Gonadotropin-releasing hormone (GnRH), a neuropeptide, plays a vital role in the hypothalamus–pituitary–gonadal (HPG) axis. In vertebrates, GnRH is crucial for the onset of sexual development and the entire reproductive process. The purpose of this study was to identify genetic factors associated with egg-laying traits of Muscovy ducks.
The full-length cDNA (474 bp) of Muscovy duck GnRH was obtained and characterised. It encodes 92 amino acids containing a 1-amino acid signal peptide cleavage site. Phylogenetic analysis revealed that Muscovy duck GnRH has a close relationship with Anas platyrhynchos GnRH.
GnRH showed significantly different expression profiles between 4 developmental periods in the hypothalamus, pituitary, and ovary. The expression of GnRH in the laying period (36 weeks) was higher than at other periods in the three tissues. GnRH was widely expressed in 12 examined tissues of nesting and laying Muscovy ducks. In the hypothalamus, pituitary and gonads, the expression of GnRH was higher than in other tissues.
In laying Muscovy ducks, the expression of GnRH in the hypothalamus, pituitary, ovary, muscular stomach, pancreas, heart, duodenum and spleen was significantly higher than in nesting dusks. Differences were detected in the liver and glandular stomach between laying ducks and nesting ducks. Differences between the kidney and lung were not significant.
In the pituitary, the GnRH and GnRH receptor (GnRHR) genes shared the same expression profiles during 4 time points. Both genes had the highest expression at 36 weeks of age.
A mutation (g.206G > A) in the 5?-flanking region was associated with egg-laying performance. Individuals with genotype GG had better egg-laying performance than the individuals with genotype AA. GnRH may be used as a marker gene for laying performance in the Muscovy duck.
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为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达(FPKM≥1),占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(1)
为了对肥肝用骡鸭肝脏组织RNA-Seq数据特征进行分析,试验利用Trinity等软件和Samtools等工具对肝脏组织转录组数据进行基因表达鉴定,并对表达的基因进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)、插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)挖掘及功能分析。结果表明:在表达基因内可筛选出197 965个SNPs位点和93 990个InDels位点,这些基因涉及分子功能、生物学过程以及细胞组分三大类别的广泛生物学功能,SNPs所在基因除了富集在脂肪、能量代谢相关通路上,更多富集在免疫和内分泌等相关通路上。说明利用骡鸭肝脏组织转录组数据进行特征分析,筛选并探究表达基因的SNPs和InDels特征及相关基因的功能,可用于鸭肥肝生产相关基因的多态性检测、鸭肥肝形成机理等研究。 相似文献
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《中国家禽》2016,(12)
试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(10)
为了初步筛选与犬恐惧行为相关的变异位点,对6～8月龄的犬进行严格的恐惧行为测试,根据测试结果选取恐惧行为极端差异的史宾格犬20头,分为高恐惧行为组(FBH)和低恐惧行为组(FBL),每组各10头,采用混池测序的方法检测史宾格犬全基因组的单核苷酸多态性位点(SNP)和插入缺失位点(InDel),筛选与史宾格犬恐惧行为相关的变异位点。结果显示:通过特定条件的筛选,FBH组和FBL组存在差异的SNPs共14个,InDels共2个,这16个位点位于9个基因上。研究表明,通过混池测序的方法可以初步筛选出与犬恐惧行为相关的变异位点,进一步分析确定与恐惧行为遗传效应相关的变异位点,可以为犬遗传育种改良提供理论依据。 相似文献
