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本研究以收集的248份薏苡种质资源为基础,按地理来源将标准化的14表型数据分组,采用最短距离逐步取样法并按一定比例抽样,共获得8个候选核心子集,利用变异系数变化率、均值差异百分率、极差符合率、方差差异百分率、表型保留比例、表型频率方差和Shannon-Wiener指数7个参数进行核心种质代表性检验和评价。结果表明：薏苡初级核心种质库包含67份资源,保留了原始种质27.02%的样品（25%组内取样比例）,其变异系数变化率、均值差异百分率、极差符合率、方差差异百分率、表型保留比例、表型频率方差和Shannon-Wiener指数的检验指标分别为110.05%、0、93.03%、10%、96%、0.655和0.881;t测验结果表明,核心种质库14个表型性状均值与原始种质无显著性差异,仅有3个表型的某一性状级别丢失,其余11个表型均保留了原始种质的所有性状级别（RPR=1.0）,保留表型性状级别比例为96.49%,且多数表型性状的变异系数和遗传多样性指数均略高于原始种质。其结果说明,获得的核心种质库代表性好,遗传多样性丰富。该结果为后期薏苡种质资源的收集、保护、创新利用奠定了重要基础。 相似文献
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中国茶树初级核心种质取样策略研究 总被引：5，自引：0，他引：5
为了快速、准确地从丰富的茶树种质资源中鉴定出育种上迫切需要的优异基因源,需要建立茶树资源的核心种质。利用"茶树种质资源鉴定评价数据库"中数据齐全的1048份资源的基本数据和鉴定评价数据,从总体取样比例、分组方法、组内取样比例和取样方法等方面进行了茶树核心种质构建取样策略研究,为进行茶树核心种质构建提供方法依据。结果表明,以20%的总体取样比例遗传多样性指数最高,能够保留95%以上的表型性状。在此比例下,对3种分组方法、4种组内取样比例、2种组内取样方法与不分组完全随机取样共25种取样方法构建的茶树初级核心种质进行了比较,用表型保留比例、表型方差、表型频率方差、多样性指数、数量性状变异系数5个参数对不同取样方法与原始种质都进行了的比较分析,发现不同检验指标下各种方法的排序结果不同,分组方法与确定组内取样比例的方法之间存在明显的互作效应。综合5种检验参数的排序结果,确定茶区-对数比例-聚类取样为茶树初级核心种质构建的最佳取样策略。 相似文献
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利用基因型值构建水稻核心种质的方法研究 总被引：5，自引：1，他引：4
以992份水稻品种为材料,通过13个性状的测定和评价,进行水稻核心种质的构建方法研究。采用调整无偏预测法（AUP）无偏预测水稻性状的基因型值,用基因型值计算不同遗传材料间的马氏距离,分别用3种聚类方法(最长距离法、不加权类平均以及离差平方和)结合随机取样法、优先取样和变异度取样3种抽样方法构建出9个不同的水稻核心种质。水稻核心种质和原种质资源群体的方差差异百分率、均值差异百分率、极差符合率和变异系数变化率的比较结果表明,采用不加权类平均法进行多次聚类、结合变异度取样的方法可以较好地构建出水稻核心种质。基于基因型值构建的水稻核心种质比利用表现型值构建的核心种质更能代表原种质资源群体的遗传多样性。 相似文献
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基于SSR标记构建甜玉米群体的核心种质 总被引：1，自引：0，他引：1
利用40对SSR引物分别分析56份超甜玉米和88份普甜玉米群体材料,基于非加权算术平均配对法(UPGMA)聚类分析和位点优先取样法,分别筛选出14个超甜玉米核心材料和19个普甜玉米材料作为两个亚群体种质。t测验表明,两个亚核心种质与原始群体的等位变异无显著差异(P0.05),等位变异保留率分别为87.81%和89.13%,有效地保留了原始材料群体的遗传变异。两个亚群核心种质与原始材料群体13个表型性状的均值、标准差、极差、变异系数和Shannon-Weaver多样性指数(H’)的平均符合率都在80%以上,并且均值差异百分率(MD)和方差差异百分率(VD)均小于20%,极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)均大于80%,符合核心种质的质量评价标准。构建的甜玉米核心种质最大程度地保留了原始群体的遗传多样性和表型变异,能够有效地代表原始甜玉米材料群体。 相似文献
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为鉴定评价我国向日葵（Helianthus annuus L.）种质资源在南方地区的表现,筛选构建向日葵核心种质,以422份向日葵种质为材料,在进行2年鉴定观察的基础上,采用描述性统计、相关性分析、主成分分析等方法对11个表型农艺性状进行分析评价。结果表明,原始群体的这些农艺性状具有较大的变异幅度,其变异系数（CV）为3.60%~83.32%,平均变异系数为20.93%,其中分枝株率（0%~62.5%）、单株粒重（9.70~232.35 g）、百粒重（4.60~14.92 g）、叶片数（14.40~48.38个）和株高（103.75~260.00 cm）变异幅度较大;性状间表现出显著的相关性,主成分分析表明,影响性状的4个主要成分解释了总方差的71.72%。采用QGAstation 2.0软件构建了72组核心种质候选群体,并根据均值差异百分数（MD）、方差差异百分率（VD）,极差符合率（CR）和变异系数百分率（VR）,获得组获得1组包含84份材料的最佳核心种质群体。聚类分析将84份核心资源分为5大类,与原群体相比,所选核心种质均值无显著差异,方差显著提高,能最大限度代表原始油葵种质资源保存和利用。 相似文献
