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1.
本研究对狂犬病病毒（rabies virus,RV）CVS株核蛋白基因进行了克隆与测序,推导出相应的氨基酸序列。然后采用Gamier—Robson方法和Chou—Fasman方法预测了蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了蛋白的表面可能性,以Jameson—Wolf方法预测了蛋白的抗原指数。然后综合分析预测蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,核蛋白序列的143—152、166—172、263—273、411—427区域或其附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。本结果为狂犬病反向疫苗学的研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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试验旨在克隆副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）sapA基因,并对其进行生物信息学分析,以期为sapA基因缺失疫苗的开发与应用提供理论依据。以71株临床菌株为研究对象,经PCR扩增鉴定其中的阳性菌株;将扩增得到的sapA基因片段与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经PCR和双酶切鉴定为阳性克隆后进行测序;用生物信息学软件进行核苷酸与氨基酸序列比对、系统进化树分析、蛋白二级和三级结构预测、疏水性预测、柔性区域位预测、B细胞抗原表位预测和Jameson-Wolf抗原指数预测。试验结果显示,在71株临床菌株中,有29株成功扩增出sapA基因,29株Hps的sapA基因核苷酸序列与已公布的SH0165菌株相似性为96.5%~98.8%,除H88菌株外,氨基酸序列与SH0165菌株相似性为98.9%~100%。sapA蛋白二级结构主要有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲,有13个亲水区、38个柔性区和23个B细胞潜在抗原表位。以上结果表明,Hps的sapA基因是一个保守基因,各菌株间核苷酸序列、氨基酸序列都有很高的相似性,sapA蛋白具有较强的抗原性。 相似文献
3.
本文旨在克隆禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA的编码基因,并预测OmpA蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA在免疫保护中所起的作用。作者对禽波氏杆菌的外膜蛋白ompA基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对禽波氏杆菌OmpA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。禽波氏杆菌ompA基因全长597bp,编码199个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角;推测OmpA蛋白有5个B细胞优势抗原表位区域、2个糖基化位点。本研究为进一步分析禽波氏杆菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。 相似文献
4.
为研究弓形虫DOC2基因作为弓形虫疫苗候选抗原分子的可行性,本试验用RT-PCR技术扩增DOC2基因编码区的C-端并测序。将该基因片段用生物信息学软件翻译为氨基酸序列后,预测弓形虫DOC2蛋白C-端的生物学特性、高级结构和B细胞抗原表位。结果表明,DOC2基因C-端片段长度为1887 bp。将其翻译成氨基酸序列后预测含有11个亲水区域和7个跨膜区。二级结构中含有19个α-螺旋、1个β-转角和17个无规则卷曲。结合柔性区域等分析,DOC2蛋白C-端共含有12个线性B细胞抗原表位。结果表明DOC2蛋白C-端可作为弓形虫疫苗候选分子,为研制新型弓形虫DNA疫苗或表位肽疫苗提供理论基础。 相似文献
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狐貉源犬瘟热病毒F蛋白基因的二级结构及其B细胞抗原表位预测 总被引：2，自引：0，他引：2
以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。 相似文献
6.
为分析羊口疮病毒(ORFV/QD/2015株)B2L基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,对其B2L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对扩增所得的基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、细胞抗原表位、三级结构、跨膜结构域和信号肽等进行预测和分析。结果显示:ORFV/QD/2015株B2L基因序列长1 137 bp,编码379个氨基酸;该毒株与其他12株羊口疮病毒参考株的B2L基因核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,氨基酸序列同源性为96.8%~99.2%。系统进化分析显示,ORFV/QD/2015株与2015年分离到的ORFV/Shaan Xi/2015/China株亲缘关系最近;B2L基因编码蛋白二级结构以α-螺旋区域和β-折叠区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。 相似文献
7.
狂犬病病毒糖蛋白基因的克隆及其二级结构和B细胞抗原表位预测 总被引：1，自引：0，他引：1
对狂犬病病毒CVS株糖蛋白基因进行克隆与测序,推导出相应的氨基酸序列。然后采用Gam-ier-Robson法和Chou-Fasman法预测糖蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法分别预测蛋白质的疏水性、表面可能性和抗原指数,并综合分析预测糖蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,该蛋白结构中含有少量的α螺旋、较多的β折叠以及较为丰富的转角区域,在序列的121~126、133~137、161~165、191~193、201~204、214~216、221~225、264~267区域或其附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。 相似文献
8.
