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1.
中国辽西地区谷子品种遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究中国辽西地区谷子品种的遗传差异,本研究利用28对SSR标记对辽西地区8个推广面积较大的优质高产谷子品种(包括7个谷子育成品种和1个农家品种)进行遗传多样性分析。研究结果表明:有14对SSR引物共检测出43个等位变异,平均每对引物检出的等位变异数为3.07,14个位点的平均多态信息量(PIC)为0.485;遗传相似性(GS)的变化范围为0.071 4~0.857 1,平均值为0.601 9。聚类分析发现8个品种可分为两大类,农家种与育成品种朝谷14聚为一类,其他6个育成品种聚为另外一类。SSR标记的指纹图谱表明运用4对引物可将8份地方谷子品种成功区分开。本研究结果可为辽西地区谷子品种的亲本选配和遗传改良提供理论依据。 相似文献
2.
上海地区水稻已知品种SSR指纹图谱库构建 总被引：2，自引：1，他引：1
用24对引物构建上海地区53份水稻品种的DNA指纹图谱,为当地水稻新品种保护、遗传资源评价及亲缘关系分析提供理论依据和技术支持。结果显示,实验中共检测出109条多态性片段,变幅2~9条,平均每对引物4.5417条多态性片段,有效等位基因数为70.8187,平均每个标记2.9508个;Shannon多样性指数(Ⅰ)平均值为1.1296,变幅0.4949~1.8402;多态性信息含量(PIC)平均值为0.5415,变幅0.2656~0.8001。用24个标记建立53份材料的DNA指纹图谱,这些字符串就构成了这53份材料的“身份证号码”,本实验中,各材料的分子身份证号码是唯一的;聚类分析表明,在遗传相似系数0.21处可以将53份材料分为2个类群,分别为粳稻组和籼稻组,但是组内遗传距离较近。由此可见,上海地区水稻品种的遗传多样性相对狭窄。 相似文献
3.
常规粳稻品种遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2020,(17)
构建常规粳稻品种指纹图谱、分析遗传多样性和筛选特异性标记可以为水稻品种的亲本选配、品种鉴定和分类评价提供理论依据。本研究以长江中下游稻区和东北稻区的粳稻品种为试验材料,利用分布于12条染色体上的SSR标记进行扩增,通过8%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行标记筛选;分别利用POPGENE 1.32软件和NTSYS 2.10e软件进行遗传多样性和遗传相似性分析并采用UPGMA法聚类,PIC-CAL计算多态信息含量PIC。结果从400个SSR标记中筛选到190个多态性标记,对67个粳稻品种进行了遗传多样性分析;观测等位基因数的变化范围为2～6,平均值2.794 7;Shannon's指数的变化范围为0.077 8～1.391 6,平均值0.520 9;Nei's基因多样性指数变化范围为0.029 4～0.707 1,平均值为0.294 2。多样性分析结果显示,长江中下游稻区粳稻品种与东北粳稻品种间、浙江粳稻品种与江苏粳稻品种间有一定的差异,但总体上观测等位基因、Shannon's指数和Nei's基因多样性指数值较低。遗传相似性分析结果显示,变化范围为0.531 6～0.957 9,可区分开长江中下游稻区粳稻品种和东北粳稻品种。利用筛选出的24个多态性标记用于构建指纹图谱和26个特异性标记用于品种判别。67个品种间多样性较丰富,但各地区种植的水稻品种遗传相似性较近。指纹图谱的构建和特异性标记的筛选,为亲本选配、品种权保护、稻米品质的监督与管理提供帮助。 相似文献
4.
《分子植物育种》2021,19(8):2668-2677
本研究利用筛选出的17对多态性高、条带清晰的SSR引物,以来源不同的32份黄瓜栽培品种为材料,进行遗传多样性分析和指纹图谱的构建。结果表明:筛选出的17对多态性引物共检测出78个基因位点,每个引物平均4.59个,其中,多态性扩增位点56个,多态性比例71.8%,引物多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)平均值为0.62,变化范围为0.30～0.87;32份黄瓜栽培品种的遗传相似系数(genetic similarity, GS)介于0.560～0.947之间,平均值为0.797,采用UPGMA法进行聚类,在遗传相似系数(GS)为0.760处可将32份黄瓜品种聚为5类;利用这17对SSR引物构建的指纹图谱能够有效区分所有供试材料,并且为每一份材料建立了一份独特的DNA指纹图谱,该结果可为今后黄瓜新品种选育及品种鉴定提供重要依据。 相似文献
5.
