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1.
以ABW71226.1、BAA96501.1、ACB70409.1、AAW78660.1和ADV41672.1为材料,采用生物数据分析工具对烟草的半胱氨酸蛋白酶的基因和蛋白序列进行分析,分别以GSDS、MEME和Signal P 4.1工具对其基因结构、保守基序和信号肽进行检测。结果显示,Nt CP-1和Nt CP-2基因具有7个外显子,Nt CP-3和Nt CP-4基因含有4个外显子,Nt CP-5基因具有3个外显子,Nt CP-1、Nt CP-2和Nt CP-5基因具有上游序列,Nt CP-1、Nt CP-2、Nt CP-4和Nt CP-5基因具有下游序列;检测Nt CP共有5个Motif,其核心保守基序区为Motif-1—Motif-2—Motif-4,且位于木瓜蛋白酶家族半胱氨酸蛋白酶结构域中,Motif-1和Motif-2含有半胱氨酸和谷氨酰胺;Nt CP均属于信号肽,Nt CP-1和Nt CP-2的信号区分布相同(1~22),Nt CP-3和Nt CP-4的信号区分布相同(1~20),Nt CP-5的信号区为1~29。 相似文献
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3.
[目的]对烟草β-1,3-葡聚糖酶的特性和结构进行分析。[方法]以烟草为材料,采用PROTSCALE、Target P 1.1、NPSA-PRABI和SWISS-MODEL工具分别测定烟草葡聚糖酶的疏/亲水性、亚细胞定位、二级结构和三级结构。[结果]NtBGl属于亲水性蛋白,NtBGl-1和NtBGl-2的疏/亲水性较为相似,N端和中部区域的疏水性较强,NtBGl-3以N端的疏水性较强;NtBGl均含有信号肽,且其切割位点分别位于第21、32和29位氨基酸处,NtBGl-1和NtBGl-2定位于液泡,NtBGl-3定位于细胞外;NtBGl的二级结构均以α-螺旋比例最大,依次为36.21%、35.14%、35.28%,三级结构呈现"C"型。[结论]该研究可为有效发挥烟草葡聚糖酶的功能特性奠定基础。 相似文献
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《湖南农业科学》2017,(10)
为了研究参与烟草多胺合成的精氨酸脱羧酶的蛋白特性,运用生物信息学的方法分析了烟草精氨酸脱羧酶的理化特性、系统进化、氨基酸序列、保守区域和二级结构。结果表明:烟草精氨酸脱羧酶的等电点为4.99~6.78,氨基酸数为558~733,疏水性为-0.050~0.079,脂肪指数为88.04~92.08,不稳定指数为39.54~44.14;经进化树分析,烟草精氨酸脱羧酶分为2组,组1为Nt CAD1、Nt CAD2和Nt CAD5,组2为Nt CAD3和Nt CAD4;经序列比对分析,Nt CAD1、Nt CAD2和Nt CAD5的同源性较高,Nt CAD3和Nt CAD4的同源性较高,且组2均具有1个精氨酸脱羧酶保守序列和2个丙氨酸消旋酶/Ⅳ组脱羧酶保守序列;烟草精氨酸脱氢酶各成员的二级结构所占比例均为α-螺旋无规则卷曲β-折叠β-转角。 相似文献
5.
[目的]以烟草β-1,3-葡聚糖酶的氨基酸序列为材料,对其特性进行深度挖掘。[方法]采用NCBI-PROTEIN筛选蛋白序列,依次运用Prot Param、Signal P 4.1和TMHMM 2.0工具进行预测并分析烟草葡聚糖酶的理化特性、信号肽和跨膜结构的组成成分。[结果]NtBGl-2的分子量最大(40 390.76 Dk),NtBGl-3的分子量最小(37 722.64 Dk);NtBGl-1和NtBGl-2的等电点小于7.0,而NtBGl-3的等电点大于7.0;NtBGl-1和NtBGl-2属于不稳定蛋白,NtBGl-3属于稳定性蛋白,且耐热性大于NtBGl-1和NtBGl-2;NtBGl-1和NtBGl-2的优势氨基酸为甘氨酸和丝氨酸,NtBGl-3的为天冬酰氨和丙氨酸;NtBGl均含有信号肽,属于分泌蛋白;NtBGl-1无跨膜区,而NtBGl-2(13~35)和NtBGl-3(7~29)含有跨膜结构区域,属于跨膜蛋白。[结论]该研究为深入研究烟草葡聚糖酶奠定基础。 相似文献
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烟草多酚氧化酶生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为对烟草多酚氧化酶进行生物信息学分析,利用ProtScale、PhyML和Meme工具读取烟草多酚氧化酶,进行疏水性、进化树和保守基序分析。结果表明,烟草多酚氧化酶各成员均为亲水性氨基酸;多酚氧化酶成员的进化树被划分为三类,其中烟草和番茄聚为一类,第二类中的成员最多;NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3均含有相同的保守基序,NtPPO1和NtPPO2分布位置较为相似,而NtPPO3与其存在一定的差异。 相似文献
7.