本试验克隆了猪圆环病毒2型去除核定位信号的ORF2基因,并对其B细胞抗原表位进行预测.根据新分离毒株PCV2-871[1]的已知序列设计一对引物,PCR扩增其去掉核定位信号的ORF2基因,命名为pcv-581,利用引入的双酶切位点BamH Ⅰ/HindⅢ将其连接到表达载体pQE-32中,命名为pQE-pcv581转化大肠杆菌M15中,同时采用DNAStar软件对去除NLS的ORF2基因进行B细胞抗原表位的预测,为单克隆抗体的制备和抗原表位的鉴定奠定基础. 相似文献
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一株牛蛙源虹彩病毒的分离及鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
用鲤鱼表皮瘤细胞系(epithelioma papulosum cyprini cell line,EPC)从福建省某美洲牛蛙养殖场分离到一株病毒FJ049。感染病毒的EPC呈现细胞圆缩、颗粒增多、脱落等特征性病变。间接免疫荧光检测结果表明,感染FJ049的EPC细胞与虹彩病毒单克隆抗体反应并出现特异性的胞浆荧光。采用PCR对虹彩病毒主衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因保守区域进行扩增,扩增出531 bp的特异性基因片段。MCP基因同源性和遗传进化分析结果表明分离株FJ049与沼泽绿牛蛙虹彩病毒RGV9808的核苷酸同源性最高,为99.8%,属于虹彩病毒科蛙病毒属。 相似文献
10.
《中国动物传染病学报》2016,(5)
通过生物信息学方法预测2-型猪链球菌(Streptococcus suis serotype 2,SS2)保护性抗原ESA(epidermal surface antigen,ESA)在SS 2中的分布和B细胞表位,为研究SS2的多表位疫苗奠定基础。以ESA推定的氨基酸序列为基础,通过生物信息学软件对ESA进行信号肽、跨膜序列等分析,然后分别以Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法分析蛋白的亲水性、表面可能性以及抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法分析蛋白二级结构中柔性区域,进而预测ESA的B细胞表位。结果表明,ESA为跨膜蛋白,B细胞表位位于N-端第30~35、59~64、178~185、245~253区域。多参数或多个软件联合使用能预测SS2保护性抗原ESA的B细胞表位和细胞定位,为实验研究提供帮助,大大缩减实验时间。 相似文献
11.
目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Oarnicr-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPrcd在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51．57、115．122,148．153、199．206、225：232、254．259区段内。 相似文献
12.
基于SLT—IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域．利用Kyte—Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson—Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位．综合以上方法最终预测SLT—IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT—IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31—36区段内。 相似文献
13.
对新型鸭肝炎病毒(DHV)GD1株VP1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。采用DNAStar Protean软件对VP1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可能性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布。结果表明,VP1基因长720 bp,编码240个氨基酸。与国内和韩国分离的新型毒株的氨基酸序列相似性最高,分别为99.6%,92.9%和92.5%。与台湾新型DHV的序列相似性均较低,分别为80.6%,80.2%,与传统的Ⅰ型DHV毒株的序列相似性最低,相似度仅为25.5%。较1型DHV存在多个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～220位。VP1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,有多个区域为B细胞优势表位。该方法预测的B细胞表位结果有较高的准确度,为试验确定新型DHV毒株的VP1结构蛋白的B细胞表位和新的多表位疫苗设计提供了理论基础。 相似文献
