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用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系 总被引：7，自引：0，他引：7
存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了 相似文献
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基于全长cDNA序列的小麦cSNP发掘 总被引：1，自引：1，他引：0
以测序得到的来自小麦不同基因组的基因序列为源序列,用AutoSNP软件,在GenBank中的小麦EST库中检测到一批cSNP,开辟了一条发掘小麦基因组特异候选cSNP的新途径。在2089个源序列中,检测到1 296个cSNP,其中有397个来自A基因组,322个来自S基因组,420个来自D基因组;另外,A和D基因组共有的SNP有154个,A和S,S和D,A、S和D基因组共有的SNP各仅有1个,这一结果也同时表明,小麦的3个基因组供体种中,A、D基因组关系比较近,而它们与S基因组的关系比较远。统计分析表明,小麦中SNP出现的频率约为0.914‰。 相似文献
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