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根据GenBank上发表的鸭呼肠孤病毒基因组序列,利用生物学软件设计合成内外2对引物,建立了检测番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)的套式RT-PCR检测方法,并运用建立的检测方法对分离病毒与其他禽病病毒进行检测。结果显示,该方法能从MDRV中扩增到与预期大小相符的特异性目的片段,检测灵敏度达到0.1 pg病毒RNA,对禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)、鸡传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)、番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)、鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)、鸭病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus,DHV)等病毒样品的扩增结果均为阴性。因此,本研究为番鸭呼肠孤病毒病的快速检测及诊断研究提供参考。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2021,(9)
为建立鉴别检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,本研究分别针对DTMUV E基因与NDRV、MDRV S3基因,设计特异性引物和Taq Man探针,经优化反应条件,建立了同一体系中同时检测DTMUV、NDRV及MDRV的Taq Man荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法仅能扩增DTMUV、NDRV及MDRV,与禽呼肠孤病毒(ARV)、禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)、减蛋综合征病毒(EDSV)、鸭瘟病毒(DEV)等主要禽源病毒均无交叉反应,特异性强;对DTMUV、NDRV及MDRV质粒标准品的检测下限均为7.5×10~1拷贝/μL,敏感性高;组内与组间重复性试验变异系数均小于2.5%,重复性好。利用该方法与已报道的坦布苏病毒荧光定量RT-PCR方法及NDRV与MDRV双重RTPCR方法同时检测82份临床疑似患病鸭的肝脾组织样品,结果检出阳性样品22份,其中,DTMUV阳性检出率为10.98%(9/82),NDRV阳性检出率为2.44%(2/82),MDRV阳性检出率为13.41%(11/82),检出阴性样品60份。与参考方法的检测结果一致,三者的符合率达100%。本研究建立的方法为临床DTMUV、NDRV及MDRV鉴别检测和流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术支撑。 相似文献
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新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法. 相似文献
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为建立一种能够快速检测新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的方法,本研究参考GenBank上登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物.经条件优化后,建立了检测NDRV的RT-PCR方法.对其特异性、敏感性和重复性进行检验.结果显示：该方法仅能从NDRV分离毒中扩增到与预期大小相符,长度为298 bp的特异性目的片段,检测灵敏度达到83.4 pg病毒RNA;而其它病毒：番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒等样品的扩增结果均为阴性.采用该方法对在广东不同地区采集的15份鸭病料样品进行检测,NDRV阳性率为53.33％.表明建立的RT-PCR方法特异性强、敏感度高,可用于NDRV的临床诊断和流行病学调查. 相似文献
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《中国预防兽医学报》2017,(1)
本研究自广东省新兴地区疑似新型鸭呼肠孤病料样品中分离出一株病毒,命名为DRV-XX株。利用RT-PCR方法对DRV-XX株进行全基因组序列扩增,拼接获得其全基因组(23 419 bp),对其10个基因节段进行分析显示,该分离株与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性较低,而与国内新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)相似性较高(99%),表明该分离株为NDRV。对其10个RNA节段分别进行测序及遗传进化分析,其中S3基因序列分析显示,DRV-XX与MDRV共同构成一主干支,与其S1、S2、S4、M1、M3、L1基因的一致;而M2基因进化树显示,DRV-XX与ARV处于同一主干支;由L2、L3组基因分析显示,DRV-XX与ARV在同一主干支,并有MDRV参与其中,而另一主干支为MDRV。因此,推测DRV-XX株的不同基因组节段来源不同,可能是ARV和MDRV发生同义突变,也可能是基因重组的结果。该研究丰富了NDRV的基因库相关信息,也为广东地区NDRV的防制提供一定参考依据。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2015,(9)
