共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
《畜牧兽医学报》2015,(5)
旨在探明美洲水貂黑素皮质激素受体-1(Melanocortin-1receptor,MC1R)基因序列结构特征及其对皮毛颜色的调控机制。根据欧洲水貂MC1R基因(GenBank登录号:AB189820)核苷酸序列设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定美洲短毛黑水貂MC1R基因完整编码区序列(CDS),并对该序列进行了BLAST比对及生物信息学预测和分析。结果表明,获得的美洲水貂MC1R基因与欧洲水貂相似性为95%,为单一外显子基因,核苷酸序列长度为1 324bp,包括部分5′UTR(188bp)、CDS(954bp)和3′UTR(182bp),编码区碱基G+C含量高达66.04%,由CDS推导共编码317个氨基酸,预测的MC1R蛋白理论分子质量为34.49ku,等电点(PI)为8.97,不稳定系数是36.63,属于弱碱性稳定蛋白质。进一步分析发现,美洲水貂MC1R基因编码的蛋白存在1个低复杂度结构域和7个典型的跨膜区,N-端不存在信号肽,定位于细胞质膜,具有典型的细胞膜受体结构。分子进化分析显示,美洲水貂与欧洲水貂亲缘关系较近,与二者均属鼬科、鼬属动物的传统动物分类学一致。美洲水貂MC1R基因的获取及序列结构特征分析为揭示其皮毛颜色多样性的分子遗传学机制奠定了详细的生物信息学基础。 相似文献
2.
绵羊MC4R基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在对绵羊MC4R基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛MC4R基因序列设计引物,采用PCR技术克隆绵羊MC4R基因序列,并利用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;同时对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆的绵羊MC4R基因全长1 919 bp,含有999 bp的完整CDS编码区,编码332个氨基酸。其CDS编码区的核苷酸序列与牛、人、猪、大鼠、小鼠MC4R基因对应序列的同源性分别为95.2%、68.8%、82.7%、76.6%、77.1%,预测的氨基酸序列同源性分别为97.0%、92.8%、93.7%、92.2%、91.6%。组织表达谱分析表明MC4R基因在各组织均不同程度的表达,其中在大脑表达量很高,其他组织较低。生物信息学预测MC4R蛋白功能发现,绵羊的MC4R蛋白存在7个跨膜螺旋结构域,同时预测MC4R存在10个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点。结果表明,MC4R是一个非常保守的蛋白,在绵羊的生长发育中起着重要作用。 相似文献
3.
为进一步分析黑色素皮质激素受体-1(melanocortin-1 receptor,MC1R)基因的分子特性,利用生物信息学方法对GenBank中已报道的赤狐MC1R基因完整编码区序列的碱基组成特点及其编码蛋白的结构特征进行了预测及分析,构建了12个物种MC1R蛋白的系统进化树。结果表明,赤狐MC1R基因编码区序列长度为954 bp,共编码317个氨基酸,为单一外显子,G+C含量高于A+T,编码的蛋白质是一种分子质量为34.8694 ku,等电点为9.13的亲水性稳定碱性蛋白;存在7个强跨膜区、7个广泛磷酸化位点和1个潜在的蛋白激酶C磷酸化位点(第157位的苏氨酸),α-螺旋为其主要二级结构元件;属于G蛋白偶联受体家族一员,包括多个潜在重要功能基序;同源性分析与分子进化树结果均表明,赤狐与北极狐、狗和貉的亲缘关系最近。 相似文献
4.
水貂黑素皮质素受体-4基因部分序列的克隆测序 总被引：2，自引：2，他引：0
对水貂黑素皮质素受体-4(MC4R)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展水貂MC4R基因与其肥胖性状的相关分析及基因定位等研究提供理论基础。首先采用特定引物对水貂MC4R基因进行PCR扩增、克隆和测序,然后用DNAMAN软件拼接MC4R基因全序列,并进行序列的同源性分析。试验获得水貂MC4R基因序列816 bp。水貂MC4R基因序列与同一种属的水獭的同源性最高,达96%,而与犬、狐、大熊猫、河马、野猪、山羊、人及小鼠这些哺乳动物的同源性在89%～95%之间,另外,与贝加尔湖海豹和加州海狮的同源性也较高,均为94%。本研究成功克隆了水貂的MC4R基因,结果表明,其在物种间具有较高的保守性。 相似文献
5.
鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：1，他引：6
黑素皮质素受体-4（Melanocortin receptor-4,MC4R）是其黑素皮质素受体MCR（MC1-5R）家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。 相似文献
6.
细毛羊黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与黑色素生成的关系及该基因突变导致毛色发生改变的机理,研究采用RT-PCR和PCR等技术克隆得到了白色东北细毛羊MC1R基因长1 093 bp的cDNA片段,编码364个氨基酸,其中包括70个氨基酸信号肽和294个氨基酸的成熟肽,具有7个跨膜结构域。结果表明:细毛羊cDNA与绵羊、牛、马、人、小鼠、犬等同源性均大于91%,氨基酸序列与其他动物的同源性高于89%;除绵羊外与其他动物相比有5处发生突变,且这5处突变均位于MC1R蛋白跨膜结构区;而细毛羊和绵羊之间只有1处发生突变,由K→M,同源性达98.97%。说明细毛羊与绵羊的亲缘关系最近。 相似文献
7.
为了比较白绒乌骨鸡和河田鸡的黑素皮质素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因序列的差异,试验以NCBI上的红原鸡MC1R基因序列(AB201630)为参照,进行PCR扩增和基因序列比对,并分析了氨基酸序列与蛋白质结构。结果表明:白绒乌骨鸡和河田鸡MC1R基因的序列长度均为945 bp,河田鸡与红原鸡序列同源性为99. 70%,白绒乌骨鸡与红原鸡序列同源性为99. 20%,而河田鸡与白绒乌骨鸡序列同源性为99. 0%;河田鸡相对于红原鸡有2处突变(T143A和C213R),白绒乌骨鸡相对于红原鸡有6处突变(M71T、E92K、L133P、A137T、C213R和H215P),河田鸡相对于白绒乌骨鸡有6处突变(M71T、E92K、L133P、A137T、A143T和H215P);河田鸡和白绒乌骨鸡MCIR基因的二级结构区中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲所占比例分别为55. 73%、8. 92%、35. 35%和52. 55%、12. 42%、35. 03%,均有7个跨膜区,白绒乌骨鸡和河田鸡的三维结构差异主要发生在跨膜区;在鸡形目动物中,MC1R基因具有较高的保守性。说明白绒乌骨鸡MC1R基因突变导致其编码的氨基酸序列H215P异常,推测鸡体内抑制黑色素在羽毛沉积的表征可能由该突变导致。 相似文献
8.
黑素皮质素受体1(Melanocortin-1 Receptor,MC1R)是一种7跨膜结构G蛋白耦联受体,在鸟类羽色形成中起着重要作用。为探讨MC1R对太湖鸽特殊羽色形成的影响,本实验利用PCR和直接测序法对太湖鸽、乌鸽和白卡奴鸽MC1R基因编码区进行扩增,并对不同鸽种MC1R基因序列进行差异性分析。结果表明:鸽MC1R基因编码区全长942 bp,共编码313个氨基酸,存在7个跨膜结构;白卡奴鸽与乌鸽的MC1R基因编码区核酸序列基本一致,黑羽和棕羽太湖鸽的MC1R基因序列没有差异,而太湖鸽与其他2个鸽种分别于279bp(A>G)和520bp(G>A)处存在碱基差异,其中G520A造成了氨基酸(Ser174Gly)的改变,推测该位点突变与太湖鸽特殊羽色形成有关。 相似文献
9.
