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鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。 相似文献
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烟草内生细菌多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的
分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分
别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus
sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium
tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属
Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红
花大金元最低、为1.3。 相似文献
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初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
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为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属. 相似文献
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新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。 相似文献
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对不同妊娠日龄的山羊胚胎胃肠道细菌进行分离、纯化和培养,得到10个细菌菌株,通过细菌培养特性、显微镜检、生化试验和16S rDNA基因序列测定及同源性分析.结果表明:10个细菌菌株的平均数量为(0.8～ 1.0)×102 cfu/g,且分别属于葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、芽孢菌属(Bacillus)和明串珠菌属(Leuconostoc)4个菌属. 相似文献
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通过构建稻褐飞虱肠道细菌16S rRNA文库的方法,分析了褐飞虱肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从褐飞虱室内种群肠道中鉴定了13种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌(Wolbachia)、短波单胞菌属(Brevundimonas sp.)、定氮螺旋菌属(Azospirillum sp.)、苍白杆菌属(Ochrobactrum sp.)、草螺菌属(Herbaspiril-lum sp.)、丛毛单胞菌属(Comamonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas sp.)、白色杆菌(Leucobater sp.)、Cardinium及暂定类群TM7.其中以不动杆菌、窄食单胞菌、苍白杆菌属与TM7最为常见. 相似文献
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对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。 相似文献
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《江西农业学报》2022,(2)
对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。 相似文献
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为了解入侵重庆地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)肠道所携带的细菌组成,以采集自巫溪、巫山地区玉米地里的草地贪夜蛾为材料,运用传统培养方法分离了其肠道优势细菌,并基于16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定,共获得了30个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,可归于5个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)以及气单胞菌属(Aeromonas);其中,克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度最高,占所有分离菌株的63%;假单胞属(Pseudomonas)和肠杆菌属(Enterobacter)菌株仅在巫山地区分离得到,气单胞菌属(Aeromonas)仅在巫溪地区分离得到.实验确定了入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道优势细菌的种类及丰度,为后续研究草地贪夜蛾肠道微生物对宿主的生长发育以及迁飞等重要问题奠定了基础. 相似文献
