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1.
Genomic amplification with transcript sequencing 总被引：48，自引：0，他引：48
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利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库.以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆.对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699).结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40 kb,没有重复插入片段克隆.获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacter piscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95％.生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能.本研究是通过构建人肠道微生物宏基因组大片段文库并结合重组子功能筛选获得酯解酶的首次报道,可为食品工业提供新的酯解酶来源和筛选方法. 相似文献
3.
The DNA-binding properties of the major regulatory protein alpha 4 of herpes simplex viruses 总被引：58，自引：0，他引：58
N Michael D Spector P Mavromara-Nazos T M Kristie B Roizman 《Science (New York, N.Y.)》1988,239(4847):1531-1534
The transition from the expression of alpha, the first set of five herpes simplex virus genes expressed after infection, to beta and gamma genes, expressed later in infection, requires the participation of infected cell protein 4 (alpha 4), the major viral regulatory protein. The alpha 4 protein is present in complexes formed by proteins extracted from infected cells and viral DNA fragments derived from promoter domains. This report shows that the alpha 4 protein forms specific complexes with DNA fragments derived from 5' transcribed noncoding domains of late (gamma 2) genes whose expression requires viral DNA synthesis as well as functional alpha 4 protein. Some of the DNA fragments to which alpha 4 binds do not contain homologs of the previously reported DNA binding site consensus sequence, suggesting that alpha 4 may recognize and interact with more than one type of DNA binding site. The alpha 4 proteins can bind to DNA directly. A posttranslationally modified form of the alpha 4 protein designated alpha 4c differs from the alpha 4a and alpha 4b forms with respect to its affinity for DNA fragments differing in the nucleotide sequences of the binding sites. 相似文献
4.
Multiplex DNA sequencing 总被引：32，自引：0，他引：32
The increasing demand for DNA sequences can be met by replacement of each DNA sample in a device with a mixture of N samples so that the normal throughput is increased by a factor of N. Such a method is described. In order to separate the sequence information at the end of the processing, the DNA molecules of interest are ligated to a set of oligonucleotide "tags" at the beginning. The tagged DNA molecules are pooled, amplified, and chemically fragmented in 96-well plates. The resulting reaction products are fractionated by size on sequencing gels and transferred to nylon membranes. These membranes are then probed as many times as there are types of tags in the original pools, producing, in each cycle of probing, autoradiographs similar to those from standard DNA sequencing methods. Thus, each reaction and gel yields a quantity of data equivalent to that obtained from conventional reactions and gels multiplied by the number of probes used. To date, even after 50 successive probings, the original signal strength and the image quality are retained, an indication that the upper limit for the number of reprobings may be considerably higher. 相似文献
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探讨了孔雀、鹌鹑黑素皮质素受体1(melanocortin 1-receptor,MC1R)基因序列与禽类羽色的相关性。根据GenBank上原鸡的MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3在编码区设计引物PE。以孔雀和鹌鹑DNA为模板进行PCR扩增及测序,分别获得长度约为350 bp的基因片段。经比对发现,孔雀与原鸡的相似性为95.47%,有16处突变,3处缺失;鹌鹑与原鸡的相似性为97.70%,有8处突变,1处缺失。对其氨基酸序列进行蛋白质二级结构预测,结果显示,孔雀与鹌鹑α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为59.48%,2.59%,37.93%和58.62%,1.82%,39.66%。表明MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。 相似文献
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非等时距GM理论反演预测软基路堤沉降 总被引：2，自引：0，他引：2
应用灰色理论建模原理,建立了非等时距GM(1,1)法预测路堤沉降模型,通过对无规则的数据序列做等距处理,提出了内插法和样条曲线法变换非等时距序列理论。利用Matlab7.0平台开发了路堤沉降预测系统,然后对数据进行微分拟合,再将沉降曲线进行分析对比得到逼近最优沉降发展趋势,从而对软基路堤沉降进行较精确预测。 相似文献
8.
Steps toward computer analysis of nucleotide sequences 总被引：23，自引：0，他引：23
Advances in recombinant DNA technology have allowed the isolation of large numbers of biologically interesting fragments of DNA. Concomitant improvements in methods for nucleic acid sequencing have led many investigators to characterize their clones by sequencing them. This has resulted in the accumulation of such large amounts of sequence data that computer-assisted methods, with programs directed toward the manipulation of nucleic acid sequences, have become indispensable during the collection and analysis of that data. 相似文献
9.