基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记，对21份红甜菜遗传多样性研究。结果表明，InDel标记共得到25个基因位点，24个位点具有多态性，Shannon’s信息指数平均值为0.583，Nei’s基因多样性指数平均值为0.370，等位基因K为2~4个，平均2.4个，平均观测杂合度为0.235，期望杂合度0.398，多态信息含量PIC值为0.330；SSR标记共扩增出28个基因位点，全部具有多态性，平均每个标记扩增出3.5个多态性基因位点，Shannon’s 信息指数平均值为0.926，Nei’s基因多样性指数平均值为0.548，等位基因K为2~7个，平均4.625个，平均观测杂合度0.399，期望杂合度0.587，多态信息含量PIC值为0.523。本研究发现红甜菜品种大多因亲缘关系较近，因此在选育新品种时，建议尽量选择遗传距离较远的品种作为亲本。 相似文献
6.
为建立吊瓜品种的DNA指纹图谱,实现对吊瓜品种的高效鉴定,本研究以5份性状稳定的吊瓜品系为供试材料,开展多态性SSR分子标记引物筛选,并构建吊瓜品系的DNA指纹图谱。结果表明,从54对SSR引物中筛选出的4对核心引物,平均每对SSR核心引物扩增的多态性条带数为7.5条,多态性信息含量(PIC)平均为0.53,5份吊瓜材料间的相似系数为0.2～0.83。利用这4对引物分别构建5份供试吊瓜唯一的DNA指纹图谱,最终确定5份材料均为不同的品系。该研究表明SSR分子标记可于构建吊瓜品种的DNA指纹图谱,为开展吊瓜品种鉴定提供技术支持,同时也有助于对吊瓜新品种的申报和保护。 相似文献
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8.
利用SRAP、ISSR、SSR标记绘制黄麻基因源分子指纹图谱 总被引：3，自引：0，他引：3
以国内外引进保存的231份黄麻种质资源为材料,分别采用SRAP、ISSR、SSR分子标记和编程DNA指纹图谱分析软件,绘制黄麻遗传资源基因组DNA指纹图谱。结果表明,通过筛选出的35对SRAP引物对231份黄麻品种进行标记分析,获得96份黄麻品种DNA指纹图谱;11个ISSR多态性引物对96份材料进行DNA标记分析,获得45份黄麻品种DNA指纹图谱;49对SSR多态性引物对48份黄麻品种进行DNA标记分析,获得13份黄麻品种DNA指纹图谱,累计完成了154份黄麻品种基因组DNA分子指纹图谱绘制。每一个被识别的品种都具有其独特的分子"身份证"。其他77份地方品种因与部分品种遗传相似性过高,未能被识别,表明黄麻地方品种存在较为严重的同种异名现象。 相似文献
9.
《分子植物育种》2020,(13)
利用SSR标记和形态学标记对27个叶用莴苣品种进行DNA指纹图谱分析和遗传多样性分析。从50对引物中筛选出22对引物对叶用莴苣资源进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。形态学鉴定主要调查了26个主要的指标,主要包括叶片性状和植株性状。变性聚丙烯酰胺和毛细管电泳相结合的结果显示共扩增出187种多态性基因型,平均每对引物扩增出8.31种。引物多态信息量(PIC)分布范围为0.42～0.92,平均为0.75。用形态标记和分子标记对27个品种进行聚类分析的结果表明,分子标记聚类分析的结果均可将27份材料分为4组,而形态标记可将材料分为2组,本研究结果为叶用莴苣的品种鉴定提供了科学依据。 相似文献
10.
为鉴定新疆陆地棉品种‘新石K28’，区别与‘新石K28’具有相近遗传背景的材料，保证品种真实性。本研究采用分子标记技术，利用筛选出的30对核心引物对‘新石K28’及亲本材料以及新疆42份陆地棉品种材料进行SSR标记检测，构建‘新石K’系列品种的DNA指纹图谱与QR二维码信息。结果表明，筛选出30对有多态性的SSR引物，共扩增出96个等位点，每对引物可扩增出2～7个位点，平均3.2个等位位点。聚类分析表明，选择在Jaccard系数为0.71水平上，42份棉花材料可聚为四类，棉花材料之间的遗传差异较小、亲缘关系较近。筛选得到的30对SSR核心引物为‘新石K28’的真实性鉴定提供了技术支撑，为该品种登记和植物新品种保护申请提供参考。 相似文献
11.
建立小麦品种DNA指纹的方法研究 总被引：25，自引：1，他引：25
建立小麦DNA指纹对遗传资源评价、品种权益保护、种子质量鉴定具有重要的意义。本研究采用15个SSR标记和20个AFLP-SCAR标记，分析了来自我国不同麦区的455个小麦品种，证明用两种分子标记建立小麦DNA指纹可以更加全面地反应品种的遗传多样性。从而，在提出采用SSR标记与AFLP-SCAR标记构建小麦品种DNA指纹的技术路线的基础上，建立了构建DNA指纹的方法模式。按此方法获得的品种指纹代码可以经条形码软件转换为条形码，使为每个品种建立身份证的设想成为可能。 相似文献
12.
