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采用单因子试验、L16(45)正交试验设计,以假臭草DNA为模板,研究了PCR反应体系中的5种主要成分,即Mg2+、dNTPs、Taq酶、引物及模板,对假臭草ISSR-PCR扩增结果的影响,并对引物退火温度进行了筛选和优化.建立了假臭草ISSR最佳反应体系:在20 μL的反应体系中,Mg2+为2.0 mmol/L,模板DNA用量为60 ng,TaqDNA聚合酶为1.5U,dNTPs浓度为0.2mmol/L,引物浓度为0.3μmol/L.假臭草ISSR反应体系的建立为利用该技术分析假臭草遗传多样性及探索防控措施提供良好的基础. 相似文献
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《江苏农业科学》2018,(23)
通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、d NTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度等5因素4水平条件对ISSR反应体系进行优化。白花蛇舌草ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为引物浓度0. 562 5μmol/L,Mg2+浓度2. 75 mmol/L,d NTPs浓度0. 375 mmol/L,DNA模板量60 ng,Taq DNA聚合酶1. 25 U,2. 0μL 10×Taq Buffer,其余用dd H_2O补齐。该试验建立并优化了白花蛇舌草ISSR-PCR反应体系,为白花蛇舌草种质资源遗传多态性的研究提供参考依据。 相似文献
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为建立适合沙棘(Hippophae rhamnoides L.)的SRAP-PCR反应体系,对影响SRAP-PCR的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、模板DNA浓度进行了优化.优化后的反应体系为Mg2+3.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶2U/25μL、引物0.8 μmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、模板DNA 30ng/25μL,反应总体系25 μL.利用此体系从30对引物组合中筛选出17对适合沙棘SRAP-PCR的引物,有助于沙棘的分子标记辅助育种研究. 相似文献
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《江苏农业科学》2017,(24)
为利用简单重复序列区间(inter simple sequence repeat,简称ISSR)技术研究蒙古扁桃资源遗传多样性评价和种质资源鉴定,利用正交试验法进行L_(16)(4~5)正交设计,从Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶活性和模板DNA质量5种因素和4个浓度水平来优化蒙古扁桃ISSR-PCR反应体系。结果表明,最佳反应体系如下:在25μL反应体系中加入2.0 U Taq聚合酶,引物浓度0.80μmol/L,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,模板DNA质量50 ng。对蒙古扁桃ISSR-PCR反应影响程度排序依次为Taq聚合酶活性引物浓度Mg~(2+)浓度dNTPs浓度模板DNA质量。 相似文献
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目标区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)是通过一个依据EST序列设计的固定引物和一个针对外显子或内含子特点设计的随机引物对开放阅读框(open reading frames,ORFs)进行扩增。本研究首次建立了适于花生TRAP分析的PCR扩增体系:在15μl总反应体系中,模板DNA50ng,引物浓度1.0μmol/L,dNTPs浓度0.25mmol/L,Taq DNA聚合酶1U。利用该体系对24个花生品种DNA进行扩增,得到了清晰稳定的条带,且这些条带具有一定的多态性,说明所建立的体系可用于花生遗传多样性分析。 相似文献
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茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化 总被引：2，自引：0，他引：2
对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59.0℃. 相似文献
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大花三色堇FPNI-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2016,(5)
融合引物与巢式聚合酶链式反应(fusion primer and nested integrated PCR,FPNI-PCR)是一种分离并扩增已知序列旁未知序列的有效方法。以大花三色堇(Viola×wittrockiana Gams.)为材料,为提高FPNI-PCR产物特异性,增加条带清晰度,降低非特异性条带的干扰,对FPNI-PCR反应体系中第1轮的模板DNA浓度进行对比,优化了第3轮反应中引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、缓冲液用量,筛选了第3轮特异性引物的退火温度,进一步完善了FPNIPCR反应体系。各因素优化比对试验表明:FPNI-PCR第1轮反应体系应以稀释后的DNA为模板,20μL体系中,用量在4.5~10 ng。第3轮最优反应体系为:20μL反应体系中,特异性引物浓度0.2μmol/L,引物SP2浓度0.75μmol/L,Taq DNA酶用量1.0 U,d NTP用量2μL,10×buffer(20 mmol/L,Mg2+plus)用量2μL,模板1μL(第2轮反应稀释100倍后取1μL为模板),dd H2O补足。第3轮反应中,退火温度为64℃或66℃时条带最为清晰。 相似文献
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以假臭草叶片为材料,对影响其随机扩增多态DNA（RAPD）反应的各因素进行优化．建立了假臭草RAPD的优化反应体系和程序,即在10μL反应体系中,5ng（／10μL）模板DNA,1．0μmol／L随机引物F15,150μmol／LdNTPs,2．0mmol／LMg^2＋,1．0UTaqDNA聚合酶;扩增程序为95℃预变性4min,95℃变性40S,36℃退火40S,72℃延伸1min,10个循环,后94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸1min,35个循环,72℃延伸5min,4℃保温。 相似文献
