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1.
为探究莆田近海孔烂病海带微生物群落结构及其与环境因子的关系，本研究采用16S rRNA扩增子测序技术对健康海带(HT)、孔烂病海带(DT)、健康海带养殖区海水(HS)和孔烂病海带养殖区海水(DS)样本进行测序分析，利用冗余分析研究了海水微生物群落与环境因子的关系。结果显示，HT和DT样本的丰富度指数(ace)、香农指数(shannon)和均匀度指数(heip)均具有显著性差异，HS和DS样本的丰富度指数和香农指数有显著性差异，均匀度指数则无显著性差异，各样本的微生物群落分区明显。微生物群落组成分析显示，HT和DT样本群落组成的差异主要由盐单胞菌科产生，而HS和DS样本群落组成的差异主要由蓝细菌门和假交替单胞菌科决定。环境因子关联分析显示，盐度和温度与微生物群落的关联在HS和DS样本中具有显著性差异，对海水微生物群落分布影响较大。海水微生物中的优势菌蓝细菌与盐度，与温度呈负相关；优势菌科黄杆菌科、红杆菌科、假交替单胞菌科和弧菌科与盐度呈负相关，与温度呈正相关。研究表明，孔烂病的发生可能与海带微生物中的盐单胞菌和海水微生物中的蓝细菌和假交替单胞菌有密切的联系，盐度和温度可能是导致海水微生物群落发生变化的关键环境因子。 相似文献
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为探究海带(Saccharina japonica)生活史孢子体、配子体不同阶段的附生菌群落结构的差异,采用Illumina测序技术,分析了种海带(S1)、配子体(S2)、幼孢子体(S3)和大孢子体(S4)这4个不同阶段的藻体上附生菌16S rRNA序列,研究其附生菌群落结构。结果显示,4个阶段共识别出23门156属共244个操作分类单元(OTU)。从门分类上来说,变形菌门(Proteobacteria)在海带各阶段中均表现出较高的丰度,在S1、S2、S3和S4藻体样本中相对丰度分别达53.0%、94.3%、77.2%和36.7%,蓝细菌门(Cyanobacteria)只在S4藻体样本中表现出较高的丰度,为43.8%;从属分类上来说,假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)在各样本间差异较大,S2、S3和S4样本中相对丰度分别为65.00%、44.88%和25.57%,但在S1样本中仅为0.18%。各样品间附生菌群落结构差异较大,S1与S4样本相邻聚为一支,S2与S3样本为另一支。S2样本的菌群种类单一且分布不均匀,S1、S3与S4样本细菌种类丰富,但S4样本中菌群间的丰度差异较大。海带的苗种繁育阶段(S2和S3)存在褐藻酸降解菌丰度增加的趋势,孢子体阶段(S4)则具有高丰度的共生型蓝细菌。 相似文献
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为研究大连两个海区海带相关可培养细菌群落,于2014年12月和2015年3月分别自登沙河湾和正明寺海带养殖区采集健康海带孢子体和海水,采用2216E涂布平板法,共分离出240株细菌,对所有菌株进行PCR和16S rDNA测序。结果表明,120条海带相关序列归属为4个门、5个纲、8个目、15个科、19个属、42个种;120条海水序列属于4个门、6个纲、10个目、18个科、26个属,46个种。在门水平,海带相关和海水细菌群落均可分为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中变形菌门和厚壁菌门为优势门。在属水平,海带相关优势属为嗜冷杆菌属、假单胞菌属、副球菌属和Salinibacterium;海水相关优势属为芽孢杆菌属、假单胞菌属、动球菌属、假交替单胞菌属和弧菌属。只从海带分离出的细菌属于微杆菌属、微小杆菌属、黄杆菌属、短小杆菌属、肠杆菌属、寡养单胞菌属和原小单孢菌属。Srensen指数表明,两个海区海带细菌群落有一定差异,不同海区海水及同一海区海带与海水细菌群落明显不同。 相似文献
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裙带菜(Undaria pinnatifida)是一种重要的大型褐藻,具有较高的经济和食用价值。藻类的附生微生物既能通过代谢产物调控宿主藻类的生长发育,特定条件下又可能导致病害。了解裙带菜附生微生物群落组成对研究裙带菜与附生微生物间的相互作用、种质资源的有效保存以及防治藻类病害等有重要意义。现有研究大多集中于海带和紫菜,关于裙带菜的附生微生物,特别是不同生活史的对比研究还很少。本研究通过16S rRNA基因高通量测序发现,裙带菜配子体和孢子体的附生细菌群落组成有明显差异,配子体样品中的细菌群落丰度和多样性均大于孢子体。配子体中变形菌门(Proteobacteria)(66.67%)为第一优势菌门,其次为拟杆菌门(Bacteroidetes)(13.48%)和蓝细菌门(Cyanobacteria)(11.13%),α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(34.58%)为第一优势菌纲,其次为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)(31.01%);而孢子体中蓝细菌门(95.67%)占绝对优势,其次为放线菌门(Actinobacteria)(1.65%)和厚壁菌门(Firmicutes)(1.48%)。裙带菜样品经18S rRNA基因测序检测出链形植物(Streptophyta)、纤毛虫门(Intramacronucleata)、担子菌门(Basidiomycota)、顶复亚门(Apicomplexa)、节肢动物门(Arthropoda)、硅藻门(Bacillariophyta)、脊索动物门(Chordata)、腹毛动物门(Gastrotricha)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉菌门(Mucoromycota),其中,担子菌门、子囊菌门和毛霉菌门属于真菌,孢子体的真核微生物群落丰度大于配子体。本研究确定了裙带菜配子体和孢子体附生微生物群落组成以及不同细菌和真核微生物的相对丰度,结果表明,2个世代之间存在显著差异,为后续研究藻类宿主与微生物之间的相互作用、提高海带目褐藻种质保存技术提供了基础的数据支持。 相似文献