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为明确煤污菌分离中污染细菌的组成,筛选可抑制污染菌的抗生素,对煤污病菌分离中伴随的污染细菌进行纯化,通过16S rDNA序列分析对代表性纯菌株进行鉴定,并采用滤纸片法测定9种抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果。结果表明,煤污病菌分离中污染细菌的组成复杂多样,至少包括9个属,分别是微杆菌属Microbacterium、短小杆菌属Curtobacterium、考克氏菌属Kocuria、葡萄球菌属Staphylococcus、芽孢杆菌属Bacillus、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、Aureimonasi及2个未确定属,这2个属分别与草药菌属Herbiconiux和甲基杆菌属Methylobacterium相近。不同抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果差异很大,庆大霉素和卡那霉素对所有供试细菌菌株都有抑制作用,链霉素、新霉素和金霉素分别能够抑制98.08%、96.15%和90.38%的细菌菌株;四环素、萘啶酮酸和青霉素分别只能抑制42.31%、9.62%和9.62%的细菌菌株,氯霉素对所有的细菌菌株都无抑制作用。因此,在煤污病菌的分离培养中可使用庆大霉素、卡那霉素、链霉素、新霉素和金霉素抑制细菌污染。 相似文献
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产表面活性剂菌株的筛选及其功能基因的初步定位 总被引：1，自引：0，他引：1
通过以液体石蜡为惟一碳源和能源的选择性富集培养,从某具有有机磷生产史的农药厂内的污染泥土中分离到1株产表面活性剂的细菌,采用形态学、生理生化和16S rDNA基因序列比对分析,对其进行了研究.结果表明,该菌株属于不动杆菌属,暂定名为Acinetobacter sp.W2.通过细菌质粒消除法和细菌质粒的快速检测法实验,初步认定,该菌质粒上含有影响其产表面活性剂的功能基因. 相似文献
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【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。 相似文献
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为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。 相似文献
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为进一步了解重庆地区玉米叶内生细菌的组成以及这些内生细菌与入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道微生态的相互关系,以采集自巫山地区被草地贪夜蛾入侵的玉米地里的玉米嫩叶为材料,运用传统微生物培养方法尝试对其内生细菌进行初步的分离培养,并通过16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定.此次共分离获得了22个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,将它们归类到11个分类单元,分属克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、无色杆菌属(Achromobacter)和丛毛单胞菌属(Comamonas).与前期研究得到的该地区草地贪夜蛾肠道微生物菌群数据比较可以发现,玉米内生细菌中包括克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、肠球菌属(Enterococcus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium)在内的5个属可以在草地贪夜蛾肠道中分离到,表明草地贪夜蛾肠道微生物多数可能源自其食物,但是草地贪夜蛾肠道微生物中常见的假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、短波单胞菌属(Brevundimonas)和气单胞菌属(Aeromonas)并未在玉米嫩叶中分离到,说明它们可能是主要存在于草地贪夜蛾肠道中的微生物.该研究对草地贪夜蛾所取食的玉米叶中内生细菌的种类进行了初步分析,为后续研究玉米叶内生细菌和草地贪夜蛾肠道微生物的相互关系奠定了基础. 相似文献
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农田土壤中毒死蜱降解菌的分离与鉴定 总被引：3，自引：0，他引：3
为分离出能降解有机磷农药的有效菌株,从长期施用有机磷农药的土壤中筛选出101株菌株,利用紫外分光光度计在293 nm处测定了分离菌株的降解效率,结合形态学和16 S rDNA序列初步分析了随机挑选的10株分离菌株的遗传多样性.结果表明,长期施用农药的土壤中存在大量能够降解毒死蜱农药的微生物,其中以杆状菌居多,共获得68株杆菌.经初步鉴定,10株菌株分别为葡萄球菌属(Staphylococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)和黄杆菌属(Flavobacterium)6个属.首次分离出气单胞菌属的毒死蜱降解菌. 相似文献