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[目的]建立高山杜鹃的ISSR—PCR反应体系。[方法]运用正交试验分析模板DNA、TaqDNA聚合酶、Primer、Mg^2＋和dNTPs5个因子对杜鹃ISSR-PCR反应影响，建立高山杜鹃ISSR-PCR反应体系。[结果]杜鹃ISSR—PCR25m反应体系中5个因子较适水平为：DNA模板浓度为1．6ng／μl，TaqDNA聚合酶浓度为0．040U／μl，Primer浓度为0．64mmol／L，dNTPs浓度为0．68mmol／L，Mg^2＋浓度为2．08mmol／L。[结论]研究结果为利用ISSR分子标记技术研究杜鹃提供了理论支持。 相似文献
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[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。 相似文献
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为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系,对影响TRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为:模板DNA 40 ng,buffer 1×,Mg2+1.4 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,固定引物和随机引物浓度比为11∶1,Taq酶0.5 U,反应总体积为15μL。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条,与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP-PCR扩增,其中84个引物组合能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%;36个引物组合表现出良好的多态性扩增,并在20份柿属植物中进行了引物验证。 相似文献
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为建立和优化滑叶藤 ISSR PCR反应体系,运用正交试验和单因子试验分析模板DNA,TagDNA聚合酶,Primer,Mg2+和dNTPs 5个因子对滑叶藤ISSR PCR反应影响。结果表明了滑叶藤 ISSR PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平：DNA模板为84ng,TagDNA聚合酶为20u,Primer浓度为08mmol/L,dNTPs浓度为068mmol/L,M2+浓度为24mmol/L。该反应体系为利用ISSR分子标记技术研究铁线莲属植物提供了可靠方法。 相似文献
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为建立和优化三七 ISSR PCR反应体系,运用正交试验和单因子试验分析模板DNA,TaqDNA聚合酶、引物、Mg2+和dNTPs 5个因子对ISSR PCR反应影响。结果发现,三七 ISSR PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平：DNA模板为9.6ng,TaqDNA聚合酶为2.0u, Primer浓度为1.0mmol/L,dNTPs浓度为0.68mmol/L,Mg2+浓度为2.8mmol/L。研究结果为利用ISSR分子标记技术研究三七提供了理论支持。 相似文献
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棉花DNA提取及优化SSR反应体系的建立和应用 总被引：4，自引：0，他引：4
对棉花DNA提取程序和SSR反应体系进行了研究。利用正交设计对模板DNA、引物、Taq酶和Mg^2＋浓度4种成分以3个梯度进行优化和选择,结果表明,最优反应体系为15μL,其中含有：10×Taq buffer 1．5μL、Mg^2＋（25mmol／μL）1．5肛L、dNTPs（25mmol／μL）2．0μL、引物（20pmol／μL）各2．0μL、Taq酶（2．0U／μL）0．15μL、DNA模板（25ng）3．0μL、ddH2O补至15μL。采用建立的反应体系,利用8对引物对3个品种进行扩增,6％的变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测结果显示该体系扩增结果清晰稳定。 相似文献
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【目的】建立和优化割手密AFLP分子标记技术体系,为割手密遗传多样性分析、遗传图谱构建提供技术支持。【方法】以广西割手密GXS87—16、GXS85．30、GXS79—9、GXS96、GXS112、GXS212为材料,利用改良SDS法提取DNA,并用EcoR I和Mse I酶切,连接接头后,采用正交试验设计对影响预扩增反应和选择性扩增反应的主要成分如Mg^2＋、模板DNA、引物、dNTP、Taq聚合酶浓度进行优化。【结果】样品DNA用限制性内切酶＆0RI和MseI各3u于PCR仪过夜可完全酶切。经正交设计优化,较佳的预扩增体系包含0．4μL dNTPs（20mmol／mL）,1．6μLMg^2＋（25mmol／mL）,2．0μL EcoRI—P（5pmol／mL）,2．0IxLMseI-P（5pmol／mL）,1UTaq酶（1U／μL）,DNA模板稀释10倍;选择性扩增体系包含0．4μL dNTPS（20mmol／mL）,0．8μLMg^2＋（25mmol／mL）,1．0μL EcoR I—AAG（6pmol／mL）,1．0μL Mse I-CAG（6pmol／mL）,3U Taq酶（1U／μL）,DNA模板稀释20倍。以对优化反应体系扩增获得的PcR产物用5％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染后,可获得清晰的多态性指纹图谱。【结论】建立的割手密AFLP分子标记技术体系具有扩增条带清晰、多态性丰富的特点,可为构建割手密高密度遗传图谱提供技术支持。 相似文献
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摘 要：【研究目的】为获得春兰的 SRAP 标记图谱,对春兰SRAP-PCR 反应体系进行了初步研究【方法】通过正交试验设计,从Mg2+、dNTPs、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对春兰SRAP-PCR反应体系进行优化。【结果】所建立的体系为：25μl反应体系中含有2.5mmol/L的Mg2+ ,2mmol/L的dNTP, 0.5U的Taq酶,1.2 μmol/L的引物,90 ng的模板。【结论】为春兰指纹图谱的构建奠定基础。 相似文献