《分子植物育种》2020,(15)
为给薰衣草育种研究提供科学依据,本研究采用SRAP分子标记技术对65份薰衣草种质资源遗传多样性及亲缘关系进行评价,结果表明11对多态性引物共扩增出192个条带,其中多态性条带182个,多态性比率为94.79%。65份薰衣草的遗传相似系数范围为0.510 4～0.885 4,平均值为0.650 2;遗传距离范围为0.121 7～0.693 1,平均值为0.337 3;等位基因数(Na)为1.963 5,有效等位基因数(Ne)为1.555 6,Nei's基因多样性指数(He)为0.320 3,Shannon信息指数(I)为0.479 3。聚类分析把供试材料分为4个类群:第Ⅰ类群包括35份、第Ⅱ类群包括1份、第Ⅲ类群包括1份和第Ⅳ类群包括28份种质。本研究表明新疆薰衣草种质资源的遗传背景相对狭窄,为了创制优异的薰衣草新品种,需要引入更多亲缘关系较远的薰衣草种质资源。 相似文献
13.
小豆是中国重要的食用豆类作物,建立小豆品种鉴定体系有助于品种测试、种子市场监管等工作。本研究选择不同地理来源、表型性状差异较大的12个小豆品种为实验材料,筛选出59对扩增稳定、多态性较高的初选核心引物,在5’端进行荧光标记后,另选择96份小豆品种进行复筛,进一步决选出28对核心引物,构建了182个小豆品种的DNA指纹库。这些引物共检测到245个等位变异,等位变异数范围为2～20个,平均每对引物检测到8.75个等位变异;Nei’s基因多样性指数变化范围为0.27～0.89,平均为0.62;PIC值在0.246～0.877之间,平均为0.583。对核心引物未能区分开的品种进行1个生长周期田间种植对比鉴定,表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果相同。本研究建立的基于毛细管电泳平台的小豆SSR分子标记品种鉴定体系,可用于小豆种质资源鉴定和遗传多样性分析、DUS测试辅助筛选近似品种、品种真实性鉴定等工作。 相似文献
14.
新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析 总被引：6，自引：0，他引：6
以新疆截止2012年审定的23份新彩棉品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从5000对SSR引物中,挑选出多态性高、稳定性好、均匀分布在棉花26条染色体上的52对引物,在23份新彩棉品种中筛选出核心引物47对,SSR扩增检测到多态性基因型位点数共计162个,每个标记检测到的基因型位点数在2~7之间,平均为3.45个;引物多态信息量(PIC)值介于0.4537~0.8686之间,平均值为0.7096。结果显示:在23份新彩棉品种中,14份品种采用特异或特征引物可以一次性区分开,其余9份品种需要采用引物组合来实现区别该品种与其他品种。最少选用18对特异引物及组合引物就可以完全区分开新彩棉1~23号品种。利用18对SSR标记构建了新彩棉1号至23号品种的指纹图谱。利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明:23个新彩棉品种遗传相似系数变化范围是0.3781~0.9298,平均为0.5511,表明新彩棉品种之间存在着丰富的遗传多样性。 相似文献
15.
本研究利用分布于水稻12条染色体上的12个SSR标记构建了太湖稻区10份抗褐飞虱粳稻的DNA指纹图谱,并对粳稻品种之间的遗传相似性进行了分析,旨在为水稻抗性育种、种子纯度鉴定和新品种知识产权保护方面提供支持。研究结果显示:12对引物共检测到35个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为1~6个,平均为2.8个;筛选出3对核心引物(RM336,RM5414,RM190)并建立了10份抗褐飞虱粳稻的SSR指纹图谱;10份粳稻品种之间的相似系数变幅为0.20~0.91,平均为0.63,遗传相似系数在0.50以上的材料占全部的82.22%。UPGMA聚类结果显示:在遗传相似系数0.55处,10份粳稻材料可以分为2个类群。研究结果表明,太湖地区绝大多数抗褐飞虱粳稻品种遗传相似性高,遗传多样性不够丰富。 相似文献
16.
