共查询到20条相似文献，搜索用时 15 毫秒
1.
以LysM(PF01476)和Pkinase(PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,在全基因组范围比对分析了苹果(Malus×domestica Borkh.)LysM-RLK家族的成员,对其家族成员的理化性质、进化关系、染色体分布、基因结构等进行了分析;基于已公布的转录组学数据,分析了LysM-RLK基因在苹果组织、发育过程和生物胁迫中的表达情况。通过分析,共获得12个苹果LysM-RLK基因,其氨基酸序列大小介于553~1 053,分子量介于62.65~119.04 kD,等电点介于5.11~7.45,主要位于质膜;根据进化分析将其分为3个亚组,亚组内各成员的外显子—内含子结构呈现较为相似的特征。基因表达数据显示,苹果的4个LysM-RLK基因表达存在较大的组织特异性,7个基因在苹果腐烂病和再植病发病过程中为差异表达。 相似文献
2.
以Malectin（PF11721）、Malectin-like（PF12819）和Pkinase（PF07714）保守域全蛋白序列为种子序列，鉴定桃（Prunus persica）基因组中全部MRLK类受体激酶（Malectin receptor-like kinases）家族成员，并利用转录组测序分析桃绿蚜侵染不同时间MRLK在抗蚜和感蚜品系材料中的表达情况。利用生物信息学手段进行分析，共获得41个MRLK家族成员，这些基因分布在桃的8条染色体上。家族成员氨基酸数量介于391 ~ 1 035 aa，分子量44.05 ~ 115.09 kD，等电点5.38 ~ 9.16。分析系统进化树发现拟南芥、水稻和桃的MRLK家族分为5个亚组，其中桃MRLK家族成员分布在Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ亚组上。亚细胞定位预测显示该家族成员全部定位在细胞膜上。顺式作用元件预测结果显示该家族成员启动子包含光、激素以及响应生物与非生物胁迫的作用元件。桃绿蚜侵染结果表明，桃MRLK家族中19个基因在5个桃材料中均未表达，15个基因在抗蚜品系‘P5868’与其他4个材料之间无差异表达。PpMRLK2、PpMRLK9、PpMRLK22、PpMRLK23、PpMRLK24、PpMRLK26和PpMRLK32在抗蚜品系‘P5868’中表达量比其他品系高，其中PpMRLK26表达量差异显著。进一步分析发现，在抗蚜品系‘P5868’中表达的22个MRLK呈组成型表达，蚜虫侵染处理不会对基因的表达产生影响。综上，推测PpMRLK26可能调控抗蚜品系‘P5868’的抗蚜性状的形成。 相似文献
3.
以L型类凝集素(Lectin-LegB;Pfam:PF00139)和激酶(Pkinase;Pfam:PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,鉴定了苹果(Malus×domestica Borkh.)L型类凝集素类受体激酶(L-LectinReceptor-like kinase,L-LEC-RLK)家族成员,并对其理化性状、进化特征、亚细胞定位、染色体位置和表达模式进行分析。通过鉴定,共获得41个成员,其氨基酸序列大小介于423～1 291 aa,分子量介于47.12～143.27 kD,等电点介于5.50～8.91,其中28个成员位于质膜。根据进化分析将拟南芥、水稻、马铃薯、杨树和苹果等5个物种的L-LEC-RLKs分为8个亚组,苹果L-LEC-RLKs分布于亚组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅷ。染色体位置分析表明苹果L-LEC-RLKs存在多个串联重复。该家族成员在不同组织中存在多样化的表达模式。27个成员在苹果接种腐烂病菌(Valsa mali,Vm)或斑点落叶病菌(Alternaria alternata apple pathotype,AAAP)后存在差异表达。其中,MD15G1226500和MD14G1055200的表达量在两种病害发生后都发生了显著的差异。以上差异基因可作为进一步开展抗病研究和功能分析的候选基因。 相似文献
4.
