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1.
从GenBank上下载所有1978—2009年在中国分离的H1N1亚型流感病毒的HA和NA基因及所有同期在中国分离的A型流感病毒(宿主包括人、猪和禽)的PB1、PB2、PA、NS、NP和M基因的序列,将这些基因序列与2009年在中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的对应基因序列进行BMCMC法分析,绘制BMCMC进化树,结果揭示中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的HA和NA基因相对独立于中国季节性H1N1流感病毒;M基因相对独立于中国国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PB1基因包含在季节性流感病毒的分群内;PB2基因和NS基因与国内重排的流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PA基因包含在国内禽流感病毒的分群内;NP基因则与国内传统的猪流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒. 相似文献
2.
根据GeneBank上已发表的H3N8亚型禽流感的非结构蛋白基因(NS)序列,设计了一对特异性引物,成功地从A/mallard/SanJiang/167/2006(H3N8)中克隆到NS基因序列,该克隆基因全长860 bp,编码NS1和NS2两种非结构蛋白.与其他H3N8亚型的NS基因进行了同源性比较,核苷酸同源性为65.5%～98.3%,推导的氨基酸序列同源性为65.4%～97.8%.NS基因遗传进化树形成两个分支,该分离株处于等位基因B组.另外,此毒株NS基因在263～277位没有发生15个碱基的缺失.A/mallard/SanJiang/167/2006(H3N8)株149位为丙氨酸,其不能感染哺乳动物. 相似文献
3.
The evolutionary fate and consequences of duplicate genes 总被引：2，自引：0，他引：2
Gene duplication has generally been viewed as a necessary source of material for the origin of evolutionary novelties, but it is unclear how often gene duplicates arise and how frequently they evolve new functions. Observations from the genomic databases for several eukaryotic species suggest that duplicate genes arise at a very high rate, on average 0.01 per gene per million years. Most duplicated genes experience a brief period of relaxed selection early in their history, with a moderate fraction of them evolving in an effectively neutral manner during this period. However, the vast majority of gene duplicates are silenced within a few million years, with the few survivors subsequently experiencing strong purifying selection. Although duplicate genes may only rarely evolve new functions, the stochastic silencing of such genes may play a significant role in the passive origin of new species. 相似文献
4.
为了解2015—2017年闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传进化规律,本研究收集了闽西地区12份PEDV阳性样品,对其M基因进行RT-PCR扩增,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果表明,12株闽西毒株M基因氨基酸序列同源性为100.0%;遗传进化分析表明,12株闽西毒株与经典毒株CV777、2010年前中国分离毒株LCZ、以及韩国毒株SM98、virulent DR13的亲缘性较远,而与2010年后国内分离毒株以及2013年美国分离毒株亲缘关系最近,说明闽西PEDV毒株属于目前国内外流行毒株。分子结构特征分析表明,PEDV M基因具备高度保守的特性,可以作为设计疫苗的候选基因。 相似文献
5.
【目的】禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸(neuraminidase, NA)的不同,可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus, HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus, LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV,感染家禽表现为无症状感染,但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁,因此必须要加强对H4亚型禽流感病毒的调查监控。【方法】为了探讨H4亚型禽流感病毒的分子特征及遗传演化规律,对2010年在中国华东地区某活禽市场进行流行病学监测时分离到的一株H4N8亚型禽流感病毒A/duck/Nanjing/1102/2010（简称DK/NJ /1102）进行了全基因组序列测定及遗传进化分析。通过常规的血清学试验确定其HA亚型,提取病毒总RNA,并通过RT-PCR方法分别扩增出其各基因片段,连接 pGEM-Teasy载体上后进行序列测定。利用GenBank中的BLAST工具进行核苷酸序列的同源性分析,并与GeneBank 中的H4亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。【结果】DK/NJ/1102的HA基因与Mongolia 分离株A/duck/Mongolia/274/2007(H4N3)的核苷酸同源性最高,为98.9%。推导的氨基酸剪切位点序列为“P-E-K-A-S-R-G”,符合典型的低致病性禽流感病毒特征;NA基因与华东地区分离的鸭源毒株A/Duck/Eastern China/n91/2009(H3N8)核苷酸同源性最高,达99.4%;PB1、PA和NP基因均与H1亚型禽流感病毒亲缘关系最近;M基因与A/wild duck/Korea/CSM4-12/2009(H5N1)核苷酸同源性最高,高达99.9%;NS基因与韩国2009年分离的H7N7亚型流感病毒遗传距离最近。NS1蛋白的80-84处氨基酸没有发生氨基酸缺失。【结论】该H4N8亚型禽流感病毒基因组构成比较复杂,可能是一株多基因重组病毒。 相似文献
6.
