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1.
中国加工番茄资源遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
基于构建的加工番茄核心种质,从3 026份自交系中选择了代表50年育种历程的615份,分别利用16个表型性状和81个(13对SSR、24对In Del、44个SNP)不同类型的多态性分子标记,对其遗传多样性进行了分析。结果表明,无论是基于表型还是基因型数据,供试自交系聚类结果基本一致,均分为两大群。其中表型聚类包括7个亚群,基因型聚类包括6个亚群。综合分析表型和基因型聚类结果,发现大多数早期(2010年以前)育成的自交系聚为一类,近年(2010年以后)育成的自交系不同程度地分布在两类中,说明近年育成的自交系遗传多样性更为丰富。在不同类型标记中,SNP在亚群中呈现更好的多态性,等位基因数、基因多样性、多态性信息量均明显高于SSR和In Del。 相似文献
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SSR标记遗传距离与结球甘蓝杂种优势的关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《园艺学报》2021,(5)
利用SSR标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从上述材料中挑选15份代表性材料作为亲本,采用完全双列杂交法组配105个杂交组合,对其进行杂种优势分析,同时探究SSR分子标记遗传距离与杂种优势之间的关系。结果发现,不同类群间杂交或同一类群不同亚群间杂交产生的后代杂种优势较强,遗传距离与全株质量中亲优势的相关性达显著正相关,表明基于SSR分子标记划分的类群对于杂种优势的预测具有一定的价值。此外还发现,在105个杂交组合中,全株质量中亲优势最强的10个组合的组配方式均为春甘蓝×秋甘蓝,表明春甘蓝×秋甘蓝可能是一种潜在的杂种优势利用模式。 相似文献
3.
在樱桃番茄育种进程中，遗传多样性丰富的材料有利于进一步培育重要目标性状的品种。利用从鲜食番茄和加工番茄重测序中挖掘和筛选出的48对核心In Del标记对110份樱桃番茄自交系和12个樱桃番茄商业种进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果表明，122份樱桃番茄材料田间表型呈现明显的遗传多样性；48对核心In Del标记在参试樱桃番茄材料中也表现良好的多态性，122份材料的遗传距离为0～0.886 cM，平均遗传距离为0.473 cM；聚类分析结果将122份材料划分为3个主要类群，其中110份自交系分散在不同类群中，且在粉贝贝、粉贝妮所属类群中分布最多。对利用自交系配制的420个F1组合进行综合评价，发现10个入选组合中6个表现产量较好组合的遗传距离接近或大于平均值，表现一定的杂种优势。利用48对核心InDel标记构建了10个组合的亲本和12个商业种的清晰指纹图谱，可将上述材料完全区分。 相似文献
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黄瓜果实苦味基因Bt的初步定位 总被引：2，自引：0，他引：2
以果实无苦味的黄瓜纯合自交系931（btbt）和果实有苦味的纯合自交系46GBt（BtBt）为亲本构建的含有184个单株的F2群体为试材,对其进行SSR标记遗传连锁分析,构建了Bt基因的SSR连锁群。该连锁群包含8个SSR标记,与Bt基因最近的两侧标记为SSR10795和SSR07081,遗传距离分别为0.8 cM和2.5 cM。经验证,两标记检测的正确率均为91.6%。通过与前人发表的高密度图谱比较,将Bt基因定位在黄瓜第5染色体短臂一端3.3 cM范围内。利用黄瓜全基因组测序提供的基因预测、注释结果,发现与Bt基因紧密连锁的两个标记SSR10795和SSR07081之间的物理距离为17 227 kb,在该区域中共预测了536个候选基因。 相似文献
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为探索基于SNP标记的分子遗传距离预测辣椒产量杂种优势的可能,实现辣椒杂种优势早期预测并筛选强优势组合,以12份辣椒自交系为亲本,采用个别分析和分组分析两种方法,开展了全基因组SNP标记为基础的分子遗传距离与产量杂种优势关系的比较。在个别分析中,从12份自交系中随机选取8份自交系,发现遗传距离与产量杂种优势之间存在不规则变化,有62.5%符合遗传距离越远杂种优势越强的规律;在分组分析中,发现随着遗传距离增大,杂种优势值总体呈现上升趋势。说明辣椒亲本间遗传距离越大,获得高产强优势组合的可能性越大,基于SNP标记的遗传距离可用来预测其后代杂种优势。 相似文献
6.