通过改良的CTAB方法提取桃叶片总RNA,根据桃PGIP基因开放阅读框设计特异引物,以荧光实时定量PCR技术分析低浓度SA诱导处理后桃叶片PGIP基因的表达水平变化.结果表明:0.002 mmol/L SA诱导处理桃叶片后引起PGIP基因表达水平上升,在2h出现峰值,表达峰值时(2 h)的表达量是最低点(8 h)表达量的2.4倍.清水对照在0～8 h内PGIP基因的表达几乎没有变化,由此可见,0.002 mmol/L的SA对桃叶片PGIP基因的表达有促进作用. 相似文献
5.
以RCC1（PF00415）、TNFR_c6（PF00020）和Pkinase（PF00069）保守域全蛋白序列为种子序列,在苹果全基因组范围比对分析了CRINKLY4（CR4）家族成员,对其理化性质、进化关系、染色体分布等进行了分析;基于qPCR分析了CR4基因在苹果腐烂病发生和低温胁迫过程中的表达情况。通过分析,共获得8个苹果CR4基因,其氨基酸序列大小介于668 ~ 1 690,分子量介于71.73 ~ 187.61 kD,等电点介于5.69 ~ 8.66,主要位于质膜;根据进化分析将其分为两个亚组。PCR表达分析结果表明,CR4基因在苹果不同组织和品种间存在不同的表达模式。分别有8个和6个CR4基因在苹果花芽感受低温和接种腐烂病菌后至少在1个时间点发生差异表达。其中,MD03G1068800在花芽感受低温后上调达25倍以上,而MD00G1166500和MD01G1153100在腐烂病发生后上调达150倍以上,以上3个CR4基因可作为后续功能研究的候选基因。 相似文献
6.
7.
《果树学报》2021,(9)
【目的】明确铜胺氧化酶(CuAO)基因与桃果实发育和成熟过程中多胺积累的关系,探究CuAO介导的多胺分解在桃果实成熟中的作用。【方法】采用乙腈浸提法提取黄水蜜桃果实发育过程中的多胺,采用高效液相质谱联用方法测定多胺含量。挖掘并分析桃基因组CuAO基因家族成员在不同组织及桃果实不同发育时期的表达水平,并利用转基因技术验证关键成员在多胺分解代谢中的作用。【结果】多胺含量分析发现,伴随着桃果实发育和成熟过程,多胺含量逐渐降低。在桃基因组中鉴定了4个CuAO候选基因(PpCuAO1～4),各基因呈现明显的组织表达特异性,其中PpCuAO4在果实发育后期受到明显诱导。利用外源多胺处理及转基因技术分析,表明PpCuAO4可能参与亚精胺(spermidine,Spd)的氧化分解代谢。【结论】PpCuAO4介导的多胺分解是导致桃果实成熟过程中多胺积累减少的重要原因。 相似文献
8.
为了探究SAUR(Small Auxin-UpRNA)基因家族成员在桃树(Prunus persica)生长发育中的作用,利用生物信息学方法对桃SAUR家族成员(PpSAUR)进行鉴定,对其染色体定位、基因结构、保守元件、进化关系及基因表达等进行分析,并对PpSAUR5功能进行初步鉴定。结果表明:桃中共有80个SAUR成员,分为12个亚组,不均匀分布在8条染色体上;基因结构显示75个PpSAUR只有1个外显子,余下5个有2～3个外显子;通过分析不同树势(强、中、弱)桃品种的转录组获得18个与树体长势呈正或负相关的SAUR基因,这些基因对外源植物生长调节物质处理响应不同。PpSAUR5对生长素与赤霉素均有响应,功能验证显示PpSAUR5转基因拟南芥幼苗叶柄、下胚轴及根较野生型长,且对NAA与2,4-D处理敏感性降低。研究结果表明PpSAUR5能够促进器官伸长。 相似文献
9.