为研究机体干扰素诱导基因对日本乙型脑炎(JEV)感染的作用,通过IFN-α和JEV刺激猪睾丸(ST)细胞,实时荧光定量PCR检测Mx1、Mx2、OAS1、OAS2、PKR和干扰素诱导基因-15(ISG15)表达情况,发现除PKR外,其他基因相对mRNA量都有不同程度上升,其中ISG15上升最为显著。ISG15在ST细胞中过表达,检测病毒基因组和滴度,结果表明:ISG15可显著抑制JEV增殖;shRNA靶向干扰ISG15,JEV病毒量上升,说明ISG15在体外对JEV的增殖有抑制作用。将JEV的C、M、E、NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B基因克隆入pcDNA3.1真核表达载体,转染ST细胞后E和NS3基因引起ISG15相对mRNA量显著上升,说明JEV的E和NS3基因参与诱导ISG15的表达。 相似文献
7.
测定了7株不同来源不同毒力新城疫病毒的V基因,并对它们的差异性和遗传进化关系进行了比对分析.结果显示:7株病毒V基因之间的核苷酸同源性为81.7%-99.7%,推导氨基酸残基的同源性为75.8%-99.6%;遗传进化分析显示,7株病毒分别处在3个不同的进化分支上,毒力相似的毒株聚类在同一进化分支上,而这与基于F基因的基因分型一致.由结果可推测,新城疫病毒V基因可能与F基因具有相似的遗传变异率,V基因也适合作为病毒基因分型分析的候选靶基因. 相似文献
8.
为了研究各物种ESR、LH、LHR、PRLR基因进化的特点,从GenBank下载了人、毛猩猩、黑猩猩、猕猴、欧洲兔、野猪、黄牛、大熊猫、小家鼠、仓鼠、褐家鼠11个物种的139条编码区序列(CDS),采用生物信息学方法对4种基因进行分析。结果表明,4种基因均存在较丰富的遗传多样性。其中ESR基因单位长度多态位点数为0.330 7,单位长度突变位点数为0.399 8,核苷酸多样性最低,同义替换率相对最高,平均遗传距离最小。LH基因单位长度多态位点数(0.484 8)与单位长度总突变位点(0.618 3)均最高,核苷酸多样性和非同义替换率相对最高。依据4种基因遗传距离构建的聚类图的拓扑结构存在差异,说明4种繁殖基因进化速率存在差异,ESR基因进化速率相对较慢,LH基因相对较快。 相似文献
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猪伪狂犬病毒(PRV)的流行对中国养猪业造成巨大损失,而2011年后许多已免疫PRV疫苗的猪场频繁出现gE抗体转为阳性现象,感染猪出现PRV的临床症状,并出现所谓的“流产风暴”,学者们怀疑PRV的重新流行与病毒毒力增强和基因变异有关。为了解PRV变异情况,从各地疑似PRV阳性病料中,通过PK-15细胞分离出4个毒株,对毒株传代培养,进行TCID50与LD50测定,对主要毒力基因gB、gC、gE和TK进行扩增测序后分析,确定该4株病毒为PRV株,分别命名为FJ01株、FJ03株、YK株和MS2018株,滴度分别为10-6.63、10-7.08、10-8.10、10-7.18 TCID50s·0.1mL-1,对Balb/c小鼠的LD50分别为102.17、102.72、103.44、103.51 TCID50s,可见FJ01株的毒力最强。对4个毒株的毒力基因与其他PRV毒株进行同源性比对并建立进化树,FJ01株、FJ03株、MS2018株与中国近几年流行的变异毒株如HNX株、HNB株、JS-2012株等在一个大进化分支上,亲缘性较近,而与疫苗株Bartha-K61、SA215等,国际经典毒株Becker、Kaplan等亲缘性较远,变异较大。YK株与国际毒株亲缘性更近,其原因有待进一步探索。 相似文献
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Genetic variation in HTLV-III/LAV over time in patients with AIDS or at risk for AIDS 总被引：89，自引：0，他引：89
B H Hahn G M Shaw M E Taylor R R Redfield P D Markham S Z Salahuddin F Wong-Staal R C Gallo E S Parks W P Parks 《Science (New York, N.Y.)》1986,232(4757):1548-1553
In a study of genetic variation in the AIDS virus, HTLV-III/LAV, sequential virus isolates from persistently infected individuals were examined by Southern blot genomic analysis, molecular cloning, and nucleotide sequencing. Four to six virus isolates were obtained from each of three individuals over a 1-year or 2-year period. Changes were detected throughout the viral genomes and consisted of isolated and clustered nucleotide point mutations as well as short deletions or insertions. Results from genomic restriction mapping and nucleotide sequence comparisons indicated that viruses isolated sequentially had evolved in parallel from a common