利用重组自交系群体构建番茄AFLP 遗传连锁图谱 总被引：1，自引：0，他引：1
以普通栽培番茄（Solanum lycopersicum）99165-30为母本,野生多毛番茄（Solanum habrochaites）LA1777为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有80个F5︰6家系的重组自交系分离群体,利用荧光AFLP分子标记技术构建番茄分子遗传连锁图谱。AFLP标记采用MseⅠ和EcoRⅠ两种内切酶及荧光标记（IRD-700或IRD-800）的E + 3和非荧光标记的M + 3引物组合进行选择性扩增,扩增结果经95 ℃预变性后在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳2.5 h,运用LICOR 公司的NEN Global Edition IR2 DNA Analyzer（Model 5200 LI-COR Biosciences,Lincoln,NE）荧光扫描检测DNA多态性。对RILs群体中产生分离的274个AFLP标记运用JoinMap 3.0软件分析,得到一张番茄分子遗传连锁图谱,图谱总长度为662 cM,共包括18个主要连锁群,125个多态性分子标记。每条连锁群上的标记数在3 ~ 22个之间,连锁群的长度在14.0 ~ 58.0 cM的范围内,平均图距在 2.27 ~ 13.3 cM。总平均距离5.3 cM,本研究中构建的番茄永久遗传图谱,为番茄分子辅助育种及重要农艺性状的定位奠定了基础。 相似文献
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利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：1
利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体遗传变异较低;基因分化系数为0.081,与AMOVA分析结果8.13%相近,说明2者遗传变异以群体内遗传变异为主;基因流值为5.657,则说明不同国家间桃育成品种交流比较频繁。根据Nei’s基因多样度和Shannon遗传多样性表型指数2指标所得,欧美品种群遗传变异最高,其次为中国,最后为日本。UP-GMA聚类分析结果表明,品种间的遗传距离与系谱关系基本吻合。 相似文献
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对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术，进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明，筛选获得19对多态性较高的SSR引物，通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因，平均多态性等位基因数为6.158个，平均有效等位基因数为3.398个，香农指数平均值为1.372，观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689，多态信息指数平均值为0.643，表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析，在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群，第一类群共45份种质资源，包括引种于不同国家的不同榴莲品种；第二类群共8份种质资源，均为引种于不同国家的猫山王榴莲；第三类群共1份种质资源，是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值，第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析，明确了部分未知种质资源的品种所属，对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现，个体的变异是总变异的主要来源，亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大，不同亚群整体基因流较大，遗传分化... 相似文献
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【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记，分析其遗传变异，了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构，为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料，利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上，进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据，平均Q30值94.99%，包含172 513个多态性SLAF标签，筛选到高质量SNP标记4 133 595个，均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系，反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著，供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生，但野生种到栽培种存在单向的基因流；栽培品种类群存在明显的亚群结构，亚群间存在普遍的基因交流；半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类，矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品... 相似文献