[目的]为新野生真菌小菇一种Mycenasp.的分类提供依据。[方法]采集到一种新的野生真菌,经形态学观察初步确定为小菇一种Mycenasp.。对该真菌进行了DNA提取、18SrDNA的PCR扩增与产物回收、琼脂糖凝胶电泳检测和测序等一系列分子生物学研究,对其基因序列进行了Blast比对和同源性数据检索。[结果]利用通用引物进行18SrDNA的PCR扩增,可获得约1.8 kb的扩增片段。通过序列分析,对回收后的产物进行鉴定,确定其为18SrDNA基因序列。通过对小菇一种Mycenasp.的18SrDNA基因序列进行Blast比对和同源性数据检索,发现其与白蘑属、毛伞属和脐伞属的亲缘关系最近。[结论]可推测该野生真菌为担子菌亚门、层菌纲、伞菌目、白蘑科一种,并结合其形态特征,暂时确定为小菇一种Mycenasp.。 相似文献
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[目的]对姬松茸中分离的gpd启动子片段进行序列分析。[方法]根据报道的gpd启动子序列设计合成1对引物,以姬松茸基因组DNA为模板,采用PCR扩增法克隆得到了2条DNA特异性片段,并利用启动子信号扫描和启动子预测程序对2条序列的片段启动子区和转录结合位点进行分析。[结果]测序结果表明,2条序列分别为372bp和614bp,分别命名为J-gpd 1和J-gpd2,GenBank登陆号分别为：EU220746和EU220747;J-gpd 1有3个,J-gpd 2有4个核心启动子区;2条序列不仅具有基本启动子作用元件CAATBOX和TATABOX外,还具有多个重要作用元件,如CGCGBOX、GATABOX、ASF-motif、W-BOX、TGACGT-motif和GTGA motif等。利用TFSEARCH ver．1．3分析表明,2条序列还舍有多个转录因子结合位点,包括GCR1、ADR1、HSF、ABF1和RAP1等。[结论]研究推测,2条序列所启动的基因具有较高的多样性和准确性。 相似文献
11.
市场流通中半边莲容易与通泉草相互混淆,拟基于rbcL序列建立半边莲与通泉草的分子鉴别方法。采集不同产地的半边莲样品9份,通泉草样品7份,所有受试样品提取总DNA。对其叶绿体DNA中rbcL片段进行扩增、测序,用ClustalX 2.1软件进行多重序列比对后,应用Meg 5.0软件构建NJ系统聚类树进行聚类分析,根据二组样品间的SNP位点设计相互鉴别的特异性引物,建立特异PCR鉴别方法,并应用SYBR Green I染料法建立对2种中草药进行快速检测的方法。本研究建立了对半边莲与通泉草2种中草药进行分子鉴别的方法,并建立了荧光快速检测方法。 相似文献
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［目的］分析帝企鹅（Aptenodytes forsteri）CHD基因序列,以鉴定性别。［方法］采用苯酚∶氯仿抽提法提取6只未知性别的帝企鹅血液中的基因组DNA,运用P2/P8引物扩增CHD基因片段,将PCR产物克隆到T Vector,利用NCBI的Blast 程序,以短趾鹰（Circaetus gallicus）同源序列为比对参照,将帝企鹅CHD基因片段序列与GenBank 中的基因片段序列进行同源性比较分析,鉴定帝企鹅的性别。［结果］测序结果表明,CHDZ和CHDW基因的PCR产物大小分别为378、387 bp,雌雄结果并不明显,不易区分开来。Blast比对结果表明,帝企鹅LD、EK、ZF为雄性,帝企鹅DG、YA、YY为雌性。［结论］结合PCR扩增和测序分析CHD基因,是单态性鸟类性别鉴定的有效和准确的方法。 相似文献
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为临床上能快速诊断虎流感,通过对已分离获得的虎源H5N1流感病毒和GenBank中报道的A型H5N1亚型流感病毒的NP、HA、NA序列,设计合成各个基因的特异性PCR扩增引物和A型流感病毒通用反转录引物。通过优化反应体系及条件,建立一步法可同时扩增出3个基因的联合RT-PCR检测方法。将该方法用于临床病料检测,并与电镜负染、HA/HI及病毒分离等方法进行比较。结果,NP、HA、NA基因的扩增片段大小分别为464bp、581bp、173bp,其检测的敏感性约100个TCID50。该方法的检出率和病毒分离结果相符,高于电镜负染和HA/HI试验。结果显示,该方法可用于虎源流感病毒的临床或实验室检测。 相似文献
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[目的]为了研究绵羊甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因。[方法]以陶塞特羊全血基因组DNA为模板,参考GenBank上牛与人的MBL基因序列合成一对特异性引物,进行PCR扩增,并经回收重组到pBS-T载体,筛选阳性克隆。用DNAMAN软件将部分测序结果同已发表的牛和人MBL序列进行同源性比较,并通过Primer Premier5进行蛋白质氨基酸序列预测。[结果]经PCR扩增获得了549bp的特异性片段。部分测序结果同牛和人MBL序列的同源性分别高达97%和86%,且该DNA序列与牛MBL部分序列编码的氨基酸仅一个之差,证实该序列为绵羊MBL基因的部分序列。[结论]绵羊MBL基因序列的获得,不仅为绵羊MBL基因全序列的获得提供了依据,还有助于进一步揭示MBL的生理和病理功能,对绵羊优良品种的选育具有深远意义。 相似文献
16.