progenitor virus. The rate of evolution of HTLV-III/LAV was estimated to be at least 10(-3) nucleotide substitutions per site per year for the env gene and 10(-4) for the gag gene, values a millionfold greater than for most DNA genomes. Despite this relatively rapid rate of sequence divergence, virus isolates from any one patient were all much more related to each other than to viruses from other individuals. In view of the substantial heterogeneity among most independent HTLV-III/LAV isolates, the repeated isolation from a given individual of only highly related viruses raises the possibility that some type of interference mechanism may prevent simultaneous infection by more than one major genotypic form of the virus. 相似文献
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大叶白蜡幼苗生长对不同光强遮荫处理的响应 总被引：1，自引：0，他引：1
在不同光照梯度(55.44%自然全光照(natural sunlight,NS)、21.12%NS、3.47%NS和0.86%NS)的人工遮荫条件下,研究了大叶白蜡(Fraxinus rhynchophylla)幼苗的生长特点。结果表明,幼苗株高、基径、主根长、单株叶面积、总干重、相对生长率和净同化率等生长参数均在55.44%NS最大,分别为70.0 cm、6.84 mm、31.95 cm、798.80 cm2、10.28 g、31.13×10-3g.d-1和3.25×10-5g.cm-2.d-1,而且随光照的减弱而减小。幼苗比叶面积随着光照强度的减弱先增大后减小,在3.47%NS处理最大(597.43 cm2.g-1)。 相似文献
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猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GeneBank 上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因.结果表明,PPV-TA NS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPV NS1基因核苷酸同源性在98.3 %～99.9 %之间.PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异.PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同.NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近.PPV-TA VP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3 %～99.8 %之间.PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的.但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的.PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性.VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近. 相似文献
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[目的]研究CHD蛋白家族2类染色质域CD1和CD2的进化差异。[方法]对获得的19个CHD蛋白基因的2类染色质域CD1和CD2进行氨基酸序列多态性、GC含量、密码子偏性差异和相对进化速率分析,并构建NJ系统进化树,研究不同CHD基因之间和CD1、CD2之间的发生关系。[结果]发现2类染色质域之间存在进化的差异是由所受选择性压力的不同造成的,其中CD1由于功能上的选择压力小而比CD2进化的快。[结论]在不同的物种和基因中CD1和CD2的进化差异存在普遍性。 相似文献