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以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_(2:3)家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_(2:3)家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_(2:3)家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。 相似文献
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基于50年来收集的3 026份加工番茄不同类型种质资源,分别利用20个表型性状和均匀覆盖12条染色体的46个SNP标记,采用5种不同方法（Mstrat、Random、REMC、SBS和SFS）构建了10种初始核心种质。通过对其代表性评价与分析,最终确定了加工番茄最佳核心种质。Mstrat是构建加工番茄亚群核心种质的最佳方法,采用10%抽样比例所构建的302份最佳核心种质GCC1对原始种质的遗传结构和多样性均具有较好的代表性。通过对原始种质群体结构和主成分分析,加工番茄种质资源可分为2个较大的群体,遗传背景分别是基于代表性材料普通栽培番茄E6203和M82,所构建的GCC1核心种质均匀分布在原始种质资源群体。 相似文献
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应用RAPD标记研究39个黄瓜自交系间的遗传关系。在供试的178条引物中, 49条引物呈现出多态性, 共扩增出378 条带, 其中137 条多态。据此所得的聚类图与形态特征相适应, 遗传距离为0.0645～0.5992, 平均为0.2458, 表明自交系间遗传差异较大。选择自交系间遗传距离大、中、小组合各若干, 配制杂交组合60个, 其杂种产量及产量构成的优势表现明显, 变异幅度较大( - 39% ～136% ) ,在遗传距离0.19～0.27的组合中遗传距离与杂种产量及构成因子优势的相关性达显著水平, 与单株产量、单瓜质量、总瓜数超中优势的相关系数分别为0.6207、0.5012和0.3918。选择遗传距离0.24～0.27的组合58个, 与随机配制的60个组合相比, 产量分别比‘津春2号’与‘津优10号’提高10%的入选几率大大提高。 相似文献
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以西瓜抗ZYMV-CH（小西葫芦黄花叶病毒中国株系，Zucchini Yellow Mosaic Virus-CHINA）野生种质P.I.595203和感病自交系98R为试材构建F2群体和F2:3群体，采用BSA法筛选与抗病基因zym-CH连锁的分子标记，并利用以F2S8群体（P.I.296341-FR×97103）构建的西瓜参考遗传图谱进行zym-CH的比较定位。试验结果表明：在参考遗传图谱已经定位的RAPD和SSR标记中，RAPD标记b13-1400与zym-CH的遗传距离为25.6 cM；SSR标记MCPI-14和 MCPI-26与zym-CH的遗传距离分别为57 cM和87 cM，比较分析发现这些标记在两个图谱上的分布呈共线性关系。根据zym-CH与标记b13-1400、MCPI-14和MCPI-26之间的遗传关系，将西瓜抗病毒病基因zym-CH初步定位在西瓜参考遗传图谱3号连锁群105 cM处。 相似文献
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含有ps-2雄性不育基因的番茄材料可通过自交获得100%的雄性不育后代,从而方便地应用于番茄杂交制种。以优良的加工番茄品系92155为父本,以来自保加利亚含有ps-2基因的不育材料CMC1ps2为母本,构建了123个F2代分离群体,育性表型分离比例完全符合孟德尔遗传规律,为隐性单基因。根据番茄形态和分子标记整合遗传连锁图谱,选取相应的SSR、RFLP及COS标记,分别筛选了5对SSR引物、13对由RFLP探针序列转化来的CAPS引物及1对COSⅡ引物。经连锁遗传分析,获得了与ps-2基因紧密连锁的1个SSR标记(SSR450)和1个CAPS标记(命名为TG123),它们与ps-2基因的连锁遗传距离分别是4.9cM和11.6cM,位于该基因两侧,均为共显性标记。这两个标记的获得可直接用于标记辅助育种和杂种纯度鉴定,加速番茄雄性不育的转育与利用。 相似文献