《畜牧与兽医》2017,(12):70-74
为了解水貂Toll样受体5(TLR5)蛋白的结构特征和遗传演化关系,采用RT-PCR方法从水貂肺脏组织总RNA中扩增出TLR5基因的片段,经拼接获得全长编码区序列。序列全长2 577 bp,编码858个氨基酸,含172%的亮氨酸,并有一段20个氨基酸的信号肽序列。蛋白预测结果表明,该分子具有亲水性,由胞外区(具有LRR结构域)、跨膜区和胞内区(具有TIR结构域)组成,表现出典型的TLR家族结构特征;同源性分析结果显示,与蒙眼貂同源性最高,达97%以上,与海象、大熊猫和北极熊同源性80%以上,与其他物种同源性大都在70%以上。水貂TLR5基因序列的成功克隆为进一步研究其在水貂机体免疫应答中的作用奠定了基础。 相似文献
10.
为进一步探明美洲水貂酪氨酸酶(TYR)基因的结构和功能信息,对美洲水貂TYR基因编码蛋白进行生物信息学分析,同时构建TYR基因的系统发育树。结果表明:美洲水貂TYR基因共编码531个氨基酸,其编码产物为不稳定的亲水蛋白;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主,含有1个酪氨酸酶超家族结构域,存在信号肽、跨膜结构域和二硫键;该蛋白主要在内质网中发挥细胞被膜、运输和结合的作用,同时还通过信号转导在细胞内发挥其生物学作用;系统进化情况和动物分类学基本一致,美洲水貂TYR基因与雪貂、家犬的亲缘关系最近。美洲水貂TYR基因编码蛋白在生物进化中具有较强保守性,该基因结构和功能的分析为水貂TYR基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。 相似文献
11.
《畜牧与兽医》2020,(5)
探究水貂酪氨酸酶相关蛋白2(TYRP2)基因的分子结构特性及其调控被毛色素沉积的生理功能。利用比较基因组学方法基于水貂皮肤转录组测序获得的TYRP2基因完整编码区(CDS)核苷酸及其编码氨基酸序列的结构特性开展了系统的生物信息学预测及比较基因组学分析。结果:RNA-seq获取的水貂TYRP2基因长度为3 385 bp,CDS长度1 554 bp,共编码517个氨基酸。进一步分析发现,TYRP2编码蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,属混合型二级结构,为酸性不稳定亲水蛋白质;含有1个信号肽,1个跨膜区,形成8对二硫键,包括46个磷酸化位点与7个糖基化位点,179～409位氨基酸为酪氨酸酶家族共有核心结构域。亚细胞定位显示,水貂TYRP2蛋白位于细胞外,属一种分泌型蛋白,主要在细胞内质网中发挥其生物学功能。编码氨基酸序列比对表明,水貂与其他10个食肉目物种TYRP2基因编码氨基酸序列均存在2个保守的铜离子结合位点:CuA和CuB。水貂TYRP2基因鉴定及序列分析为解析其调控被毛色素沉积的生理功能提供了详尽的生物学基础信息。 相似文献
12.
《中国家禽》2021,(11)
为研究影响太行鸡不同羽色性状的重要候选基因MC1R的表达及生物信息学特性,试验以太行鸡麻、白两种羽色为研究对象,采用PCR克隆、实时荧光定量PCR技术和生物信息学分析进行探讨。测序结果显示:太行鸡MC1R基因CDS序列为945 bp,编码蛋白为314个氨基酸;蛋白理化性质分析发现,MC1R蛋白存在7个跨膜区,为跨膜受体;CDS区序列比对发现,太行鸡MC1R基因存在c.637CT的突变,突变造成编码氨基酸mRNA二级结构和编码蛋白空间结构发生改变;实时荧光定量PCR检测发现,太行鸡麻羽品系毛囊中MC1R的表达量极显著高于白羽品系(P0.01)。研究结果表明:MC1R基因的c.637CT突变显著影响太行鸡的羽色,可以作为太行鸡羽色选育的候选分子标记。 相似文献
13.