[目的]研究烟草半胱氨酸蛋白酶的生物学特性。[方法]通过PROTPARAM、CLUSTAL、MEGA、TMHMM、WOLF-PSORT、SOPMA工具对烟草半胱氨酸蛋白酶的理化特性、进化树和跨膜结构进行生物学分析。[结果]NtCP-3和NtCP-4氨基酸个数(361)最大,NtCP-5氨基酸个数(349)最小;NtCP-1、NtCP-2、NtCP-3和NtCP-4为酸性,NtCP-5为碱性;NtCP均属于稳定性蛋白,且NtCP-1和NtCP-2的耐热性较好;NtCP-3和Nt CP-4属于亲水性蛋白,其余为两性蛋白;NtCP被分为3个亚组,NtCP-1和NtCP-2为一组,NtCP-3和NtCP-4为一组,NtCP-5单独成一组;NtCP均属于跨膜蛋白,且NtCP-5具有2个跨膜结构。[结论]烟草半胱氨酸蛋白酶的生物学特性为广泛地参与烟草的生理反应奠定基础。 相似文献
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《山东农业科学》2015,(11)
为研究电压依赖阴离子通道(VDAC)基因在烟草根系分泌有机酸的作用,进而为了解该基因的功能和应用提供基础,以拟南芥At VDAC1(NM_110994)为搜索序列,应用电子克隆技术得到一条烟草VDAC基因全长c DNA,命名为Nt VDAC1.1。生物信息学分析表明该基因全长为1 018 bp,有着完整的开放阅读框,编码276个氨基酸。进化关系及同源性分析表明,Nt VDAC1.1与其他物种的VDAC有着较高的相似性,其中与茄科植物马铃薯三个膜孔蛋白有着很高的一致性(0.768~0.902)。功能分析显示,Nt VDAC1.1为膜孔蛋白,参与了阴离子的转运、阴离子转运调节和跨膜运输。二级和四级结构分析均表明,Nt VDAC1.1含有α-螺旋和β-折叠。氨基酸位点分析表明,该蛋白具有多种类型的修饰位点,其中的磷酸化位点说明该基因与信号转导有关,对阴离子通道活性具有调节作用。 相似文献
9.
糖基转移酶(Glycosyltransferase, GTs)广泛参与植物次生物质的代谢及生物和非生物胁迫,β-1,4-木糖基转移酶属于糖基转移酶GT43家族成员。为了探究油菜β-1,4-木糖基转移酶对油菜次生物质的代谢和逆境调控,利用5′RACE和3′RACE方法从甘蓝型油菜中扩增获得油菜β-1,4-木糖基转移酶基因 BnIRX14全长cDNA,该cDNA具有1 566 bp的完整开放阅读框,编码522个氨基酸,分子质量约58.92 ku,由8 315个原子组成,分子式为C2631H4168N742O753S21,具有多个磷酸化位点和糖基化修饰位点,属非分泌性单次跨膜蛋白。结构域分析表明,BnIRX14具有GTs家族保守的DxD保守结构域和UGT糖基转移酶PSPG特征结构域,属于糖基转移酶GT43家族成员。BiFC亚细胞定位初步显示BnIRX14定位于细胞质中,蛋白互作预测表明BnIRX14与各类糖合成和转运蛋白高度互作。结构域预测和互作分析初步表明,BnIRX14属于油菜糖... 相似文献
10.
《浙江农业学报》2017,(10)
CIPK(CBL-interacting protein kinase)是一类具有生物活性的丝/苏氨酸蛋白激酶,通过与类钙调神经素B亚基蛋白(Calcineurin B-like protein,CBL)相互作用从而调节植物在适应或抵制非生物逆境胁迫中的生理活动。基于同源序列克隆烟草K326中Nt CIPK2基因c DNA全长,采用q RT-PCR分析Nt CIPK2的组织及逆境胁迫下特异性表达。结果表明,该基因全长1 341 bp,编码446个氨基酸残基,预测分子量为50.3 ku,等电点为8.90。同源性分析结果显示,该蛋白与绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)CIPK2有95%的同源性,故命名为Nt CIPK2。生物信息学分析表明,该蛋白是一个亲水蛋白,其N端含有活化环结构域S_TKc,C端含有调节结构域CIPK-C,可能定位在质膜。组织表达分析发现,该基因在烟草根、茎、叶、花中均有表达,其中茎中表达量最高。逆境胁迫试验表明,该基因受低钾、高盐、干旱、H2O2和ABA诱导,参与烟草非生物逆境胁迫的响应。 相似文献
11.
