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1.
为合理利用地方猪遗传资源,随机选取河北省4个市的4个黑猪群体,采用FAO-ISAG联合推荐的8个微卫星标记对各样本群体的等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量及F-统计量进行检测。结果显示,8个微卫星座位共检测到66个等位基因。有效等位基因数(3.103~5.349),观察杂合度(0.346~0.437),期望杂合度(0.638~0.790)和多态信息含量(0.578~0.762)4个指标,表明4个猪群体具有丰富的多样性。所检测的微卫星位点均偏离平衡状态,主要是由于起始群体规模小或公猪家系少所致。F统计量结果表明,4个猪群体都存在一定程度的近交。依据对4个猪群的分析结果,群体1、2可通过扩大血统数,以减缓近交程度;群体3、4应开展选育,以提高群体一致性。 相似文献
2.
采用8个微卫星座位对福建省5个地方品种猪(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量(PIC)、Nei氏标准遗传距离.结果表明:8个微卫星位点均为高度多态位点;5个品种间的遗传多样性比较高;8个微卫星位点H平均为0.7006-0.7760;PIC为0.6917-0.7609;莆田黑猪与闽北花猪的遗传距离最小(0.5531),官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大(0.8618). 相似文献
3.
中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析 总被引：17，自引：0，他引：17
【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。 相似文献
4.
利用16个微卫星标记分析6个鸭品种的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为系统评价润州凤头白鸭、连城白鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、吉安红毛鸭和于田麻鸭6个鸭品种的遗传多样性。【方法】利用16个微卫星位点(STR分型技术)对6个鸭品种(各30只)的遗传多样性参数进行检测并进行聚类分析。【结果】16个微卫星位点共检测到141个等位基因,多态信息含量(PIC)介于0.25～0.60之间,其中,9个座位为高度多态位点(PIC0.50),7个座位为中度多态位点(0.25PIC0.50);6个鸭品种在微卫星座位的平均杂合度在0.385 4～0.518 7;聚类分析结果表明,润州凤头白鸭先与于田麻鸭聚为一类,再与连城白鸭聚为一类;北京鸭先与樱桃谷鸭聚为一类,再与吉安红毛鸭聚为一类。【结论】6个鸭品种遗传多样性丰富,反映了中国地方鸭品种间遗传多样性的差异。 相似文献
5.
利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
6.
【目的】分析4个陕南水牛群体的遗传多样性,为陕南水牛品种的资源保护和开发利用提供理论支持。【方法】利用10对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对192头陕南水牛(分别采自城固、南郑、宁强和汉滨4个群体,每群体48头)进行了遗传多样性检测,统计了各群体的等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(H)、各群体间的奈氏标准遗传距离及多态信息含量(PIC),根据遗传距离进行了聚类分析。【结果】4个陕南水牛群体在10个微卫星位点共发现104个等位基因,其中有8个特有等位基因,等位基因频率为0.0052～0.3490,总群体各位点平均有效等位基因数为4.0174～13.1469;10个微卫星位点平均多态信息含量为0.7007～0.8932,均为高度多态;平均杂合度为0.7550～0.9288。聚类分析结果显示,城固群体与南郑群体首先聚在一起,然后依次同宁强、汉滨水牛群体聚在一起。【结论】10对微卫星标记可作为有效的遗传标记用于陕南水牛遗传多样性的分析;陕南水牛群体变异程度多样性丰富,选育程度较低;聚类分析结果符合陕南水牛的地理分布格局和产区的自然环境,4个群体之间遗传差异较小,遗传一致性程度较大。 相似文献
7.
济宁青山羊微卫星标记多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
《山东农业科学》2017,(2)
选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。 相似文献
8.
为了解波尔山羊群体的遗传多样性,选择了位于不同染色体上、具有较高多态性的10个微卫星标记对波尔山羊群体进行研究。结果表明:在BM1329等10个微卫星标记上共检测到145个等位基因,每个标记都检测到至少10个等位基因(平均每个标记检测出14.5个),有效等位基因数为6.4～14.9个,基因频率最高的是OarAE101标记的95 bp片段(0.239 1);10个微卫星标记的多态信息含量都在0.95以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中BMS1591标记的多态信息含量最高,为0.995 5;各标记的观测杂合度在0.616 7～0.984 4之间,期望杂合度在0.8441～0.932 8之间,平均期望杂合度为0.894 0,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异较大。 相似文献
9.
猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)定位 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】检测定位猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状位点。【方法】以3个品种(大白猪、长白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头试验猪组成资源群体,在猪10号染色体上共选取13个微卫星标记,采用基于线性混合模型方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测。通过似然比检验,利用置换法确定显著性阈值。【结果】()13个标记在群体中绝大多数的微卫星属于中度多态的遗传标记,所有微卫星标记在3个品种中的平均等位基因数为3.1754,平均杂合度为0.5215,平均多态信息含量为0.5999,平均香浓指数为1.3222。(2)达到了染色体极显著水平的3个QTL(P＜0.01),分别是影响着红细胞压积(HCT)、血红蛋白含量(HGB)和平均红细胞体积(MCV),影响血小板总数(PLT)的QTL也达到染色体显著水平(P＜0.05)。【结论】定位的4个影响猪血常规的QTL集中在10号染色体81—136cM区域,临近的标记分别为SW249、SWR136、S0070和SW1894。 相似文献
10.
《贵州农业科学》2015,(12)
为了解施氏鲟养殖场后备亲本的遗传背景,抑制种质资源退化,防止近交衰退,采用30对鲟属微卫星分子标记,分析施氏鲟后备亲鱼的遗传多样性,筛选出多态性微卫星标记引物。将筛选的引物进行荧光标记,对32尾后备亲鱼进行基因组DNA扩增,采用毛细管电泳进行基因分型,统计分析等位基因数、多态信息含量(PIC)等遗传多样性指标。结果表明:筛选出多态性微卫星标记13对基因,13个位点共扩增等位基因166个,平均等位基因数为12.77,平均有效等位基因数为8.03,等位基因频率为0.006 7~0.4314,平均期望杂合度为0.860 7,平均多态信息含量为0.844 9。初步表明,该亲鱼群体具有较高的遗传多样性。 相似文献
11.
利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。 相似文献
12.
《甘肃农业大学学报》2019,(6)
【目的】了解中国部分地方鸭品种的群体遗传结构和遗传分化.【方法】使用荧光标记的微卫星引物和ABI-3730XL型DNA测序仪器,对我国6个地方鸭品种(180只)在16个微卫星位点上的等位基因进行STR分型测序,利用Structure和Fstat软件对群体结构和遗传分化进行分析.【结果】16个微卫星位点共检测到141个等位基因,具有高度多态性;F-统计量结果显示群体间存在显著的遗传分化;Structure程序成功构建出了6个鸭品种的遗传分化结构图;Structure程序构建的Neighbor Joining(NJ)图将‘润州凤头白鸭’‘于田麻鸭’聚为一类,‘北京鸭’与‘樱桃谷鸭’‘吉安红毛鸭’聚为一类.【结论】通过16个多态性较好的微卫星位点对中国6个地方鸭品种进行了遗传结构性和遗传分化研究,为获取我国地方鸭品种间的遗传信息和遗传关系提供更准确的依据. 相似文献
13.
五指山猪3个近交家系内微卫星等位基因的遗传变化 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪（Wuzhishan Miniature pig,WZSP）F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和等位基因数（N）等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平均杂合度分别为0.32,多态信息含量为0.25;Ⅲ系F14-F17的平均等位基因数为2.17,平均杂合度为0.44,平均多态信息含量为0.32。【结论】随近交代数的推进,每个星座上等位基因数越来越少,基因的纯合度越来越高,但WZSP近交系微卫星等位基因的纯合度有一定的限度,与近交鼠有所不同;在近交系3个家系各个世代中有少数几个基因座,如Sw874和Sw936等一直处于高度杂合状态,这可能与WZSP近交家系的种质特异性有关,推测与这些基因座处于同一连锁群的某些功能基因在维持极高近交水平下WZSP的基本生存能力中起着关键作用。3个近交群体间的分化系数在0.07以上,已各自成为独立家系;3个家系的近交程度不完全一致,基因的纯合度亦不同,Ⅱ系最高、14个微卫星座中7个纯合,其次为Ⅰ系和Ⅲ系。 相似文献
14.
【目的】调查中国4个地方绒山羊品种的遗传多样性现状,为其资源保护策略的制定提供理论依据。【方法】利用联合国粮农组织(FAO)推荐的6个微卫星标记,并结合荧光多重PCR,计算等位基因频率、杂合度、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne),评估其种内遗传变异和品种间遗传关系,利用NJ法和主成分分析法进行聚类,利用相关分析考察品种间遗传距离与地理距离的相关性。【结果】SRCRSP5、OarFCB48I、NRA063、OarFCB20、OarFCB304 5个位点均为高度多态位点,可作为有效的遗传标记用于山羊品种的遗传多样性和系统发生关系分析;4个绒山羊品种在6个微卫星座位均具有多态性,平均等位基因数为8.33~11.00,杂和度和多态信息含量均较高,品种平均杂合度在0.696 7~0.802 7。NJ树显示,河谷绒山羊与河西绒山羊遗传关系最近,与新疆绒山羊遗传关系次之,与辽宁绒山羊遗传关系最远,这一结果在主成分分析中也得到了验证;相关分析显示,4个绒山羊品种间的遗传距离与地理距离呈中度正相关。【结论】目前4个绒山羊保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,品种间亲缘关系与品种育成史及地理分布基本一致。 相似文献
15.