《果树学报》2021,(8)
【目的】比较不同品种桃果酒的品质特性,明确不同品种桃果酒的优缺点,筛选适宜酿制果酒的桃品种。【方法】以不同肉色的13个品种桃果实为原料发酵制酒,分析桃果酒的感官、理化品质、酚类物质含量、抗氧化能力及甲醇和高级醇含量,对不同品种桃果实的酿酒适宜性进行评价。【结果】原料桃品种对桃果酒品质具有显著影响。不同品种桃果酒的色泽因果肉颜色不同而差异很大,白肉桃果酒褐变明显;酒精度(φ)、总酸、干浸出物含量(ρ,后同)分别为9.43%～11.93%、4.22～6.79 g·L~(-1)和20.60～37.46 g·L~(-1),均符合果酒产品质量标准要求;总酚、总黄酮、花色苷含量(w,后同)和抗氧化活性分别为183.02～437.22 mg·L~(-1)、40.03～212.07 mg·L~(-1)、0～843.29μg·L~(-1)和237.51～661.61μmol·L~(-1),均以万州酸桃果酒为最高,黄肉桃果酒的多酚、类黄酮含量和抗氧化活性均较低;甲醇含量为0.22～0.55 g·L~(-1),以万州酸桃果酒为最高,仓方早生桃果酒最低;高级醇含量为277.63～752.71 mg·L~(-1),以大久保桃果酒为最高,武汉2号桃果酒最低;感官评定结果以万州酸桃、NJC 83、白凤、仓方早生、中农金辉和中桃绯玉表现较优。【结论】不同肉色桃果酒的品质特性存在较大差异,红肉桃品种万州酸桃、中桃绯玉,白肉桃品种白凤、仓方早生,黄肉桃品种NJC 83、中农金辉,比较适宜酿制不同特色的桃果酒。 相似文献
10.
【目的】探索扩张蛋白(EXPANSIN)基因家族在桃抗南方根结线虫过程中的作用。【方法】首先对桃基因组中的EXPANSIN基因家族进行生物信息学分析,然后利用转录组测序对EXPANSIN基因在南方根结线虫侵染免疫型(‘红根甘肃桃1号’)和高感型(‘贝蕾’)桃种质根系后的不同时期的表达丰度进行分析。【结果】桃EXPANSIN基因家族有27个成员,这些成员分布在8条染色体上,以第2和第5号染色体上最多,均为5个。基因结构分析显示,这些基因包含1~5个外显子,大部分EXPANSIN基因包含DPBB_1和Pollen_allerg_1保守结构域,聚类分析将这27个成员分为2大类,其中有8个与拟南芥中已注释的与线虫侵染过程中巨细胞形成有关的蛋白质聚在一起,均属于EXPA亚类。转录组分析表明,这8个EXPANSIN基因在对南方根结线虫免疫和高感2种种质不同时期的表达趋势存在明显差异,其中ppa010314m、ppa010226m在‘贝蕾’中表达量随侵染上调,而在‘红根甘肃桃1号’中上调不明显,这2个基因可能是参与南方根结线虫侵染过程中巨细胞形成的关键基因。【结论】桃EXPANSIN家族成员在结构上高度保守,其中多个成员可能参与调控桃抗南方根结线虫过程。 相似文献
11.
《果树学报》2020,(2)
【目的】原产于贵州雷公山的微毛樱桃(Cerasus clarofolia)种质对根瘤病具有很强的抗性,探索其亮氨酸重复核苷酸结合位点(nucleotide binding site-leucine rich repeat, NBS-LRR)抗病基因进化历程,为克隆樱桃根瘤病抗病基因提供基础。【方法】利用同源序列法从微毛樱桃基因组DNA中克隆NBS-LRR类抗病基因的同源序列,对序列特征、进化信息进行分析。【结果】共获得36条NBS-LRR,其中TIR类型24条、non-TIR类型12条。聚类结果显示,TIR与蔷薇科李属5条欧洲甜樱桃(Prunus avium)、17条桃(Prunus persica)、15条果梅(Prunus mume)、1条甘肃桃(Prunus kansuensis)的NBS-LRR序列聚在一支;non-TIR与李属物种甜樱桃、桃、果梅以及蔷薇科非李属物种白梨(Pyrus bretscheideri)、月季(Rosa chinnensis)的NBS-LRR序列聚在一支。Ka/Ks结果显示,微毛樱桃non-TIR类遭受正向选择,TIR类2个群组遭受纯化,1个群组遭受中性选择;TIR Ks频率远高于non-TIR,TIR Ks有两个分布范围,分别是0～0.3和0.8～1.2,non-TIR Ks在0～0.3;TIR Ks在0.1～0.2分布频率最高,non-TIR在0～0.1分布频率最高。【结论】获得的微毛樱桃NBS-LRR序列有TIR和non-TIR两种类型,系统进化树和Ks分析表明TIR可能更为古老,且微毛樱桃与桃、果梅的进化距离小于微毛樱桃与欧洲甜樱桃,TIR比non-TIR有更大规模的复制,都发生在较近的时期;non-TIR遭受正向选择,TIR遭受纯化和中性选择,TIR与non-TIR进化历程不同。 相似文献
12.