淀粉是重要的碳水化合物,其组成和性质直接影响着烟叶的经济价值。ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)是淀粉合成途径的关键性限速酶,但有关其基因特征、酶活性和代谢调控等在烟草中还未见详细报道。以拟南芥AtAGPase蛋白序列为索引序列,对烟草NtAGPase基因家族进行全基因组鉴定,通过Blast P比对及结构域分析,鉴定出烟草NtAGPase基因家族包含3个大亚基基因(NtLSU1、NtLSU2、NtLSU3)和一个小亚基基因(NtSSU);利用生物信息学工具对其编码蛋白序列进行解析。结果显示,Nt AGPase蛋白分子质量在57.03～58.43 ku,等电点在6.58～8.52;NtLSUs和NtSSU均定位于叶绿体上,属于质体型亚基;NtLSUs基因含有14～15个外显子,NtSSU基因仅含有9个外显子。三级结构预测结果显示,烟草Nt AGPase酶蛋白为异源四聚体,NtAGPase基因家族启动子区域含有多种与光、激素和逆境反应相关的响应元件,预示着其在光合作用、生长发育和逆境响应等过程中行使重要功能。系统进化树分析表明,烟草Nt AGPase蛋白与茄科植物马铃薯亲缘关系更近,而与模式植物拟南芥亲缘关系较远。研究结果可为进一步阐明烟草NtAGPase基因家族的功能及作用机制奠定基础。 相似文献
12.
利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA–binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD)。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。 相似文献
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为从生物信息的角度研究烟草泛素激活酶E1,使用Sopma、Swiss model和Meme工具分析烟草泛素激活酶E1序列的二级结构、空间结构和保守基序。结果表明:烟草泛素激活酶E1的各成员中,以NtUAE2的α-螺旋含量最大,空间结构较为稳定;烟草泛素激活酶E1空间结构的主体结构具有3个分支,功能域位于其间,NtUAE1和NtUAE2空间结构模板为6dc6.2.A;NtUAE3的模板为3cmm.2.A;烟草泛素激活酶E1的保守基序中,Motif 3和Motif 4为泛素激活酶的催化半胱氨酸结构域。 相似文献
14.
琢-甘露糖苷酶(琢-mannosidases, 琢-Man)是生物界广泛存在的一种糖苷水解酶。通过已公布的甜瓜基因
组数据库预测琢-Man 基因家族成员,其蛋白序列都含有完整的Glyco_hydro_47 或Glyco_hydro_38 保守结构域。再将
筛选出的成员与拟南芥、大豆、番茄、可可树、葡萄、黄瓜、马铃薯、谷子的相应基因编码的蛋白序列进行进化分析比
对,建立系统发生树和保守基序的预测分析。结果表明,甜瓜基因组中含有8 个琢-man 基因,分为玉类和域类,并分
成5 个亚族。同一类成员的蛋白结构域具有较高相似性与保守性,并且大部分成员基序的顺序和种类相同,不同类
的成员之间基序差距较大。对甜瓜琢-甘露糖苷酶基因家族的系统分析鉴定,有助于甜瓜琢-甘露糖苷酶基因克隆和
功能的进一步研究,为研究其他植物琢-甘露糖苷酶基因家族的功能和进化提供参考依据。 相似文献
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烟草碱性β－1,3－葡聚糖酶具有较强的抗真菌病害等作用。本研究根据烟草Samsun与抗真菌作用有关的碱性8—1,3－葡聚糖酶基因序列设计引物,以烟草（Nicotiana tabacum）品种Xanthi NN基因组DNA为模板,进行PCR扩增,后将扩增产物与pUC57－T载体重组,再以该重组体转化大肠杆菌DHSα,在对阳性克隆进行鉴定后测序,并对其编码酶蛋白进行了一级、二级、三级结构及蛋白质同源性比较等生物信息学分析。研究结果表明,该基因全长1868bp,包含2个外显子和1个内含子;除终止密码子外,共编码359个氨基酸（GenBank登录号：EU867448）。该酶分子量为28．4kDa,pI为9．72,是一个碱性蛋白;具有多个螺旋、转角、延伸链和无规卷曲等二级结构,其中α－螺旋占35．65％,β－转角占5．57％,延伸链占19．22％,无规卷曲占39．55％;三级结构同源建模预测显示,它与香蕉（Musa supientum）β－1,3－葡聚糖酶（PDB number 2cygA）具有60％的一致性;推测该酶蛋白与颠茄（Atropa belladonna）、马铃薯（Solanum tuberosum）等茄科植物的β－1,3－葡聚糖酶编码序列同源性分别达到89％和81％。本研究结果为进一步开展烟草抗真菌的β—1,3－葡聚糖酶的基因工程研究奠定了重要基础。 相似文献
16.
