姣荣 《广西农业生物科学》2011,30(4):281-287

本研究从具有典型曲叶病症状的广西靖西烟草病植株上分离到病毒分离物JX-2,全基因组序列测定结果表明,JX-2DNA．A全长2738个核苷酸,共编码6个开放阅读框架（openreadingframes,ORFs）,其中病毒链编码AV1（CP）和AV2两个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4共4个ORFs。BLAST结果表明,JX-2DNA—A与中国番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl Chinavirus,ToLCCNV）各分离物的相似性在93．0％-99．7％之间,其中与ToLCCNV广西番茄分离物ToLCCNV．G32的相似性最高,达99．7％,而与其它双生病毒的同源性均在88．0％以下,表明Jx-2是ToLCCNV的一个分离物。基于Jx-2和已报道的双生病毒属代表种DNA-A全基因组核苷酸序列构建的系统进化树显示,JX-2与ToLCCNV-G32分离物的亲缘关系最近,并与ToLCCNV其它分离物形成一个分支,而与其它10种双生病毒的亲缘关系均相对较远。利用双生病毒卫星DNAβ的特异性引物β01／β02在Jx-2样品中扩增到DNAβ分子（JX-2β）,全长为1341个核苷酸,其互补链编码1个ORF（即βC1）,并包含一个富含A序列和一个卫星病毒保守序列。序列分析表明,JX-2β与ToLCCNV伴随的DNAβ的相似性在91．0％～96．1％之间,其中与ToLCCNV-G61DNAβ和ToLCCNV—G18DNAβ的相似性最高（96．1％）,与其它卫星DNAβ的相似性均低于61．8％。基于JX-2β全基因组核苷酸序列构建的系统进化关系树显示,JX-29与ToLCCNVG61分离物伴随的DNAβ亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,再与ToLCCNV其余两个分离物伴随的DNAβ形成一个较大的分支。这是首次报道从烟草中分离到的中国番茄曲叶病毒及其伴随卫星DNA分子的全基因组结构特征。  相似文献   

“两广二号”家蚕抗病毒基因Bmlipase-1和BmSP-2克隆与原核表达     

梁湘  陆专灵  韦秉兴  冯健玲  屈达才  罗廷荣 《广西农业生物科学》2012,(4):320-326

本研究以优良杂交品种“两广二号”家蚕为试材,克隆了该杂交品种家蚕两个抗家蚕核型多角体病毒（BmNPV）基因：脂肪酶基因Bmlipase-1和丝氨酸蛋白酶基因BmSP-2,测序并分别与不同品种蚕的同源基因序列进行比较。结果显示,“两广二号”家蚕Bmlipase-1基因ORF长度为885bp,编码294个氨基酸,BmSP-2扩增长度为855bp,编码284个氨基酸;它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性皆达92％以上,Bmlipase-1更保守,同源性大于99％;“两广二号”家蚕的Bmlipase-1基因脂肪酶活化部位和BmSP-2基因酶催化三联体位点的氨基酸残基与不同品种蚕的完全相同。以上结果说明这两个抗病毒基因在蚕的遗传进化过程中高度保守,提示其可能在机体消化或者免疫防御方面起着重要生理作用。将这两个抗病毒基因在大肠杆菌BL21中进行融合表达,获得的融合Bmlipase-1和BmSP-2蛋白分子量分别为47kD和42kD左右。  相似文献   

马氏珠母贝LST8基因cDNA的分子特征及表达分析     

焦钰  田群莉  杜晓东  黄荣莲  王庆恒  邓岳文 《广西农业生物科学》2014,(1):10-15

LST8（lethal with SEC13 protein 8）是TOR（target of rapamycin）复合物的重要组成成分,在生物生长和发育的调控中发挥重要作用。本研究根据马氏珠母贝转录组数据库中注释为LST8的unigene序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆获得了马氏珠母贝LST8基因cDNA全长序列（pm-LST8）;同时利用荧光定量PCR（Real-time PCR）技术检测了pm-LST8在马氏珠母贝各个组织中的表达含量。结果表明,pm-LST8基因cDNA全长1 350 bp,其中开放阅读框为948 bp,编码316个氨基酸残基,5＇UTR为104 bp,3＇UTR为298 bp,含有29 bp polyA。预测其分子量为35.4 kD,等电点为6.11。多序列比对显示pm-LST8与其它物种的LST8有较高的保守性,与牡蛎的同源序列高达82%。蛋白质结构预测显示pm-LST8具有典型的WD40结构域。荧光定量PCR分析表明pm-LST8在马氏珠母贝闭壳肌、鳃、外套膜、肝胰脏、性腺、足、血淋巴七个组织中均有表达,其中在性腺中表达量最高。本研究为进一步阐述LST8在马氏珠母贝生长和发育调控中的作用提供理论基础。  相似文献   

水稻草矮病毒基因组vRNA3 NS3基因的克隆、序列分析及原核表达   总被引：1，自引：0，他引：1  

林丽明  吴祖建  谢联辉  林奇英 《农业生物技术学报》2003,11(2):187-191

摘要: 根据RGSV(rice grassy stunt virus )-IR分离物的RNA3序列设计引物，采用RT-PCR技术扩增出RGSV-SX分离物的NS3基因，并进行序列测定及原核表达。结果表明，NS3基因由588个核苷酸组成，编码22.9 kD蛋白。构建了可在E. coli DH5α中表达的质粒pGTNS3，经IPTG诱导，SDS-PAGE分离纯化得到分子量为49.0 kD的GST-NS3融合蛋白，并制备抗血清。应用Western blot 分析寄主水稻(Oryza sativa)和介体昆虫体内NS3基因表达产物，仅在感病水稻植株中检测到NS3蛋白，而在提纯病毒、介体昆虫体内则未检测到。  相似文献