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为了解在不同投喂方式下大黄鱼的肠道微生态结构,研究采用高通量测序的方法对投喂冰鲜饲料和投喂颗粒饲料的大黄鱼的肠道菌群进行高通量测序,分析了肠道菌群结构差异。研究表明:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)是大黄鱼肠道的主要菌群,其中变形菌门的丰度超过了30%;不同投喂组的大黄鱼肠道菌群结构存在一定差异,投喂冰鲜料组大黄鱼肠道内菌群OTUs和菌群的α多样性略低于投喂颗粒料的。 相似文献
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鱼类肠道内存在着大量的微生物类群,其在宿主生长发育、代谢及免疫调控过程中扮演着重要的角色。大量研究显示肠道菌群与宿主脂代谢关系密切,能够通过调节肠道短链脂肪酸(short-chain fatty acids, SCFAs)、内毒素(lipopolysaccharide, LPS)、胆汁酸、氧化三甲胺等菌群代谢产物以及肠上皮细胞的通透性,影响宿主脂质代谢。本文对国内外鱼类肠道菌群及其与机体脂质代谢作用关系进行梳理,综合报道了鱼类肠道菌群的组成、脂类营养对鱼类肠道菌群的影响、鱼类肠道菌群与机体脂质代谢的关系及基于肠道菌群调控鱼类脂质代谢的策略。在鱼类肠道中,菌群种类及结构的变化或可作为鱼类脂代谢紊乱的早期诊断标志。在此基础上,基于肠道菌群稳态维持而采取调控手段,如合理应用益生菌、益生元等,或将为鱼类等水产动物脂质代谢紊乱防控提供新的方法。 相似文献
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以霍氏肠杆菌(E3)和乳酸菌(R3)2株益生菌对凡纳滨对虾进行为期4周的养殖饲喂实验,饲喂后期利用Biolog-ECO方法对实验组及空白组的凡纳滨对虾肠道微生物菌群多样性的差异进行比较分析,以评价益生菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群代谢功能的影响。结果显示,添加霍氏肠杆菌(E3)或乳酸菌(R3)的实验组,与空白组相比较,平均每孔颜色变化率显著上升,表明益生菌增强了肠道微生物活性;凡纳滨对虾肠道微生物利用各类碳源的整体能力显著增强,表明益生菌可以促进水产动物的代谢功能;肠道微生物多样性指数(包括Shannon、Simpson和McIntosh指数)有明显差异,表明饲喂2株益生菌可以提高凡纳滨对虾肠道菌群的丰富度。其中,停喂霍氏肠杆菌后第1天和第5天取样结果表明,Shannon指数显著降低,Simpson和McIntosh指数显著升高;停喂乳酸菌后的第1天和第5天取样结果表明,Shannon指数无显著差异,Simpson和McIntosh指数显著升高;二者在第10天取样的结果中均无显著差异,表明饲料中添加益生菌可以改变凡纳滨对虾肠道内原有菌群的数量和结构,促进对虾肠道内微生物群落间复杂的相互作用,进而在维持或者促进对虾健康方面发挥着重要的作用,同时也表明此两株益生菌在凡纳滨对虾肠道中停留时间最少为5 d。 相似文献
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两种疾病发生对养殖半滑舌鳎肠道菌群结构的影响分析 总被引：5，自引：5，他引：0
为研究疾病发生情况下鱼类肠道菌群的结构变化,运用高通量测序方法分别对感染腹水病和皮肤溃疡病的工厂化养殖半滑舌鳎病鱼及同一养殖系统中健康鱼的肠道菌群结构进行了对比分析。结果发现,养殖半滑舌鳎肠道中的细菌种类要明显少于环境中的细菌种类,仅为养殖池进水和颗粒饲料中细菌种类总数的14.3%~44.7%。在疾病发生后,病鱼肠道中的细菌种类数量仅是同一养殖系统中健康鱼肠道细菌种类数量的45.8%和64.5%,病鱼肠道中细菌多样性下降非常明显。进一步分析肠道菌群结构的组成发现,虽然发病鱼和健康鱼肠道中超过60%的细菌种类不相同,但优势菌群的结构组成差异不明显,丰度最高的前10种细菌种类基本相同,其比例超过肠道相对总菌量的80%。不同疾病的发生对半滑舌鳎肠道菌群结构的影响也不同,腹水病会造成肠道中优势菌株的种类和相对丰度都发生比较明显的改变,而皮肤溃疡病发生前后肠道菌群结构组成几乎没有变化。研究表明,养殖半滑舌鳎的肠道菌群结构相对比较保守,而且并不是所有的疾病种类都会引起肠道菌群结构发生改变。 相似文献
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为探究虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)感染对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)肠道菌群的影响,本研究基于16S rRNA基因的测序结果,对感染EHP的脊尾白虾肠道菌群进行了分析。结果显示,感染虾与健康虾肠道菌群差异较大,且其肠道菌群结构多样性显著低于健康虾。研究发现,病虾中归属于变形菌门(Proteobacteria)的脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、未分类蓝细菌科(unidentified Cyanobacteria)、支原体科(Mycoplasmataceae)和未分类α变形菌科(unidentified Alphaproteobacteria)为优势菌,而归属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)及噬几丁质杆菌科(Chitinophagaceae)细菌在健康虾中占据优势地位。EHP侵蚀导致感染虾肠道内潜在致病菌显著增加(P<0.05),增加了其他疾病的易感性。此外,通过Tax4Fun功能预测,发现感染虾肠道菌群主要用于新陈代谢,从而抵抗EHP侵染,维持机体正常功能;健康虾肠道菌群则多用于个体生长与环境信息处理,进而保证生长与存活。本研究从虾肠道菌群结构方面入手,进一步探究了EHP感染对脊尾白虾肠道菌群的影响,以期为EHP的防治提供帮助。 相似文献
