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1.
Weitzman方法是目前研究畜禽资源遗传多样性保护方案的常用方法,它通过估计总体遗传多样性和构建最大似然树,分析品种间遗传多样性的相互关系,以及对遗传多样性最大化保护提供一个优先保护次序。本文系统地介绍了Weitzman方法的原理及其主要指标的计算方法,并以中国18个地方猪种为实例,阐明Weitzman方法在实际畜禽遗传多样性研究及其保护方案中的应用。结果表明:18个地方猪种总的遗传多样性为8 369,期望遗传多样性是5 971.974,约占总体遗传多样性的71.47%;马身猪、香猪、滇南小耳猪和民猪是对总体遗传多样性贡献最大的4个品种;边际多样性最大的4个品种分别为藏猪、马身猪、香猪和滇南小耳猪;保种潜力最大的4个品种分别是金华猪、藏猪、香猪和汉江黑猪。 相似文献
2.
本试验旨在研究藏猪4个类群的全线粒体基因组的群体多样性与系统发育关系。研究共收集120头分布在4个地区的藏猪进行重测序,组装线粒体基因组并对其进行分析。结果表明：西藏藏猪拥有相对高的遗传多样性（Pi=0.00111）;四川藏猪与西藏藏猪的遗传距离相对更近（0.045）。构建系统发育树发现,甘肃藏猪与云南藏猪群体内部相对独立。单倍型分析发现4个藏猪群体存在27个单倍型,西藏藏猪拥有高于其他群体的单倍型分布（12/27）。综上所述,4个地理分布不同的藏猪群体全线粒体基因组存在差异,甘肃藏猪与云南藏猪的系统发育关系揭示了群体内部可能存在近交进而导致遗传距离降低。本研究为进一步更新藏猪类群遗传多样性与遗传结构提供了理论支持,并为藏猪的保种与利用奠定了基础。 相似文献
3.
藏猪是分布在我国青藏高原的一种典型的高原型猪种，由于其极强的耐寒、耐低氧等高原适应性及优良的肉质性状而倍受关注，特别是其作为稀有的种质资源而成为遗传多样性保护首要考虑的问题。作为藏猪群体遗传结构、遗传多样性及遗传资源保护的初步研究，本文采用mrDNAd-loop长度为427bp核苷酸片段对藏猪遗传多样性及系统发生关系进行了分析。在26个合作藏猪个体中发现了20个单倍型，其中19个为其所特有，控制区的核苷酸多样性为0．82，远远高于本研究所分析的其他藏猪群体，据此认为合作藏猪作为特有的遗传资源而应该得到优先保护。同时，通过邻接树和中介网络关系分析表明藏猪起源于亚洲野猪，合作猪是藏猪中早期分化的一个分枝。 相似文献
4.
《中国畜牧杂志》2015,(7)
采用微卫星DNA标记对白洗猪、从江香猪等贵州5个地方猪品种的18个微卫星标记的等位基因进行检测,分析贵州5个地方猪品种的遗传多样性及亲缘关系。结果表明:5个猪品种的平均等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量、Shannon指数分别为3.0000~3.6667、1.7377~2.6471、0.4042~0.5228、0.7941~1.0367;观察杂合度和期望杂合度分为0.3997~0.5633、0.4647~0.6146,表明贵州5个地方猪品种的遗传多样性较国内大多数地方猪品种低;群体间的遗传分化系数在0.0623~0.2556,表明群体变异主要来源于群体内的遗传变异;基因交流在0.7280~5.0637,表明群体间有一定的基因交流。5个猪品种之间的遗传距离为0.2015~0.3723;聚类结果显示,5个猪品种被分为Ⅰ(宗地花猪)和Ⅱ(白洗猪、黔北黑猪、糯谷猪、从江香猪),Ⅱ支又分为Ⅱ1(白洗猪和黔北黑猪)和Ⅱ2(糯谷猪和宗地花猪)。 相似文献
5.
本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。 相似文献
6.
本研究旨在对猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因的多态性进行系统分析,为今后探讨猪BPI基因与疾病抗性的关系提供理论依据。采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外10个猪品种BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异进行检测及序列分析。结果表明:11个猪品种中共检测到AA、BB和AB 3种基因型,2个等位基因,其中野猪、藏猪、荣昌猪和淮猪群体中AA基因型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;外来商业化猪品种中,杜洛克群体AA基因型频率较高。序列分析表明AA基因型与GenBank中的序列一致,BB基因型存在A27G同义突变位点和T118G错义突变位点。基于BPI基因的等位基因频率构建11个猪群体的系统发生树,第1类群包括野猪、淮猪、藏猪、荣昌猪、杜洛克;第2类包括约克夏、长白猪、枫泾猪、梅山猪、二花脸、苏太猪。本研究结果显示,猪群体间基于BPI基因多态性上存在的差异与体型、生产类型及地理分布等因素没有显著的联系。 相似文献
7.
荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。 相似文献
8.
《畜牧兽医学报》2019,(12)
旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区(435 bp)的A+T含量(56.46%)明显高于G+C含量(43.54%),存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样度(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%(3/17);Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇(降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡)群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。 相似文献
9.