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为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing,WGBS）技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式。结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35%和3.48%,差异显著（P<0.05）;下丘脑和卵巢中分别检测到6 150 000和10 320 000个甲基化胞嘧啶（mC）位点,其中mCG类型位点分别占69.99%和87.88%,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区（P<0.01）,极显著高于基因间区（P<0.01）;下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著（P>0.05）,却显著高于基因间区（P<0.05）;下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组（P<0.05;P<0.01）。综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据。 相似文献
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【目的】探究晋南牛优势性状所基于的遗传基础，为后续晋南牛种质资源利用以及分子育种提供参考。【方法】采集12头健康的纯种晋南牛耳缘组织，提取基因组DNA进行全基因组重测序，将测序数据以及NCBI数据库12头红安格斯牛基因组数据比对到牛参考基因组(ARS-UCD1.2),检测群体SNPs位点，采用ANNOVAR软件对变异位点进行注释；对晋南牛与红安格斯牛变异基因进行韦恩分析，筛选晋南牛特异性变异基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析，采用Cytoscape软件将显著富集的变异基因进行功能互作分析。【结果】晋南牛基因组DNA测序共获取clean reads 2 621 153 222条，Q30平均值达93.5%,碱基分布均匀且无明显偏向性，平均测序深度11.19×,覆盖率(≥4×)平均值为92.64%;检测到SNPs位点117 773 201个，注释外显子区域获得nonsynonymous、stopgain/stoploss SNPs共405 506个，覆盖于16 690个基因，筛选出晋南牛特异性变异基因5 289个。GO功能和KEGG通路分析表明，基因广泛富集于线粒体、核糖体、细胞器膜相... 相似文献
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《畜牧兽医学报》2016,(2)
本研究测定了288头来自白色杜洛克×二花脸F2群体的母猪杀婴行为表型,旨在定位出影响母猪杀婴行为的QTL。基于整个家系及已经扫描个体的60KSNP芯片信息推测出本试验288头个体60K的基因型。随后,我们利用R语言GenABEL软件包的广义混合线性模型对母猪杀婴行为表型进行全基因组关联分析,定位影响母猪杀婴行为的显著关联SNP位点。结果,在SSC2和SSC8上共发现50个与母猪杀婴显著关联的SNPs位点,其中有21个SNPs位于SSC8:35.05~47.54 Mb区域达到基因组显著水平,在SSC2上只有1个SNP位点达到染色体显著水平。通过搜寻显著相关SNP所在区域内的注释基因,发现了12个可能影响母猪杀婴行为的重要位置候选基因。该研究为进一步鉴别影响母猪杀婴行为的主效基因和因果突变位点提供了研究基础。 相似文献
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基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释 总被引：1，自引：1，他引：0
前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。分析发现,12个SNPs位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因,并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为6种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性、参与mRNA转录调控或翻译调控。该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。 相似文献
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试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
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本研究以番鸭肝脏为试验材料,通过RT-PCR扩增出番鸭脂肪酸合成酶（fatty acid synthase,FAS）部分CDS序列,利用相关分子生物学软件对其进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术检测FAS基因在成年番鸭各组织中的表达特性及填饲对番鸭肝脏和腹脂中该基因表达的影响。结果表明,克隆出的番鸭FAS基因CDS片段大小为1122 bp,编码374个氨基酸,与近缘物种禽类核苷酸同源性为92%～99%;实时荧光定量PCR结果表明,番鸭FAS基因在肝脏和腹脂中高表达,说明FAS具有组织表达特异性;填饲导致肝脏中FAS基因表达显著升高（P＜0.05）。本试验结果可为进一步研究FAS基因在番鸭肝脏脂质代谢中的作用奠定基础。 相似文献