《果树学报》2017,(10)
【目的】溶质(melting flesh,MF)型桃果实的成熟软化依赖于生长素诱导的乙烯合成相关基因的表达,硬质(stony-hard,SH)型桃不软化的原因是其在成熟期IAA的合成受阻导致乙烯不能正常释放。YUCCA编码类黄素单加氧酶(flavin monooxygenase-like),催化吲哚丙酮酸合成IAA。前期研究发现,PpYUC11为控制桃SH肉质性状候选基因,笔者在此基础上继续探讨PpYUC11基因在溶质型和硬质型桃果实中差异表达的原因。【方法】采用实时荧光定量PCR分析其在果实和种子的表达特性,扩增SH和非SH型桃品种PpYUC11基因的上游区域,以期明确该基因在不同桃品种类型的序列特征及时空表达特征。【结果】PpYUC11基因在MF型桃果实成熟期果肉中的表达丰度高于其在SH型桃中的表达丰度,而在2种肉质类型种子中的表达基本没有差异,比较PpYUC11基因的上游调控区域的序列发现,SH型桃相比MF型桃,PpYUC11基因ATG上游约2.1 kb处存在大片段的插入。核苷酸比对发现该片段预测为CACTA型DNA转座子片段,同时基于转座子的标记可以明显区分SH和非SH类型,调控顺式元件分析表明PpYUC11启动子存在多种激素响应元件,其中在插入位点上游100 bp左右存在1个果实特异性元件,暗示该元件参与PpYUC11的组织特异性表达,而转座子的插入可能导致该元件不能与果实成熟相关的转录因子正常结合。【结论】桃SH肉质性状可能由CACTA型DNA转座子插入PpYUC11基因启动子区域所致,本试验不仅为后期选育和鉴定SH型品种提供了可靠的分子标记,同时为进一步解析SH型桃果实的突变机制奠定基础。 相似文献
13.
14.
依据33对SSR荧光引物的扩增结果，从遗传变异和遗传距离角度对中国4个主要栽培区的386个观赏芍药品种的遗传多样性进行评价。结果显示：(1)中国观赏芍药品种资源具有较高遗传多样性，所用SSR引物的多态信息含量(PIC)值介于0.62～0.84，平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)为0.73、0.78，香农信息指数(I)介于1.35～2.08。(2)各栽培地芍药品种的遗传多样性从高到低依次为山东菏泽、河南洛阳、江苏扬州和甘肃临洮。(3)方差分析显示变异主要来自栽培地内个体间，不同栽培地品种遗传分化系数(FST)为0.031，基因流(Nm)为7.795。(4)各栽培地品种间的遗传距离介于0.032～0.123，遗传一致性介于0.884～0.969；主坐标分析和聚类结果显示品种遗传分化情况与栽培地不完全相关。研究表明，中国观赏芍药品种遗传信息丰富，但4个栽培地间遗传分化小，各栽培地间的基因交流强。 相似文献
15.