试验旨在研究浦东白猪现存群体的遗传多样性及其繁殖性能变化的原因。利用全基因组范围内的遗传标记（SNPs）,对比6个太湖流域地方品种及3个西方引进品种,对浦东白猪的遗传多样性进行了分析。同时利用落入繁殖候选基因内的SNPs,分析了群体的多样性及结构。结果显示,相较于本研究中所选择的太湖流域地方品种及西方引进品种,浦东白猪的遗传多样性较太湖流域地方品种低;除枫泾猪外,浦东白猪繁殖相关SNPs的多态性标记的比例、期望杂合度最低,等位基因丰度仅高于杜洛克猪;主成分分析（PCA）结果揭示浦东白猪繁殖相关SNPs位点仍具有其群体独特性。研究结果揭示了浦东白猪现存群体遗传多样性较低,繁殖性能的退化可能是由于一些有利等位基因的灭绝、繁殖相关基因多态性及个体杂合性的降低所致。但是浦东白猪仍然携带一定数量的有利等位基因且依旧具有其群体独特性,暗示浦东白猪仍具有较高的保种价值。本研究为浦东白猪后期的选育、保种和开发利用提供了一定的参考。 相似文献
10.
5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。 相似文献
11.
GH基因在5个藏猪群体中的遗传多态性分析 总被引：5，自引：0，他引：5
采用PCR-RFLP技术,扩增了5个不同地理类群藏猪群体(工布江达藏猪、米林藏猪、理塘藏猪、迪庆藏猪、合作藏猪)生长激素基因(GH基因)-119bp-+486bp之间的区域,分别用内切酶ApaI及Hin6I检测其多态性。结果表明:(1)从ApaI酶切产生的多态型来看,除理塘藏猪之外,A等位基因在其它4个藏猪群体中频率高于B等位基因;(2)从Hin6I酶切产生的多态型来看,在5个藏猪群体中C4频率较高、C1频率极低,而C3除在工布江达藏猪之外的其它猪种中的频率也很低,其基因型主要表现为C4C4、C2C4、C2C2;(3)利用Hin6I对扩增出的GH基因片段进行酶切电泳,在工布江达、迪庆、合作藏猪中发现一种特异酶切带型,初步判定GH基因在这些个体中可能为多拷贝基因。 相似文献
12.
旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区（435 bp）的A+T含量（56.46%）明显高于G+C含量（43.54%）,存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）和平均核苷酸差异数（k）分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%（3/17）;Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇（降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡）群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。 相似文献
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应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势 总被引：5，自引：2，他引：3
本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。 相似文献
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贵州地方猪品种HSL基因多态性与屠宰性状的关联性研究 总被引：5，自引：0，他引：5
本研究旨在分析HSL基因多态性与地方猪品种瘦肉率之间的相关性。采用RFLP方法,以二元杂交猪（长白猪×大约克猪）为对照,对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的HSL基因进行多态性分析。结果表明,贵州地方猪品种HSL基因外显子1中存在BsaH I酶切片段长度多态性,从3个猪群体中都检测到AA、AB和BB基因型,克隆测序后证实,A等位基因于第442 bp处发生了单碱基突变（G→A）,导致氨基酸Val→Ile替换。地方猪品种以A等位基因占优势,杂交猪以B等位基因占优势。将猪胴体性状与HSL基因型之间进行关联分析,结果显示大部分年龄段的猪品种中,BB、AB和AA 3种基因型的瘦肉率和眼肌面积均表现出从高到低的变化趋势,而背膘厚则完全相反。结果提示,HSL外显子1的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积、降低背膘厚的遗传效应,可作为贵州地方猪品种瘦肉率的分子标记。 相似文献
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本研究旨在系统分析国内外猪种SLA-DQB基因的多态性,以期为进一步研究猪SLA-DQB与疾病抗性的相关性提供理论依据.采用PCR-RFLP方法,野猪、14个中国地方猪种和4个引进猪种SLA-DQB基因第2外显子经限制性内切酶HaeⅢ酶切后,共检测到5个等位基因,9种基因型.其中野猪中仅存在A、B 2种等位基因;家猪群体中出现了野猪群体中所没有的6种基因型和3种等位基因.中国地方猪种与引进猪种相比,RFLP带型较为丰富,五指山猪和淮猪中具有8种基因型,多态性最为丰富.除野猪群体中A等位基因为优势等位基因外,其它所有家猪群体中均以B和C基因为优势等位基因;临高猪中出现其它猪种所没有的D等位基因,表现出独特的特性.本研究结果提示,生态环境和遗传纯度均可能影响SLA-DQB等位基因的多样性,总体上,引进猪种、培育猪种和地方猪种SLA-DQB基因外显子2的基因型分布并不存在明显的差异,但PCR-RFLP带型在具体的品种之间的差别较大. 相似文献
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旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据... 相似文献
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为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
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本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。 相似文献
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本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示：河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数（Fixation indices,Fst）方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。 相似文献