为了研究黑素皮质素受体1(MC1R)基因与家鸡、家鸽羽色的相关关系,根据Gen Bank上原鸡MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3(V.0.4.0)在编码区设计1对引物PE,试验以家鸽和边鸡DNA为模板,PCR扩增,测序,分别获得长度为303 bp和335 bp的基因片段。结果表明:家鸽与原鸡MC1R基因核苷酸序列存在10处变异,边鸡与原鸡存在3处变异,其序列相似性分别为95.71%、99.10%。二级结构分析结果表明,家鸽和边鸡α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为47.92%、31.25%、20.83%,64.80%、21.90%、13.30%,均有2个跨膜区。针对2个物种氨基酸序列同源与变异预测其三级结构,结果表明,MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。 相似文献
14.
参考鸡Toll样受体2(TLR2)基因序列设计6对特异引物,采用PC R方法从鸭基因组中扩增得到鸭TLR2基因全序列。结果表明:克隆的鸭TLR2基因编码区全长2 382 bp,由1个开放阅读框组成,编码793个氨基酸,其中亮氨酸为14.2%,含有24个氨基酸的信号肽序列,属于I型跨膜受体,具有富含亮氨酸的重复序列(LR R)和Toll/IL-1R(TIR)同源区结构域;与鸡、人、猪、鼠和牛TLR2基因的同源性依次为80.0%、63.5%、61.4%、60.0%和58.4%,表明该基因是一个比较保守的基因。 相似文献
15.
本研究旨在从水貂卵巢组织中克隆催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因编码区全长序列,并进行生物学信息分析,为研究其结构和功能奠定基础。根据GenBank中登录的犬PRLR基因的mRNA预测序列(登录号:XM_025436332.1)设计1对引物,采集性成熟的健康水貂卵巢组织样本,提取RNA并反转录合成cDNA,以cDNA为模板PCR扩增PRLR基因,将其插入pEASY-Blunt Simple Vector中,筛选阳性克隆测序后进行生物信息学分析。结果显示,水貂PRLR基因编码区序列全长为1 878bp,编码了625个氨基酸,水貂PRLR基因核苷酸序列与海獭同源性最高,为97.7%。系统进化树分析也显示其和海獭亲缘关系最近。对水貂卵巢PRLR基因编码蛋白进行生物信息学分析表明,PRLR蛋白含有1个信号肽,1个细胞外区域,1个跨膜区和1个膜内区;水貂PRLR蛋白为单次跨膜蛋白,其N端的D1部分含有2对保守的二硫键(Cys36—Cys46和Cys75—Cys86),D2部分含有保守的WS-基序(WS-E-WS)。水貂PRLR蛋白具有和其他PRLR蛋白相似的膜外和膜内结构。本试验结果为进一步研究和揭示水貂PRLR蛋白的结构及功能奠定了基础。 相似文献
16.
本研究旨在从水貂卵巢组织中克隆催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因编码区全长序列,并进行生物学信息分析,为研究其结构和功能奠定基础。根据GenBank中登录的犬PRLR基因的mRNA预测序列(登录号:XM_025436332.1)设计1对引物,采集性成熟的健康水貂卵巢组织样本,提取RNA并反转录合成cDNA,以cDNA为模板PCR扩增PRLR基因,将其插入pEASY-Blunt Simple Vector中,筛选阳性克隆测序后进行生物信息学分析。结果显示,水貂PRLR基因编码区序列全长为1 878bp,编码了625个氨基酸,水貂PRLR基因核苷酸序列与海獭同源性最高,为97.7%。系统进化树分析也显示其和海獭亲缘关系最近。对水貂卵巢PRLR基因编码蛋白进行生物信息学分析表明,PRLR蛋白含有1个信号肽,1个细胞外区域,1个跨膜区和1个膜内区;水貂PRLR蛋白为单次跨膜蛋白,其N端的D1部分含有2对保守的二硫键(Cys36—Cys46和Cys75—Cys86),D2部分含有保守的WS-基序(WS-E-WS)。水貂PRLR蛋白具有和其他PRLR蛋白相似的膜外和膜内结构。本试验结果为进一步研究和揭示水貂PRLR蛋白的结构及功能奠定了基础。 相似文献
17.