为建立快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)抗体的方法,本研究以纯化的重组σC蛋白作为包被抗原,并对该方法的反应条件进行优化,建立了NDRV间接ELISA抗体检测方法。该方法仅对NDRV血清检测为阳性,与番鸭呼肠孤病毒、鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、番鸭源鹅细小病毒阳性血清均无交叉反应,具有良好的特异性。其批内和批间重复性试验的变异系数均小于5%,具有良好的重复性。利用建立的σC蛋白间接ELISA方法对80份疑似鸭血清样品进行检测,结果显示与NDRV全病毒间接ELISA的符合率为88.75%。本研究建立的ELISA方法为NDRV的流行病学调查提供了快速、特异的血清学检测方法。 相似文献
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研究利用全基因合成技术合成DHAV-2全基因组序列,并以此为标准品建立检测DHAV-2的TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果表明:建立的方法敏感性高,最低检测限仅为33.7拷贝/μL;特异性强,对鸭甲肝病毒1型(DHAV-1)、鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)、禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)、番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)、新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,N-DRV)、鸭源禽Ⅰ型副黏病毒(Duck-origin avian paramyxovirus type 1,APMV-1)和禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)均无交叉扩增;重复性佳,组内和组间变异系数最高分别为1.68%和2.19%。对2018年福建地区临床收集的128份鸭源病料进行检测,结果未检测DHAV-2感染阳性。研究结果为DHAV-2的快速检测试剂盒研究及储备DHAV-2检测技术奠定了基础。 相似文献
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参考GenBank新型鸭呼肠孤病毒（New-type duck reovirus,NDRV）S3基因序列设计合成一对引物,对新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因进行RT-PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序.结果显示扩增产物为1 104 bp,与预期的目的片段大小一致.相似性分析QY株S3基因核苷酸序列与ARV代表株、MDRV代表株和DRV代表株,相似性分别59.4％ ～ 60.0％、61.1％～ 61.3％和96.7％～ 98.6％;氨基酸的相似性分别为67.6％～ 68.7％、68.1％～68.9％和95.4％～ 98.4％.表明QY株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离病毒QY株是不同于禽呼肠孤病毒和番鸭呼肠孤病毒的独立基因群. 相似文献
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3种禽类呼肠孤病毒血清学相关性及致细胞病变差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在研究3种不同疾病型禽类呼肠孤病毒间的抗原性关系及病毒的培养特性。作者通过血清中和试验测定了禽呼肠孤病毒(ARV S1133株)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV 9710株)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV NP01株)3种禽类呼肠孤病毒的血清学相关性,统计抗原相关性R值;并应用部分禽胚原代细胞及哺乳动物传代细胞对这3种病毒的培养特性进行了初步研究。结果表明,3种病毒株之间的R值很小,抗原相关性较低;三者具有广泛的细胞亲嗜性,能在多种细胞中增殖,并产生细胞病变,但病毒致细胞病变特征有所差异,ARV和NDRV均以巨融合为主,而MDRV则以细胞圆缩坏死为主。上述结果表明导致禽类不同疾病的ARV、MDRV和NDRV三者之间的抗原相关性较低,病毒的细胞培养特性也不同,细胞病变类型的差别提供了一种初步鉴别禽类呼肠孤病毒的方法。 相似文献
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《中国动物传染病学报》2016,(1)
该研究旨在建立一种快速、敏感和特异性检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)的荧光定量PCR诊断方法。本实验以感染新型鸭呼肠孤病毒的鸭组织RNA提取物为模板,根据Gen Bank数据库中呼肠孤病毒S1基因全序列,设计合成了一对特异性引物,PCR扩增基因片段,将其克隆至p ET-30a载体,重组质粒测序并进行同源性分析;以阳性质粒为模板,建立SYBR Green II荧光定量PCR检测方法,并进行敏感性和特异性检测。经测序证实扩增片段与预期目的片段相符,所建立的SYBR Green II荧光定量PCR检测S1的反应在101~108 copies/u L之间具有良好的线性关系,反应的检出下限为10 copies/μL,而H5型禽流感病毒、H9型禽流感病毒、鸡传染性支气管炎病毒、C型鸭肝炎病毒、新城疫病毒、鹅细小病毒、鸭瘟病毒等病毒的检测为阴性,表明该方法敏感、特异。本研究成功建立了SYBR Green II荧光定量PCR检测新型鸭呼肠孤病毒的方法,为新型鸭呼肠孤病毒致病机制和机体免疫保护机制的研究提供了技术平台。 相似文献
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《中国动物传染病学报》2015,(5)