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为探究中华鲟(Acipenser sinensis)皮肤黏膜层微生物菌群结构和其骨板褪色症之间的关系, 本研究通过 Illumina 高通量测序, 分析健康和患病中华鲟背骨板皮肤、躯干部皮肤微生物菌群结构特征。结果显示: 4 种来源皮肤黏膜层共有 3406 个 OTU。与健康组相比, 疾病组背骨板皮肤 OTUs 数量下降 84%, 躯干部皮肤 OTUs 数量下降 55%。在门分类水平, 健康组背骨板皮肤和躯干部皮肤的优势菌门组成较为相似, 均以变形菌门(Proteobacteria)、 厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为主, 三者占比超过 75%; 拟杆菌门在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤高度富集, 前者相对丰度由 11.15%升高至 67.99%, 后者相对丰度由 20.28%升高至 53.48%。在属分类水平, 黄杆菌属(Flavobacterium)在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤中相对丰度分别为42.83%和 21.78%, 均高于健康组样品 (4.20%和 16.92%); 金黄杆菌属(Chryseobacterium)在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤中相对丰度分别为 23.34%和 27.65%, 均高于健康组样品(0.33%和 2.16%)。多样性分析显示, 健康组和疾病组皮肤黏膜层之间的 Chao 指数和 Shannon 指数具有显著差异(P＜0.01)。显著性差异分析显示, 黄杆菌属、金黄杆菌属、食酸菌属(Acidovorax)和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga) 4 个菌属在疾病组中显著上调(P＜0.05)。本研究表明, 与健康组相比, 疾病组中华鲟背骨板皮肤和躯干部皮肤 OTUs 数量均明显降低, 丰富度和多样性均显著下降(P＜0.01)。拟杆菌门的黄杆菌属和金黄杆菌属在疾病组皮肤黏膜层高度富集, 可能是此次疾病的主要致病菌。 相似文献
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健康和患病卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。 相似文献
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应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构 总被引：2，自引：1，他引：1
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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健康和患病凡纳滨对虾幼虾消化道菌群结构的比较 总被引：2，自引：1，他引：1
凡纳滨对虾养殖过程中,早期阶段是病害易感阶段,而消化道菌群结构与对虾健康关系密切。因此,探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义。本实验采用Illumina测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构,并基于纯培养和16S r DNA,rec A和pyr H基因序列比对,分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成。结果发现,健康幼虾消化道中α-变形菌纲和厚壁菌门丰度较高,而患病幼虾中γ-变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β-变形菌纲较高,其中放线菌门丰度差异显著。基于科水平的响应比分析,发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低,而弧菌科的丰度显著升高。相似度分析发现,驱动群落变异的OTU主要来源于弧菌属、海洋杆状菌属、冷杆菌属、假交替单胞菌属以及未分类至属的红杆菌科和微杆菌科。健康幼虾消化道弧菌组成以锡那罗亚州弧菌为主,而患病幼虾消化道弧菌组成以坎氏弧菌为主。尽管健康和患病幼虾消化道内细菌群落结构整体差异不显著,但一些重要类群丰度变化显著,其特征与已知的生态功能一致。 相似文献
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该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P0.05),其特有操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。 相似文献
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为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道... 相似文献
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采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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为了解淡水养殖池塘环境中氨氧化古菌的多样性和种群分布,本研究以荆州地区风生水起生态农场的主养草鱼(Ctenopharyngodon idellus)池塘为研究对象,采集不同养殖区的典型的沉积物样品和水样,利用AOA氨单加氧酶(amoA)基因通用引物(amoAF/amoAR)扩增amoA基因,构建amoA基因克隆文库。从每个克隆文库中随机挑选阳性克隆子进行测序、比对,利用MEGA和MOTHUR软件构建amoA基因系统发育树和可操作分类单元(OTU)分析。结果显示:主养草鱼池塘水体和沉积物中AOA存在着差异,且沉积物中AOA种类数和多样性都更为丰富。从三个采样区域的沉积物和水体共325个AOA amoA基因阳性克隆中得到24个OTU(基于3%差异度),其中水体克隆文库中得到13个OTU,沉积物克隆文库中得到18个OTU。OTU01、OTU02、OTU05、OTU07、OTU11、OTU13、OTU16是沉积物和水体中共有的OTU,并且OTU01、OTU02是养殖池塘中的优势类群,分别占克隆子的47.38%和21.84%。系统发育分析表明,AOA主要隶属于Nitrososphaera sister group、Nitrososphaera cluster、Nitrosopumilus cluster,并且OTU01、OTU02均属于Nitrososphaera sister group。主养草鱼池塘沉积物和水体中的AOA存在差异,且在沉积物中更为丰富,主要类群为Nitrososphaera sister。 相似文献