MC1R基因在不同毛色太行山羊皮肤组织中的表达 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国畜牧杂志》2017,(3)
本研究旨在研究太行山羊MC1R基因在不同毛色皮肤组织中的表达规律。运用RT-PCR方法从纯黑色太行山羊皮肤组织中扩增了MC1R基因的编码区序列,运用生物信息学方法分析了其编码蛋白的结构特点,利用实时荧光定量PCR技术,对4种不同毛色(纯黑、纯白、黄褐、黑斑白)各4只太行山羊,共计16个个体的皮肤组织进行mRNA表达研究。结果表明:MC1R基因CDS区长954 bp,编码317个氨基酸,其编码蛋白是G蛋白偶联受体家族的成员;同源性比对和进化树结果显示,与绵羊、家牛和水牛同源性较高;荧光定量结果显示,MC1 RmRNA在纯黑色个体皮肤组织中表达量最高,黄褐色次之。本研究结果为进一步研究该基因在毛色形成中的作用以及对纯黑色太行山羊的纯繁选育奠定基础。 相似文献
18.
【目的】试验旨在对美洲水貂(Neovison vison)褪黑素(N-acetyl-5-methoxytryptamine, MT)合成的限速酶5-羟色胺-N-乙酰基转移酶(aralkylamine N-acetyltransferase, AANAT)基因进行克隆和生物信息学分析,为探究AANAT基因在水貂中的生物学功能提供参考。【方法】对水貂尾静脉采血后提取DNA,利用同源重组的方法克隆AANAT基因并分析其编码区(CDS)序列,推导成氨基酸序列后进行相似性比对及系统进化树构建,并对AANAT蛋白进行生物信息学分析。【结果】水貂AANAT基因序列长约1 631 bp, CDS区长504 bp,可编码167个氨基酸。水貂AANAT氨基酸序列与雪貂相似性最高(98.2%),系统进化树分析也显示其与雪貂亲缘关系最近。生物信息学分析结果表明,水貂AANAT蛋白为疏水性蛋白,无跨膜结构域和信号肽,主要分布于细胞质中,有5个抗原结合位点为非分泌型蛋白,该蛋白含有多个磷酸化、糖基化等翻译后修饰位点。AANAT蛋白含有1个保守的N-酰基转移酶超家族结构域,该家族与哺乳动物的昼夜节律密切相关。AAN... 相似文献
19.
MC4R是由下丘脑腹内侧核分泌的神经受体,参与调节动物的体重、采食量和能量稳态。根据MC4R在物种间高度保守和只含有一个外显子的特点,参考鸡MC4R序列设计引物,利用PCR法克隆了环颈雉和花尾榛鸡MC4R的全长编码区。结果表明:环颈雉和花尾榛鸡MC4R都由331个氨基酸残基组成,二者相比只有2个氨基酸的差异,都含有7个跨膜结构,具有完全相同的结构功能域,都是疏水性蛋白;同源性分析显示MC4R高度保守,鸟类间、哺乳动物间氨基酸水平的同源性都在90%以上。表明MC4R在进化过程中承受着较大的选择压力,在动物的生长发育过程中具有极其重要的作用。 相似文献
20.
《经济动物学报》2016,(3)
根据Gen Bank中狐白细胞介素-2(IL-2)基因序列(AJ621188),设计合成1对引物,以水貂脾脏组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增水貂IL-2基因。序列分析表明:水貂IL-2基因长468 bp,编码155个氨基酸,其中含21个氨基酸的信号肽和134个氨基酸的成熟多肽。IL-2蛋白分子质量为17.84 ku,等电点为4.65,含有4个与二硫键形成有关的半胱氨酸,1个糖基化位点,成熟肽含有3个α螺旋,5个β折叠区,9个β转角。同源性分析发现,水貂IL-2基因序列与Gen Ban K发表的21种IL-2基因核苷酸序列同源性为2.9%~88.5%,氨基酸序列同源性为5.2%~80.6%。水貂与Gene Bank中21种动物的IL-2基因序列分析和系统进化树分析表明,IL-2基因存在种属特异性。水貂IL-2基因的成功克隆,为进一步研究水貂IL-2基因生物学活性和应用奠定基础。 相似文献