采集了江苏省主要栽培的8个水芹地方品种的食用器官,分析比较部分营养品质成分的含量及其差异,结果表明:不同品种间食用器官的干物率介于5.69%～9.74%、可溶性总糖含量介于8.55～25.11mg·g-1(FW)、粗纤维含量介于2.61～5.02mg·g-1(FW)、总膳食纤维含量介于29.11～51.05mg·g-1(FW);食用器官干物质的持水力介于444%～1049%、膨胀力介于9.44～17.53mL·g-1,其对铅、镉离子的最大束缚量分别介于242.91～369.16mg·g-1和274.51～346.64mg·g-1、最小束缚浓度分别介于0.02～0.09mmol·L-1和0.01～0.03mmol·L-1,认为水芹是一种优良的膳食纤维类蔬菜。 相似文献
16.
以"南山甜桃"(需冷量200 h)、"瑞光51号"(需冷量400 h)和"春美"(需冷量600 h)为试材,从大量落叶期开始至花芽萌动期间,约每15 d采样一次,RT-PCR分析DAM基因在不同冷量积累时期花芽中的表达量,PLC-MS-MS测定相同时期吲哚乙酸(IAA)、脱落酸(ABA)和玉米素(ZT)含量变化,以期了解不同需冷量桃休眠过程中DAM基因的表达特性及激素的调控机理。结果表明:DAM基因在不同需冷量桃休眠过程中的表达趋势一致,随着休眠的深入,"春美"中DAM基因的表达水平呈先升后降趋势;"南山甜桃"和"瑞光51号"在进入休眠期以后DAM基因表达水平急剧下降,与低温积累量呈负相关。"春美"中DAM基因表达量明显高于"瑞光51号"和"南山甜桃"。"春美"中DAM基因表达水平比"南山甜桃"和"瑞光51号"开始下调约晚30 d,但"瑞光51号"和"南山甜桃"中DAM基因下调的时间一致。IAA、ZT在不同需冷量桃休眠过程中的含量变化差异不显著,ABA含量变化差异显著,可能在休眠解除过程中起重要调控作用。 相似文献
17.
通过生物信息学鉴定桃基因组中生长素/吲哚乙酸(Aux/IAA)基因家族,并对其在溶质型和硬质型桃果实成熟阶段的表达水平进行q RT-PCR检测。结果表明:桃Aux/IAA基因家族包含22个成员,这些基因集中分布在5条染色体上,以第1条染色体上含有最多,为8个。大部分Aux/IAA基因包含高度保守的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ功能域,聚类分析表明其分为10类。基因结构分析显示这些基因包含2~5个外显子。荧光定量PCR分析表明10个Aux/IAA基因在溶质型桃果实的表达量高于对应时期硬质型桃果实,其中5个基因随着溶质型桃果实的成熟上调表达,特别是ppa010303m、ppa010871m和ppa020369m。试验结果表明桃Aux/IAA家族成员在结构上高度保守,其中多个成员(尤其是ppa010303m、ppa010871m和ppa020369m等)可能参与调控桃果实的成熟。 相似文献
18.
《果树学报》2016,(3)
【目的】脂氧合酶(lipoxygenase;LOX;linoleate oxygen oxidoreductase;EC1.13.11.12)作为一种重要的酶,广泛参与植物生长、发育、成熟、衰老及植物抗逆过程,因其重要作用一直是国内外研究的重点和热点。研究利用生物信息学方法对桃LOX基因家族进行发掘和预测,以期为桃LOX家族基因鉴定和功能分析提供基础信息,并在分子水平上为桃品种改良及采后保鲜提供明确的候选基因。【方法】采用生物信息学方法研究了桃LOX基因家族成员数目、系统进化关系、假定蛋白质结构及分类,运用q RT-PCR技术研究LOX基因家族在桃特异组织中的表达模式。【结果】桃LOX基因家族包含13个假定蛋白,9-LOX和13-LOX类型分别有6个成员,另外存在1个特殊类型,与苹果具有相似性;桃LOX蛋白氨基酸序列一致性在33.76%~90.84%;13个LOX家族成员绝大多数是两性氨基酸,9-LOX类型的6个家族成员的理论等电点都小于7,13-LOX类型各等电点没有规律;13个蛋白质的二级结构除ppa017962m外以无规则卷曲为主要构成元件;染色体定位分析表明,LOX家族基因并非平均分布在桃的8条染色体上,其中6号染色体上桃LOX基因分布最多,ppa017962m未定位在任何特异染色体上;q RT-PCR的组织特异性表达结果表明,LOX基因家族主要在果实和茎中的相对表达量较高。【结论】分离并鉴定了13个桃LOX家族基因,其不均匀地分布在桃染色体上;多数桃LOX基因主要在果实和茎部表达;ppa001634m、ppa001082m、ppa001216m、ppa001016m、ppa017962m在果实中的表达量最高,可能参与调控桃果实衰老软化过程。 相似文献
19.