根据鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)的基因序列,设计了2对特异性引物,分别建立检测鸭甲型肝炎病毒血清1型(DHAV-1)和鸭甲型肝炎病毒血清3型(DHAV-3)的RT-PCR方法。通过对PCR扩增条件优化建立了鉴别血清1型和血清3型DHAV的二重RT-PCR检测方法,DHAV-1和DHAV-3目的片段大小分别为751bp和448bp,而且对其他禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性试验表明该检测方法最低检测量为10 pg的DHAV-1和8 pg的DHAV-3模板。因此,本研究建立的二重RT-PCR检测方法可用于DHAV-1和DHAV-3感染的临床样品的快速鉴别诊断。 相似文献
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为建立一种能够同时快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,根据GenBank上已发表的2种病原S3基因保守序列,设计合成2对特异性引物。经条件优化后,建立了检测NDRV、MDRV的双重RT-PCR方法,扩增2种病毒的片段,大小分别为298 bp和189 bp。试验表明,该方法具有良好的特异性和敏感性。采用该方法对在广东省不同地区采集的42份鸭病料样品进行检测的结果与单一RT-PCR结果一致,均检出19份感染NDRV的病料和8份感染MDRV的病料,表明该方法可用于临床样品检测。 相似文献
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为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR (RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDRV阳性样品的核酸为模板,采用RT-PCR分段扩增其全基因组并测序,采用BioEdit软件分析其全基因组序列的相似性;采用NetNGlyc 1.0软件预测NDRVσC蛋白N-糖基化位点;通过Mega 7.0软件绘制σ系列基因的系统发育树及RDP5和SimPlot软件分析NDRV全基因组的重组事件。RT-q PCR结果显示,检出1份NDRV阳性样品,经测序及序列拼接,获得一条鹅源NDRV广西流行株G-NDRV-GX-2022全基因组序列,全长23 353 bp,分为L1～L3、M1～M3及S1～S4共10个基因;BlAST分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株10个基因与GenBank中相应基因序列的相似性最高为91.2%～98.4%,对应的病毒株均源自中国广东、福建、山东、浙江及湖北等地的NDRV,宿主有野鸭、番鸭、绿头鸭等,表明G-... 相似文献
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《中国畜牧兽医》2017,(2)
为研究广东新型呼肠孤病毒(NDRV)的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。 相似文献
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根据鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DFV) NS5基因序列特征设计引物,建立基于SYBR Green Ⅰ检测模式的实时荧光定量RT-PCR(real-time RT-PCR,RRT-PCR),该方法检测DFV NS5基因2.74×103～2.74×10 7拷贝/μL反应范围内有很好的线性关系.扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(86.23±0.18)℃,对禽流感病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽1型副黏病毒、鸭减蛋综合征病毒、番鸭呼肠孤病毒核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.52％～1.48％,组间变异系数0.71％～2.21％.检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4h. 相似文献
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【目的】 了解并掌握新型鸭呼肠孤病毒（Novel duck reovirus,NDRV）流行特点及生物学特性,为NDRV的防治提供理论基础和技术支持。【方法】 采集河北某鸭场疑似发生鸭呼肠孤病毒感染的组织,无菌处理后接种SPF鸡胚分离病毒,收获第3代尿囊液进行血凝试验,通过PCR、透射电镜观察、间接免疫荧光法（IFA）鉴定病毒,对分离得到的病毒进行体外细胞培养和动物回归试验,并采用Mega 7.0对其σC基因进行遗传进化分析。【结果】 分离得到的病毒不能凝集鸡红细胞,可致死鸡胚,死亡鸡胚出血、充血严重;经PCR鉴定,病毒呈NDRV阳性,其他病原（禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎、鸭坦布苏病毒、鸭瘟病毒、禽腺病毒血清4型）均呈阴性,将分离得到的病毒命名为BD/CHN/2020株;病毒纯化后,经电镜观察可见直径为60~80 nm、无囊膜的球形病毒粒子,该毒株可在BHK和LMH细胞上稳定增殖并产生细胞融合的细胞病变效应（CPE）;IFA结果显示,BD/CHN/2020株接种BHK细胞后在激光共聚焦显微镜下观察可见特异性绿色荧光;BD/CHN/2020株经皮下接种后,发病鸭出现精神沉郁、排白色稀粪等临床症状,剖检可见脾脏出血、肿大、有白色坏死灶等病理变化;序列比对发现,BD/CHN/2020株与NDRV毒株（TH11、091等毒株）在同一分支,与NDRV SY株核苷酸和氨基酸序列相似性最高,均为99.7%,属于NDRV。与灭活疫苗TH11株（KC493571.1）和弱毒疫苗JS01-105P株（V202168）相比,BD/CHN/2020株第93、120、132、158、253、298位氨基酸处发生了位点突变。【结论】 成功分离得到1株NDRV BD/CHN/2020株,分离毒株对北京鸭有较强的致病性,与国内疫苗株相比,BD/CHN/2020株的σC蛋白已经发生了氨基酸位点的突变,结果可为新型鸭呼肠孤病毒病的流行病学及疫苗研发奠定基础。 相似文献