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《渔业科学进展》2017,(1)
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。 相似文献
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为研究血根碱对中华鳖(Trionyx sinensis)肠道菌群多样性及丰度的影响,选取480只初始体重为(31.75±7.20) g的中华鳖,设置添加0的对照组(RS1)和添加50 (RS2)、100 (RS3)和150 mg/kg (RS4)的3个实验组。实验结束后,提取中华鳖中肠组织的总DNA,进行16S rRNA V3-4区基因组测序。结果显示,实验组的总操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数量显著高于对照组,肠道菌群复杂度及丰富度较对照组有明显增加。肠道菌群结构组成分析发现,RS1与RS2结构较为接近,而RS1与RS3、RS4较远。在门分类水平上,变形菌门(Proteobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)是优势菌群;在属分类水平上,螺杆菌属(Helicobacter)占绝对优势。通过比较发现,实验组中螺杆菌属丰度较对照组显著下降,而不动杆菌属(Acinetobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)丰度均有明显上升。研究表明,在饲料中添加适量的血根碱(100~150 mg/kg)能有效提高中华鳖肠道菌群多样性及丰富度,并能改善肠道菌群结构。 相似文献
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采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律. 相似文献
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正乳酸菌指发酵糖类主要产物为乳酸的一类无芽孢、革兰氏染色阳性细菌的总称,广泛存在于畜、禽肠道中。粪肠球菌是一种兼性厌氧的乳酸菌,是人和动物肠道内主要菌群之一,能产生天然抗生素,有利于机体健康。同时还能产生细菌素等抑菌物质,抑制大肠杆菌和沙门氏菌等病原菌的生长,改善肠道微环境。"益生康"是以粪肠球菌为主、辅以芽孢杆菌、酵母菌、反硝化细菌等有益微生物菌群发酵而成,在发酵时辅以生物多糖、蛋白质、氨基 相似文献
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我国是水产养殖大国,随着高密度、集约化养殖模式的发展,养殖中各种病害频繁发生,大量甚至提前使用抗生素进行病害预防相当普遍,抗生素的残留及耐药性对我国水产养殖业造成了严重影响。在纷纷寻求抗生素替代物的背景下,抗菌肽具有广谱抗菌性,较抗生素而言具有独特的抗菌机理,养殖过程中使用抗菌肽不易产生耐药性菌株,又具有提高鱼类等水生动物的生产性能及非特异性免疫功能等作用,正逐渐成为替代抗生素的新型抗菌药物而用于水产养殖中。目前有关抗菌肽在水产养殖上的应用研究主要集中在鱼类等水生动物自身产生的抗菌肽以及作为饲料添加剂的外源性抗菌肽。外源抗菌肽经摄食途径进入肠道,改善鱼类肠道的肠绒毛、肠皱襞高度及肌层厚层等组织形态结构,促进消化吸收功能;调节肠道菌群结构,在杀灭肠道有害微生物的同时增加益生菌含量,改善肠道微环境;在提高肠道消化酶活性和抗氧化能力等方面保障鱼类的肠道健康,同时提高鱼类生产性能、改善其品质、增强鱼体抗氧化和免疫功能[1-3]。笔者着重从水产养殖中抗菌肽饲料添加剂的来源及其与肠道菌群、肠道组织结构、肠道消化功能等相关研究进行总结分析,探讨存在的问题和对策,为抗菌肽在水产养殖中的应用,特别是保护鱼类肠道健康提供参考。 相似文献