为避免现有的多片段质粒构建技术的弊端,提高多片段质粒构建效率,以构建树干毕赤酵母Agglutinin-like基因的敲除载体为例,利用酿酒酵母活体细胞重组系统,一次性将多个外源DNA片段和线性化质粒重组,形成环状质粒。通过引物设计在相互连接的DNA片段之间引入50bp重叠序列,用PCR扩增DNA片段后,与线性化质粒一起转化酿酒酵母,再用PCR和测序等方法鉴定阳性酵母菌落中质粒的正确性。通过本方法构建的多片段质粒正确率高、耗时短。 相似文献
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根据已发表的IL-18蛋白cDNA序列保守区设计一对特异性引物,应用RT-PCR技术从ConA活化的牛外周血单核细胞中扩增到编码牛IL-18蛋白基因,其大小为582 bp。将该基因克隆到pMD18-T载体中,经序列测定表明该基因与gengbank上发表的牛白细胞介素-18基因序列同源性为98%。将该基因从重组pMD-gIL-18质粒中亚克隆到表达载体pET-32 a（＋）质粒中,构建原核表达重组质粒,经酶切和PCR鉴定后表明构建的重组质粒为阳性。 相似文献
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马传染性贫血病毒弱毒疫苗株感染性分子克隆的构建 总被引：7，自引：1，他引：7
采用PCR方法分 3段扩增出马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株 (EIAVDLA)的前病毒DNA ,这 3个片段覆盖马传染性贫血病毒的全部基因组 ,PCR产物经克隆后顺次连接 ,获得 1个含有EIAV全基因 (8.0kb)的重组质粒 ,将其命名为p8.0。将此 8.0kbEIAV全基因再亚克隆到含有一完整EIAVDLA株长末端重复序列的质粒中 ,获得一含有EIAV驴白细胞弱毒前病毒全基因的重组质粒 ,将其命名为p8.2 ,经核苷酸序列分析 ,证明p8.2含有EIAV前病毒的全基因。用p8.2转染驴白细胞 ,将其作为种毒进行传代 ,于感染该克隆毒的细胞培养上清中检测出了反转录酶活性 ,说明在驴白细胞中由p8.2衍生出了EIA病毒。驴白细胞经该克隆毒感染后 ,第 4天出现病变 ,经透射电镜可观察到典型的马传染性贫血病毒粒子 ,进一步证明p8.2具有感染性 ,笔者获得了马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株的感染性分子克隆 ,为进一步在分子水平上阐明我国EIAV疫苗株的减毒机理和免疫保护机制奠定了基础 相似文献
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根据GenBank中新城疫病毒(NDV)F、HN基因序列和真核细胞表达载体pEGPF-N1的克隆位点,分别设计一对引物,通过PCR方法获得了F、HN基因,经回收纯化,将产物连接到克隆载体pMD18-T上。酶切鉴定和序列分析后,再将目的基因亚克隆到真核细胞表达载体pEGPF-N1上,经鉴定,成功构建含有NDVF和HN基因的真核细胞表达载体pEGPF-N1-F和pEGPF-N1-HN,为下一步研究NDVF和HN蛋白在细胞凋亡中的生物学功能奠定基础。 相似文献
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牛干扰素-γ基因的克隆与真核表达载体的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
根据Genebank中已发表的INF-γ蛋白cDNA序列保守区设计一对特异性引物,应用RT-PCR技术从Con A活化的牛外周血单核细胞中扩增到编码牛INF-γ蛋白基因,其大小为510 bp左右。将该基因克隆到pMD18-T载体中,测序结果与Genebank上发表的INF-γ基因序列进行比较,其同源性为99.8%。将该基因从重组pMD18T-IFN质粒中克隆到表达载体pcDNA3.1(+)质粒中,构建真核表达重组质粒,经酶切和PCR鉴定后表明构建的重组质粒为阳性。 相似文献