《果树学报》2021,(6)
【目的】鉴定分析桃(Prunus persica)细胞色素P450(Cytochrome P450,CYP450)超基因家族成员,并对Prupe.6G046800基因进行功能分析。【方法】系统分析了桃的CYP450超基因家族功能。采用比对和检索2种方法鉴定桃基因组中的CYP450超家族成员,构建上述基因和拟南芥同源基因的系统进化树并分析其基因结构;运用转录组学数据分析该家族基因组织特异性表达和果实发育时期表达量变化;最后,构建了其中1个重要基因Prupe.6G046800的过表达载体并转化番茄,采用瞬时转化的方法分析该基因的启动子活性。【结果】桃基因组CYP450超家族成员共295个,可分为9个家族簇,其中包含4个多基因家族簇和5个单基因家族簇。未发现CYP727和CYP746家族簇成员,其中CYP71家族簇成员数量最多。组织特异性表达分析显示,CYP450超家族在桃不同组织中均有表达,有145个基因至少在1个组织中表达,以根中特异表达基因数目最多。选择上述表达基因进行基因结构分析,发现桃的CYP450s基因长度跨度大、外显子数量差异明显。分析了CYP450超基因家族在果实发育过程中的表达,发现有45个基因表达量持续下降,36个基因持续上升。将Prupe.6G046800在番茄中进行异源稳定转化,此基因在过量表达的番茄植株不同组织中表达有着显著差异,且明显高于野生型番茄。启动子顺式作用元件分析显示,该基因可能受到光、干旱及激素等信号的调控。【结论】从桃基因组中鉴定出295个CYP450超家族成员,可分为9个家族簇。转录组数据显示,CYP450s基因参与了桃的整个生长发育过程。Prupe.6G046800过表达导致番茄单果质量降低,表明Prupe.6G046800参与果实发育调控。 相似文献
20.
以软溶质型“霞晖5号”、硬溶质型“保佳红”、硬质型“保佳俊”、不溶质型“金童6号”桃果实为试材，采用果实细胞壁降解相关酶活性测定方法，研究了不同肉质桃果实成熟过程中硬度、呼吸强度、细胞壁降解相关酶活性及基因PG21、PME的表达差异对果实软化的影响，以期阐明不同肉质桃果实成熟过程中细胞壁相关酶活性变化差异。结果表明：软溶质型桃“霞晖5号”果胶甲基酯酶(PME)、纤维素酶(Cx)活性高于其它3种肉质类型的桃果实，多聚半乳糖醛酸酶(PG)活性高于不溶质型桃“金童6号”和硬质型桃“保佳俊”,表明PG、PME、Cx活性与软溶质型桃“霞晖5号”软化进程密切相关。4种肉质类型的桃果实β-半乳糖苷酶(β-gal)活性差异不显著，表明β-gal不是影响不同肉质类型的桃软化进程的关键因素。4种不同肉质类型的桃果实在成熟发育后期PG21基因相对表达强度整体呈上升趋势，“霞晖5号”和“保佳俊”PME基因相对表达量在整个果实发育后期均呈上升的趋势，酶活性与相关基因表达量变化趋势基本一致。 相似文献