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【目的】 对番鸭（Cairina moschata）生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）基因进行克隆及结构和功能的预测,并检测其在就巢期和产蛋期番鸭各组织中的表达差异。【方法】 以番鸭卵巢组织cDNA为模板,利用快速扩增cDNA末端（rapid-amplification of cDNA ends,RACE）技术对GDF9基因进行扩增和克隆,利用生物信息学软件对GDF9基因的编码序列进行相似性分析和进化树构建,分析其基本理化性质和编码氨基酸序列的结构特征。利用实时荧光定量PCR技术检测就巢期番鸭和产蛋期番鸭各组织中GDF9基因的相对表达量。【结果】 GDF9基因CDS区全长1 380 bp,编码459个氨基酸;番鸭GDF9基因序列与GenBank已公布的凤头潜鸭、绿头鸭、天鹅、棕硬尾鸭、浙东白鹅、企鹅、鸡、牛、绵羊、猪和小鼠对应序列的相似性依次为98.8%、97.5%、96.4%、95.8%、94.4%、90.2%、87.5%、64.5%、64.2%、63.9%和60.6%。系统进化树结果显示,番鸭与凤头潜鸭和绿头鸭的亲缘关系较近,与小鼠的亲缘关系较远。GDF9蛋白分子质量为52.81 ku,是一种不稳定的碱性亲水膜外蛋白,有1个信号肽,含有45个磷酸化位点,8个O-糖基化位点,3个N-糖基化位点,存在1个转化生长因子-β（TGF-β）结构域;蛋白质的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、T-转角和β-折叠构成,所占比例分别为58.61%、22.22%、16.56%和2.61%。GDF9蛋白三级结构预测结果与二级结构一致。GDF9蛋白可能与BMP15、BMPR1B、BMPR2、TGFBR1、ACVR1B、POF1B、ZP2、ZAR1和MOS蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,就巢期和产蛋期番鸭各组织中均有GDF9基因的表达,其中两个时期卵巢中的表达量均最高,且均极显著高于同一时期其他组织基因表达量（P<0.01）。同一组织不同时期相比,就巢期番鸭GDF9基因在脾脏、心脏和肾脏的表达量显著或极显著低于产蛋期（P<0.05;P<0.01）,在卵巢中的表达量极显著高于产蛋期（P<0.01）,其他组织中的表达量在两个时期间差异均不显著（P>0.05）。【结论】 本研究成功克隆番鸭GDF9基因,GDF9基因在番鸭各组织中均有表达,GDF9基因为番鸭产蛋期和就巢期卵巢、心脏、肾脏和脾脏的差异表达基因。该研究为进一步探索番鸭GDF9基因的功能提供了理论依据,也为研究GDF9基因在卵巢发育中的生物学功能及其分子机制奠定基础。 相似文献
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研究旨在比较不同羽色及性别番鸭在屠宰性能及肌肉成分上的差别,为选育优良番鸭品种提供依据。试验选取1日龄黑羽番鸭、白羽番鸭及黑白花番鸭公、母共324羽,按羽色、性别分为6个处理,每处理设6个重复,每重复9只鸭,各处理饲喂相同日粮,试验期90d。结果表明：雄性黑羽番鸭屠宰率、全净膛率显著高于雄性白羽及黑白花羽番鸭（P〈0．05）,而雌性黑白花番鸭及白羽番鸭的胸肌率和瘦肉率相近且均显著高于雌性黑羽番鸭（P〈0．05）;各处理番鸭肌肉中汞、镉、砷、铅含量无显著差异（P〉0．05）,且均很微量;各同羽色雄性番鸭肌肉水分、无氮浸出物和粗蛋白质含量均基本略高于其同羽色雌性番鸭,而各处理雌性番鸭肌肉粗脂肪、粗灰分含量则高于其同羽色的雄性番鸭;雄性白羽番鸭和黑白花番鸭肌肉粗蛋白质含量相近且均显著高于雄性黑羽番鸭（P〈0．05）;各同羽色番鸭中基本上肌肉氨基酸含量均以雄性高于雌性,而同性别的番鸭比较,雄性白羽番鸭肌肉中多种氨基酸的含量显著高于雄性黑羽及雄性黑白花羽番鸭（P〉0．05）;同时雌性各羽色番鸭肌肉中多种氨基酸含量呈现出：黑白花番鸭〉黑羽番鸭〉白羽番鸭,但该趋势不显著（P〉0．05）。试验结果表明,雄性黑羽番鸭屠宰性能有一定优势,白羽番鸭肌肉养分和氨基酸含量优势明显。 相似文献
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Various organs of goslings and Muscovy duck chickens were investigated by electron microscopy, with the negative contrast technique being used in a routine diagnosis programme. Investigations were extended over several years and were, more specifically, applied to 1,148 samples obtained from 525 goslings and 429 samples which had been collected from 139 Muscovy duck chickens. Viruses were directly detected in 132 or 76 samples. Parvoviruses were predominant in geese and Muscovy ducks and accounted for 83.3 or 94.7%. Rotaviruses, reoviruses, and adenoviruses were sporadically diagnosed. Most of all positive findings were recorded from intestinal matter, liver, and heart. Parvovirus-related diseases were practically removed from among goslings, owing to efficient immunoprophylaxis on all larger goose units. Small privately owned flocks were found to play a role as pathogen reservoirs for both goslings and Muscovy ducks. 相似文献
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选择番鸭、樱桃谷鸭和高邮鸭等3个品种鸭各30只,测定屠宰性能、常规营养成分、胶原蛋白含量、剪切力值、肌纤维直径、肌束膜厚度等相关指标。结果表明：番鸭是肉用性能最好的优质肉鸭。各品种鸭胸肌率均比腿肌率高,胸肉剪切力值小于腿肉,胸肉显著嫩于腿肉（P〈0.05）。剪切力值和肌纤维直径、肌束膜厚度呈极显著正相关（P〈0.01）,与蒸煮损失、胶原蛋白含量显著相关。影响鸭肉嫩度差异的关键是肌纤维直径的粗细和肌束膜厚度的大小,肌纤维直径越粗,肌束膜厚度越大,剪切力值也越高,鸭肉嫩度越差,蒸煮损失和胶原蛋白含量对鸭肉嫩度也有影响。 相似文献
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