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1.
通过对 Gen Bank中猪的表达序列标签数据库进行序列扫瞄 ,结果检测到大约 10 0个包含一个微卫星重复或简单重复 (SSR)的序列文件。这些重复单元多数是二核苷酸(CA/GT)重复 ;而且检测到 3～ 6个核苷酸的重复序列。通过 6个二核苷酸和 14个中度串联重复序列的初步分析 ,仅二核苷酸重复序列标记产生丰富的标记信息。 (二核苷酸为10 0 % ,中度串联重复序列为 14 % )。另外对 5 0个二核苷酸和 1个三核苷酸 SSRs设计了几对引物 ,结果在 MARC的参考家系中 ,发现 4 2个标记具有多态性 ,17个标记不具有多态信息 ,12对引物没有扩增产物。通过二核苷酸和 3～ 6个核苷酸重复单元的比较 ,二核苷酸标记 72 %能够反映标记信息 ,而其它重复单元仅有 7%。不同的是 ,在 3～ 6个碱基重复单元中 ,非多态标记占较高的比率 (6 4 % ) ,而 2个碱基重复单元仅 14 %。这或许是因为在猪基因组 DNA中 ,中度重复单元的多态性较少 ;或是由于我们选择 17个以上连续重复碱基长度的标准太低。本研究将定位的微卫星标记加入猪的遗传图谱上 ,并为人和猪的基因组之间提供了有用的联系 相似文献
2.
采用微卫星技术分析辽宁锦州地区东北林蛙野生群体的遗传多样性,利用8对微卫星引物对林蛙群体37个个体进行PCR扩增,结果共检测到25个等位基因,大小在270～612bp之间,平均等位基因数量(NA)为3.375,平均观测杂合度(HO)为0.6356,平均期望杂合度(HE)为0.5846,平均多态信息含量(PIC)为0.5681,同时得到了两个杂合度较高的基因位点RsyD25和RsyD88。研究表明,该野生型群体的多态性良好,不存在退化现象。同时确定了杂合位点较多的个体,可以作为亲本在人工繁殖时使用。本研究丰富了野生型林蛙遗传多样性的数据,并为林蛙养殖过程中的选种提供了一定的理论依据。 相似文献
3.
《蚕业科学》2022,(1)
通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据,利用MISA软件从该转录组数据中检索到分布于12 846条UniGene的15 568个符合筛选条件的SSR位点,SSR位点的出现频率为14.72%。这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基,分别占SSR位点总数的77.64%和14.92%。在全部SSR位点共搜索到41种重复基元,其中单碱基重复基元以A/T为主,占该类型的98.71%;而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主,占比分别为73.47%和39.75%。序列长度≥20 bp的SSR位点共有511个,占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱基重复基元为主,占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对引物进行PCR验证,筛选到31对有效扩增引物。利用10个柞蚕品种的幼虫总DNA,对随机选择的14对引物进行多态性验证,筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物。研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助育种研究。 相似文献
4.
青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是青藏高原牧区重要的害虫之一。本研究采用Illumina HiSeqTM2000高通量测序平台对青海草原毛虫成虫和4龄幼虫进行转录组测序，在此基础上筛选其微卫星(Single sequence reperts, SSR)位点并挖掘微卫星引物。本研究共获得63 335条unigenes,有12 597个微卫星位点分布于9 851条unigenes中。通过KOG,GO注释和KEGG通路数据库分析发现，unigenes注释主要集中于一般功能预测、细胞进程和碳水化合物代谢过程。SSR重复类型主要为单核苷酸和二核苷酸重复，(A/T)n是单核苷酸重复中最主要的基元类型，占总SSR位点的71.37%,(AC/GT)n为二核苷酸重复的优势基元，占总SSR位点数的6.06%,且SSR数量随重复次数增加而降低，重复次数类型随基元序列长度增长而减少。利用Primer 3软件设计出2 714对青海草原毛虫SSR引物，随机挑出25对引物进行PCR验证，有11对引物扩增出目的DNA片段。... 相似文献
5.
《畜牧与兽医》2014,(8):9-13
利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中16个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb。猪第1条染色体(143 330个)中微卫星数量最多,其次是第2、6和13条染色体,而较少的是第12、18条染色体和Y染色体。猪性染色体X和Y序列长度差异极显著,X染色体序列长度是Y染色体的88.10倍,其微卫星数量也存在明显差异(58 437 vs 814)。通过检验表明,猪染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r=0.913,P<0.01)。猪全基因组中完整型微卫星各重复类型中,单碱基重复类型数量最多,占其微卫星总数量的比率为62.95%;其次依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基、六碱基重复类型。猪全基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AAC、AAT、AAAT AAAC、AAAG、AAGG,而数量较少的是C、CG、AGC、AGT、ACT、AGCG、AGTC、ACTG和CCGG。 相似文献
6.
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1 187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核苷酸重复(37.66%)。分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′UTRs中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记。本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础。 相似文献
7.
沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物，主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区，具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力。本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184 076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析，共获得3 563个SSR重复序列，分布于56 824条Unigenes上，SSR发生和出现频率分别为30.87%和50.83%；重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主。单核苷酸重复中，(A/T)n基元类型占总SSR位点的42.26%；二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)n，占总SSR位点的9.29%。SSR数量随重复次数增加而降低；重复次数类型随基元序列长度增长而减少。此外，本研究还得到沙鞭29 444条和10 864条Unigenes的KOG和GO注释，其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程。因此，本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能，具有较大的开发价值，为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据。 相似文献
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美国基因组研究协会网上公布了138 259条曼氏血吸虫EST（表达序列标签）序列,总长约为52345kb。通过分析发现,其中包含了8 133条SSR（简单重复序列）,检出率为5.88%,平均每6.4 kb含有一个SSR。三核苷酸重复基元的SSR最多,占总数的54.2%,其次为二核苷酸和四核苷酸,分别占20.5%和20.6%,五核苷酸最少,只占4.7%。在曼氏血吸虫EST中没有发现单核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元的SSR。同时,在各种SSRs重复单元中,富含A碱基的重复单元占据优势地位,如：AT、AG、AC、AAT、AAG、AAC、AAAT、AAAC、AAAAT和AAAAG重复基序,而富含GC碱基的重复单元在基因编码区中含量较低。本文通过分析SSR在曼氏血吸虫EST中的分布频率与密度,为曼氏血吸虫和近缘种属寄生虫SSR标记的开发提供信息,有利于进一步开展吸虫的系统发育以及比较基因组学的研究。 相似文献
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微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单... 相似文献
10.
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础. 相似文献