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【目的】将耐铝主效基因导入普通玉米自交系,筛选出耐铝玉米株系,为拓宽玉米耐铝种质资源及耐铝育种提供理论参考。【方法】以玉米耐铝材料（CML530、CML532、CML533和CML534）和普通玉米自交系（西1、9058和LX9801）为材料,构建6个回交群体,基于分子标记辅助选择技术,利用与耐铝基因ZmM1、ZmM2、ZmASL和ZmALMT2紧密连锁的分子标记（umc1468、ZmMATE1、ZmMATE2、MateF2和ALMT93496）进行靶基因选择,将耐铝主效基因导入到普通玉米自交系,结合植株田间表现,筛选出耐铝的稳定株系,并对其进行耐铝鉴定。【结果】在分离世代（BC1F1/S1）苗期对6个回交群体共581个株系进行靶基因选择,结果有69个株系中选,结合植株田间表现,最终获得17个稳定株系。基于分子标记检测结果,17个稳定株系的遗传背景恢复率为73.9%～93.8%,平均为83.4%。0.2 mmol/L AlCl3溶液处理下17个稳定株系的根系生长均受到不同程度的抑制,根净增长度平均值为0.81 cm,极显著低于对照（0.5 mmol/L CaCl2溶液）（P<0.01,下同）;稳定株系的根相对伸长率与轮回亲本差异达极显著水平;17个稳定株系的根相对伸长率为64.50%～83.33%,平均为74.74%,均为中等及以上耐铝株系,其中NS1、NS9、NS10、NS15和NS16为高耐铝株系。【结论】通过分子标记辅助选择技术可将耐铝主效基因导入普通玉米自交系,且导入多个耐铝基因株系的耐铝性较同一群体中导入单个耐铝基因的株系均有不同程度提高,表明多个耐铝基因累加可提高耐铝性。可见,该技术可作为耐铝玉米种质创制的有效手段。 相似文献
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【目的】番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus,ToCV）是长线形病毒科（Closteroviridae）毛形病毒属（Crinivirus）成员,现已成为我国番茄和其他蔬菜作物上最为常见的病毒之一。研究旨在查明ToCV的进化历史,尤其是该病毒何时何地传入我国,并阐明其适应性进化机制。【方法】根据ToCV外壳蛋白（coat protein,CP）基因两侧保守区设计1对特异性引物,对随机抽取的13个ToCV分离物进行扩增克隆,将测序获得的新序列与GenBank下载的含有采样时间和地理信息的序列合并得到103条ToCV CP基因序列,采用日期随机化检验（date-randomization test,DRT）检测数据集中的时间信号,并应用贝叶斯谱系动力学框架重建该病毒的进化动态。同时,应用系统发育与性状关联分析（phylogeny-trait association analysis）评估地理因素对ToCV适应性进化的影响。【结果】13 个ToCV分离物均成功扩增出预期大小（约800 bp）的特异性片段,核苷酸序列与已报道的ToCV不同分离物CP 基因序列一致性均在98%以上;基于聚类排列的日期随机化检验结果显示,通过实际采样时间和日期随机化的数据集分别推断获得的替代速率在95%置信区间之间没有存在重叠,表明本研究的数据集具有足够的时间信号,可以用于后续的贝叶斯分子定年（Bayesian molecular dating）分析。贝叶斯系统发育分析显示ToCV的最近共祖时间（the most recent common ancestor）为1920年（95%置信区间：1849—1976）,该病毒约于2005年左右从美国引入中国。该病毒的CP基因替代速率约为1.12×10 -3替代/位点/年（95%置信区间：6.08×10 -4—1.73×10 -3）,与动物RNA病毒的相当,表明ToCV正处于快速进化之中。此外,系统发育分析与性状关联分析结果显示ToCV分离物与其来源地区的关联系数（association index）、简约分值（parsimony score）和最大单系分支（maximum monophyletic clade）统计检验均呈极显著水平（P<0.01）,表明地理因素与ToCV适应性进化之间存在很强的关联性。【结论】ToCV正处于快速进化动态,该病毒的适应性进化主要受地理因素所驱动。研究结果将有助于增加对ToCV流行病学的认识,可为制定有效的防控策略提供依据。 相似文献
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新型禽流感病毒对家禽养殖业可造成严重经济损失，及时发现和阻断其传播具有重要意义。2022—2023年，本实验室在我国发病鸡群中监测到新型H3N3亚型禽流感病毒的出现和传播。本研究对发病鸡群开展了临床发病情况调查，对分离病毒进行了全基因组演化分析，并对分离的代表性病毒进行了鸡致病性以及空气传播性试验。结果表明：1)H3N3最早于2022年12月在华东地区发生产蛋下降的蛋鸡群出现，随后陆续在华东、华北、东北等多个地区的鸡群中监测到，发病群体主要为产蛋鸡，鸡群发病率高，死亡率低(1%～5%),主要引起产蛋率急性下降(10%～40%)。2)病毒全基因组序列分析显示，H3N3病毒为新型重排病毒，由鸡群中流行的H3N8病毒与H10N3病毒重排产生，6个内部基因来源于H9N2病毒。3)与H3N8病毒类似，新型H3N3病毒对鸡群高度易感，可在鸡鼻甲、气管、肺等呼吸器官中高效复制并排毒，引起呼吸系统严重病理损伤。4)空气传播性结果表明，新型H3N3病毒可在鸡群之间空气传播，而H3N8病毒不能在鸡群间空气传播。综上，新型H3N3禽流感病毒对鸡具有较强的致病性和传播性，有可能成为新的优势流行病毒，对我国家禽... 相似文献
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《农业科学学报》2017,(6)