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【目的】分析柑橘木虱（Diaphorina citri）体内可能与黄龙病菌（Candidatus Liberibacter asiaticus）互作的内生细菌,为黄龙病菌的人工培养及其病害防控奠定基础。【方法】首先通过传统分离培养方法比较不同地理来源带黄龙病菌（带菌）和不带菌黄龙病菌（不带菌）的木虱中可培养内生细菌的差异。其次将带菌状况不同的木虱分别分为头、胸、腹3部分,经PCR扩增其16S rDNA的V6-V8区,用变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法,比较带菌状况不同的木虱内生细菌的差异和木虱不同部位内生细菌的差异。选择3种差异的内生细菌：Bacillus sp.、Salmonella sp.、Enterobacter sp.,在8份带菌状况不同的木虱样品中通过q-PCR分别对其进行实时荧光定量分析,再以总细菌量为校正计算包括黄龙病菌在内的4种细菌的相对含量,数据经LSD检验,以各种细菌相对含量的-lg值作图,先比较同一样品中3种细菌分别与黄龙病菌的相对含量关系,再比较同种细菌在不同样品中的特性,分析3种内生细菌和黄龙病菌的互作关系。【结果】不带菌木虱中可培养内生菌菌落丰富度和菌落形成单位均大于带菌木虱中。在不带菌木虱中共获得14株形态不同的菌株,分属于芽孢杆菌属（Bacillus,3株）、欧文氏菌属（Erwinia,1株）、克雷伯氏杆菌属（Klebsiella,1株）、葡萄球菌属（Staphylococcus,2株）、节杆菌属（Arthrobacter,1株）、泛菌属（Pantoea,2株）、果胶杆菌属（Pectobacterium,1株）、沙门氏菌属等（Salmonella,1株）、链霉菌属（Streptomyces,1株）、Massilia brevitalea（1株）等10个细菌属。在带菌木虱中分得的4株细菌在不带菌木虱中均分离到,分属于克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、果胶杆菌属。其中Dc-11（嗜气芽孢杆菌属）在带菌木虱和不带菌木虱中分离频率均达到100%,表明其为木虱体内常驻细菌;对木虱不同部位（头、胸、腹）内生细菌16S rDNA的PCR-DGGE图谱显示,带菌与不带菌木虱中细菌种群差别明显,带菌状况相同的木虱不同部位之间差别不明显。其中优势条带10 （Wolbachia sp.）、12（Wolbachia pipientis）、13（Syncytium endosymbiont of Diaphorina citri）、14（Uncultured bacterium）、19（Serratia marcescens）、21和22（均为嗜麦芽寡养单胞菌Stenotrophomonas maltophilia）在木虱体内稳定存在,带菌木虱腹部特有优势内生细菌为Enterobacter sp.,木虱中同样也存在次级内生菌Wolbachia。q-PCR的结果验证了所选的3种细菌在前期传统分离培养和16S rDNA-PCR-DGGE中结果的可靠性,同时表明肠杆菌属在8份样品中与黄龙病菌呈正相关关系。【结论】黄龙病菌进入木虱体内会改变木虱内生细菌菌群种类和结构;嗜气芽孢杆菌（B. aerophilus）在柑橘木虱体内稳定存在,为木虱体内常驻菌群;Enterobacter sp.与黄龙病菌带菌量呈正相关,推测其可能与黄龙病菌互作。 相似文献
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为探究桑树内生细菌多样性,获得拮抗性内生菌,开发利用桑树内生菌资源,通过非培养法构建16S rDNA文库,并结合组织分离培养法对桐乡青(桑树品种)内生细菌的种群特征进行了研究.非培养法研究结果显示所构建文库的111个阳性克隆属于22个分类单元,其分属于3门10属,其中,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Massilia和甲基杆菌属(Methylobacterium)为优势菌属;使用不同培养基通过培养法从桐乡青茎中获得25个内生细菌分离株,基于16S rDNA序列系统发育分析其属于15个分类单元,其分属于3门12属,其中肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)和泛菌属(Pantoea)为优势菌属.培养法得到的内生细菌种群与非培养法差异较大,仅假单胞菌属(Pseudomonas)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)为共同菌属,且培养法得到的内生细菌多样性和均匀度指数(H'2.54,D 0.91,J 0.79)均高于非培养法(H'2.21,D 0.84,J 0.48).采用抑菌圈法,以10株植物病原菌作为指示菌,结果显示多达18株桑树内生细菌对一种或多种病原菌有抑制作用.综上结果表明,桑树内生细菌具有丰富的多样性,并且包含大量具有抗菌活性的菌株,以桐乡青材料为例,抗菌活性菌株约占其内生细菌的72%. 相似文献
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芒草根际、内生可培养细菌多样性及促生潜力研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究芒草不同部位细菌群落组成,采用稀释梯度平板法分离芒草根际土壤、根部、茎部和叶部可培养细菌,并分析其植物促生活性。16S rRNA基因序列分析表明,分离的86株芒草根际、内生细菌由放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)4个门、7个纲、22个属组成,不同部位细菌组成有所差异,其中短小杆菌属(Curtobacterium)在根际土壤和植物内部广泛存在,芽孢杆菌属(Bacillus)和根瘤菌属(Rhizobium)为根际土壤优势种群,伯克霍尔德菌属(Burkholderia)为根部优势种群,鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)为茎部优势种群。分离菌株的植物促生特性分析表明,芒草根际和植物组织内部蕴含着丰富的产吲哚乙酸、产精氨酸脱羧酶和溶解难溶性磷酸盐等生物活性细菌,广泛分布于短小杆菌属、根瘤菌属、芽孢杆菌属、伯克霍尔德菌属、鞘脂单胞菌属等优势种群,且不同部位菌株促生特性和种类有所差别。 相似文献