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“禾”是适应贵州黔东南山区峡谷森林中遮荫、泥沼、寒冷、积水等特殊自然生境生长的地方水稻品种。以402份禾种质资源为材料,依据禾颖尖颜色差异将原始种质划分为5组,基于26个表型性状,采用逐步聚类法以6种总体取样规模、4种组内取样比例和2种组内取样方法筛选最佳取样策略,构建禾初级核心种质,并对其进行综合评价。结果表明,10%为最适总体取样规模,组内取样比例法以对数比例法最优,聚类取样法是组内最佳取样方法。在最佳取样策略下,共获得47份禾初级核心种质,占比11.69%,表型保留比例为95.77%。核心种质评价结果表明,构建的核心种质作为原始种质的浓缩能够代表禾原始种质的遗传多样性。 相似文献
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我国花生地方品种众多,遗传多样性丰富,是花生育种的主要亲本来源。构建骨干种质可极大提高种质资源的利用效率。本研究以171份花生骨干种质为材料,利用均值差异百分率(MD%)、方差差异百分率(VD%)、极差符合率(CR%)、变异系数变化率(VR%)和香农指数变化率(DR%)等5个参数及主成分分析法对骨干种质代表性进行分析和确认,萎蔫指数和抗旱系数相结合评价171份种质抗旱性。结果显示,骨干种质对全部种质的MD%、VD%、CR%、DR%和VR%分别达到7.69%、7.69%、83.84%、102.48%和104.15%,表明骨干种质代表了全部种质的遗传变异,且丰度较高。此外,主成分分析证实了骨干种质很好地保留了初选骨干种质和全部种质的遗传多样性和群体结构。从171份种质中筛选出13份抗旱花生种质,抗旱系数介于0.50～0.86,萎蔫指数为0～2。本研究构建的骨干种质具有很好的代表性,可为花生优异种质发掘和抗旱育种奠定良好的基础。 相似文献
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以480份花生种质资源为试验材料,按照荚果形状将15个标准化的数据进行分组,取样比例按20%进行,采用欧式距离构建了96份核心种质资源。对构建的核心种质与原始种质的变异范围、平均值、标准差、变异系数和多样性指数的表现进行分析,说明核心种质与原始种质的变异范围、均值基本相同,核心种质的变异系数除蛋白外,均高于原始种质;从核心种质与原始种质各性状的符合率来看,所有性状的变异系数均达到90%以上,多样性指数的符合率平均在89.6%以上,最高符合率达到99.95%,遗传多样性丰富。结果表明,本研究建立的核心种质是有效的,能够代表原始种质。该构建策略为花生感官品质核心种质的高效利用奠定了基础。 相似文献
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云南白莺山地区茶树遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（HE）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。 相似文献
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Assessment on Evaluating Parameters of Rice Core Collections Constructed by Genotypic Values and Molecular Marker Information 总被引：9，自引：0，他引：9
WANG Jian-cheng HU Jin ZHANG Cai-fang ZHANG Sheng 《水稻科学》2007,14(2):101-110
Eleven evaluating parameters for rice core collection were assessed based on genotypic values and molecular marker information. Monte Carlo simulation combined with mixed linear model was used to eliminate the interference from environment in order to draw more reliable results. The coincidence rate of range (CR) was the optimal parameter. Mean Simpson index (MD), mean Shannon-Weaver index of genetic diversity (MI) and mean polymorphism information content (MPIC) were important evaluating parameters. The variable rate of coefficient of variation (VR) could act as an important reference parameter for evaluating the variation degree of core collection. Percentage of polymorphic loci (p) could be used as a determination parameter for the size of core collection. Mean difference percentage (MD) was a determination parameter for the reliability judgment of core collection. The effective evaluating parameters for core collection selected in the research could be used as criteria for sampling percentage in different plant germplasm populations. 相似文献