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叶夹角作为株型的重要组成部分,是影响作物光能利用率和产量的重要因素。以叶片上举的161-817为父本,叶片平展的Heinz1706为母本构建F2∶3群体,对番茄叶夹角基因进行精细定位。遗传分析结果显示,叶上举对叶平展表现为部分显性。混池分析结合QTL作图结果显示,番茄10号染色体上存在2个主效QTL(LA1-1和LA1-2)与番茄叶夹角表型有关。其中,LA1-1位于分子标记A-10和A-5之间,遗传贡献率为18.7%,物理距离为1.58 Mb,该区域编码210个基因;LA1-2位于分子标记B-3和B-9之间,遗传贡献率为22.5%,物理距离为378 kb,该区域编码32个基因。 相似文献
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为了更有效地保护、利用石榴种质资源,采用PopGen32软件,利用ISSR标记对中国7个石榴主产区46个石榴品种进行了研究分析。结果表明:7个石榴种群遗传多样性依次为:山东种群>陕西种群>云南种群>河南种群>安徽种群>四川种群>新疆种群;7个种群间的基因分化系数(Gst)为0.1911,表明分布在种群间的遗传变异占总遗传变异的19.11%,种群内遗传变异占81.89%,种群间表现出低水平的遗传分化;群间基因流的估测值(Nm)为2.1169,种群间的遗传相似性(I)变化范围为0.9218～0.9759,表明种群间存在较强的基因流,遗传相似性很高,石榴品种间的遗传多样性能够得以维持。 相似文献
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基于SRAP分子标记的桂花品种亲缘关系研究 总被引：8，自引：0，他引：8
利用相关序列扩增多态性( SRAP) 分子标记, 以柊树[Osmanthus heterophyllus ( G. Don. )P. S. Green ] 和华东木犀(Osmanthus cooperi Hemsl. ) 为对照种, 研究了桂花(Osmanthus fragrans Lour. )88个品种、1个野生种的亲缘关系, 18对SRAP引物共获得296个位点, 其中248个为多态性位点, 多态性比率达83.78%。平均每对引物组合产生16.4个位点和13.8个多态性位点。其中, 银桂品种群的Shanon信息指数( 0.3412) 和遗传多样性指数( 0.2191) 最高。遗传变异估算表明: 桂花遗传分化系数为52.95% , 大部分变异存在于品种群之间, 说明品种群体间遗传分化高。聚类分析结果表明, 以遗传相似系数0.762为截值, 可将91份种质分成6类; 各品种群的品种往往聚在一起; 四季桂品种群与其他品种群遗传距离较远; 色质较深的金桂往往与丹桂品种群的多个品种聚在一起。基于SRAP分子标记的聚类结果与基于形态的传统分类学的结果基本相符。 相似文献
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利用由抗番茄细菌性疮痂病菌T3小种材料PI114490构建的回交自交群体分析其抗性遗传规律,鉴定与抗性连锁的分子标记。从516个SSR、SNP和InDel标记中筛选到72个在亲本之间有多态性的标记。单标记分析结果显示,PI114490对T3小种的抗性由分布于1、3、8和11号染色体上的多个QTL控制,其中11号染色体上的QTL能提供高达56.5%的抗性;分析各回交自交系的基因型发现,这些QTL之间可能存在互作。这为进一步研究PI114490对T3小种的抗性机理和抗病育种提供了参考依据。 相似文献
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对新疆天山地区弯刺蔷薇（Rosa beggeriana）居群进行遗传多样性分析,采用8对AFLP分子标记在5个居群中共检测到191个位点,其中多态性位点47个;各居群平均多态位点百分率为22.72%,Nei's基因多样性指数和Shannon指数分别为0.0904和0.1319,表明弯刺蔷薇存在丰富的遗传多样性。各居群遗传分化系数为0.1333,基因流为3.2513,表明居群间具较高的基因交流,遗传分化水平低,遗传变异主要存在于居群内。遗传相似度和聚类分析显示,各居群间遗传一致性很高,遗传距离较近,亲缘关系较近,并基本上依据地理距离进行聚类。通过与其它野生蔷薇比较分析发现,环境差异对于弯刺蔷薇居群的影响并不明显,其遗传多样性水平相对于其他物种较低,居群间的基因交流频繁,且遗传变异相对较小。 相似文献
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大白菜显性核复等位基因雄性不育恢复基因Msf的SSR标记 总被引：1，自引：0，他引：1
为筛选大白菜核复等位基因遗传的雄性不育恢复基因Msf的SSR标记,用基因型为MsfMs的雄性不育两用系‘AB01’的可育株自交,得到恢复基因型纯合个体MsfMsf。再用其与基因型为msms的自交系‘a20’杂交和连续回交,获得BC4分离群体。筛选了104对SSR引物,获得3个与雄性不育恢复基因Msf连锁的SSR标记syau_m13、syau_m14和BRMS-040。经群体验证和连锁分析,Msf基因位于R07连锁群上,3个标记位于Msf基因的同一侧,距Msf基因的遗传距离分别为6.7、6.7和8.6 cM。 相似文献