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为揭示不同生理状态下中华鲟(Acipenser sinensis)体表黏液与生境微生物组成差异,本研究比较了健康和亚健康中华鲟体表黏液菌群的群落结构差异,探讨细菌群落结构与中华鲟生理状态的相关性。本研究采集健康与亚健康中华鲟的体表黏液和养殖水体,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,亚健康组微生物多样性与丰富度显著高于健康组(P<0.05)。序列的统计分析表明,相较于水体,黏液样本存在大量的独有操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU),且与水体的共有OTU数目因中华鲟生理状况而发生变化。根据组间的相似性与差异分析,不同组之间的主成分与主坐标分析显示出较强的分离趋势,且组内样本相对距离较小。在门和属水平下,中华鲟体表黏液和水体群落组成和优势种有显著差异。水体中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)(31.84%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.37%);健康组优势菌门为变形菌门(55.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(21.00%);亚健康组的变形菌门(40.23%)占比相较于健康组有所下降,但酸杆菌... 相似文献
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Man Zhang Jiabao Hu Yajun Wang Qijun Le Shanliang Xu Xinyang Ying Dongxu Ying Yang Yang Youyi Zhang Yaya Li Siwen Kuang Weiwei Gu Yibo Sun Xiaojun Yan 《Aquaculture Research》2020,51(8):3139-3153
Gut microorganisms play an important role in host health and have susceptibility to diseases, undergoing a distinct transformation at early stages of development. This study aimed to determine the regulation of gut microorganism development from fertilized eggs to 150 DAH (days after hatching) and the differences between flatulent and healthy silver pomfret (Pampus argenteus). High‐throughput sequencing was used to analyze the diversity and relative abundance of microorganisms. PICRUSt was used to predict functional alterations of dominant microorganisms. The results showed that from all 42 samples, a total of 3,746,895 reads were obtained, representing 6,081 operational taxonomic units (OTUs). Top 3 phyla were Proteobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes. From 0 to 32 DAH, the relative abundance of Proteobacteria continuously increased and peaked at 94.99%. After that, the abundance of Proteobacteria decreased, but Bacteroidetes and Firmicutes increased instead. Alpha diversity is the lowest at 32 DAH, the difference is significant compared with others, p < .05. Comparing flatulent fish with healthy fish, the former has more specific OTUs, higher diversity and abundance. There were four genera Ethanoligenens, Methanobacterium, Caproiciproducens and Leptolinea that only obtained from the flatulent samples, but almost none in the healthy samples. All of these four genera are directly or indirectly involved in gas metabolism. This study enriched the basic research of silver pomfret, for the first time, focused on flatulent individuals which would provide a theoretical basis for the subsequent breeding. 相似文献
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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 总被引：4，自引：3，他引：4
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 相似文献