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为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系,本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征,并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示,刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外,肠道菌群具有一定的独立性,其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi),以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库,共注释到300条三级代谢通路,其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面,具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明,刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性,但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。 相似文献
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摄食不同饵料的大口黑鲈肠道菌群分析 总被引：1，自引：1，他引：1
为了探究投喂冰鲜杂鱼和人工配合饲料对大口黑鲈肠道菌群的影响,本研究采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)对摄食不同饵料的2组鲈鱼肠道内容物的细菌群落结构进行了比较分析.结果显示,冰鲜组与饲料组的大口黑鲈肠道菌群组成相似性较低(相似性24％),且冰鲜组肠道菌群多样性高于饲料组.对2组大口黑鲈中共有条带和特异性条带进一步测序分析显示,2组大口黑鲈肠道共有菌有红螺菌、梭菌、保科爱德华菌、嗜麦芽窄食单胞菌和蓝细菌.冰鲜组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为拟杆菌、肉食杆菌、魏斯氏菌和邻单胞菌;饲料组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为黄杆菌、鲸杆菌、柠檬明串珠菌、缺陷短波单胞菌.研究表明,与投喂冰鲜杂鱼的大口黑鲈相比,人工配合饲料降低了大口黑鲈肠道菌群多样性,也抑制了拟杆菌等有益菌在大口黑鲈肠道内的分布.推测饲料组大口黑鲈生长较慢可能与其肠道菌群中拟杆菌与厚壁菌的比值下降有关.研究结果提示,在今后大口黑鲈养殖或者人工配合饲料研制过程中,添加拟杆菌等益生菌也许可促进大口黑鲈的生长和营养吸收. 相似文献
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为确定脂肪源种类对卵形鲳鲹肠道微生物结构和组成的影响,本研究通过高通量测序技术分析不同脂肪源对卵形鲳鲹肠道微生物菌群结构、多样性和差异性的影响。以鱼油、磷虾油、豆油、玉米油,1∶1鱼油-豆油、1∶1鱼油-玉米油、1∶1磷虾油-豆油和1∶1磷虾油-玉米油为主要脂肪源,配制了8种等氮等能的饲料投喂640尾卵形鲳鲹。测序结果显示,在卵形鲳鲹肠道内共获得1087662个序列,运算分类单元稀释曲线趋于平缓表明测序深度已经基本覆盖到样品中所有的物种。在门水平上,主要注释到拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和软壁菌门4个门,且变形菌门为优势菌群。不同脂肪源对ACE指数、Chao1指数、香农-威纳指数和辛普森多样性指数具有显著影响,磷虾油组和1∶1鱼油-豆油组具有较高的肠道微生物丰富度和多样性。主坐标分析和主成分分析表明,不同脂肪源对肠道菌群结构影响显著,这可能与脂肪酸种类和含量有关。本试验结果显示,不同脂肪源对卵形鲳鲹肠道微生物菌群具有显著影响。 相似文献
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鱼类肠道菌群的结构和功能对其生长发育起重要作用。丁■是我国新疆地区特有的经济养殖鱼类，为评估野生丁■和养殖丁■肠道微生物菌群的结构和差异，以野生丁■和养殖丁■作为研究对象，采用Illumina Miseq高通量测序方法对其肠道16S rRNA基因的V3～V4区进行测序，比较两种环境条件下丁■肠道微生物菌群结构的丰度变化和差异。试验结果显示，丁■肠道微生物的优势菌群主要为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门。但在两种环境下，其肠道菌群结构存在明显差异：在门水平下，梭菌门和酸菌门在养殖丁■中的丰度显著低于野生丁■(P<0.05);在属水平下，乳酸杆菌属和不动杆菌属在养殖丁■中的丰度高于野生丁■,而支原体和黄杆菌属则显著低于野生丁■(P<0.01);在种水平下，洛菲不动杆菌在养殖丁■中的含量显著高于野生丁■(P<0.01),而未分类的黄杆菌则显著低于野生丁■(P<0.05)。试验结果表明，由于饲养环境的改变，野生丁■和养殖丁■肠道菌群的组成及丰度出现显著变化。该结果可为后续丁■肠道微生物的研究和养殖管理提供基础数据和参考。 相似文献
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鱼类肠道菌群的研究概况 总被引：5，自引：0，他引：5
鱼类肠道存在着正常的细菌群落,这些微生物群为宿主创造生存的微环境,同时宿主也为它们提供生长繁衍的条件,两者相互依赖、相互制约,形成了统一的整体。综述了鱼类肠道菌群的研究意义、肠道菌群的形成、肠道菌群的数量和组成、肠道菌群的作用。肠道菌群的作用主要包括辅助消化作用、肠道菌群的变化和免疫机能的相关性、对外来菌群和寄生虫的作用、提供营养物质等。 相似文献