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miRNAs(microRNAs)是一类非编码的小分子RNA,在许多生物学过程中起重要调控作用.最近研究表明,miRNA也参与植物对寒胁迫的应答,使植物耐寒性增强.本研究用已知miRNA序列,基于序列相似性分别搜索小麦属中小麦和大麦寒胁迫及非寒胁迫来源的EST数据,根据碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等标准,鉴定可能为miRNA前体的EST序列.结果表明,在小麦中总共获得199条可能为miRNA的EST,分别属于22个miRNA家族,其中9条来源于寒胁迫相关的EST,分别属于2个miRNA家族;在大麦中一共获得31条可能为miRNA的EST,这些序列均来自于非寒胁迫相关的EST,分别属于7个miRNA家族,而在寒胁迫来源的EST中没有鉴定出候选miRNA序列. 相似文献
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为开发出具有丰富多态性的、新型的小麦EST SSR标记,利用已公布1071367条小麦表达序列标签（expressed sequence tags,EST）序列,对≥24bp的微卫星或简单重复序列进行了系统分析。结果表明,在所分析的小麦EST序列中,搜索到长度大于或等于24bp,基序匹配值大于80%的SSR序列32350个。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达18075个,占SSR总数的559%;其次为3核苷酸SSR,共6106个,占SSR总数的187%,重复数大于30次以上的达444个,占所有3核苷酸SSR的72%。4核苷酸SSR数量最少,仅有696个,仅占SSR总数的22%。研究中收搜索到的6核苷酸SSR共1562个,其基序组成可分为145类,优势基序为AGCCGC（达214个）。以上结果说明小麦EST序列中含有丰富的SSR,这非常有利于开发多态性较高的EST SSR标记。 相似文献
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小麦主要病害的抗病基因研究进展 总被引：2，自引：0，他引：2
综述了小麦白粉病、锈病、赤霉病以及其它病害抗病基因的研究进展，介绍了小麦抗白粉病、抗锈病基因的来源、定位、分子标记及其代表品种，筒述小麦抗病基因在生产上的应用，并对目前小麦抗病育种中存在的问题进行了探讨。 相似文献
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研究利用已公布的7368条小麦条锈病菌表达序列标签（expressed sequence tags, EST）序列,对其EST序列中的微卫星（microsatellite）或简单重复序列（simple sequence repeats, SSRs）进行了系统分析。结果表明,在已公布的7368条小麦条锈病菌EST序列中,共有2642个SSR序列（长度大于15bp,匹配值大于80%）,相当于平均3条EST序列中分布有1个SSR序列。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达2320个,占SSR总数的87.8%;其次为三碱基SSR,数量为137个,约占SSR总数的52%;五碱基重复的SSR数量最少,为34个。且有的SSR的重复数较多,这将有利于小麦条锈病菌SSR分子标记的开发与应用。 相似文献
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小麦叶锈菌特异分子标记建立 总被引：1，自引：1，他引：0
利用21对EST-SSR引物、30对SSR引物及40对小麦叶锈菌EST引物,以小麦条锈菌为对照,对小麦叶锈菌基因组DNA进行PCR扩增筛选。三类引物在小麦叶锈菌和小麦条锈菌基因组中分别扩增出55、77、53个稳定条带,其中多态性条带分别为25、36、12个,平均多态性百分率分别为45.45%,46.75%,22.64%。每对引物等位基因数为1~9,3种引物平均等位基因数分别为2.6、2.6、1.3。2对小麦叶锈菌中单一等位基因的EST引物EST-6和EST-23可在小麦叶锈菌中分别扩增出625和384bp的特异片段。进一步用其他6种锈菌和小麦散黑穗病菌对这2个特异引物进行检测,均未扩增出其特异性片段,表明引物EST-6和EST-23在小麦叶锈菌中具有特异性。 相似文献
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小麦近缘属物种中具有许多优良性状,为小麦遗传改良提供非常重要的基因资源.根据定位在普通小麦2B染色体长臂上的EST(expressed sequence tag,EST)序列开发了55个标记,在普通小麦品种中国春、二倍体山羊草(Aegilops longissima,genome S1S1;Aegilops geniculata,genome M8M8)、四倍体山羊草(Aegilops peregrina,genome SpSpUpUp)、黑麦(Secale cereal'BLANCO',genome RR)、大麦(Hordeum yulgare,'BETZES',genome HH)及这些物种在中国春背景下的二体异附加系中进行PCR扩增.结果表明:19个标记(占34.5%)至少能够在1个近缘种中有特异性扩增,筛选出2R、2H、2S1、2Mg、2Sp和2Up染色体的特异标记分别为11、8、5、2、8和3个.这些基于EST序列开发的特异分子标记可以有效地检测和追踪导入小麦背景中的外源第二部分同源群染色体(片段). 相似文献
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小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图 总被引：5，自引：1，他引：4