烟草PPO蛋白具有功能多样性。为分析其功能,采用NetPhos、swissmodel和TargetP在线工具分析烟草PPO成员的磷酸化位点、三维结构和亚细胞定位。结果显示:NtPPO1、NtPPO2和Nt PPO3均含有丝氨酸位点、苏氨酸位点和酪氨酸位点,其中NtPPO1和NtPPO2的磷酸化位点数(63和64)及排列规律较为相似,而NtPPO3与其具有较大的差异;NtPPO1和NtPPO2的三维结构模板为4z11.1.A,而NtPPO3模板为4z12.1.A,此外,NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3的β-折叠主要集中在序列的N端,具有类似于儿茶酚氧化酶的功能;NtPPO1和NtPPO2主要在线粒体中发挥功能。 相似文献
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【目的】为了对毛果杨CBF基因家族进行系统分析,利用毛果杨基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定毛果杨CBF基因家族的染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测。【方法】通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】毛果杨含有6个CBF基因,均不含内显子,分布于毛果杨的5条染色体上。【结论】MEME保守基序分析显示,杨树CBF蛋白均含有2个保守的基序,他们共同构成AP2结构域。磷酸化位点预测分析表明毛果杨CBF蛋白均含有大量的磷酸化位点。以上结果将为今后揭示毛果杨CBF蛋白的功能提供重要的线索。 相似文献
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《江苏农业科学》2018,(22)
P_(1B)-ATPase是在生物中广泛存在的一类可通过水解ATP跨膜运送重金属离子的蛋白,属于P型ATPase家族的一个亚类,在植物对重金属离子的转运过程中扮演着重要角色。以拟南芥和水稻中已知的P_(1B)-ATPase蛋白为对照,对中国莲P_(1B)-ATPase蛋白亚家族成员进行序列比对、系统发育、保守基序、跨膜结构、二级结构、三级结构和亚细胞定位等生物信息学分析。结果表明,中国莲存在4个P_(1B)-ATPase蛋白,分别命名为NnHMA1、NnHMA2、NnHMA3、NnHMA4,其中NnHMA1属于Zn~(2+)/Co~(2+)/Cd~(2+)/Pb~(2+)P_(1B)-ATPase (Zn亚类),NnHMA2、NnHMA3、NnHMA4属于Cu+/Ag+P_(1B)-ATPase(Cu亚类),它们均定位于质膜上,属于跨膜蛋白,有5～8个跨膜结构,含有DKTGT、TGE、C/SPx、HP等保守基序;二级结构和三级结构在组成和结构上具有较高的相似性和保守性,以α-螺旋、无规卷曲元件为主,其他元件包括延伸链和β-转角等。研究结果展示了中国莲P_(1B)-ATPase蛋白亚家族成员的序列基本信息和结构特点,为深入研究中国莲P_(1B)-ATPase蛋白及其编码基因的功能提供了理论基础。 相似文献
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对稻瘟病菌一个假定的α-1,2-甘露糖苷酶MgManⅠ生物信息学进行分析的结果表明,该蛋白与海枣曲霉、桔青霉等丝状真菌的已知α-1,2-甘露糖苷酶(EC 3.2.1.113)氨基酸序列具有高度同源性,并具有其相同的活性中心位点.基序分析表明,该蛋白可能含有4个N-糖基化位点、3类19个磷酸化位点和12个N-肉豆蔻酰位点.该蛋白的相对分子质量预测为58.2 ku,理论等电点pI为5.17,并且为细胞外分泌蛋白,信号肽剪切位点为21A和22S之间.系统发育分析表明:MgManⅠ与丝状真菌中的海枣曲霉、桔青霉α-1,2-甘露糖苷酶之间亲缘关系最近,形成一大类;动物的α-1,2-甘露糖苷酶与植物的α-1,2-甘露糖苷酶分别聚成二大类;酿酒酵母α-1,2-甘露糖苷酶ScManⅠ与丝状真菌不同,单独成为一类.进一步以已知结构的PcManⅠ为模板,通过同源建模得到的三维结构图形基本反映了MgManⅠ的空间构象,为深入研究该蛋白的生化特性和生物学功能奠定了基础. 相似文献