为研究山东省皱皮木瓜品种间的亲缘关系远近,本研究利用PCR结合毛细管电泳法对60份皱皮木瓜种质资源进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.所选用的10对多态性高、带型稳定的引物共扩增出55个多态性位点;观测杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.392和0.590;Shannon信息指数和Nei's遗传多样性指数的平均值分别为1.184和0.585;PIC值在0.238～0.819之间,平均值为0.547;聚类分析结果显示,遗传相似系数变幅为0.55～0.96,说明60份皱皮木瓜品种具有较为丰富的遗传多样性.在遗传相似性系数0.662处可将所有供试材料分为3大类.对60个皱皮木瓜品种进行指纹分析,发现具有特征谱带的品种共19个;采用6对引物组合(Nak2,Nak3,Nak5,Nak6,Nak7和Nak10)的方式构建了能够有效区分60个皱皮木瓜品种的指纹图谱.引物Nak5具有较强的鉴别力,在进行图谱构建及分子鉴定中可优先采用.本研究可为皱皮木瓜的遗传资源管理、良种鉴定提供理论基础,同时为品种选育提供参考依据. 相似文献
17.
旨在为龙眼资源的分子鉴定和变异分析提供技术支持。以85份龙眼种资资源为试材,利用荧光标记的毛细管电泳技术对龙眼资源进行SSR检测、群体多样性和指纹图谱分析。7对SSR引物检测到29个等位基因,每对引物的等位基因数在3～7之间,平均为4.14个。有效等位基因数(Ne)范围在1.52～3.133之间,平均2.175,有效等位基因所占比例为52.49%。群体平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.877;观测杂合度(Ho)的变化范围为0.341～0.782,平均值为0.51,期望杂合度(He)的变化范围为0.342～0.681,平均值为0.514,He的平均值大于0.5。85份龙眼资源遗传距离范围为0.00～0.635,平均为0.299。85份龙眼资源指纹图谱的构建,为生产上同名异物或同物异名的乱象鉴定提供了有效手段。 相似文献
18.
XU Ting-Ting WANG Qiao-Ling ZOU Shu-Qiong DI Jia-Chun YANG Xin ZHU Yin ZHAO Han YAN Wei 《作物学报》2020,46(9):1340-1350
分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究基于大麦的全基因组重测序数据鉴定出的二态性SNP位点,开发出遍布全基因组的118对InDel引物。以49份不同地理来源的大麦种质检测其有效性,筛选出2个等位基因的共显性InDel标记72对,进一步对288份大麦种质进行遗传距离分析及构建系统发育树。结果显示,筛选到32个有效性的核心InDel标记,覆盖大麦7条染色体上,平均PIC为0.44,平均MAF为0.34;基于InDel标记位点的供试大麦的系统发育树结果揭示供试大麦具有丰富的遗传多样性,且能够将具有相同地理来源的多数品种聚为一类。表明开发的32个二态性InDel标记可有效地用于鉴定品种间的亲缘关系,且丰富了大麦品种鉴定的分子标记。上述核心InDel标记在大麦品种鉴定、大麦资源亲缘关系分析以及群体划分方面具有一定的理论意义和应用价值。 相似文献
19.
《分子植物育种》2021,19(11):3653-3660
为了解都匀毛尖茶原产地茶树种质资源遗传背景及差异,本试验利用SSR分子标记技术对都匀茶农村11份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明,15对SSR引物共检测到138个观测等位基因和89.773 2个有效等位基因,平均每对引物扩增9.2个观测等位基因和5.984 9个有效等位基因,Shannon信息指数及多态性信息含量平均值分别为1.975 8和0.810 4,11份茶树资源间遗传距离为0.667 7～3.736 5,说明所有资源的遗传多样性丰富、遗传变异较大。当相似系数为0.30时,11份茶树资源可聚为3个复合聚类。利用5个核心标记获得每份茶树资源的10位数分子指纹编码,构建的分子指纹图谱可快速辨别这些茶树种质资源。 相似文献
20.
为评估东北地区受保护大豆品种遗传多样性,利用40对SSR引物结合荧光毛细管电泳技术,构建了182份东北地区已授予植物新品种权的大豆品种DNA指纹库。182份大豆品种共扩增出266种基因型,每对引物的等位变异数为4～20种不等,平均每对引物产生11.05种基因型。聚类分析结果表明,182份大豆品种之间的遗传相似系数的变化范围是0.4887～1.0000,平均相似系数为0.7785,遗传基础较窄。聚类结果显示,182份大豆品种可聚合成13大类,黑农系列品种间、垦豆系列品种间聚合紧密,遗传基础相对较窄,合农系列品种间、吉育系列品种间、绥农系列品种间距离较远,遗传基础相对较宽。考察3个DNA指纹相同的品种合农75、合丰50号、龙垦335的田间表型,发现合农75与合丰50号表型差异较小,合农75与龙垦335表型差异较大,因此DNA指纹图谱库可以为特异性(可区别性)判定时辅助筛选近似品种提供参考,但品种特异性(可区别性)的最终判定还需要依靠田间种植对比试验。 相似文献