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Florence Esnault Roland Pellé Jean-Paul Dantec Aurélie Bérard Marie-Christine Le Paslier Jean-Eric Chauvin 《Potato Research》2016,59(4):329-343
This study presents the development of a core collection capturing the genetic diversity of a collection of 350 tetraploid cultivated potato varieties (Solanum tuberosum L.). The core collection was established by using simple sequence repeats (SSR) data and the M strategy, which aims at maximizing the allelic diversity. A 48-core collection was defined which captured 99.5% of the SSR alleles used to establish it, and 96.9% of the SSR alleles which belonged to an independent set of markers. The defined core collection was further validated by analysing 35 agro-morphological traits. The class coverage value and the estimates of the Shannon-Weaver diversity index indicated a good representation of the phenotypic diversity in the core collection. Furthermore, the core set included accessions having the most desirable status for several agronomic traits. A linkage disequilibrium (LD) analysis, using data obtained with the SolCAP SNP array on the defined core collection, was performed. The population structure analysis showed that the core collection did not present a clear genetic structure. The linkage disequilibrium analysis carried out between markers located on the same pseudomolecule within 10,000 bp concluded that 41.3% of these pairs of SNP markers have a significant LD. We conclude that this core collection, representative of the genetic diversity of cultivated potato varieties, is a relevant tool for a first screening for genetic variation regarding novel traits of interest. 相似文献
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小麦植株感染条锈病后叶片花青素含量会发生明显变化。为了在地块尺度上利用冬小麦花青素值实现条锈病害的直观、快速监测,通过监测叶片花青素含量评估小麦条锈病严重程度,2021年获取感染条锈病的小麦田块的无人机RGB影像和采集地面病害区域的花青素含量数据,利用影像提取采样点感兴趣区的光谱特征参数和基于灰度共生矩阵的纹理特征参数,采用连续投影算法(SPA)结合相关性分析优选特征参数,分别采用单一光谱特征参数和组合参数,结合主成分回归(PCR)、拉索回归(LR)、随机森林回归(RFR)、梯度提升回归(GBR)和误差反向传播神经网络(BPNN)等方法构建了小麦花青素含量估算模型,并利用最优模型反演了田块的花青素含量。结果表明,图像光谱特征结合纹理特征后,花青素估算模型的R2增大,RMSE减小,模型精度显著提升。基于组合特征参数构建的随机森林模型精度最高,验证集R2、RMSE和MAE分别为0.801、0.026、0.021。该模型具有良好的花青素含量估算能力,得到的花青素值分布图与条锈病的空间分布具有一致性,能够定量化、可视化地反映病害严重程度。 相似文献