用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)和有效等位基因数(E)等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究.结果表明:(1)8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7.2个等位基因(3-11);8个微卫星标记的PIC平均为0.6471(0.3942-0.8062),各群体的PIC差异不显著;全部群体的H为0.2930;各群体的E平均为3.37(3.03-3.84).这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性,说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性.(2)根据Ne i氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示,4个群体间的遗传变异不大.福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;遗传距离及聚类分析结果表明,这些群体黄牛属于同一个地方品种. 相似文献
16.
利用现代分子标记技术寻找影响猪产仔数的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高繁殖率猪的品种或品系提供依据。试验采用PCR-SSCP技术检测了安徽4个地方品种猪(安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪、定远黑猪)OB基因第2、第3外显子的多态性,同时探讨该基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的效应。结果显示：①安徽4个地方品种猪的OB基因外显子2上没有检测到多态性突变位点,而在外显子3上两对引物的扩增片段均存在多态性突变位点;经克隆测序分析发现,外显子3在3 469 bp处存在T→C突变,在3 714 bp处存在G→T突变,但这两个突变位点均属于同义突变。②T3469C突变位点上检测到AA、AB、BB 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因A基因频率分别为0.617 6、0.637 3、0.527 3、0.609 6;G3714T突变位点上检测到CC、CD、DD 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因的C频率分别为0.705 9、0.578 4、0.663 6、O.637 0;A、C等位基因占主导地位。③最小二乘分析表明,T3469C和G3714T位点上3种基因型对4个地方品种猪在头胎产活仔数和经产产活仔数上的效应均为BB＞AB＞AA、DD＞CD＞CC。初步推断OB基因可能是影响安徽地方猪产仔性状的候选基因之一或该基因与主基因相连锁,因此可以用该标记位点对安徽地方猪产仔性状进行标记辅助选择。 相似文献
17.
【目的】研究血鹦鹉家系的遗传多样性以及经济性状与微卫星分子标记的连锁关系,为血鹦鹉分子育种提供理论支持。【方法】利用自行开发的6对微卫星标记(Vsac01、Vsac02、Vsac03、Vsac04、Vsac05、Vsac06)对3个血鹦鹉家系进行了遗传多样性研究,并利用SPSS软件对这些位点与经济性状的相关性进行了分析。【结果】6对标记在3个家系中共检测出26个等位基因,每个位点的等位基因数为2~4;有效等位基因数为1.87~3.83;期望杂合度为0.464 4~0.738 9;观察杂合度为0.666 7~1.000 0;多态信息含量(PIC)为0.356 6~0.690 5,平均值为0.457 0,总体表现为中等多态(0.25≤PIC≤0.50),3个家系的遗传多样性处于较高水平。相关性分析结果表明,Vsac02与体质量、褪色率显著相关(P0.05),与体高/体长极显著相关(P0.01);Vsac05、Vsac06与体质量显著相关(P0.05),与体长极显著相关(P0.01),Vsac06还与褪色率显著相关(P0.05);Vsac01、Vsac04与肥满度极显著相关(P0.01),Vsac03与所测指标之间均无相关性。【结论】试验所选的3个血鹦鹉家系遗传多样性较高,获得了5个与经济性状相关的微卫星标记。 相似文献
18.
牦牛品种的遗传多样性及其分类研究 总被引：27，自引：5，他引：27
【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究，从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】（1）9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性，均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因（5～9）；9个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6534（0.5037～0.7351），各群体的平均多态信息含量（PIC）差异不显著；全部群体平均杂合度为0.6625，麦洼牦牛（若尔盖群体）平均杂合度最高，为0.6883，而九龙牦牛杂合度最低，为0.6317；各群体平均有效等位基因数为3.2680（3.189～3.4478），其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性，说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）通过各指标的分析可以看出，九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大，遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛（红原群体）的遗传距离最大，为1.506；麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小，为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类，九龙牦牛单独成一大类，其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起，大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】（1）中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性；（2）本研究中的5个牦牛群体聚为两大类，与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致，说明中国牦牛分为两个类型是合理的。 相似文献
19.
【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。 相似文献
20.
14个微卫星标记分析巢湖麻鸭群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育. 相似文献