The supernumerary spikelets(SS)characters of tetraploid wheat(Triticum turgidum L.)resulting in more spikelets and kernels per spike,thus enhancing sink capacity may contribute to potential wheat yield improvement.In order to investigate the effect of different SS types on agronomic characters and understand the genetic base of SS phenotype in tetraploid wheat,near isogenic lines(NILs),bh-50 with normal spikelets(NS),bh-51 with four-rowed spikelets(FRS),bh-52 with short-ramified spikelets(SRS),and bh-53 with long-ramified spikelets(LRS)in a Triticum durum cv.ZY1286 genetic background were developed by continuous backcrossing.Agronomic characters showed that the SS phenotype lines,bh-51,bh-52and bh-53 have significant increase in the number of spikelets and grains per spike compared with the NS phenotype line bh-50(P0.05),and bh-53 line showed much more increase than those of bh-51 and bh-52.However,bh-53 had the lowest grain weight and the longest spike development stage than those of other spike phenotypes.These results indicated that the different SS types have different effects on the agronomic and spike characters.Genetic analysis through bh-50/bh-51and bh-51/bh-53 F2 populations showed that a recessive major gene controlled the spike architecture to transform from NS to FRS,and a dominant major gene determined the change of spike phenotype from FRS to RS.DNA sequences of Tt BH/WFZP ortholog on chromosome 2AS revealed that a single nucleotide polymorphism(SNP)substitution happened in the open reading frame(ORF)region of all the SS tetraploid wheat accessions,which may lead to the generation of lateral meristems between glume and lemma during the immature spike development.While the fates of the lateral meristems,developing into lateral spikelets or branched spikelets,may be determined by another major gene.Our results presented here may advance our understanding and knowledge of the genes and genetic pathways determining the spike architecture development in wheat. 相似文献
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猪细小病毒(PPV)SD1株NS1基因的克隆与原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为建立猪细小病毒的快速诊断方法提供理论依据。[方法]根据GenBank上猪细小病毒基因组序列和原核表达质粒pET30a(+)多克隆位点序列设计1对引物,应用PCR技术扩增出猪细小病毒SD1株NS1基因全序列,对阳性重组质粒进行测序和同源性比较。构建原核表达重组质粒pET 30a/NS1,并在大肠杆菌中进行诱导表达。[结果]通过PCR扩增获得2 208 bp目的片段。所克隆NS1基因与已报道的PPV相应基因的核苷酸同源性为97.3%~99.4%,表明NS1基因具有高度保守性,但在偏3′端连续缺失12个碱基。所克隆的PPVNS1基因在原核细胞中成功表达,其表达产物主要以包涵体形式存在。[结论]SDS-PAGE检测结果表明PPVNS1蛋白的分子量为86 kD。 相似文献
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采用盆栽试验在重度干旱胁迫（土壤田间持水量的35%~40%及复水条件下,对同时转入Cu/Zn SOD
和APX 基因的甘薯和未转基因对照植株的光合响应特性进行研究结果表明,干旱胁迫及复水过程中转基因和未
转基因植株光响应曲线的变化趋势基本一致采用非直角双曲线模型拟合良好转基因TS和未转基因甘薯NS的
最大净光合速率Pmax光饱和点LSP和表观量子效率（渍暗呼吸速率（Rd）在干旱胁迫下均明显降低复水后又逐
渐增加但与NS 植株相比TS 植株在胁迫条件下降低的幅度较小,而在复水过程中恢复得也更快,反映出转入的抗
氧化酶基因提高了甘薯在干旱胁迫条件下的光合能力及修复能力,增强了对干旱胁迫的适应性TS 和NS 植株的光
补偿点（LCP）在干旱胁迫下显著提高,但TS 植株上升的幅度比NS 植株小复水过程中修复得也更快,表明转基因甘
薯增强了对光环境的适应性. 相似文献