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为研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)丝氨酸蛋白酶(espP)作为疫苗候选抗原的可能性,根据GenBank中Hps espP基因(登录号:HAPS_1381)设计引物,以Hps血清11型(H456)菌株的DNA为模板,PCR扩增目的基因并测序。将该基因核苷酸序列翻译成氨基酸序列后,对Hps espP蛋白的信号肽、亲水性区域和B细胞抗原表位进行预测,并预测了该蛋白C端的3D结构。结果显示,Hps espP基因序列全长2 343 bp,共可编码781个氨基酸,其中氨基酸序列的1—23位预测为信号肽。Hps espP蛋白含有12个亲水性区域,并预测含有12个B淋巴细胞抗原表位。构建Hps espP蛋白3D结构显示,该蛋白C端是由12个β折叠层围成的桶状结构。本试验为进一步研制新型副猪嗜血杆菌Hps espP蛋白多肽疫苗奠定基础。 相似文献
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为了阐明华支睾吸虫副肌球蛋白(paramyosin,Pmy)的生物学特性,试验对其功能区的C段(PmyC)基因进行克隆、序列分析及B细胞抗原表位预测,采用TRIzol法提取华支睾吸虫成虫的总RNA,将其反转录成cDNA,再利用PCR方法对PmyC基因进行扩增,将其连接到pMD 18-T载体上进行克隆、测序,并利用DNAStar软件进行序列分析,同时利用生物学软件DNAStar 5. 0对B细胞抗原表位进行预测。结果表明:该虫体PmyC序列长度为903 bp,A+T含量为52. 6%,与NCBI上的华支睾吸虫囊虫幼、麝后睾吸虫、卫氏并殖吸虫和日本血吸虫核苷酸序列的同源性分别为99. 4%、94. 0%、75. 0%和71. 1%。蛋白二级结构预测显示,PmyC蛋白主要由8个α-螺旋、2个β-折叠和3个β-转角构成。B细胞抗原表位预测显示,在该蛋白中有2个B细胞抗原表位。说明华支睾吸虫副肌球蛋白(CsPmy)具有成为抗原分子的潜能。 相似文献
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应用RT-PCR扩增PRRSV-GP5目的基因,将纯化DNA与pMD18-T载体连接并转化入DH5α菌株,将阳性重组质粒进行测序和同源性对比。以此基因为材料,应用同源模型化的方法建立其3D结构和DNAStar软件预测其二级结构、亲水性、抗原指数、表面可及性及柔韧性,并综合分析了其B细胞抗原表位。结果表明,该基因高度保守,同时PRRSV-GP5蛋白呈现较规则的空间结构,其肽段32～36、51～53、140～142、146～151和196～197可能是其优势B细胞抗原表位区域,该结果将为PRRSV-GP5基因工程疫苗的研究和体外表达产物的应用提供理论依据。 相似文献
18.
为预测弓形虫细胞核因子3(TgNF3)基因作为抗弓形虫疫苗候选抗原的可能性,本试验以弓形虫RH株的总RNA为模板,应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增TgNF3基因并连接至pMD18-T载体。筛选阳性克隆后,测序鉴定。将测序结果正确的核苷酸序列翻译成氨基酸序列,运用生物信息学软件分析TgNF3蛋白的结构,预测抗原表位。结果显示,TgNF3基因长约950bp。TgNF3蛋白中包含1个跨膜结构域,9个α-螺旋区,4个β-折叠区,8个亲水区域和10个柔性区域,并预测含有9个线性B细胞抗原表位。结果表明,TgNF3蛋白可能具有良好的免疫原性,为研制以TgNF3为抗原的弓形虫亚单位疫苗及表位疫苗奠定了基础。 相似文献
19.
本研究应用生物信息学方法,预测分析羊传染性脓疱病毒(ORFV)的OVIFNR蛋白结构与B细胞抗原表位。从羊传染性脓疱病羊嘴唇结痂中扩增出ORFV的OVIFNR基因序列并进行测序鉴定,上传至NCBI;应用生物信息学软件,将扩增所得的OVIFNR基因序列和GenBank公布的参考序列,在核苷酸和氨基酸水平上进行同源性分析和遗传进化树构建,并对OVIFNR蛋白分子的理化特性、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和B细胞抗原表位进行预测分析。结果显示:所扩增序列与Hoping和Nantou毒株的OVIFNR基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.6%和100%;通过遗传进化树发现,所扩增序列的毒株与Hoping、ShanX、Nantou毒株处于同一分支;OVIFNR蛋白的理论等电点为4.83,半衰期为30 h,脂肪族指数77.92,总平均疏水性为–0.181,无跨膜区和信号肽,不属于跨膜蛋白;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占68.64%、7.56%、15.13%、9.18%,筛选出了8个优势B细胞表位;OVIFNR蛋白为亲水性蛋白,含有较多B细胞表位,具有抗原性,可以作为ORFV检测的新靶点。本研究为OVIFNR蛋白的功能研究和ORFV检测方法的建立提供了理论依据。 相似文献
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根据Gen Bank中的鸡肠炎沙门氏菌ompA基因序列,设计了1对引物,成功克隆出鸡肠炎沙门氏菌ompA基因,扩增产物大小为1053bp。采用DNA Star Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸡肠炎沙门氏菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸡肠炎沙门氏菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。 相似文献