【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。 相似文献
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【目的】构建小麦D基因组供体粗山羊草根和叶的全长cDNA文库，探讨利用生物信息学方法分析发掘组织特异性表达基因的可行性。【方法】本研究利用Cap-trapper方法构建全长cDNA文库，利用高通量测序技术获得大批高质量EST序列，在基于Linux系统的本地化生物信息学分析平台上对上述EST进行了电子注释分析。【结果】成功构建了粗山羊草根和叶的全长cDNA文库，测序获得根EST序列6 973条和叶EST 6 616条。利用本地化数据分析平台对其进行功能注释。利用GO-Diff软件，发现了两个文库间表达基因的功能差异，找到组织间表达差异显著的基因和组织内特异性表达的基因。【结论】利用构建的全长cDNA测序获得大量EST序列，通过生物信息学方法挖掘差异表达或特异性表达基因的方法是可行的。 相似文献
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对不同发育时期花药地氧化物酶和酯酶同功酶的电泳分析表明,Ｋ型不育系ＰＯＤ同功酶与保持系基本一致,ＥＳＴ同功酶与保持系差异显著;而Ｔ型不育系ＰＯＤ和ＥＳＴ同功酶带数和活性单核期之后少于或低于保持系同功酶。 相似文献
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用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系 总被引：7，自引：0，他引：7
存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了 相似文献
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对6个不同生态类型小麦品种及其完全双列杂交F1幼穗分化特点和穗分化杂种优势的研究表明,杂种幼穗分化各主要时期普遍存在杂种优势;不同生态类型组配方式的杂种穗分化优势不同;穗分化杂种优势与产量杂种优势具有一定相关关系;黄淮麦区杂交小麦最佳生态组配方式为春性品种×冬性品种。 相似文献
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几种作物GA受体的同源性比较 总被引：1，自引：0，他引：1
隋炯明 《青岛农业大学学报(自然科学版)》2009,26(4):309-312
目前,在水稻中已克隆出GA受体GID1基因,其功能丧失会导致植株矮化。同时,在拟南芥中也克隆出3个相关的GA受体基因。根据它们氨基酸序列的保守区设计简并引物,在不同作物中进行扩增。扩增产物进行回收及测序,根据这些片段的序列从数据库中得到对应的EST序列和氨基酸序列。结果表明:水稻与高粱、小麦、玉米(GID1A和GID1B)和棉花中GA受体的氨基酸序列具有较高的同源性,分别为81.44%、81.36%、80.50%、79.14%和63.13%。 相似文献
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CIMMYT小麦PBW343和Muu中条锈和叶锈成株抗性QTL分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为发掘CIMMYT小麦品种PBW343和Muu中条锈和叶锈成株抗性基因,以PBW343与Muu杂交的146个F6代重组自交系为材料,种植于田间调查鉴定,并利用31个SSR标记、16个EST标记和502个DArT(Di-versity Arrays Technology)标记构建连锁图,采用复合区间作图法进行小麦条锈病和叶锈病的成株抗性QTL分析,发现了2个控制小麦抗条锈病和1个控制小麦抗叶锈病的QTL,分别位于2AL、2BL和5BL上,解释8.89%,10.81%和12.82%的表型变异,3个QTL均来自小麦品种Muu。这2个小麦抗条锈QTL和1个抗叶锈QTL的发掘,将为小麦抗病育种提供理论和技术支持。 相似文献
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通过对小麦叶锈菌群体毒性多态性和EST-SSR多态性分析,为河北省小麦抗病品种的培育和合理利用提供依据。利用34个小麦抗叶锈近等(单)基因系和21对EST-SSR引物对河北省唐山、秦皇岛、沧州、保定、石家庄、邢台和邯郸的30个单孢子分离纯化小麦叶锈菌株进行毒性和DNA多态性分析。结果表明:30株小麦叶锈菌菌株间毒性相似性较高,相似系数为0.70~1.00,分子遗传多态性的相似系数为0.80~1.00。部分地理来源相同的菌株聚在同一亚组,表明小麦叶锈菌株地理来源与毒性多态性和遗传多态性有一定的相关性,但毒性多态性和SSR分子多态性相关性不明显。 相似文献
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小麦磷转运蛋白基因TaPT4的克隆和表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
在富集低磷响应基因的小麦根系cDNA差减杂交文库中,测序后获得1个与大麦磷转运蛋白基因HvPT4高度同源的表达序列标签TaPT4-EST。经BLAST分析获得该EST对应的全长cDNA,将其命名为TaPT4。TaPT4的cDNA全长为1 927bp,编码537个氨基酸残基,编码蛋白含有12个跨膜保守域。系统进化分析表明,TaPT4除与HvPT4具有较高的相似性外,还与呈高亲和特征的黑麦磷转运蛋白基因PT和小麦磷转运蛋白基因PT1高度同源。TaPT4在叶中的表达为组成型,在根中的表达受到低磷诱导;此外,无论在低磷处理还是正常供磷条件下,TaPT4在根中的表达均表现明显的昼夜节律特征,表现为随照光时间延长而表达增高,进入暗期后表达减弱。上述结果表明TaPT4可能是归属于高亲和特征的小麦磷转运蛋白,在增强小麦在低磷逆境下的磷素吸收中发挥着重要作用。 相似文献